Illya, Miyu et Kuro profitent des vacances d’été quand deux inconnues surgissent face à elles et kidnappent Miyu, malgré les efforts combinés des trois filles plus Rin, Luvia et Bazett.

Béatrice Flowerchild tente d’envoyer Illya et Tanaka six pieds sous terre, mais elle est arrêtée au dernier moment par un mystérieux coup de fil. Alors qu’elles errent dans la ville, les deux jeunes filles rencontrent un étrange cuisinier et retrouvent une vieille connaissance…

Illya, Gil et Tanaka sont surpris par Angelica. S’ensuit un combat entre Gil et son alter ego féminin, tandis qu’un autre duel va opposer Illya à Béatrice, loin de se douter de la véritable force de ses opposantes.

Illya retrouve Kuro et Bazett. Elles discutent de la possibilité de retrouver leurs compagnons, comme Sapphire, dans ce monde hostile. Kuro semble décidée à mettre du plomb dans la cervelle d’Illya.

Illya fait la connaissance d’Erika, une jeune demoiselle qui vient jouer dans l’école abandonnée qu’elle a investie. Tanaka se conduit étrangement à l’égard de la jeune fille, ce qui laisse tout le monde perplexe. Qui est-elle vraiment ?

Erika est en fait la fille de Darius Ainsworth, qui souhaite parler en tête à tête à Illya. Il invoque pour ce faire un dôme de glace qui semble impénétrable et prive petit à petit la jeune fille d’oxygène…

Illya a disparu. Kuro, paniquée, demande à Gil ce qu’il en pense. Selon lui, elle aurait été enlevée par quelqu’un d’autre que Darius Ainsworth…

Illya se bat contre les corps de Rin et Luvia, dont l’âme a aussi été placée dans des peluches. Gil en profite pour apprendre plus de choses sur Ainsworth à Kuro et Bazett. Serait-il moins maléfique qu’il n’y paraît ?

Illya affronte toujours Angelica, qui lui explique la réalité derrière la lutte pour Miyu. Le monde se meurt, et Illya est confrontée à un dilemme cornélien : sauver Miyu ou la planète ?

Illya fait un choix qui lui ressemble bien. Elle ne tranchera pas entre Miyu et le monde, mais sauvera les deux ! La priorité est d’abord Miyu, mais fort heureusement, elle et Kuro ont encore plusieurs atours à jouer pour sortir leur amie de cette situation périlleuse. Il est l’heure pour elles d’affronter Darius Ainsworth.

Le frère de Miyu sort enfin de la prison où Ainsworth l’avait jeté. S’ensuit un combat de titans entre cet homme, aidé de Kuro, et Angelica.

Illya a pris la relève de Shirô et affronte les Esprits héroïques de boue de Julian Ainsworth. Alors qu’ils se préparent à lancer leurs artefacts, elle joue son va-tout : Excalibur, l’épée sacrée.