Le SGC envoie une nouvelle équipe dans la galaxie de Pégase, à la recherche de la cité perdue d'Atlantis. Les explorateurs traversent la porte du SGC et se retrouvent immédiatement dans la cité qui reprend vie lentement. Le groupe ne tarde pas à se rendre compte que la cité git tout au fond de l'océan et que les E2PZ sont presque vides, fragilisant le bouclier de la cité qui menace de disparaitre. Le Docteur Weir et son équipe doivent alors penser à quitter les lieux pendant que le major Sheppard fait connaissance avec de nouveaux amis et des ennemis terrifiants : les Wraiths.

Alors que la cité est remontée à la surface au moment où le bouclier a cédé, Sheppard demande l'autorisation à Élisabeth Weir pour porter secours aux habitants du village et aux autres membres de l'expédition enlevés par les Wraiths. Sheppard, Ford et d'autres soldats se rendent sur une planète pour leur porter secours et entrent en confrontation avec leurs ennemis. Sheppard libère les prisonniers mais il doit abréger les souffrances du colonel Sumner car la reine des Wraiths aspire son énergie vitale. Pensant éliminer les créatures, Sheppard tue la reine, ce qui provoque le réveil de tous les Wraiths en hibernation.

Après avoir recueilli les Athosiens sur Atlantis, deux jeunes enfants jouent à cache-cache et libèrent accidentellement une entité qui se nourrit des générateurs d'Atlantis. Le Dr McKay se porte volontaire pour tester la génothérapie du Dr Beckett qui lui permettrait d'obtenir le gène des Anciens et d'utiliser leur technologie, il décide de la tester en utilisant un champ de force personnel qui le protégerait de tout. Ravi du résultat, McKay décide de montrer cette technologie au Dr Weir, celle-ci lui demande de le retirer mais McKay rencontre un problème, il ne peut pas l'enlever.

Le jumper étant coincé dans la porte des étoiles, l'équipe se trouve en danger de mort. De plus, un ectoparasite paralysant s'est fixé sur le cou du major Sheppard, qui est dans un état critique. Si le Docteur McKay ne trouve pas une solution assez rapidement, les 2 pilotes seront tués sur le coup et toute l'équipe (Sheppard, Teyla, McKay et Ford) seront sans protection dans le vide sidéral...

L'équipe de Sheppard est victime de plusieurs attaques lors de mission d'exploration. Bates et Weir en déduisent qu'il y a un espion dans les rangs. Mais qui ?

L'équipe atterrit sur une planète peuplée d'enfants. Leur jeunesse serait un frein aux récoltes des Wraiths. Mais Rodney découvre un E2PZ dans des ruines et décide de le tester sur Atlantis.

L'équipe rencontre les Hoffans. Ces derniers ont archivé leur savoir afin de mettre au point un sérum contre les Wraiths. Beckett est prêt à les aider pour perfectionner ce sérum.

Les provisions se font rares sur la cité, et l'équipe va essayer de commercer avec les Genii. Mais cette alliance sera vouée à l'échec quand ils découvriront le vrai visage de ce peuple.

En explorant une planète, Rodney découvre un moyen de revenir sur Terre. Mais leur monde ne ressemble pas à celui qu'ils ont quitté, et le retour vers Atlantis se révèle problématique.

Une énorme tempête menace la cité et les Athosiens. Alors que Weir et Sheppard préparent l'évacuation, les Genii profitent de la situation pour envahir Atlantis.

La tempête redouble d'intensité, et un raz de marrée menace la cité. McKay tente alors d'utiliser la foudre pour alimenter le bouclier de protection et éviter sa destruction.

Alors qu'ils partent explorer un satellite Ancien, Sheppard et McKay détectent l'épave d'un vaisseau Wraith. Mais son exploration tourne mal lorsqu'ils se face à face avec le seul survivant.

Alors qu'ils inspectent la cité, McKay et son équipe sont contaminés par un virus. Malgré la quarantaine, les premières victimes décèdent, menaçant Atlantis lorsque la quarantaine est brisée.

L'équipe découvre un monde protégé des Wraiths, dominé par Chaya. Pour la convaincre de partager ce refuge, John l'amène sur Atlantis. Mais Rodney pense qu'elle leur cache quelque chose.

En explorant Atlantis, l'équipe découvre un laboratoire enfermant une femme. Après réanimation, ils découvrent avec stupeur qu'il s'agit du docteur Weir, endormie depuis 10 000 ans.

