Dans une bataille pour déterminer le rang des Pandoras de seconde année, Satellizer el Bridget, La Reine Intouchable, est la meilleure classée. Durant les cours, son professeur d'éducation physique et instructeur, Yumi Kim parle de son expérience en tant que Pandora durant la dernière guerre contre les Nova lors de laquelle une bataille les confronta à un Nova très puissant qui ne fût battu que grâce au sacrifice d'une compagnonne d'arme, Kazuha Aoi. Durant ce temps, le frère de Kazuha est transporté à la "West Genetic Academy" par la présidente des étudiants, Chiffon Fairchild qui luis résume la nature des Pandora et des Limiteurs. Kazuya arrive lorsque Satellizer est en train de se battre contre Ganessa Roland, la Pandora classée seconde. Kazuya confond Satellizer avec sa soeur disparue et l'enlace, provoquant son embarras et la laissant désarmée face à une attaque.

Kazuya Aoi a participé à une compétition de carnaval le premier jour de son entrée à Genetix. Prenant Sattilissa pour sa sœur décédée, il court vers elle et la serre dans ses bras, seulement pour que Sattilissa active sa Freeze Boundary, et au final, lui fasse perdre la première place de l'année scolaire. Kazuya tente de s'excuser auprès d'elle, mais il est arrêté par le président des élèves ...... ?

Après le combat entre Sataeleza et Ganesha, Shuu, le président de la classe, conseille à Kazuya de « laisser Sataeleza tranquille », mais Kazuya en est dégoûté et va même voir Sataeleza pendant sa pause déjeuner. Après avoir parlé à Sattilissa, Kazuya apprend qu'elle est plutôt douce au fond, et demande à nouveau à devenir le contrôleur de Sattilissa. À l'improviste, un Kamu Tsukiakari de troisième année apparaît et interrompt leur conversation. Connue sous le nom de « chasseuse de Gokujin », elle entend des rumeurs sur Kazuya et vient l'absorber en tant que Gokujin. Après que Kazuya, qui n'en avait rien à faire d'elle, l'a rejetée ?

Avec l'aide de la capacité Frozen Boundary de Kazuya, Sathileza réussit à vaincre l'élève la plus âgée, Ya. Cependant, cela signifie également qu'elle sera l'ennemie de tous les élèves de troisième année ....... En effet, Ingrid Bernstein, qui est classée 7ème en troisième année, est immédiatement apparue devant Sattilissa et a déclaré qu'elle ferait tout son possible pour punir Sattilissa d'avoir perturbé l'ordre. Lorsque Kazuya apprend cela, il demande à nouveau à Sattilissa de le laisser devenir Gauleiter. Bien que Sattilissa hésite un instant, elle finit par le chasser avec indifférence et décide d'aller seule à la bataille. Elle profite de l'absence d'une des Sentinelles pour se rendre au dortoir d'Ingrid !

Après sa bataille avec Ingrid, Sattilissa découvre qu'elle n'est pas gênée d'être touchée par Kazuya. Elle accepte que Kazuya devienne un Faiseur à condition qu'elle ne fasse pas le baptême. Kazuya devient enfin le Gokujin de Sataeleza et est invité dans la chambre de Sataeleza ce soir-là. Plus tard dans la soirée, Kazuya rencontre une femme habillée bizarrement qui se rend au dortoir des filles. Il s'agit de Lana Linchin, une étudiante tibétaine transférée qui semble s'être perdue dans l'école. Kazuya emmène Lana au bureau du directeur, puis se dirige vers le dortoir des filles, mais à l'entrée du dortoir, il est arrêté par Audrey, une étudiante de deuxième année !

Avec l'aide de Lana, Kazuya échappe de justesse au lynchage d'Audrey et des autres, mais il s'évanouit quand même à cause de l'épuisement physique des limites de congélation qu'il utilise depuis quelques jours. En apprenant cela, Sattilissa se précipite au centre de convalescence et passe la nuit avec Kazuya, qui est inconscient. Les deux se rapprochent, mais Lana, qui a sauvé Kazuya, voit la personnalité douce de Kazuya et sa capacité à geler, et reconnaît Kazuya comme le prince charmant de son destin. Le lendemain, Lana, qui a été transférée dans la classe de Sattilissa, demande à s'asseoir à côté de Sattilissa et dit : « Kazuya est le prince charmant de son destin » !

