En pleine crise d'adolescence, Jubilée Lee peine à s'accepter alors qu'elle doit faire face en plus à sa mutation destructrice et sans contrôle. Elle se rend au centre commercial où elle passe son temps devant les arcades. Là bas, elle est attaquée par un robot gigantesque.

Les X-Men se sont introduits dans un bâtiment fédéral afin de détruire les fichiers de fichage des mutants. Mais malgré leurs pouvoirs, ils sont tombés dans un piège. L'équipe de Cyclope est repoussée par les Sentinelles et ils ont laissé Morph et le Fauve pour mort.

Hawk MacCoy reçoit une visite inopinée dans sa prison : Magneto, un mutant puissant qui contrôle les énergies magnétiques. Il demande à MacCoy de le rejoindre dans son combat contre l'humanité. Fidèle aux idées de Charles Xavier, le Fauve refuse et préfère faire face à la justice.

Le professeur Xavier tente tant bien que mal d'entrer dans l'esprit de Dent de Sabre et comprendre sa colère et sa fureur. Alors que son pire ennemi semble se réhabiliter, Serval cri haut et fort sa colère. Pendant ce temps, Magneto prépare une catastrophe afin de se confronter directement au professeur et à ses X-men.

Au cours d'un entrainement dans la salle des Dangers, Tornade est victime de sa claustrophobie et manque de provoquer un accident. Elle discute avec le professeur Xavier en essayant de le convaincre qu'elle n'est pas un bon leader, mais ce dernier n'est pas de cet avis.

Serval est de retour dans le Grand Nord. Aspirant au calme et à la tranquillité loin de l'Institut Xavier, le X-Man est rattrapé et vaincu par Dent de Sabre. Logan est alors recueilli par les Inuits et se fait doucement à la vie de la tribu. Mais son vieil ennemi reste dans l'ombre.

Le paradis pour mutant de Genosha s'avère être un traquenard dirigé par Bolivar Trask pour capturer et réduire en esclavage les mutants. Le scientifique fou et fanatique de la condition humaine fait construire un barrage pour alimenter en énergie sa dernière création : le Moule Initial.

Au retour de Genosha, les X-Men trouvent l'institut Xavier en ruine. Le professeur étant en voyage, Cyclope, Serval, Jubilée et les autres décident d'enquêter. Une piste les mènent jusqu'à un mutant d'une force surhumaine et pouvant également changer sa peau en métal.

Câble prend à parti Warren Worthington et tente en vain de lui soutirer des informations sur son financement des recherches d'un certain docteur Adler. Le scientifique prétend en effet avoir découvert un traitement qui supprime le gène X. Chez les X-Men, Malicia souffre de plus en plus de son pouvoir. Elle décide de se rendre à l'île Muir et de rencontrer le fameux docteur.

Derrière le docteur Adler et son mystérieux traitement se cache un complot d'Apocalypse. Il parvient à tromper Angel et trois autres mutants et à les transformer en messagers de la haine et de la destruction : les quatre cavaliers d'Apocalypse.

Dans un avenir proche, les Sentinelles sont les maîtres sur Terre. Tous les X-Men sont morts à l'exception de Serval et de Forge. Dans ce cauchemar, une lueur d'espoir apparaît : retourner dans le passé et empêcher l'assassinat qui va provoquer le chaos. Un mutant et chasseur de prime appelé Bishop se porte volontaire pour cette dangereuse mission.

De retour à l'Institut après avoir renvoyé Nemrod dans le futur, le chasseur de primes reconnaît Gambit comme étant l'assassin de l'avenir terrible des mutants. Le professeur Xavier écoute attentivement l'histoire de Bishop avant de se rendre à Washington avec une partie des X-Men, alors que Serval et Bishop restent avec Gambit pour le surveiller.

Magneto a capturé le sénateur Kelly et espère terminer le complot mis en place par Apocalypse et Mystique. Le sénateur est mis hors de danger par les Sentinelles de Trask. Mais le scientifique fanatique voit le Moule Initial se rebeller avec un sentiment bien à lui: la plus grande menace de l'humanité, c'est l'humanité elle-même.