En parcourant les archives de Dagan, l'équipe découvre qu'un E2PZ fût confié à une communauté. Décidés à le retrouver, ils se lancent dans cette quête. Mais rapidement Kolya va les rejoindre.

La cité est menacée par l'arrivée imminente de vaisseaux ruches. McKay trouve alors une astuce pour envoyer un message de détresse et des informations sur Atlantis au SGC.

Victime de cauchemar, Teyla part en mission avec l'équipe dans une ancienne base Wraith. Après des analyses, Beckett et Rodney découvrent que la jeune femme possède de l'ADN Wraith.

Alors que trois vaisseaux volent vers la cité, McKay parvient à activer le satellite de défense. Pendant ce temps, Zelenka prépare l'autodestruction de la cité, et le major découvre un espion.

Les Wraiths commencent l'attaque d'Atlantis, et l'équipe craint le pire, quand le Dédale arrive à la rescousse. Mais les Wraith détruisent les ogives nucléaires -les renforts semblent destinés à échouer dans leur mission !

L'expédition d'Atlantis a survécu au premier assaut des Wraith -qui sont déjà en train de préparer la deuxième vague ! McKay imagine un plan intelligent mais risqué, et le temps joue contre lui...

L'équipe d'Atlantis rend visite à la terre par la porte des étoiles. Pendant le voyage de retour, le Dédale est attaqué par un virus informatique qui permet aux Wraith d'accéder à son hyperpropulsion - et à la Terre.

L'équipe Atlantis part à la recherche de Aiden Ford qui s'est enfui après avoir connu une mutation. Mais durant cette recherche, ils vont découvrir un homme devenu la proie des Wraiths.

Une technologie Wraith transfère la conscience du Lieutenant Cadman dans la tête de McKay. Les scientifiques de la mission vont alors tout faire pour que la situation redevienne normale.

L'équipe d'Atlantis arrive sur une planète qui vit en relative harmonie avec un Wraith. Les habitants livrent leurs prisonniers et criminels aux Wraiths pour être en paix.

Ronon Dex découvre que son peuple n'a pas totalement été annihilé par les Wraiths puis il part à la recherche de Kell, son ancien maître d'arme, pour régler quelques affaires.

Sur un monde non répertorié, l'équipe découvre une jeune Wraith qui a été élevée comme une humaine. Le Dr Beckett travaille sur un rétrovirus destiné à la débarrasser de son ADN Wraith. Mais que lui arrivera-t-elle si elle se sert du rétrovirus avant qu'il n'ai était achevé ? Pendant ce temps là, l'équipe fait la connaissance du docteur Keller.

Le Lieutenant Colonel Sheppard absorbe le médicament anti-wraith du Dr Beckett, et sa réaction est inattendue. Il subit une transformation physique perturbante. Ces effets peuvent-ils être inversés avant qu'il ne soit trop tard ?

Quand l'équipe découvre un vaisseau Ancien, McKay et Sheppard sont surpris de découvrir que l'équipage à bord connaît une faille à propos de la technologie Wraith.

L'équipe du Lieutenant Colonel Sheppard est capturée par un groupe dont le chef n'est autre que le Lieutenant Aiden Ford. Ce dernier veut prouver à l'expédition qu'il n'est pas fou et que l'enzyme peut être un atout dans la lutte contre les Wraiths. Il élabore alors un plan avec l'aide de Sheppard et McKay pour détruire un vaisseau ruche qui est en approche, mais tout ne se passe pas comme prévu...

Sheppard et son équipe sont faits prisonniers et emmenés à bord d'un vaisseau ruche, où Sheppard est interrogé par la reine, qui veut des informations sur la façon dont il a infiltré le vaisseau. De leurs côté Teyla et Ronnon commencent à sentir le manque d'enzyme... McKay trouvera-t-il un moyen de les tirer de là ?

Sur la planète alien, Sheppard traverse une porte menant à une caverne, et il se retrouve prisonnier d'un monde ou le temps passe plus rapidement. L'équipe doit le récupérer avant qu'il ne meure de vieillesse.

Un agent de la confrérie a dissimulé une bombe sur Atlantis. L'équipe doit démasquer l'espion avant que les Wraiths n'arrivent et ne trouvent la cité. Pendant ce temps, Teyla préside aux obsèques d'une amie très chère.