Le duel personnel entre Sattilissa et Lana s'achève lorsque Kazuya révèle la vérité à Lana. C'est alors que trois sœurs de troisième année, Attia Simmons, Anette Makmiolian et Cleo Blonde, apparaissent soudainement. A l'origine, elles ne faisaient que regarder le combat entre Sattilissa et Lana, mais lorsqu'elles ont vu que le plan avait échoué, elles ont décidé d'agir elles-mêmes contre Sattilissa. Bien que Sattilissa soit blessée, elle a toujours l'intention d'affronter Janet et Cleo par ses propres moyens. Finalement, Lana se joint à la bataille et un duel à mort s'engage entre Sattilissa et Arnette et entre Lana et Cleo !

Sateleza et Lana utilisent leur incroyable pouvoir et parviennent enfin à vaincre leurs camarades de troisième année. Voyant que même la quatrième année, Yanet, a été vaincue par Sattilissa, les sœurs de troisième année ont décidé de suspendre temporairement leurs sanctions contre elle afin de bien saisir la véritable force de Sattilissa. A cette époque, l'école se prépare à son événement annuel, le « Graduation Ball ». Sattilissa est heureuse d'apprendre que Kazuya a accepté d'assister au bal avec elle, mais Atia apparaît soudain devant elle et demande à Sattilissa de participer au concours de beauté « Pandora's Queen » ?

Un jour, Kazuya est invité à East Genetix. Il assiste d'abord à une simulation de combat contre NOVA présentée par Casey Rockhart, connue sous le nom de « Toh no Kami-speed » et qui est également la meilleure élève de l'année scolaire, puis apprend de Casey qu'elle est l'une des personnes qui ont les cicatrices de la sœur de Kazuya. Cependant, Kathy dit qu'elle ne passera pas en quatrième année et qu'elle a l'intention de laisser ses traces à sa jeune sœur et de réaliser son rêve de devenir romancière à la place. Après avoir entendu Kathy raconter son rêve, Kazuya se met en route pour rentrer chez lui. De façon inattendue, il reçoit à ce moment-là la nouvelle que 4 NOVA sont apparus à East Genetix !

Les 4 NOVA qui sont apparues cette fois-ci étaient clairement différentes des précédentes. Ils ont d'abord dévoré Pandore, puis sont soudainement apparus peu après avoir disparu pour encercler Siganetix ! Bien que les professeurs et les élèves soient déconcertés par le comportement des NOVA, toutes les Pandora de l'école sont prêtes à les affronter. À ce moment-là, Sattilissa apprend que Kazuya est tombé amoureux d'elle parce qu'elle possède la marque Ei de Kazuya. Lorsque Sattilissa apprend que Kazuya ne fait que se superposer à sa sœur, elle ne sait plus comment s'entendre avec Kazuya, et finit même par dire qu'elle ira seule à la difficile bataille !

Un groupe de Pandores contrôlées par NOVA a attaqué le niveau le plus bas du « Ravensborean Nucleus Orchid » situé au centre de West Genetix, dans le but de s'emparer du Squelette Sacré qui y est caché. Casey, transformé en NOVA, parvient à échapper à l'attaque de la 3e année et atteint la porte de la pièce où se trouve le Squelette sacré. Cependant, Sataeleza, Kazuya et les autres personnes convoquées dans la pièce attendaient déjà ici.

Sataeleza, qui affronte Casey, transformée en NOVA, parvient à détruire le stigmate qui contrôle Casey sur sa poitrine, ce qui permet à Casey de reprendre temporairement conscience. Mais avant qu'elle ne puisse se réjouir, Sattilissa est enveloppée par un intense faisceau de lumière libéré par le stigmate de Casey. Sattilissa était prête à se sacrifier, mais elle a été sauvée par le sacrifice de sa vie par Ganesha. Les paroles de Ganesha, gravement blessé après avoir été directement attaqué par le faisceau de lumière, ont permis à Sattilissa de ressentir pour la première fois ce que signifie être un partenaire. Après cette bataille, Sataeleza a appris ce qu'elle devait protéger, puis elle s'est transformée en NOVA et a défié Casey à nouveau !

