Un frère et une sœur s'inscrivent au Magic High School. Il a des résultats médiocres et elle a de formidables talents, ce qui les place dans différentes catégories.

Le président du conseil des élèves demande à Miyuki de se joindre au conseil, mais Miyuki insiste pour que son frère s'y joigne aussi.

Tout le monde est surpris par la rapidité avec laquelle Tatsuya a vaincu Hattori en duel. Entre-temps, Miyuki éprouve des sentiments partagés pour son grand frère.

Mibu remercie Tatsuya d'avoir désamorcé la bagarre entre elle et Kirihara, et lui demande de se joindre à leur équipe de kendo. Mais lui se méfit des vrais motifs.

Mibu dit à Tatsuya qu'ils envisagent d'informer l'école de ce qu'ils pensent au sujet de la discrimination entre les étudiants.

Tatsuya et les autres apprennent que des intrus se trouvent dans la bibliothèque et que Mibu est avec eux. Pourront-ils les arrêter et savoir ce qui se passe ?

Tatsuya a un plan pour trouver Blanche et provoquer ses membres en bataille. Il mène l'équipe dans une usine abandonnée où se trouve les gens de Blanche.

Les étudiants se préparent pour la compétition des Neuf écoles. Face au scepticisme de tous, Tatsuya doit prouver qu'il est prêt à faire partie de l'équipe d'ingénierie.

Tatsuya et Miyuki visitent Four Leaves Technology où une expérience sur un sort volant est en cours, et Tatsuya montre son dessin de prototype à un chef ingénieur.

L'autobus qui conduit les étudiants à la compétition des Neuf écoles est attaqué par des forces inconnues et Tatsuya pense que le coupable est quelqu'un de l'intérieur.

La compétition des Neuf écoles a enfin commencé, et Tatsuya apprend que les intrus de la nuit précédente sont avec les Dragons sans tête.

Lors du Conseil de guerre des femmes, Mari Watanabe a un accident suspect et est transportée à l'hôpital de la base de Susono. Tatsuya l'aide à guérir avec la magie.

Grâce aux talents d'ingénieur de Tatsuya, les joueurs de la Première école finissent premiers. Que va faire la Troisième école pour les battre ?

Lorsqu'un autre accident suspect se produit pendant la compétition des neuf écoles, les étudiants de la Première école croient qu'il s'agit d'un acte de sabotage.

Alors que Tatsuya se prépare en vue de se battre à Monolith Code, ses adversaires de la Troisième école complotent pour le forcer à prendre part à un combat face à face.

Tatsuya et ses coéquipiers ont une stratégie pour vaincre Cardinal George et le Prince Crimson à Monolith Code, mais ils ont peut-être sous-estimé leurs rivaux.

Tatsuya reste vigilant car les Dragons sans tête décident de prendre des actions encore plus sévères pour s'assurer que la compétition des Neuf écoles soit annulée.

Les étudiants de la Première école célèbrent les victoires obtenues à la compétition des Neuf écoles, et Tatsuya, furieux contre les Dragons sans tête, leur rend visite.

Tatsuya vient tout juste de gagner la compétition des neuf écoles, et on lui demande de participer au Concours de thèses, comme membre de l'équipe de la Première école.

Lorsque l'ordinateur de Tatsuya est attaqué, il soupçonne que cela a à voir avec le Concours de thèses qui approche et il fait enquête.

Erika offre d'enseigner à Leo une prise mortelle contre ses ennemis. Ils passent la journée ensemble, et les rumeurs fusent de toutes parts...

Tatsuya rapporte le vestige à la Four Leaves Technology; la Grande alliance asiatique hameçonne le laboratoire; quelqu'un fouine dans les effets personnels de Tatsuya.

Le Concours de thèses est en cours, et tout le monde se préoccupe de la sécurité de l'événement.

Des terroristes attaquent le concours de thèses et les étudiants doivent se servir de leurs compétences pour survivre.

Après l'attaque sur le centre des congrès de Yokohama, les étudiants se battent pour se rendre à l'abri, tandis que les forces se battent dans les rues de la ville.

Miyuki révèle le prix que son frère doit payer pour pouvoir utiliser son extraordinaire pouvoir. Tatsuya, entretemps, utilise une arme de destruction.

Deux mois après l'incident d'Halloween, Tatsuya et ses amis organisent une fête de départ pour Shizuku qui va étudier à l'étranger, en Amérique. Avec le début du nouveau semestre, une étudiante américaine en échange arrive à la First High School.

Angelina se retrouve à la poursuite de déserteurs qui sont maintenant mêlés à des meurtres macabres au Japon. Témoin d'un de ces meurtres, Leo se retrouve également victime de ces derniers...

Tatsuya continue d'enquêter sur l'affaire des vampires, mais avec la présence d'un tiers capable de se dissimuler même à son regard, il n'est décidément plus l'heure à la retenue...

Tatsuya découvre que Lina n'est autre qu'Angie Sirius, capitaine-chef des Stars, et cette dernière se retrouve maintenant obligée de le tuer pour préserver son secret.