McKay est prisonnier d'un jumper englouti. L'équipe d'Atlantis n'arrive pas à localiser le vaisseau, et il lui reste seulement trois heures d'oxygène. La Samantha Carter chimérique de McKay pourra-t-elle sauver la situation ?

L'équipe découvre un monde qui possède de la technologie défensive Ancienne, où le Colonel Sheppard se trouve être un pion dans la rivalité entre les prétendants au trône.

L'équipe trouve deux capsules où ont été téléchargés les esprits de deux aliens. Quand les aliens s'emparent des corps de Weir et Sheppard, ils recommencent leur lutte à mort, semant la panique dans la base.

Alors que l'équipe apprend que les Genii se montrent de nouveau menaçant, ils réalisent que la trêve avec leur ancien ennemi pourrait bien prendre fin.

Un jeune Lieutenant amnésique fait une découverte perturbante à son sujet : il est un Wraith transformé par le rétrovirus du Docteur Beckett.

Sur un autre monde, l'équipe découvre une base Ancienne occupée par les autochtones. Mais le volcan dans lequel elle se trouve va se réveiller, menaçant de détruire le complexe.

Atlantis reçoit un message étrange : des Wraiths seraient prêts à s'allier avec eux afin de détruire leur congénères. Mais rapidement, cette alliance va se retourner contre les terriens.

Le Dédale remporte tant bien que mal la bataille contre les deux vaisseaux ruches et Sheppard échappe de justesse à la mort suite à l'attaque de son F302. Il décide d'entreprendre une mission afin de libérer McKay et Ronon qui sont toujours emprisonnés par les Wraith.De son côté, Weir, qui s'est rendue au SGC, tente de mettre en place un plan d'attaque afin d'empêcher les vaisseaux ruches Wraith d'arriver sur Terre.

Sheppard et son équipe sont de retour à Atlantis en possession du vaisseau ruche Wraith dont ils se sont emparés pour s'échapper. Le docteur Weir présente au groupe Richard Woolsey, qui l'a accompagnée pour évaluer son travail à la tête de l'expédition. Les membres de l'équipe d'Atlantis doivent maintenant déterminer le sort qu'ils réservent aux 200 Wraith qui ont été capturés et humanisés par le docteur Beckett.

L'équipe du colonel Sheppard explore un village, où les habitants semblent mener une vie tranquille et remplie d'insouciance. Leur chef, Lucius, un homme charismatique et respecté par sa congrégation, propose de créer une alliance avec Atlantis afin d'échanger les précieux remèdes médicinaux qu'il a conçus contre certaines technologies d'Atlantis.

En explorant une planète inconnue, Ronon a un mauvais pressentiment. L'équipage ne tarde pas à découvrir un petit village dont les habitants, terrorisés par ces nouveaux arrivants, ouvrent le feu et blessent McKay. Les membres de l'expédition retournent alors à la Porte des Etoiles, mais seul Ronon arrive à passer de l'autre côté, abandonnant ses coéquipiers sur la planète.

Le Docteur Weir accompagne Sheppard et son équipe en mission sur une planète dont la civilisation des habitants ressemble à s'y méprendre à celle des anciens. Excités par cette découverte, ils tentent de former une alliance avec ce nouveau peuple : les Asuran...

Le Docteur Weir se réveille dans un institut psychiatrique. Les médecins lui expliquent que tout ce qu'elle sait sur le programme de la Porte des Etoiles et d'Atlantis n'est autre que le fruit de son imagination. Mais très vite, Weir se rend compte qu'elle est bien loin d'être folle.

Kolya, un ancien ennemi Genii d'Atlantis, capture Sheppard. Il souhaite s'en servir comme monnaie d'échange pour traiter avec Atlantis et récupérer les technologies qui l'intéresse. Pour cela, il choisit d'envoyer une vidéo à Weir où l'on voit Sheppard torturé par un Wraith.

Rodney est de retour sur Terre pour demander à sa soeur Jeannie, une brillante scientifique qui a abandonné sa carrière pour une vie de famille paisible, de joindre le SGC et l'aider à résoudre un problème délicat.

Sheppard informe la base que l'équipe du major Leonard n'a pas fait son rapport comme il était convenu. En se rendant sur la planète où l'équipe a disparu, Sheppard découvre qu'ils ont dû faire face à des Genii, qui n'ont pas survécu à la bataille.