Jean et Scott se marient, au grand désespoir de Wolverine. Alors qu'ils partent en voyage de noces, un soulèvement anti-mutant s'organise et Morph fait son retour. Torturé et obsédé par la vengeance, il oeuvre dans l'ombre et sème la zizanie chez les X-Men pour le compte d'un malfaisant et mystérieux personnage.

Mister Sinistre a monté un complot pour diviser les X-Men en utilisant Morph, mais son but véritable est de capturer Scott et Jean. Il envoit son équipe combattre les deux tourtereaux afin de pouvoir récupérer leur ADN. Mais Morph a de plus en plus de scrupules à s'en prendre à ses anciens amis.

Tornade s'est remise de ses blessures mais part sur le champ en Afrique avec Rogue pour combattre un vieil ennemi : Le Roi des Ombres. Ce dernier a pris possession du corps d'une personne proche d'Ororo et compte s'en servir comme appât.

En Terre Sauvage, Xavier et Magneto luttent pour leur survie sans leurs pouvoirs. Pendant ce temps, un coup d'état a eu lieu en ex-URSS et les généraux renégats ont libéré Omega Red de sa prison de glace pour servir leur dessein. Colossus se rend à l'Institut pour demander l'aide des X-Men.

Serval est combattu et capturé par son ancienne unité Canadienne : le Commando Alfa. Le Général responsable de la division veut à tout prix réaliser une série d'expériences sur Logan pour découvrir le secret de sa résistance aux processus d'implantation à l'adamantium.

Alors qu'il supervise l'entrainement des X-Men, Gambit reçoit un coup de téléphone d'un ami lui disant que son frère et la ligue des Voleurs sont en danger. Désemparé, Rémy manque de provoquer un accident et se rend immédiatement en Louisiane pour s'opposer à la lutte fratricide entre son ancien clan et la ligue des Assassins

Alors qu'il croyait son futur sauvé, Bishop doit faire face à un nouvel avenir chaotique : les mutant ont été décimés par un maladie nano-technologique et le seul espoir réside une nouvel fois dans un retour dans le passé. Bishop revient dans le présent et espère détruire la source du virus avec l'aide des X-Men.

Cable et la Résistance combattent Apocalypse et ses troupes dans un futur lointain lorsque qu'une distorsion du temps se met en place et fait disparaître ses compagnons et sa réalité. Désespéré, il fait un saut dans le temps et poursuit Bishop dans le présent pour le neutraliser sans le tuer et l'empêcher de détruire le virus mais aussi l'avenir.

Mystique veux à tout prix reconquérir sa fille adoptive et la manipule pour parvenir à ses fins. Dans un désordre psychologique total, Malicia doit faire face à l'esprit de Miss Marvel /Carol Denver, dont elle a non seulement absorbé le pouvoir de force surhumaine et de vol mais aussi la conscience.

Le Professeur Xavier et Magneto essayent tant bien que mal et sans leurs pouvoirs de regagner leur appareil et de s'évader de la Terre Sauvage. Malgré leurs efforts, ils sont rattrapés et capturés par les mutants de Sauron. Alors que tout semble perdu, les deux leaders mutants sont délivrés par un homme du nom de Ka-Zar et son tigre Zabu.

Les X-Men privés de leurs capacités sont battus par les sbires de Sinistre et ses mutants de la Terre. Seul et blessé, Serval réussi à s'échapper. En fuyant ses adversaires, Logan rencontre Ka-Zar et les deux hommes vont allier leurs efforts pour libérer leurs amis respectifs.

Suite à un contentieux, les Morlocks sont attaqués et neutralisés par lady Deathstrike et les Reavers. Rapidement, Yuriko et ses mercenaires-Cyborgs tombent sur la découverte des Paria mutant : un vaisseau spatial caché sous les égouts. Et la seule façon de l'ouvrir est d'avoir une arme en adamantium.

