Yukito Kunisaki arrive en ville dans l'espoir de gagner de l'argent pour la nourriture avec son spectacle de marionnettes. Il rencontre Misuzu Kamio, une étrange fille vivant dans la ville. Misuzu parvient à attirer Yukito chez elle avec de la nourriture où, après une discussion, elle lui propose une résidence. Peu de temps après, Haruko Kamio, la mère adoptive de Misuzu, arrive à la maison. Haruko s'oppose d'abord au séjour de Yukito mais décide plus tard de lui permettre de rester dans le hangar.

Yukito explique à Misuzu la quête de la fille maudite avec des ailes qui était dans sa famille depuis des générations. Le lendemain, le spectacle de marionnettes de Yukito ne parvient qu'à attirer un chien nommé Potato, tout en effrayant les autres. Yukito est attrapée par Hijiri Kirishima alors qu'elle se produit devant sa clinique et propose à Yukito de faire des petits boulots.

Les environs de Yukito et Misuzu passent brièvement du sanctuaire à une terre cultivée à la suite de l'expérience de Kano. Après une confrontation avec Hijiri, Yukito et d'autres se rendent brièvement à la clinique. Yukito et Misuzu quittent la clinique pour rentrer chez eux. Sur leur chemin, Yukito se rend compte qu'il n'a pas été payé pour son travail à temps partiel et se faufile dans la clinique pour entendre l'autre personnalité de Kano.

Kano étrangle Yukito dans son état de zombie près du sanctuaire assez fort pour laisser une marque avant de tomber inconscient. De retour à la clinique, Hijiri s'excuse pour le comportement de Kano et explique quand et comment les symptômes inhabituels de Kano ont commencé, avec une seule plume brillante au sanctuaire.

Yukito finit par passer la journée avec Minagi et Michiru pendant que Misuzu est à l'école. Yukito raccompagne Minagi chez elle après avoir été invitée à observer les étoiles sur le toit de l'école lorsqu'il apprend pour la première fois la maladie mentale de sa mère. Plus tard, Misuzu tente de jouer aux cartes avec Yukito, mais est submergé par une douleur extrême. Lorsque Yukito apprend l'état de Misuzu, il décide de quitter la maison.

Après que l'état mental de la mère de Minagi lui ait fait oublier qu'elle a une fille, Minagi quitte la maison et rejoint Yukito. Yukito dit à Minagi qu'il quitte la ville et veut qu'elle vienne avec lui, mais la ramène plutôt chez elle pour faire face à sa mère. Michiru est invité à manger chez Minagi. Michiru s'en va, ayant rempli son objectif.

Il y a un certain nombre de flashbacks que Yukito a de sa mère lui parlant de la fille avec des ailes, de la façon dont elle oubliera tout et mourra lorsqu'elle rêvera de son dernier rêve, et de la façon dont la personne proche d'elle mourra également. La mère adoptive de Misuzu part, laissant Yukito et Misuzu seuls. Misuzu raconte à Yukito son dernier rêve, et Yukito décide de rester à ses côtés, connaissant les conséquences. Yukito disparaît soudainement et après que Misuzu se soit réveillé en se sentant mieux, elle se demande où Yukito est allé ou s'il reviendra.

Cette histoire se déroule 1000 ans avant l'arc Dream. Kanna est une fille avec des ailes confinée dans un palais avec une amie, Uraha, et un garde du corps, Ryūya. Lorsque Kanna doit être envoyé dans un autre temple, les 3 s'échappent et partent en voyage pour retrouver la mère de Kanna. Pendant ce temps, le palais est attaqué et les 3 sont poursuivis. Ils trouvent enfin la mère de Kanna mais elle leur dit de partir.

La mère de Kanna prétend être « corrompue ». Ils s'échappent tous de la montagne mais leurs poursuivants parviennent à tuer la mère de Kanna. Avant de mourir, elle transmet l'ancienne prière à Kanna. Alors que les poursuivants se rapprochent, les 3 parlent de s'installer près de l'océan, mais Kanna sait que ce n'est qu'un rêve. Elle prend la fuite mais les moines la maudissent et elle se fait tuer par les soldats. Ryūya et Uraha découvrent la malédiction et la souffrance de Kanna et jurent d'y mettre fin en ayant un enfant qui brisera la malédiction.

Les événements de l'arc Dream sont racontés du point de vue d'un corbeau Misuzu trouvé et nommé Sora.

La malédiction de Misuzu devient de plus en plus sérieuse. Bientôt, elle a oublié qui est Haruko et commence à agir étrangement, jouant aux cartes toute seule et ne voulant pas sortir. Haruko est déprimé, mais s'efforce de restaurer les souvenirs perdus par Misuzu. Bientôt, cependant, le père biologique de Misuzu se présente et essaie de réclamer Misuzu à Haruko, décidant de laisser Misuzu décider avec qui elle veut vivre. Haruko, désespéré à cause de la perte de mémoire de Misuzu, le supplie de lui laisser Misuzu pendant 3 jours de plus, ce qu'il accepte.

Le festival d'été est enfin arrivé, mais malheureusement il pleut ce jour-là et donc le festival est annulé. Voulant faire tout ce qu'elle peut pour Misuzu, Haruko l'emmène au sanctuaire local. En tant que lien mère-fille, Haruko pourra-t-il finalement empêcher Misuzu de retourner à son autre moi dans le vaste ciel bleu ?