Lorsqu'un membre clé du "Bureau du Surnaturel", une agence gouvernementale secrète, est porté disparu, LEROY un ancien détective sceptique et MAX un génie croyant au paranormal sont recrutés pour le retrouver. Alors que tout les oppose, ils devront travailler ensemble malgré une possible activité extraterrestre et des évènements paranormaux inexpliqués se dévoilant dans leur ville de Los Angeles.

Leroy et Max emmène Jermaine pour Halloween mais celui ci espère qu'ils le déposent à une fête à la place. La fête devient le dernier de leur soucis quand Jermaine est contaminé par un virus zombie à cause d'un chat démon. Pendant ce temps, Halloween est une nuit chargée, pleine d'activité paranormale, pour LaFrey, Annie et Barry au Bureau du Surnaturel.

Encouragé par Max, Leroy fait la cour à une policière pendant une mission dans un complexe hôtelier. Tandis que les deux coéquipiers enquêtent sur une série de meurtres, le capitaine LaFrey charge Annie et Barry de découvrir si sa fille voit un garçon en cachette.

Quand un amphibien mortel se retrouve en liberté dans le Bureau Underground, le directeur Romslo, qui est le supérieur du capitaine LaFrey, place l'équipe en quarantaine. Max et Leroy n'ont que 30 minutes pour éliminer cette menace.

Alors que Max et Leroy enquêtent sur un incident étrange dans un country club de luxe, ils se prennent tous les deux au jeu de leur couverture et s'opposent. Annie les accompagne en mission, elle qui a beaucoup fréquenté les country clubs dans sa jeunesse.

Pendant l'absence du capitaine Lafrey, Annie installe une intelligence artificielle, "Sam", pour gérer le bureau. Max et Leroy sont mis à l'épreuve quand "Sam" s'avère être une puissante force démoniaque tentant de détruire le Bureau du Surnaturel.

Quand deux acteurs suffisants, Chaz et Jared, de l'émission "Ghost Studz" tombent accidentellement sur de vrais phénomènes paranormaux, Max et Leroy doivent infiltrer sous couverture le tournage dans un hôpital psychiatrique abandonné pour les sauver. Leroy n'apprécie pas les "avantages" que les acteurs tirent de leur popularité et réalise que Max et lui n'en auront jamais même en travaillant dans une agence top secret.

Quand une jeune fille disparaît lors d'une attraction « tracteur fantôme », Max et Leroy cherchent à savoir s'il s'agit bien d'un phénomène paranormal ou simplement d'un coup de pub. Pendant ce temps, Barry réfléchit à des manières de devenir « pote » avec Max et Leroy.

Max et Leroy invitent Annie à les suivre sur leur affaire, étant experte de la créature qu'ils recherchent mais les compétences de survie de MAx sont mises à l'épreuve lorsqu'ils se perdent dans les bois.

Tout le monde est choqué quand un nouveau capitaine est nommé à la tête du Bureau Underground. D'ailleurs, le nouvel arrivant n'a pas l'air d’apprécier son nouveau poste. Sa première décision est de mettre en suspens les enquêtes de Max et Leroy.

Alors qu'ils essaient de montrer ce qu'ils valent au capitaine LaFrey et à tout le Bureau Underground, Leroy et Max ont enfin une piste pour retrouver l'agent Checker. Bizarrement, c'est désormais Leroy qui croit en eux, alors que Max commence à douter de leurs capacités.

Malgré leur nouveau capitaine qui a demandé que leurs enquêtes soient suspendues, Leroy décide de faire appel à une voyante pour comprendre ce qu'il se passe au sein du Bureau. Max refuse de croire à ses superstitions.

Lorsqu'un article est publié, révélant le Bureau au public, Merv demande à Leroy d'interroger ses collègues pour découvrir qui a pu divulguer l'information. Pendant ce temps, les parents de Max arrivent au Bureau pour exprimer leur inquiétude quant à son choix de carrière, et Ava se rapproche de la résolution du mystère de l'auteur de la mise sur écoute du bureau.

Leroy et Max repèrent un possible OVNI. Cependant, alors qu'ils l'observent, Leroy lâche une grosse bombe sur Max qui lui vole la vedette. Pendant ce temps, le capitaine Lafrey enquête sur le mystérieux suspect qui s'en prend au Bureau, et le nouveau venu, Merv, est contraint de faire face à un drame au bureau.

Le Bureau lutte pour être pris au sérieux alors qu'il est contraint de partager une affaire avec le FBI et la FAA. Découragée par le manque de respect, l'équipe se tourne vers Merv qui ne leur offre que très peu de soutien. Pendant ce temps, une relation improbable se forme et Max fait une découverte choquante.

Tout en essayant de prouver leur valeur au Capitaine Lafrey et au reste du Bureau, Leroy et Max ont enfin une piste sur l'endroit où se trouve l'agent Checker. Leroy se retrouve dans l'étrange position d'être le croyant lorsque Max perd confiance en leurs compétences.