Mystique voit une opportunité d'avoir un espion dans l'institut de Xavier quand le sombre Todd Tolanski commence à exhiber ses pouvoirs de mutant. Kurt Wagner, le dernier arrivant à l'institut Xavier essaye de se familiariser avec sa nouvelle vie parmi les X-Men.

Kitty Pryde âgée de 15 ans se lève un jour en ayant la faculté de passer à travers les objets. Elle essaye alors d'ignorer ces pouvoirs, ce qui est rendu difficile lorsqu'elle se fait approché par Jean Grey et un mutant fauteur de trouble, qui tout deux disent savoir ce qu'elle est en train de traverser et veulent l'aider. Pendant ce temps le vieil ennemi de Wolwerine, Dent-de-Sabre arrive en ville cherchant les problèmes.

Après avoir été gardé dans l'ombre au sujet des ces pouvoirs pendant des années, une jeune femme mutante touche un étudiant et absorbe sa force, sa mémoire et sa vie. Effrayée et confuse, et incapable de différencier sa mémoire de celle qu'elle a absorbée, elle court droit dans les bras de Mystique. 

La seule chose plus grosse que Fred Duke et sa force, est son tempérament, ce qui rend son premier jour à l'école plutôt difficile. Quand Jean Grey prend contact en essayant d'être amical, il prend la chose un peu trop au sérieux..

Le neveu d'Ororo commence à révélé des pouvoirs de mutants, mais il est plus intéressé par le règlement de sa rivalité avec son compagnon mutant plutôt que par sa possible intégration à l'institut Xavier.

Kurt à accidentellement trouvé un labo abandonné, et il est aspiré à l'intérieur d'une autre dimension par un étrange appareil qu'il à trouvé là.

Scott et Malicia sont mis ensemble lors d'une sortie du club de géologie. Scott essaie d'être amical avec elle mais c'est sans compter sur Mystique qui a un autre plan.

Comme devoir supplémentaire, Evan se voit offrir une caméra numérique pour enregistrer les évènement quotidien de sa vie. Bien que tous ne veulent pas se faire filmer, Dent-de-Sabre semble finalement le plus interressé.

Tandis que les X-Men sont à un camp d'été, s'entraînant à la survie, Mystique relâche Cain Marko, aussi nommé le Fléau, dans le but d'obtenir son aide afin d'acquérir Cerebro.

Les cauchemars de Malicia semblent révélés des souvenirs du passé de Kurt, mais il était trop jeune pour en avoir. Donc de qui viennent ils ?

Un flash news provenant de la montagne Canadienne réveil quelque chose en Wolwerine et il commence à avoir des phases de rage. Dans le but de trouvé pourquoi, il prend le vaisseau en direction du lieu, sans savoir que Kitty et Kurt sont présent à l'arrière.

De mystérieuse boule de métal apparaissent, enlevant les mutants un par un. Cerebro détecte un nouveau mutant à Hawaii, Alex Summers.

Magneto révèle ses plans aux gagnants de ses duels, débloquer pleinement les pouvoirs des mutants avec une machine qu'il a élaboré. Ceux laisser derrière se regroupent pour rendre une petite visite à Magnéto.

C'est la rentrée au lycée de Bayville et à l'Institut Xavier. Il y a bon nombre de nouveaux élèves et de nouvelles recrues chez les X-Men. Le nouveau directeur du lycée er remplaçant de Miss Darkhölme, Mr. Kelly, est convaincu qu'il y a un être exceptionnel caché en chacun et qu'il faut le dévoiler au grand jour. Les membres de la Confrérie on bien décidé de prendre le directeur au mot et de se dévoiler à tous, malgré les risques encourus.

Tabitha, une nouvelle élève de l'Institut, pose quelques problèmes de comportement. Par ailleurs, son propre père tente de la contraindre à commettre un larcin en s'aidant de ses pouvoirs…

Tabatha " Boum Boum " Smith est une des nouvelles recrues de l'institut Xavier. Capable de générer des boules explosives avec ses mains, elle n'en reste pas moins une jeune fille volage et incontrôlable. Manquant provoquer un accident pendant un entrainement, Diablo et elle son consigné à l'Institut. Pendant ce temps, une fête foraine s'organise pour récolter des fonds suite à la destruction de gymnase et tous les jeunes du lycée de Bayville y sont conviés.