La créature d'énergie est libérée par Serval et s'avère très coriace. Elle parvient à neutraliser les Reavers, Jubilée puis les Morlocks en absorbant leur énergie vitale. Serval tente tant bien que mal de combattre la chose. Pendant ce temps, le professeur Xavier rassemble les X-Men et espère trouver une solution dans le vaisseau-prison.

Le professeur X est troublé dans son sommeil par une liaison psychique venant de l'espace. Xavier décide d'envoyer les X-Men remplacer un équipage de la NASA en partance pour une station orbitale. Sur place, Cyclope, Jean Grey, Serval, le Fauve et Gambit doivent faire face à un adversaire qui se surnomme Eric le Rouge.

La navette des X-Men amerrie dans le port de Manhattan et Jean Grey s'élève un cours instant au dessus des eaux au milieu des flammes avant de perdre connaissance. Alors que Scott reste avec Jean à l'hôpital, le professeur est habité et enbrumé par un esprit second. Possédé, il se met à attaquer psychiquement les autres membre de l'équipe un à un.

Sur l'île de Muir, Lilandra et Xavier sont à peine face à face que le Fléau et Black Tom Cassidy kidnappent la princesse Shi'ar. Le professeur fait venir les X-Men pour délivrer la belle extraterrestre avec l'aide du Hurleur.

Après avoir vaincu Gladiator, Jean Grey/Phoenix transporte les X-Men et Lilandra dans le vaisseau Shi'ar de la princesse qui contient le cristal M'Kraan. Le Phoenix a à peine le temps de récupérer son énergie que leur vaisseau est attaqué par les Starjammers. Ces pirates de l'espace sont menés par un humain surnommé Corsaire, de son vrai nom Christopher Summers.

L'empereur D'Ken fusionne avec le cristal M'Kraan. Le Phoenix, les X-Men, les Starjammers et la Garde Impériale Shi'ar doivent s'allier pour vaincre l'entité surpuissante et improbable née de la fusion entre l'ex-empereur Shi'ar et la pierre maléfique. Sur Terre, les autres héros tentent de sauver un maximum de vies du climat et des éléments déchainés.

Sauron doit absorber l’énergie de mutants pour vivre. Zaladane, une prêtresse du dieu Garokk, dit à Sauron de quitter la terre sauvage et d’absorber la vie de mutants dans le monde.

Les X-Men affrontent les éléments déchaînés par Tornade aux ordres de Zaladane. Les éléments renforcent le dieu Garokk qui revient à la vie. Tornade redevient elle-même. Garrok était très fort, mais il fut mis dans une prison de pierre durant des années. Quand les X-Men sont venus, ils ont dégagé de l’énergie pour le libérer peu à peu. C’est Garokk qui avait manipulé Sauron pour qu’il pousse Xavier à amener les X-Men sur l’île. Garokk devient plus fort, mais Sauron le jalouse et l’affronte. Garokk repart dans sa prison. Sauron redevient Lykos.

Warren Worthington, l'Archange, cherche le moyen de combattre et détruire Apocalypse. Sa vendetta personnelle le dévore au point qu'il se mette en danger lui et les personnes aux alentours. Après une énième défaite, Warren est recueilli par les X-Men et le Fauve pense connaître la solution : le propre vaisseau d'Apocalypse.

Xavier et Moira soignent Jean Grey qui revient vivre avec ses amis (On ne sait pas quand elle est revenue). Donald Pierce drague Dazzler pour le Club des Damnés, elle refuse. Au Club, Emma Frost propose de recruter Jean Grey. Elle connaît son histoire car elle a piraté les informations de Xavier. Wyngarde manipule l’esprit de Jean pour qu’elle rejoigne son groupe et oublie les X-Men.

Jean Grey est revenu sur Terre et subit une batterie de test sur l'île de Muir. Pendant ce temps, alors qu'il sort avec Gambit, Scott sauve une mutante du nom de Dazzler, 'un homme doté d'implant et de bras cybernique. Il s'avère que l'homme fait parti d'un club très fermé avec des membres très spéciaux.