Les élèves du lycée 1 ont convenu d'une stratégie pour repérer et intercepter les parasites, désormais repérables grâce à un émetteur implanté par Tatsuya. C'est alors que le signal de ce dernier est repéré au lycée, à la stupéfaction générale...

Tatsuya et ses amis profitent d'un léger répit à l'approche de la St-Valentin, mais la situation n'est résolue en rien, et les parasites se montrent désormais bien plus discrets...

L'androïde Pixie montre un comportement pour le moins étrange, et semble dévier de son programme, comme mû par une volonté propre. Alors que Tatsuya se propose de l'examiner, elle lui témoigne des gestes d'affection...

Suite à la défaite de Lina et des forces des USNA, les Yotsuba s'assurent la non-interférence du colonel Balance. Toutefois, le problème des parasites persiste et Tatsuya décide de prendre les devants, utilisant Pixie afin de les localiser.

Grâce à Honoka, Pixie démontre des pouvoirs psychiques assez puissants pour neutraliser les parasites. Mais au moment d'emmener ces derniers, de faux policiers à la solde de la 3e division de contre-espionnage s'emparent d'eux. Devinant leur objectif, Tatsuya relaie à Mayumi une mise en garde à la famille Saegusa quant au danger qu'ils représentent.

Tatsuya et Lina apprennent que les parasites sont rassemblés en un lieu, et décident de les éliminer. Tatsuya a mis au point une méthode pour sceller les parasites et les neutraliser à défaut de les détruire, mais ses efforts sont entravés par Lina qui est aveuglée par sa mission.

L'affaire des parasites derrière eux, Tatsuya et ses amis doivent maintenant faire leurs adieux à leurs aînés en terminale et se préparer pour la nouvelle année scolaire. Venus retrouver Shizuku de retour d'Amérique à l'aéroport, Tatsuya et Miyuki croisent Lina qui est elle, sur le point d'y repartir.

Tatsuya et Miyuki sont invités à la fête célébrant la construction de la Tokyo Offshore Tower. Mais dans le même temps, les Yotsuba ont été mis au courant d'une tentative d'attentat fomentée par le Front de l'humanité avancée, et ont envoyé Ayako et Fumiya Kuroba pour enquêter et capturer vivants leurs agents.

La Tokyo Offshore Tower risque d'être détruite par des extrêmistes pro-mages, mais tout se complique quand un tremblement de terre compromet l'évacuation... Tatsuya va donc encore une fois se retrouver à accomplir l'impossible.

Dans un futur où la civilisation est en voie d'extinction, la magie est le dernier secours des êtres humains. Lors de la rentrée des classes du lycée magique, le bureau des élèves souhaite recruter un nouveau membre, mais le candidat semble difficile à gérer.

Après qu'un mouvement anti-magie est désigné comme étant à l'origine de l'attaque de l'Offshore Tower, Kôichi Saegusa apprend que les médias seraient manipulés pour retourner la population contre les mages.

Un député tente de décrédibiliser le lycée magique en pointant du doigt l'usage militaire qui en est fait. Le lycée compte y répondre en montrant les progrès qui y sont accomplis d'un point de vue pacifique.

Des dissensions pèsent sur le Bureau des élèves, menant le farouche Shippô à affronter les jumelles Saegusa dans un duel d'honneur.

L'organisateur de la Bataille des Neuf Écoles décide de revoir la liste des disciplines imposées, et le nouveau planning ressemble étrangement à un programme militaire.

Tatsuya part enquêter après avoir reçu un document confidentiel d'origine inconnue. Celui-ci dévoile la vraie raison des changements d'épreuves de la Bataille des Neuf Écoles.

Le groupe mené par Tatsuya part en reconnaissance pour vérifier les mesures de sécurité autour du Steeplechase.

Pour contrer les plans de l'armée de défense, Tatsuya est envoyé lors de l'épreuve de Steeplechase pour neutraliser les Parasite Dolls et assurer la sécurité des lycéens.

La tante de Tatsuya écrit à ce dernier pour lui confier la mission de capturer Gongjin Zhou. C'est le moment pour Tatsuya de récolter son dû pour son service rendu aux Kudô quelques mois plus tôt.

Tatsuya et Miyuki vont à la rencontre du chef de la famille Kudô pour créer une alliance, et ce, afin de trouver la trace de Gongjin Zhou et l'éliminer.

Mayumi est préoccupée par la soudaine disparition de son garde du corps, Nakura. Son père lui cache la vérité, ce qui pousse Mayumi à chercher de l'aide auprès de Tatsuya.

Sur la trace de Gongjin Zhou à Kyoto, Tatsuya et ses amis tombent sur un patron de restaurant également traditionaliste qui peut leur fournir des informations sur la cible.

Au retour de Tatsuya, Miyuki demande à celui-ci des réponses concernant ses récentes découvertes sur l'état inquiétant de Minoru. Tatsuya apprend que Gongjin Zhou est dans un lieu hautement sécurisé et part à sa poursuite.