Koyomi Araragi, un jeune lycéen japonais, découvre un secret troublant lorsqu'il aide sa camarade de classe Hitagi Senjougahara. Un secret qu'il ne doit jamais révéler.

Koyomi emmène Hitagi voir Meme Oshino, expert en bizarreries surnaturelles. Meme leur donne des conseils pour exorciser les apparitions.

Mal à l'aise après une dispute avec sa sœur le jour de la fête des Mères, Koyomi quitte la maison. Hitagi tombe sur lui dans le parc et lui fait une proposition.

Au parc, Koyomi et Hitagi rencontrent une fille appelée Mayoi Hachikuji. Elle semble égarée. Ils essaient donc de l'aider à retrouver le chemin de sa maison.

C'est à cause d'une apparition que Mayoi ne peut pas rejoindre la maison de sa mère. Sur les conseils de Meme, Hitagi avoue la surprenante vérité à Koyomi.

Suruga Kanbaru, une fille plus jeune et très populaire au lycée, suit Koyomi partout où il va. Ses motifs demeurent un mystère.

Suruga aime bien Hitagi avec qui elle a joué au basket à l'école autrefois. Mais bizarrement, ses émotions attirent le surnaturel.

Koyomi rend visite à Meme pour découvrir comment se débarrasser de l'apparition qui hante Suruga. Meme commence le récit d'une terrible vérité.

Koyomi est envoyé par Meme jusqu'à un temple isolé. Il y découvre un serpent sans vie, découpé en cinq.

Koyomi puise dans les pouvoirs de Meme pour libérer Nadeko Sengoku, une fille mystérieuse qu'il a rencontrée au temple, de la malédiction du serpent.

Nadeko vient remercier Koyomi. Ils se trouvent tous deux un intérêt commun. Tsubasa Hanekawa est de passage. Elle se plaint soudain de violents maux de tête.

Koyomi est aux anges lorsque Hitagi annonce qu'ils vont avoir un rendez-vous. Mais le jour J, il se rend compte qu'elle n'est pas venue seule.

Environ un mois après fait la connaissance de cinq filles possédées, Koyomi se réveille enchaîné dans une salle de classe abandonnée.

En tenant compagnie à Nadeko, Koyomi découvre que Karen et Tsukihi recherchent le responsable de l'étrange attitude qui gagne leurs pairs.

Après avoir nettoyé la chambre de Suruga, Koyomi croise le chemin d'un homme mystérieux qui se fait appeler Kaiki.

Alors que Karen souffre d'une forte fièvre, Koyomi fait une rencontre surprenante après avoir écouté les explications de Tsubasa.

Tsukihi révèle de nouvelles informations à Koyomi, tandis que Karen se retrouve infectée par le venin d'une étrange abeille après avoir affronté seule Kaiki.

Koyomi vient en aide à Karen, affaiblie par le venin d'une mystérieuse abeille. En partant, et après avoir laissé un mot à ses sœurs, il tombe nez à nez avec Mayoi.

Alors que Koyomi tente d'empêcher Karen de revoir Kaiki, cette dernière lui lance un défi pour déterminer qui des deux a raison.

Karen demande de l'aide à Koyomi après avoir déboulé dans sa chambre en jupe, sans son traditionnel jogging.

Alors que Koyomi et Karen tentent de se rendre chez Suruga, une femme dénommée Yozuru se met en travers de leur chemin.

Shinobu réussit à convaincre Koyomi de l'accompagner à la pâtisserie quand ce dernier remarque un étrange phénomène sur le corps de Tsukihi.

Après avoir découvert la vérité sur les origines de Tsukihi, Koyomi tente de protéger sa sœur contre Yozuru et Yotsugi avec l'aide de Shinobu.

C'est le début du second semestre et, sur le chemin de l'école, Tsubasa rencontre Mayoi. Elle lui dit revenir de chez Koyomi, où elle a oublié son sac mais ne pouvait pas le récupérer puisqu'il n'était pas chez lui. Plus tard, Tsubasa voit un énorme tigre blanc qui passe à côté d'elle, elle décide d'en parler à Hitagi une fois arrivée à l'école. Elle lui conseille d'en parler à Koyomi, qui est sans doute le plus apte à les aider. C'est alors que toutes deux remarquent de la fumée au loin, il s'agit de la maison de Tsubasa qui a pris feu...