Scott dit au Phénix qu’il aime Jean, cette dernière reprend brièvement le contrôle pour lui dire qu’elle l’aime aussi. Elle déploie ses pouvoirs, Uatu, Thor et Strange sentent sa force.

Xavier propose un combat : les X-Men contre la garde impériale. Pendant le combat, Jean redevient le Phénix. Jean demande à Scott de la tuer, il refuse. Lilandra tue Jean. Le Phénix propose aux X-Men de ressusciter Jean en échange d’un peu de la vie de chacun, ils acceptent. Jean revient à la vie. Durant cet épisode, on voit plusieurs puissances de l’univers, comme l’Intelligence Suprême (Empire Kree), Impératrice R’Klll (Empire Skrull).

Iceman a attaqué une propriété fédérale. Iceman était un des premiers X-Men qui a quitté le groupe (avant l’arrivée de Wolverine). Scott ne l’aime pas. Bobby a été le deuxième X-Man à intégrer le groupe à 16 ans. En mission, Lorna, la fille qu’il aimait, a été blessée alors il a quitté le groupe avec elle.

Le vaisseau des Starjammers est poursuivi et abattu par un officiel Shi'ar. Corsaire se réfugie auprès de Cyclope et de Tornade à l'Institut Xavier et lui apprend qu'il est son père et cela provoque le courroux de Scott. Le chef des Starjammers raconte son histoire et essaye de regagner la confiance de son fils en colère

Un petit archéologue sans envergure perce les secrets de la pierre de Cytorak et s'empare des pouvoir du Fléau. Privé de ses pouvoirs, Cain Marko se retrouve entre la vie et la mort et Charles Xavier envoie Cyclope et Serval récupérer la pierre magique et compte bien sauver son demi-frère, malgré les protestations de ses disciples.

Durant leurs vacances en Allemagne, Wolverine, Gambit et Malicia enquêtent dans un monastère sur une créature dont les gens ont peur. La créature est le mutant Diablo qui vit au monastère. Il fut abandonné à la naissance.

11 mai 1959. Une scène montre Bishop et Wolverine affrontent Nimrod; Xavier marche et sort pendant le combat. En 2055, Forge envoie Bishop et Shard dans le temps. Dans le présent, Xavier, Wolverine et Tornade sont dans le jardin, quand un événement fait disparaître Xavier et place Wolverine et Tornade dans une époque alternative (leurs mémoires passées sont effacées).

Xavier est mort. Les 4 mutants repartent en 2055 dans le futur de Bishop, pour pouvoir repartir en 1959 avant la mort de Xavier, mais leur futur a changé. Dans ce monde, Forge sert le Master Mold (la Sentinelle qui fabrique des Sentinelles). Master Mold se débarrasse de Fitzroy. Shard et Forge sont tués par Nimrod.

Moira soigne Morphe qui rejoint les X-Men. Une Sentinelle vole du matériel scientifique très avancé qui pourrait être utilisé contre les mutants. Les Sentinelles n’agissent plus pour le gouvernement mais pour le Master Mold. Les Sentinelles enlèvent Xavier, Gyrich et Trask pour qu’ils améliorent le Master Mold. Morphe détruit le Master Mold, et quitte les X-Men.

Moira aide Kévin à contrôler ses pouvoirs de mutants (il peut modifier l’aspect des gens et des objets, et infiltrer des corps). Mais Kévin refuse d’être aidé. Xavier repense à l’époque où il vivait avec Moira. Ils devaient se marier, mais Xavier part à la guerre, devient handicapé. Moira épouse Joe, puis ils divorcent. Moira a gardé son nom de mariage.

Joe ne veut pas que les gens sachent qu’il a un fils mutant. Kévin attaque son père. Kévin et Joe se réconcilient.

Magnéto attaque le siège de l’ONU, et annonce qu’il a fondé une station spatiale pour les mutants, l’astéroïde M. Magnéto va libérer les mutants de Génosha. Des mutants du monde entier rejoignent Magnéto, dont Amélia Voght, une ancienne compagne de Xavier. Fauve dit à Gambit que Xavier a perdu ses jambes durant un combat contre Magnéto, mais dans l’épisode précédent l’accent est mis sur la guerre.

