Croyant que le AllSpark a été détruit, Megatron prévoit de fuir une Cybertron mourante, mais au prix fort. Le plan d’Elita-1 pour libérer certains prisonniers ne se déroule pas comme prévu.

Les Transformers mercenaires engagés par le Quintesson renégat Theseus abordent l'Arche, dérivant dans l'espace. Alors que des alliés improbables arrivent pour sauver les Autobots emprisonnés, Megatron dévoile le projet Nemesis.

Les Autobots localisent le AllSpark, mais une station spatiale déserte et son seul occupant se dressent sur le chemin. Les Decepticons rattrapent l'Arche.

Mégatron se retrouve entre la vie et la mort. Alors que les Autobots et les Decepticons travaillent ensemble pour lutter contre Scorponok, Starscream tente de s'emparer du pouvoir.

Propulsé avec l'Arche dans une dimension parallèle, Optimus Prime rencontre un guide inattendu en la personne de l'Autobot renégat Skyling qui lui montre un futur alternatif. Megatron rencontre une entité qui lui révèle ce qu'il doit obtenir d'Optimus.

Au-dessus de la planète où se trouve le AllSpark, les Autobots et les Decepticons s'affrontent pendant que Theseus se rapproche pour se venger des deux camps confondus.