Puisque ses parents n'ont toujours pas d'endroit où vivre, Tsubasa reste chez Hitagi. Cependant, les récents évènements ont eu un tel impact sur Tsubasa que le Chat Nuisible la possède à nouveau. D'après lui, celui qui a causé l'incendie serait le tigre blanc, qu'il décide de confronter.

Hitagi démontre à Tsubasa que malgré leur ressemblance sur leur volonté d'aider, elle est différente de Koyomi en tout point, notamment sur le fait qu'elle est naïve au point de penser que personne ne peut l'approcher avec de mauvaises intentions. Le jour même, Suruga reçoit un message de Koyomi lui demandant de la voir le soir même, dans une école abandonnée. Plus tard, Tsubasa redevient possédée par le Chat, qui se retrouve face à face à Shinobu.

Tsubasa Hanekawa a été invitée par Hitagi à séjourner chez Koyomi. Après y avoir passé la nuit, elle comprend qu'elle était à nouveau possédée. Elle va essayer de confronter le tigre d'elle même car elle seule est capable régler ses problèmes, d'après Gaen et Episode.

Tsubasa écrit une lettre à son autre personnalité : Black Hanekawa. Elle découvre ensuite la véritable identité du "Tigre Tyran".

Le 20 Août, Koyomi Araragi part de chez lui afin de rendre à Mayoi Hachikuji quelque chose qu'elle a oublié, il heurte la jeune shikigami Yotsugi Ononoki. Il finit par lui acheter une sucette mais ne retrouve toujours pas Mayoi. Une fois rentré, il se rend compte qu'il a oublié de faire ses devoirs dus au lendemain, le jour d'ouverture du trimestre.

En réalisant avoir voyagé dans le temps un jour avant la mort de Mayoi, Koyomi décide de la sauver en empêchant qu'elle devienne un fantôme. En cherchant leur chemin, Shinobu et Araragi rencontrent une Tsubasa âgée de six ans qui, le suspectant, les pointe à la police lorsqu'ils apprennent où réside Mayoi.

En retournant au présent, Koyomi et Shinobu retrouvent une ville déserte, ils comprennent vite qu'il s'agit d'une conséquence directe du sauvetage de Mayoi dans le passé. En regardant la date du journal le plus récent, ils arrivent à la conclusion que quelque chose de grave est arrivé lors des évènements de "Tsubasa Cat", ils retournent donc au sanctuaire pour trouver un moyen de revenir dans le passé.

Une femme semble chasser les morts-vivants en leur jetant du riz. Admiratif et content, Koyomi apprend qu'il s'agit ni plus ni moins d'une Mayoi qui a pu grandir. Il prétend ne pas la connaître et se présentent à leur tour. Mayoi reconnaît son nom et lui donne une lettre venant de l'homme lui ayant appris la technique du riz. L'homme n'était autre que Oshino, qui a compris ce qu'a fait Koyomi. En lisant la lettre, Koyomi et Shinobu apprennent qu'en voyageant dans le temps, ils ont voyagé dans une chronologie totalement différente.

Complètement transformée en singularité, Nadeko confronte Shinobu ainsi que Koyomi qui l'attaque avec l'intention de la tuer, jalouse de leur relation, elle poignarde le cœur de Koyomi.

Après avoir menti à Koyomi en lui disant qu'elle imaginait juste des choses, Nadeko décide d'aider Kuchinawa à retrouver son corps perdu, il est d'accord qu'elle aille à l'école comme d'habitude en recherchant son corps durant la nuit. Plus tard dans la nuit, elle est retrouvée par Koyomi qui la ramène chez lui, les parents de Nadeko ne la retrouvaient pas, ils ont alors appelé Tsukihi, qui a menti en disant qu'elle dormait bien chez les Araragi.

Nadeko se réveille en compagnie de Tsukihi, qui s'est incrustée dans le lit de son frère afin de dormir avec elle. À cette occasion, Nadeko se confesse en lui disant qu'elle a toujours été amoureuse de Koyomi mais elle réalise que ses sentiments ne sont qu'un prétexte pour rejeter les garçons lui demandant de sortir avec. Tsukihi lui coupe alors sa frange, lui affirmant qu'elle lui fait une faveur.

Malgré les avertissements que Koyomi lui a fait, Nadeko avale le talisman et ressuscite Kuchinawa après que Shinobu l'ait réprimandée d'avoir joué la victime encore une fois. L'histoire prend un autre tournant lorsque Nadeko confronte Koyomi et Shinobu au temple abandonné, il est alors révélé qu'elle les a tous deux battus.