La mission de Jack O'Neill pour défendre Atlantis échoue lorsque Richard Woolsey et lui même sont faits prisonniers pendant un assaut des Réplicateurs. L'équipe de Sheppard, le Docteur Weir et le Docteur Carson volent un jumper et partent pour la galaxie Pégase dans l'espoir de les sauver. Mais parviendront-ils à reprendre Atlantis ?

L'équipe doit secourir le Général O'neill et Richard Woolsey qui ont été fait prisonniers par les Asurans sur Atlantis.

Les habitants d'Atlantis commencent à subir d'étranges visions et à tomber malade lorsque plusieurs balènes se dirigent vers la cité.

L'équipe rencontre de nouveau Lucius manipulant les habitants d'une autre planète sans défense grâce à une technologie des Anciens qui semble le rendre invincible.

Rodney acquiert de nouvelles capacités mentales et décide de recalibrer l'E2PZ d'Atlantis. Cependant, il découvre rapidement que ses nouvelles capacités pourraient s'avérer mortelles.

Sheppard et McKay découvre que l'un de leurs jeux vidéo contrôle la population d'une vraie planète dans la galaxie de Pégase et que cette dernière est sur le point d'entrer en guerre.

Les derniers survivants d'une civilisation sont retrouvés en hibernation. Leur survie est menacée lorsque leur équipement d'hibernation est sévèrement endommagé.

Une journée de repos pour les membres de l'expédition Atlantis se transforme en tragédie lorsqu'une explosion retentie dans la cité.

L'équipe part explorer une station géothermale sous-marine délaissée par les Anciens mais ils découvriront rapidement que la station n'est peut-être pas tout à faite déserte.

Lorsque l'expédition perd contact avec le village des Taraniens, Sheppard et son équipe mènent l'enquête et découvre que Michael serait responsable de la situation...

La Terre lance une attaque contre le monde natal des Asurans lorsque l'on découvre que ceux-ci sont entrain de construire une flotte de vaisseaux de combat.

À la dérive dans l'espace dans la cité d'Atlantis, l'expédition tente par tous les moyens de rejoindre leur nouveau monde avant qu'il ne soit trop tard.

Ayant remédié temporairement au problème d'énergie, l'expédition se prépare à une mission risquée pour récupérer un ZPM.

Lorsque l'équipe rencontre d'anciens compagnons de Ronon, ce dernier doit alors décider s'il désire demeurer sur Atlantis ou rejoindre ses compagnons.

Sheppard réveille accidentellement une forme de vie cristalline qui désire éliminer le reste de l'expédition en envahissant leur cauchemards sous la forme de Sheppard.

Le Colonel Sheppard est capturé par les habitants d'un vaisseau spatial qui désirent utiliser son habileté à manipuler les technologies des Anciens à leur avantage.

Quand un virus cause une amnésie de tout le monde à l'exception de Teyla et Ronon, l'équipe Atlantis doit trouver un remède avant que leur mémoire ne soit complètement effacée.

Teyla et le docteur Keller visitent la nouvelle Athos quand elles sont attaquées par un peuple de guerriers primitifs.

À la recherche des Athosiens, l'équipe rencontre un homme ayant d'impressionants pouvoirs prophétiques qui leur prédit un avenir très sombre pour Atlantis.

Rodney McKay et sa soeur Jeanie Miller sont kidnappés par Henry Wallace sur Terre car seulement les McKay peuvent sauver la vie de sa fille par l'utilisation de nanotechnologie alien.

Les plus grandes peurs de l’expédition se voient réalisées après que la cité est percutée par un étrange drone, pensant que les Réplicateurs ont localisé la cité. Mais quand Elizabeth Weir fait sa réapparition, l’équipe se rend compte que cette sonde fait juste partie d’un plus grand mystère.

McKay découvre comment anéantir les Asurans. Parallèlement L'équipe d'Atlantis est contrainte de faire équipe avec les Wraiths afin de combattre les Asurans pour les distraire et que McKay les aneantissent une bonne fois pour toutes. Les vaisseaux de Larrin se joignent à eux pour cet affrontement inédit.

L'équipe d'Atlantis entreprend avec succès le sauvetage d'un vaisseau ruche partiellement endommagé et ils récupèrent d’importantes informations qui peuvent les aider dans leur guerre contre les Wraiths.