Cortez veut que les États libèrent les mutants prisonniers sinon il bombarde la Terre. Amélia peut changer son corps en fumée. Amélia change d’avis sur Cortez car il va trop loin. Amélia découvre la vérité sur Cortez. Magnéto retombe sur Terre. Amélia dévoile la vérité à tout le monde. Les X-Men découvrent que Magnéto est vivant. L’Astéroïde M est détruit. Les mutants reviennent sur Terre. Cortez est sauvé par Apocalypse et Deathbird, la sœur de Lilandra.

En 3999 au Caire, des mutants dirigés par Cable attaquent la chambre régénératrice d’Apocalypse. Mais le tyran est là, et Apocalypse vole la machine temporelle de Cable. Pendant 5000 ans Apocalypse a été un tyran. Après l’épisode de 1959, Bishop repart en 2055, mais le voyage a un problème et Bishop reste coincé dans les couloirs du temps, et rencontre Bender, qui est là depuis 10000 ans.

Apocalypse enlève Oracle, une femme au service de Lilandra. Deathbird trahit Lilandra pour prendre le trône impérial. Xavier déduit que Apocalypse enlève des personnes avec de grands pouvoirs psychiques. Psylocke cambriole le château de Waren qui se met à sa poursuite.

Cable part dans le passé pour détruire la chambre de régénération d’Apocalypse. Mais le voyage échoue et Cable se retrouve à l’école des X-Men. Cable dit qu’en 3999 il a détruit la chambre de régénération d’Apocalypse, où il va tous les 100 ans. Tornade a grandi en Égypte où ses parents sont morts. Les X-Men vont en Égypte pour détruire la chambre de stase, et sont attaqués par les 4 cavaliers de l’Apocalypse. Apocalypse et Mystique ont piégé les mutants.

Les X-Men ont été envoyés en -1200. Apocalypse veut utiliser les mutants psys (dont Rachel Summers) pour contrôler le temps et créer un nouvel univers. Magnéto, Mystique trahissent Apocalypse car il va trop loin.

Logan est tiraillé entre son passé tumultueux et sa place au sein des X-Men. Il décide de partir une fois de plus afin de retrouver la paix intérieure avec pour destination le Japon. Là bas, Serval est rapidement rattrapé par ses problèmes : un gang de loubars mené par le Samouraï d'argent terrorise les habitants et le monastère ou le X-Man a pris pension.

Alors que Logan est en plein isolement dans les montagnes Rocheuses, il est témoin de l'attérissage d'un vaisseau spatial vivant, un Acantis. Serval est attaqué par ses occupants : des extraterrestres belliqueux, les Broods. A l'Institut, Malicia est une fois de plus en mal d'amour, jusqu'a ce qu'elle reçoive un appel.

Scott va rencontrer à Skull Mesa le docteur Taylor Prescott qui a aidé la cause mutante, pour lui donner un cadeau. Il découvre que Solarr, un mutant a enlevé Prescott pour s’accaparer l’or de la mine. Les mutants se soulèvent contre Solarr.

Le professeur Xavier est malmené dans son sommeil et son double astral est tiraillé entre ses souvenirs et un adversaire inconnu. Son " cauchemar " le met en danger physiquement mais l'écho psychique se révèle être rapidement un vieil ennemi : le Roi des Ombres.

La Sorcière Rouge et Vif argent sont au chevet de leur père mourant. Dans ses derniers souffles, l'homme leur avoue qu'une créature mi-humaine mi-bête les a recueillis lorsqu'ils étaient bébés et que leur destin est profondément lié à celui de Magneto. L'enquête des jumeaux Maximoff les mène dans un pays lointain à la rencontre du Maître de l'Evolution.