Après être revenu de son voyage dans le temps, Koyomi rentre chez lui et rencontre Mayoi qui retourne enfin son sac. Ils croisent soudainement un être mystérieux qui commence à les pourchasser.

Shinobu révèle que durant sa première visite du Japon il y a 400 ans, elle a sauvé le peuple local d'une sévère sécheresse par accident, elle fut ainsi vénérée comme une déesse par celui-ci. Elle a donc passé ses prochaines années à vivre telle une déesse au Japon jusqu'à ce que tous les villageois disparaissent mystérieusement, jusqu'à ce qu'il ne reste que Shinobu et un chasseur de démons qu'elle s'est faite comme ami.

Après que Shinobu a raconté son histoire à Koyomi, ils se rendent compte que Yotsugi écoutait toute leur conversation et, après que Mayoi se réveille, ils commencent à discuter de comment s'occuper d'un être sombre avant qu'il n'apparaisse devant eux. Koyomi, Mayoi et Yotsugi réussissent à s'échapper de nouveau, mais Koyomi est inconscient après avoir subi le choc du saut que Yotsugi.

En échange de son aide, Gaen demande trois requêtes à Koyomi, toutes connectées à Suruga Kanbaru, anciennement connue sous le nom de Suruga Gaen. Izuko révèle être sa tante mais ne veut pas être présentée comme telle auprès d'elle afin de ne pas bouleverser ses sentiments. Quand Koyomi accepte, elle démontre les véritables motivations des ténèbres, une manifestation d'un ordre naturel, des moyens de détruire les singularités qui ne se comportent pas comme elles le devraient, dans ce cas précis, il ne s'agit pas de Shinobu, mais de Mayoi.

Au Nouvel An, Kaiki reçoit un appel d'Hitagi lui demandant ses services. Après lui avoir affirmé être à Okinawa dans le but de la secouer, Hitagi lui dit prendre un vol pour l'y rejoindre, le forçant à faire de même afin d'éviter à son mensonge d'être révélé, évitant ainsi de se faire tuer par Hitagi.

À la grande surprise d'Hitagi, Kaiki décide de l'aider pour la modique somme de 100 000 yens. Ils quittent tous deux Okinawa par vols séparés afin de ne pas éveiller les soupçons. Se présentant comme le père d'une des camarades de classe de Nadeko, Kaiki s'infiltre chez cette dernière afin d'y trouver des indices.

De retour du sanctuaire du serpent, Kaiki demande à Hitagi de le revoir, ils finissent au restaurant de Mister Donut. Il affirme qu'il lui sera facile de tromper Nadeko dans son état actuel puisqu'elle ne peut douter de personne, elle est encore plus enfantine que dans son ancien état d'humaine, elle est donc incapable de déceler une mauvaise intention.

Kaiki retourne dans sa chambre d'hôtel et retrouve une enveloppe avec un message anonyme lui disant de se retirer. Après l'avoir déchirée et jetée aux toilettes, il contacte Hitagi pour lui raconter l'incident qu'il s'est passé entre Gaen et Yotsugi.

Kaiki apprend de Tsubasa que des étranges phénomènes se passent en ville et ce, avant même que Shinobu n'arrive. À cause de cela, Gaen prévoyait de la faire devenir la nouvelle déesse du Sanctuaire.

Kaiki se rend compte qu'il n'a pas réussi à tromper Nadeko car elle ne lui a jamais fait confiance puisqu'elle a déjà été trompée par Ougi qui, en prenant le charme, est devenu un dieu.

Lors du mois d'octobre, au cours de troisième année au lycée, Koyomi Araragi est présenté à une nouvelle étudiante transférée, du nom d'Ougi Oshino. Elle lui raconte qu'elle doit voir quelque chose avec lui. Cela révèle un conte qui met la lumière sur ce qui "constitue" Koyomi Araragi.

En conséquence de la veille, Araragi, sur le point de rentrer dans sa salle de classe, croise Hanekawa qui l'informe qu'un étudiant absent toute l'année est enfin revenu. L'histoire retourne davantage dans le passé et dévoile ce que fait Koyomi.

En redécouvrant la salle du second étage de la maison en ruine, Koyomi raconte à Ougi ce qui s'est passé ici, il y a cinq ans.

Hanekawa révèle ses inquiétudes au sujet d'Ougi pendant qu'elle se rend chez Oikura avec Araragi.