Suite à un dysfonctionnement dans le système de stase du " Fléau ", le professeur Xavier doit s'absenter et désigne Scott et Jean pour maintenir en semblant d'ordre en son absence. Toutefois, les jeunes X-Men, Kurt Evan et Kity échafaudent un plan pour les éloigner de l'institut et organisent une petite fête étudiante, invitant leurs amis et camarades de classe tout en échafaudant. Parmi les étudiants à la fête, un fou des jeux vidéo et d'électronique sui se surnomme lui-même Arcade.

Pendant son cours de chimie, le professeur Hawk McCoy est pris d'un malaise et d'un violent excès de rage. Son attitude l'amène à revenir voir le Professeur Xavier pour tenter de comprendre ce qui lui arrive. Bien malgrès le sérum concocté par ses soins, il se transforme peu à peu en une bête sauvage et violente que les X-Men doivent neutraliser.

La neige étend son manteau blanc sur l'institut et les X-Men en herbe s'en donnent à coeur joie ainsi que Hawk " le Fauve " McCoy. Pendant ce temps, Scott profite des vacances d'hiver pour passer du temps avec son frère à Hawaï. Une tempête précipite Alex Summers au large, suivi par son frère ainé qui essaye tant bien que mal de lui porter secours.

Quelque part en Afrique, un sorcier prépare sa vengeance contre la " Reine des Vents ". Pendant se temps à l'institut Xavier, Evan "Spike" déçoit un peu plus son entourage et sa tante Ororo lors d'une scéance d'entrainement. Le professeur X

Lance " Avalanche " se rend à l'institut Xavier et neutralise les défenses extérieures sans mal. Face aux X-Men, il répond vouloir rejoindre l'équipe. Le professeur X accepte la rédemption du jeune homme, mais Scott " Cyclope " reste sceptique. Pendant ce temps, les différents véhicules de l'école pour surdoués sont retrouvés à l'état d'épave et tout semble

Les élèves de l'institut Xavier partent passer la fête de Noël en famille. Le professeur Xavier, McCoy, Scott et Malicia restent à l'institut. Xavier envoie alors les deux jeunes gens à New York pour enquêter sur les mystérieuses apparitions d'un ange qui aide les gens et capture les voleurs.

Jean Grey fait un terrible cauchemar et se réveille en pleine nuit. Le Lendemain, elle a tout simplement disparue de l'Institut Xavier. Les X-Men mènent l'enquête et finisse par retrouver sa trace et celle de celui qui est responsable de sa disparition : un certain Mesmero.

Forge est de retour à l'institut et y présente sa nouvelle invention : un appareil qui permet à Kurt " Diablo " de pouvoir se téléporter sur une distance bien plus grande. En même temps se prépare le bal du lycée de Bayville et tout le monde se prépare à cet évènement , les X-Men et la Confrérie aussi.

McCoy accepte de moins en moins sa condition de mutant, dicté malgré lui par ses instincts bestiaux. Le Professeur Xavier et Kitty ont alors l'idée d'organiser une excursion dans la forêt pour le ressourcer et aussi proposer aux jeunes recrues une sorte de camping. Sur place, le calme et l'ambiance bonne enfant de la sortie est altérée par la présence de chasseurs qui prennent le Fauve pour le Big Foot

Jean entraine la jeune Amara " Magma " pour l'aider à contrôler ses pouvoirs. L'exercice tourne court lorsqu'un énorme rocher manque de blesser les jeunes femmes sans l'intervention de Cyclope et son attitude misogyne. Plus tard à Bayville et après les cours, Tabata " Boum Boum ", Amara et Jean permettent l'arrestation de deux voleurs. Suite à leur succès, les trois jeunes femmes décident de former un groupe appelé " les Sirènes " et sont rejointes par Kitty et Malicia dans leur quête de justice.

Wolverine est contacté par Nick Fury du Shield pour enquêter sur la disparition du projet " Renaissance ". Cela ramène le mutant à un douloureux passé commun avec Steeve Rogers le " Capitaine America " pendant la Seconde Guerre Mondiale. Le mystérieux voleur est sans nul doute Magneto.

Le Professeur Xavier rend visite à Wanda Maximoff, une jeune mutante aux pouvoirs sans limites et motivée par une colère sans borne. Mais Mystique choisit de faire libérer cette dernière afin qu'elle rejoigne la Confrérie et ainsi se venger de Magneto.

