Optimus Prime et les Autobots enquêtent sur le retour des Decepticons, tout en étant obligés de travailler pour un groupe de jeunes humains qui, sans le savoir, sont impliqués dans ce conflit...

Quand un signal de vie faible provenant de Cliffjumper est reçu, les Autobots se déploient et sont accueillis par Megatron qui, de retour, a obtenu une substance mystérieuse et puissante, l'Energon obscur...

Bulkhead part sauver l'agent Fowler, qui s'est fait kidnapper par les Decepticons. Les choses se compliquent quand il remarque que Miko l'a suivi...

En utilisant l'Energon Noir, Megatron rassemble une armée de morts-vivants pour combattre Optimus, tandis que les autres Autobots lancent une mission de sauvetage sur le vaisseau Decepticon...

Megatron relie son pont spatial à Cybertron pour y acheminer de l'Energon noir, dans le but de ressusciter les morts cybertroniens. Pour faire avorter ce plan, les Autobots n'ont d'autre choix que de faire exploser le pont spatial, leur seul espoir de retourner un jour sur Cybertron...

Tandis qu'Optimus Prime et Bumblebee affrontent Skyquake, Starscream voit son autorité sans cesse remise en question...

Arcee et Optimus partent en expédition dans l'Arctique. Pendant leur absence, la base est envahie par des dévoreurs, de minuscules bestioles qui raffolent du métal. Jack, Miko et Raf vont devoir aider leurs amis Autobots à se débarrasser de ces insectes...

Bulkhead est impatient de recevoir la visite de son vieil ami Wheeljack, mais lorsqu'il arrive enfin, tout ne se passe pas comme prévu...

Les Autobots, en mode véhicule, assurent le transport du SGND, le système de génération nucléaire dynamique, mais se voient attaqués par la Mech, une organisation d'humains. Les Decepticons apparaissent aussi et se mesurent aux Autobots, qui n'ont d'autre choix que de faire tomber leur couverture, révélant ainsi leur identité à la Mech...

Miko et Bulkhead se rendent en Grèce pour retrouver un Moissonneur d'Energon. Malheureusement, les nouveaux Decepticons Knock Out et Breakdown s'y intéressent également...

Vince, un garçon qui est dans la même école que Jack, le défie à une course. Arcee, au début réticente, finit par accepter et ils remportent l'épreuve. Mais Jack ne se contente pas de cette seule victoire et, malgré lui, risque la vie de plusieurs personnes...

Arcee emmène Jack pour ce qui semble être une mission de routine, mais elle rencontre une vieille ennemie et doit affronter ses peurs les plus intimes...

Alors qu'il était en mission avec Ratchet, Optimus se fait contaminer par la peste. Ratchet n'a pas le bon remède pour guérir Optimus. Mais il connaît les coordonnées du vaisseau des Decepticons. Arcee et Bumblebee s'y rendent pour chercher le remède mais ne trouvent rien. Ils tombent sur un Megatron inconscient. S'ils veulent sauver Optimus, ils n'ont pas le choix, ils doivent pénétrer dans la tête de Megatron...

L'esprit de Megatron se trouve dans le corps de Bumblebee et il tente d'en prendre le contrôle pour retrouver son propre corps. Pendant ce temps, Optimus, Arcee et Bulkhead prennent la direction du Pôle Nord pour empêcher Starscream de faire fondre la calotte glacière..

A la suite d'un disfonctionnement du Pont Terrestre, les enfants se retrouvent coincés dans une autre dimension. Et ils se retrouvent en compagnie d'un Skyquake réanimé...

Breakdown se fait capturer par la Mech, qui a l'intention de récolter des données sur son fonctionnement. Contre toute attente, Bulkhead, son plus grand ennemi, le sauve...

Pour se venger de Jack et d'Arcee, Airachnid fait équipe avec la MECH pour enlever June Darby, la mère de Jack...

Arcee et Bulkhead voient leurs efforts pour arrêter une patrouille Decepticon contrariés par un appareil magnétique...

Miko, Bulkhead, Jack et Arcee se retrouvent dans une mine en même temps que Megatron et Starscream. La mine s'effondre...

Airachnid et Starscream font équipe pour retrouver une arme dans la carcasse d'un vaisseau Decepticon échoué sur Terre. Lorsque Starscream est fait prisonnier pas Optimus Prime, il demande à rejoindre les rangs des Autobots...

Le cerveau de Bulkhead est accidentellement colonisé par la formule secrète de l'Energon synthétique, et le malheureux Autobot se transforme en intellectuel, tandis que les Decepticons le pourchassent pour lui soutirer ses secrets...