En route vers une base Chevalier en Alaska, Satellizer, Kazuya et Rana sont appelés pour défendre un champ de pétrole contre un Nova de type S. Aidés de Chiffon, Elizabeth et leurs Limiters, ils détruisent la Nova, découvrant qu’il s’agit d’un robot Dummy Nova conçu pour tester leurs compétences. Depuis l’incident de West Genetics, les Nova apparaissent plus vite, poussant les Chevalier à approuver le projet E-Pandora, mené par Scarlett Oohara, pour transformer des jeunes femmes incompatibles avec les Stigmates en Pandoras. À la base d'Alaska, où sont rassemblées les meilleures Pandoras, Chiffon présente Roxanne Elipton, Charles Bonaparte et Julia Munberk, les meilleures de leur génération. Scarlett explique que les données collectées par ces Pandoras aideront au projet E-Pandora. Roxanne, cependant, soupçonne Scarlett d’expérimentations humaines non autorisées, ce qui suscite la colère des E-Pandoras.

Rana est contrariée en découvrant que Satellizer et Kazuya partageront une chambre. Une bataille simulée est organisée pour tester les Pandoras et les E-Pandoras. Les deux premiers tours voient la défaite de Gina Papleton et Rattle, deux E-Pandoras. Au troisième tour, Amelia Evans, la plus forte des E-Pandoras, affronte Elizabeth. Bien qu'elle soit battue, Amelia refuse d'abandonner malgré son épuisement, jusqu'à ce que ses amis et Scarlett la persuadent de céder. Abattus, les E-Pandoras sont encouragés par Amelia, qui leur rappelle leur objectif de surpasser les Pandoras, qu’ils considèrent comme des élites. Le lendemain, Elizabeth déjeune avec eux, leur expliquant que leur défaite est due au manque d’entraînement et propose l’aide des Pandoras. Cette initiative motive les E-Pandoras, tandis que le secrétaire Spencer ordonne à Scarlett d'administrer le "Mark IV" malgré ses réticences.

Scarlett annonce le "Mark IV" aux E-Pandoras et aux Pandoras originels, expliquant que cette nouvelle infusion de nanomachines contient des données de Pandoras expérimentées pour améliorer la compatibilité des E-Pandoras avec leurs Stigmates. Les Pandoras discutent de la faisabilité du calendrier de ce projet. Amelia, préoccupée, rencontre Scarlett, qui lui rappelle que les E-Pandoras ont perdu leur droit de refus en s’engageant dans le projet, mais tente de rassurer Amelia. Plus tard, Jina accepte de tester la Mark IV malgré ses réticences, avec les données de Satellizer pour espérer la surpasser un jour. Cependant, l'infusion provoque une réaction imprévue, et Jina commence à se transformer en Nova. Consciente de son état et voulant revoir ses amies, elle s’échappe du laboratoire. En réponse, Spencer ordonne à un groupe de Pandoras de l'arrêter, même si le public ignore le danger réel de cette transformation.

Satellizer s'en va en se souvenant de son match avec Jina, tandis que cette dernière, sous sa forme Nova, affronte Elizabeth. À peine consciente, Jina révèle à Amelia que le Mark IV n'est qu'une imposture, tandis que Charles commence à s'en prendre à Jina, qui finit par la tuer. Plus tard, les autres E-Pandoras organisent un service commémoratif pour Jina . Scarlett interrompt la cérémonie en ordonnant aux autres d'arrêter le feu, tout en révélant que les expériences sur le Mark IV se poursuivront, que les E-Pandora le veuillent ou non. Elizabeth, qui supervise le service, rend visite à Satellizer après avoir été repoussée par le Dr Ohara lors d'une enquête et l'avertit de rester à l'écart. A l'extérieur, Elizabeth console Amelia. Poursuivant son enquête, Elizabeth tente d'obtenir l'aide de Chiffon, mais se heurte au refus de Satellizer. Curieux des méthodes d'Elizabeth qui tente d'intervenir par la force, Satellizer est abattu par Elizabeth qui continue seule.