Logan est sur les traces de dent de sabre dans les égouts de Bayville lorsqu'il est attaqué et capturé par un homme dénommé Trask et son équipe. Le Docteur Trask s'avère être un dangereux fanatique anti-mutants et emmène Wolverine dans un laboratoire secret. Ce-dernier doit combattre un robot gigantesque et surarmé appelé la Sentinelle. Pendant ce temps à l'institut, Xavier prépare ses X-Men à affronter Magneto.

La Confrérie a rejoint les X-Men pour combattre les Sbires de Magneto : Dents de Sabre, Gambit, Pyro et Colossus. Pendant que les mutants combattent, Magneto, qui avait parfaitement étudié son plan, les oppose à la Sentinelle de Trask en pleine ville, révélant à la face du monde l'existence des mutants.

Les élèves de l'Institut, poursuivis par les autorités, sont contraints de se séparer. Scott et une poignée de mutants s'unissent alors à Mystique et la Confrérie pour libérer ceux qui ont été emprisonnés…

Le Fauve et Tornade se rendent à Washington pour plaider la cause des mutants. Malheureusement, pendant ce temps, le Fléau menace toute une ville…

Les jeunes mutants réintègrent le lycée de Bayville. Mais depuis que leurs pouvoirs ont été révélés, les choses ne sont plus pareilles…

La Confrérie des Mauvais Mutants se voient offrir par Gambit l'occasion de rejoindre les rangs de Magneto. Pour cela, ils doivent réussir un test : libérer Pietro…

Mystique, qui est parvenue à s'échapper de la Zone 51, enlève Scott et l'abandonne au beau milieu du désert sans ses lunettes de protection…

Spyke voit ses pouvoirs devenir de plus en plus incontrôlables. Se sentant différent, le jeune homme trouve refuge auprès d'autres mutants vivant dans les égoûts de la ville…

Toad dérobe l'inducteur d'images de Kurt afin de séduire Wanda. Cette dernière est toujours à la recherche de son père et ne décolère pas…

Lors d'un concert, Malicia entre en contact physique avec Mystique. Les pouvoirs de la jeune fille deviennent alors incontrôlables et, successivement, elle endosse l'apparence, la personnalité et les pouvoirs de toutes les personnes qu'elle a déjà touchées…

Angel vient requérir de l'aide à l'Institut pour récupérer un objet volé par Gambit sous l'emprise de Mesmero. Magneto et ses acolytes tentent également de mettre la main sur l'instigateur de ce vol…

X23, une jeune fille créée à partir de l'ADN de Wolverine, prend d'assaut l'Institut…

Mesmero manipule Malicia de manière à ce qu'elle "absorbe" les pouvoirs de tous les mutants et participe ainsi au réveil d'Apocalypse…

Mesmero manipule Malicia de manière à ce qu'elle "absorbe" les pouvoirs de tous les mutants et participe ainsi au réveil d'Apocalypse…

Lors d'une croisière, les élèves de l'Institut débarquent sur une île dont le volcan entre en irruption…

Alors que Mystique semble définitivement transformée en statue de pierre, Magneto tente de s'opposer à Apocalypse…

Évitant fortuitement un accident, la Confrérie passe pour une équipe de héros auprès des médias. Pietro tente de faire perdurer cet engouement en provoquant de nouveaux sauvetages…

Wolverine est kidnappé, mais s'échappe dans la forêt. X23 revient et fait équipe avec Wolverine pour affronter Hydra !

Le professeur Xavier découvre qu'il a un fils et que ce dernier vient d'être enlevé ! Avec quelques X-Men, il part alors à sa recherche… Mais le jeune garçon est plus complexe qu'il n'y paraît…

Duncan, l'ex-petit-ami de Jean, s'attaque aux mutants avec quelques autres extrémistes. C'est alors que Spyke réapparaît…

Ayant besoin de l'aide de Malicia, Gambit kidnappe cette dernière et l'emmène en Louisiane…

Kitty est sauvée d'un accident par Moon Star, une jeune mutante d'origine indienne qui rejoint l'Institut mais crée vite quelques problèmes…

Apocalypse fait de Xavier, Ororo, Magneto et Mystique ses quatre cavaliers. Tous les autres mutants doivent alors se liguer…

Apocalypse fait de Xavier, Ororo, Magneto et Mystique ses quatre cavaliers. Tous les autres mutants doivent alors se liguer