Araragi et Hanekawa se rendent chez Oikura et apprennent la douloureuse histoire entourant le passé de sa famille.

Ougi affirme avoir trouvé où se trouve la mère d'Oikura et, à sa manière, aide Koyomi et Hanekawa à résoudre le mystère.

Koyomi attend dans les ruines de la classe préparatoire pour demander à Suruga son aide, une demande qu'il espère être refusée.

Après un départ en vitesse de la classe préparatoire en ruine, Koyomi et Suruga se rendent vers le lieu de rendez-vous tout en rencontrant des difficultés sur le chemin.

Enfin arrivés au lieu du rendez-vous, Koyomi et Suruga retrouvent une personne inattendue les attendant. Avant que la réunion puisse commencer, ils doivent faire face à un ennemi inattendu.

Le groupe finit au Sanctuaire du Serpent où se trouve Izuko Gaen. Elle va leur raconter l'histoire de ce lieu et l'effet qu'a causé le premier sous-fifre de Shinobu.

Koyomi se retrouve face au premier sous-fifre de Shinobu, le premier tueur de singularité. Cependant, au lieu de commencer un combat face à Araragi, le samouraï lui fait une simple demande.

Alors que Koyomi se prépare pour son duel, il apprend la crise dans laquelle se trouve Hanekawa. Il doit donc décider dans quel combat il devrait participer.

Araragi Tsukihi, une humaine habitée par l'Oiseau mourant, est sous étroite surveillance de Yotsugi Ononoki, une poupée de taille réelle qui cache bien son jeu.

Sengoku Nadeko, jeune collégienne qui veut désespérément devenir mangaka, échange avec Ôgi et Yotsugi sur les différents moyens qui s'offrent à elle.

Les quatre shikigami créés par Sengoku Nadeko sont en fuite ! La principale concernée, avec l'aide de M. Ôgi, doit absolument les supprimer pour éviter toute catastrophe. En cherchant la Nadeko Sage, la vraie Nadeko fait une rencontre bien surprenante…

Senkogu Nadeko est parvenue à capturer Nadeko Glamour, et la voilà face à Nadeko Rage, qui possède une force surhumaine ! Comment faire face à ces Nadeko sans l'aide de Yotsugi ?

Nadeko et Yotsugi s'apprêtent à affronter Nadeko Sage et Nadeko Divine. Pour Yotsugi, il n'y a pas d'autre stratégie viable possible : Nadeko doit faire appel correctement à ses deux shikigami déjà capturés.

Nadeko se retrouve enfin nez à nez avec Nadeko Divine. Quelle stratégie va-t-elle adopter pour venir à bout de cette divinité qu'elle a elle-même créée ?

Suicide Master est une vampire dont le crédo est de ne manger que les êtres vivants qu'elle tue. Alors qu'elle se réveille affamée, son serviteur lui parle d'une princesse mystérieuse qui tuerait tous les habitants sur son passage…

La Sublime Princesse et Suicide Master continuent de s'apprivoiser l'une l'autre, tout en tentant de savoir comment éradiquer cette malédiction qui décime tout sur son passage. Suicide Master saura-t-elle mettre sa faim de côté ?

Araragi Koyomi est sollicité par Izuko pour un mystérieux phénomène qui frappent les joueuses du club de basket du lycée Naoestu. Portées disparues, elles sont retrouvées complètement momifiées…

Araragi Koyomi se lance à la recherche des basketteuses disparues, les autres retrouvées momifiées ayant laissé un indice sur leur agresseur.

Araragi Koyomi soupçonne Suicide Master d'être à l'origine des victimes momifiées du lycée Naoetsu. Mais en se rendant au temple où la vampire sanguinaire a été aperçue, il se rend vite compte qu'elle n'était probablement pas en état de commettre ces méfaits.

Araragi Koyomi et Gaen Izuko poursuivent leur enquête, et s'interrogent notamment sur la culpabilité de Suicide Master, pour le moment encore inconsciente. Et si le coupable se cachait parmi les lycéennes basketteuses ?

Araragi Koyomi et Gaen Izuko sont parvenus à réveiller Suicide Master, et vont enfin savoir si elle est bien la vampire sanguinaire derrière les vampirisations en série des basketteuses de Naoetsu. Le temps est enfin venu de recoller l'ensemble des pièces du puzzle.

Araragi Koyomi en a désormais la certitude : le coupable se cache parmi les membres du club de basket féminin. Et si Suicide Master savait depuis le début qui était l'origine des momifications en série ?