Kazuya accompagne Satellizer, en fauteuil roulant, pour un traitement à West Genetics, mais elle décide de se rendre à Bali à la place. Elizabeth, poussée par son devoir de Noblesse, envoie discrètement des informations sur le projet E-Pandora à sa famille, espérant qu'ils enquêtent sur les Chevaliers pour protéger les E-Pandora. Cependant, les Chevaliers découvrent la fuite et punissent Elizabeth. Trois jours après, Chiffon, Eugène, André et Rana reçoivent une Elizabeth catatonique, et le Conglomérat Mably est plongé dans des scandales, ruinant sa réputation. Chiffon et André comprennent que les Chevaliers se vengent et dissimulent la vérité sur le projet Mark IV, qu'Elizabeth avait découvert incomplet et dangereux. Attristée, Amelia partage sa peine. À Bali, Satellizer révèle à Kazuya son intention de demander de l’aide à sa famille pour arrêter le projet. Dans un hôtel familial, elle retrouve sa sœur Violet, mais découvre, horrifiée, la présence de son frère Louis.

Traumatisée par la rencontre avec Louis, Satellizer s’enferme, laissant Kazuya perplexe. Plus tard, Louis lui rend visite et révèle que les Chevaliers ont piégé la famille Mably. Il propose de demander de l’aide à leurs parents si Satellizer redevient son "esclave". Satellizer tente de résister, mais Louis la frappe, ravivant en elle les souvenirs des abus passés et la brisant mentalement. Il pense avoir repris le contrôle, mais est déstabilisé lorsqu’elle se soumet d’une manière détachée. Le lendemain, Louis dit à Kazuya de cesser d'être le Limiteur de Satellizer. Cependant, Kazuya rejette ses menaces. Après avoir discuté avec Violet, Kazuya retrouve Satellizer au temple, où Louis surgit, révélant qu'il les a attirés là. Louis frappe Kazuya et se vante de ses abus envers Satellizer, la qualifiant de "propriété". Indifférent, Kazuya répond que Satellizer est devenue une Pandora forte et indépendante. Furieux, Louis ordonne alors à sa Pandora, Holly, de couper le bras de Kazuya.

Satellizer et Kazuya affrontent Luis et Holly dans une bataille épique et décisive à Bali.

Furieuses à l'idée que les expériences Mark IV doivent reprendre, les filles E-Pandora prévoient de s'échapper de la base d'Alaska. Mais la situation ne fait qu'empirer lorsque les Pandora ordinaires apprennent la vérité...

La rébellion des E-Pandora déchire les allégeances et oppose les camarades des Pandora les uns aux autres dans la bataille. Pendant ce temps, Amelia continue de se transformer en Nova.

Les luttes intestines entre les Pandora normales font rage tandis que la rébellion des E-Pandora se poursuit. Les compétences et les talents cachés sont révélés les uns après les autres... ainsi que de nouveaux secrets.

En voyant Scarlett Oohara et un groupe de clones de Maria Lancelot, Amelia est choquée car Oohara justifie la mort de ses camarades Rattle et Gina et se transforme en un type de Nova inconnu après avoir perdu le contrôle de ses émotions. Les clones s'assimilent facilement à la Nova d'Amelia et détruisent le laboratoire. Pendant ce temps, Aoi Gengo démet Spencer de ses fonctions de commandant et ordonne à tous les Pandoras et Limiteurs de se mobiliser contre la forme Nova d'Amelia qui se dirige vers un générateur de photons. Les Pandoras perdent le moral lorsque la synchronisation des Stigmates émet des perturbations mentales, ce qui amène Satellizer à se remémorer ses souvenirs les plus tristes, comme la mort de sa mère, et à céder à la puissance de la Nova d'Amelia. Avec l'aide de Kazuya et de Rana, l'esprit de Satellizer se stabilise. Alors que la Nova d'Amelia se rapproche du générateur, Chiffon libère son Anti-Nova et ouvre enfin les yeux.

Chiffon affronte la Nova d'Amelia pour protéger le générateur de photons et ses camarades. Elle attaque, mais l'armure de la Nova se régénère. Chiffon augmente alors sa puissance, parvenant à contrer une puissante attaque de la Nova. Dans leur subconscient, Chiffon essaie de raisonner Amelia, mais la Nova d’Amelia, emportée par ses émotions, s’apprête à se sacrifier dans une explosion. Chiffon décide alors d'absorber l'attaque pour sauver ses amis, se sacrifiant. Son aura, empreinte de son amour, se répand dans tout le laboratoire, émouvant les Pandoras, y compris Ticy, à qui elle confie la présidence de leur organisation. Après la bataille, Oohara est hospitalisé et Spencer arrêté. De retour au Japon, Kazuya retrouve Satellizer et Rana, puis aperçoit Ticy en deuil, portant un ruban en hommage à Chiffon.