Ratchet s'injecte une dose d'Energon synthétique. Il devient plus fort et plus rapide mais commence aussi à contredire Optimus et à le désobéir. Ce qui le mène presque à sa perte...

Persuadé qu'une ancienne prophétie est sur le point de se réaliser, Megatron part à la recherche du point où il pourra établir son Pont Spatial. Rafael est infecté par de l'Energon Noir pendant un combat...

De violents orages et tremblements de terre frappent la Terre. Ces phénomènes sont dûs au réveil d'Unicron. Les Autobots découvrent que si Unicron s'active, l'humanité tout entière risque de disparaître...

Les Autobots sont face à un dilemme : ils doivent détruire Unicron, le noyau de la Terre, sans mettre les humains en danger. Megatron leur fait une proposition risquée, mais peuvent-ils la refuser ?...

La Terre subit d'énormes raz de marée, des séismes et des bouleversements météorologiques. L'équipe d'Optimus, accompagnée de Megatron, tente d'atteindre le Spark d'Unicron afin de le détruire grâce à la Matrice de Commandement. Pendant ce temps, Ratchet raconte aux enfants l'histoire d'Orion Pax, qui devint plus tard Optimus Prime...

Mégatron manipule un Optimus désorienté (perdu sa mémoire suite à l'utilisation de la Matrice) pour qu'il rejoigne les Décepticons.

Jack trouve le moyen de rendre la mémoire à Optimus: Avec l'aide de la clé pour Vector Sigma sur Cybertron.

Optimus se rebelle contre Mégatron pendant que les Autobots tentent de récupérer leur chef via la mission sur Cybertron.

Bumblebee doute de sa place dans l'équipe Autobot après un échec.

Bumblebee découvre que MECH et Starscream sont responsables de ses malheurs et Ratchet affronte ses démons de son passé Cybertronien (Son échec d'avoir pu convenablement réparé les cordes vocales de Bumblebee après que Mégatron l'ait laissé quasi détruit.).

Wheeljack revient sur Terre à la recherche d'un Décepticon nommée Dreadwing. Optimus Prime commence à avoir des soupçons sur les réels motifs de Wheeljack de revenir sur Terre.

Arachnid et Starscream tentent de contrôler un guerrier Insecticon apparu sur Terre.

M.E.C.H. se crée un clone d'Optimus Prime, nommé Némésis Prime, et le télécommande pour qu'il ravage une base militaire. Naturellement, le vrai Optimus est blâmé pour cette destruction, et l'armée des États-Unis devient hostile. Les Autobots essayent alors de retrouver ce clone et ainsi prouver l'innocence d'Optimus.

L'agent Fowler a quelques explications à fournir sous la menace d'un tribunal militaire a propos de la dissolution de l'équipe d'Optimus Prime.

Bulkhead se retrouve piégé à bord du Nemesis alors que Mégatron est presque deux fois assassiné.

Lorsque le Nemesis menace l'humanité... Jack, Miko et Rafael sont les seuls qui peuvent y mettre fin.

Arcee et Bumblebee affronte Mégatron dans les sous-sols New-yorkais, alors que ce dernier cherche la 4ème relique de Iacon.

Optimus Prime se rend en Antarctique pour traquer quelques reliques des voûtes de Iacon, mais c'est là qu'il se retrouve pris entre des alliances changeantes.

Lors d'une chasse pour une relique, Ratchet et Wheeljack obtiennent une occasion unique en son genre quand le séide volant de Soundwave, Laserbeak, est désactivé.

Se déroulant en même temps que les épisodes "Tunnel Vision", "Triangulation" et "triage"... Bulkhead va sur une île volcanique de l'équateur afin de trouver la 4e et dernière relique de Iacon, pour seulement y découvrir qu'il s'agit d'un morceau de Tox-En , une forme d'Énergon hautement toxique. Alors qu'il tente de disposer de la Tox-En en la jetant dans un volcan, il est confronté à un groupe d'Insecticons dirigé par le féroce Hardshell.

Encore sous le choc du combat presque fatale pour Bulkhead contre Hardshell durant la chasse aux reliques, Wheeljack et Miko décide de prendre les choses en mains en traquant Hardshell pour venger Bulkhead.

Lorsqu'Arcee se retrouve en compagnie d'un vieil ami inattendu, ensembles ils découvrent un complot secret et élaboré que prépare les Décepticons afin de détruire à jamais les Autobots et revendiquer victoire.

Pendant que Starscream part à la recherche pour trouver de l'Énergon Rouge, un nouvel Autobot devient membre de l'équipe Prime. Tandis qu'Optimus Prime & Mégatron s'affronte à nouveau dans une bataille épique pour le contrôle de la Terre; les Autobots et les Décepticons trouvent quelques indices qui pourraient faire jouer dans la balance de cette la guerre et peut-être restaurer Cybertron.