Dents de Sabre fait une fois de plus parler de lui en attaquant les humains. Le Fauve et jubilée le neutralise et le ramène à l'Institut. Mais il s'avère que derrière l'apparence du mutant bestial se cache une entité techno-organique qui prend rapidement contrôle de l'institut et neutralise tout les X-Men à l'exception du Fauve. Dans sa fuite, ce dernier fait la connaissance de Warlock lui aussi poursuivi par l'agresseur appelé Phalanx.

Le Fauve, Forge et Sinistre cherchent un moyen pour combattre et détruire le Phalanx et leur quête les amène jusqu'à l'île de Muir. Après avoir trouvé un virus ayant un effet dévastateur, ils sont attaqués à nouveau et l'île de Muir est assimilée. Ils s'enfuient vers l'Arctique et espèrent rallier Magneto pour le combat de la dernière chance.

Les Force Armée US récupèrent Omega Red et lui proposent un marché : il doit neutraliser un sous-marin nucléaire russe transportant des têtes nucléaires et en échange, il pourra redevenir un humain normal. Le soviétique accepte le marché à une seule condition : être secondé par Serval et Tornade, les responsables directs de son emprisonnement dans la glace.

Scott décide de quitter les X-Men et part de l'Institut. Il se rend à son ancien orphelinat où il est accueilli à bras ouvert. Mais encore une fois, des problèmes le rattrapent et le X-Man ne reste pas endormi très longtemps.

Jubilée apprend à conduire avec Logan sans grand succès. Un mystérieux jeune homme blond à la chance insolente leur tombe dessus, poursuivi par Spirale et Gog. Ils sont vaincus par Jubilée, Serval et Longshot et contraints à fuir et à présenter leur échec à Mojo.

Graydon Creed est traduit devant ses pairs des Amis de l'Humanité qui le mettent face à son passé. Pendant ce temps, Kurt Wagner va demander de l'aide et des conseils aux X-Men pour trouver sa mère. Alors que Jubilée et Serval doivent rapidement combattre des fanatiques anti-mutants, Rogue et Diablo se retrouvent en face d'une connaissance familière.

Les éléments se déchaînent et deviennent incontrôlables. Tornade semble très perturbée et perd le contrôle. Elle est sauvée par un beau jeune homme du nom d'Arkon qui l'emmène avec lui sur sa planète, Polémachus. Mais les X-Men n'abandonnent pas un des leurs et partent à la poursuite du " ravisseur ".

Tornade vient à bout des éléments et des tempêtes sur Polémachus. Elle tombe amoureuse de son ravisseur et leur mariage est organisé en grande pompe. Toutefois les autres X-Men constatent des dysfonctionnement chez leurs hôtes et ils finissent par voir l'envers du décor.

Jubilé s’occupe d’adolescents. Épisode type transposition des héros dans une autre réalité le temps d’un conte.

Cortez sert Apocalypse (coincé dans un autre plan astral). Cortez veut enlever Jubilé pour qu’Apocalypse s’incarne en elle. Finalement Apocalypse prendra le corps de Cortez.

En voyage à Paris, Logan est rattrapé par ses souvenirs. En 1944, alors qu'il faisait parti des Forces Spéciales, il reçoit la délicate mission d'arracher un scientifique français des nazis. Pour ce sauvetage, on lui octroie un allié de choix : Capitaine America.

L'incroyable histoire d'un scientifique du siècle dernier nommé Nathaniel Essex. Ce célèbre et talentueux scientifique anglais est l'un des premiers à avoir travaillé sur la mutation et le gène X. Mais rapidement, son esprit est corrompu par son travail et il devient un sinistre personnage.

Le jeune Samuel Guthrie sauve de la mort son père et un autre mineur grâce à son pouvoir mutant et devient un héros local. Rapidement, une branche spéciale du gouvernement le contacte afin qu'il rejoigne l'armée et manipule la population pour provoquer son départ.

Le professeur Xavier est victime d'un attentat lors d'une conférence pour la paix entre humains et mutants. Alors que Xavier se bat entre la vie et la mort, les mutants du monde entier prennent les armes derrière Magneto. Seuls les X-Men se dressent pour empêcher le désastre d'un affrontement final entre humains et mutants.