Blessé fatalement, Silas est fusionné par M.E.C.H. avec le corps du Décepticon Breakdown. Maintenant un TF, Silas veut rejoindre les Décepticons et propose à Mégatron le "projet Damoclès", un satellite équipé d'un canon laser, capable de viser sur Terre. Pour contrer cette arme, les Autobots demande l'aide de Raf qui réussit à pirater le système et faire échouer l'attaque du satellite. Mégatron rappelle Silas à revenir au vaisseau et lui ordonne d'être disséquées par Knock Out

Les Autobots sont leurrés par les Décepticons de l'emplacement réelle d'une relique, l'épée "Star Saber". La relique est enfoncé dans une montagne et ne peut être enlevé que par un chef Autobot, un "Prime". Smokescreen et Jack en équipe, découvre l'emplacement et Ratchet informe les autres. Optimus Prime récupère alors l'épée et envois avec une puissante attaque au vaisseau Décepticon qui prend fuite. Retour à la base, Optimus Prime reçoit alors un message d'Alpha Trion via l'épée "Star Saber".

Mégatron essaie d'acquérir la puissance des Primes pour lui-même en déchiffrant les secrets des mystérieuses clés Oméga.

Mégatron essaie d'acquérir la puissance des Primes pour lui-même en déchiffrant les secrets des mystérieuses clés Oméga.

Smokescreen est capturé puis apprend en même temps l'emplacement de la clé d'Oméga et tente alors de récupérer toutes les autres clés volées.

Starscream propose une trêve à Mégatron mais Dreadwing menace de s'interposer sur son chemin.

La quête pour retrouver les clés d'Oméga amène les Autobots et les Décepticons à retourner sur Cybertron pour s'y battrent.

Mégatron met en marche les clés d'Oméga qui commence à faire revivre Cybertron en utilisant l'énergie vitalle de la Terre, qui la transformerait en planète morte, au point qu'Optimus est forcé de détruire les clés d'Oméga, condamnant Cybertron dans le processus. Mégatron lance une attaque de front sur les Autobots, parvenant à trouver leur base et les forces ainsi les Autobots à s'enfuir en solo, afin de mieux se cacher pour une future contre-attaque. Seul Optimus est pris sous les décombent de l'ancienne base Autobot une fois détruite par les Décepticons... est-ce la fin pour Optimus?

Optimus se bat pour survivre après la destruction de la base Autobot; les membres séparés de l'équipe Autobot "Prime" essaient de se reconnecter.

Les Autobots tentent de chercher des signes des autres Autobots, les Décepticons accueillent un nouveau dans leurs rangs; une victoire de Wheeljack pourrait conduire à une défaite des Autobots.

Un nouvel Autobot, Ultra Magnus, arrive au même moment que les Décepticons libérent leur chasseur ultime "Predaking".

Les Décepticons qui rispostent farouchement à l'assault contre la citadelle des Décepticons par l'équipe Prime (Autobots) dirigés par Ultra Magnus qui tentent le tout pour le tout pour une victoire anticipé avec l'aide d'un courageux Autobot: Le retour d'Optimus remis sur pied de ses blessures par le marteau de Solus.

Les Décepticons lancent un nouveau plan pour cloner une armée de bêtes.

Starscream est chargé par Megatron du dressage de la Bête. Ce n'est pas une mince affaire, mais c'est le meilleur moyen de contrer les Autobots qui viennent de découvrir et d'investir la mine d’extraction des ossements de Bêtes...

Un nouvel os de Predacon est découvert dans un musée. Mais Optimus n’est pas rentré avec son équipe. L'agent Fowler et June décident de récupérer seuls le précieux vestige. Mais ils tombent dans les bras de Knock Out...

Starscream découvre que Knock Out utilise Cylas comme cobaye pour ses expériences sur l'énergon synthétique. Il y voit une chance de surpasser Shockwave et son Predacon, en essayant de construire son propre super soldat...

Mégatron questionne les résultats du projet Prédacon.

Les Autobots interrogent un ennemi capturé, Soundwave, pour des informations concernant les plans de Mégatron; Mégatron relance un vieux projet.

Mégatron demande de l'aide à Ratchet; Optimus s'attaque au Prédacon.

Les Autobots tentent de sauver l'un des leur (Ratchet) en traquant le vaisseau "Némesis" des Décepticons.

Au moment où les Autobots sont enfin en mesure de prévoir un révitalisation de leur planète d'origine, ils doivent, aux côtés de leurs compatriotes humains, confrontés les vils Decepticons déterminés dans une bataille finale pour l'avenir ultime de la civilisation.