À cause d'une anomalie atmosphérique due à la nouvelle planète, le système de confinement s'enclenche automatiquement croyant à une épidémie dans Atlantis. Face à ces mesures de sécurité maximales, tous les habitants de la Cité se retrouvent donc pris au piège, sans moyen de communication.

Lors d'une visite sur un monde avec lequel l'équipe de Sheppard avait précédemment créé un lien commercial, Sheppard et McKay doivent entreprendre un pèlerinage afin de protéger la future reine et l'avenir de leurs relations diplomatiques avec ce monde.

Sheppard retourne sur Terre pour assister à l'enterrement de son père avant d'être recruté pour récupérer un réplicateur à forme humaine créé par un laboratoire sur Terre.

Lors d'une mission diplomatique sur une planète minière au sous-sol instable, McKay, Carter et le docteur Keller tombent dans une chambre condamnée sur le point de s'effondrer.

Teal'c vient sur Atlantis pour préparer Ronon aux questions de la CIS, mais ces derniers devront travailler ensemble quand des Wraiths réussissent à prendre la station Midway avec l'ordre de se rendre sur Terre.

Alors qu'une mystérieuse nouvelle maladie balaie la galaxie Pégase, Teyla est convaincue par une vision que le père de son enfant essaie de communiquer avec elle. Elle tente de joindre Sheppard qui est parti en mission pour le mettre au courant de la situation.

Le Dr Carson Beckett ramené par Sheppard se révèle, après les analyses du docteur Keller, être un clone issu des expériences menées par Michael. Ce dernier, possédant le raisonnement et les souvenirs de l'original est, bien malgré lui, à l'origine de la nouvelle souche du médicament Hoffan. Quoi qu'il en soit, il est bien déterminé à réintégrer Atlantis et à mettre fin aux actions de Michael.

Sheppard retourne sur Atlantis après une mission et trouve la cité abandonnée et tout les systèmes éteints. A la place de l'océan, Atlantis se trouve entourée de dunes de sable à perte de vue.

Carter lance une opération de secours pour retrouver l'équipe enfouie sous les décombres de la base de Michael. Pendant ce temps, celui-ci apprenant que sa base s'est auto-détruite, se rend sur place avec un vaisseau ruche et envoie ses hybrides pour capturer les survivants. Cependant, l'arrivée du Dédale pourrait bien nuire à son plan.

Le docteur Keller est victime d'une maladie contractée durant le sauvetage des survivants (voir épisode précédent). Parallèlement, avec les informations collectées dans la base de Michael, le sérum dont avait besoin Carson pour survivre est resynthétisé et ce dernier est libéré de sa stase.

Ronon est capturé par les Wraiths qui tentent de le transformer en adorateur par le biais d'un lavage de cerveau.

L'équipe de Sheppard enquête sur l'apparition inexpliquée d'un vaisseau identique au Dédale. Une fois à son bord, un pic d'énergie inexpliqué survient et la cité d'Atlantis n'est plus visible sur les instruments de bords alors que le vaisseau n'a pas bougé... du moins dans le sens conventionnel car il s'est "juste" déplacé dans une dimension parallèle.

Lorsque la cité d'Atlantis devient la cible des fantômes d'Asuran, mené par quelqu’un bien connu de l'équipe, que pourra faire cette dernière pour éviter qu'elle ne devienne un cimetière ?

Quand McKay est frappé d’une maladie de la Galaxie de Pégase qui le prive de son intelligence et de ses souvenirs, le faisant redevenir mentalement un enfant, que pourra faire l’équipe pour éviter qu’il ne sombre davantage ?

Sheppard et le docteur Beckett rejoignent une équipe d'exploration qui a découvert un laboratoire Wraith. Une première dans les séries Stargate, l'équipe SG qui a découvert le laboratoire est composée uniquement de femmes.

Lorsque Todd demande de l’aide à l'équipe pour protéger une alliance avec une autre ruche Wraith, Teyla est obligée de se déguiser en reine pour infiltrer le sommet. En contrepartie, Todd devra convaincre des Wraith d'utiliser la génothérapie du docteur Keller.

L’équipe vient en aide à un village menacé par l’arrivée des Wraiths. Cependant, lorsque le docteur Keller est enlevée par un Coureur, leurs plans doivent changer pour mener à bien la mission.

Daniel Jackson revient sur Atlantis afin de trouver des renseignements sur Janus, un scientifique Ancien qui aurait dissimulé un laboratoire dans la cité d'Atlantis.

Sheppard doit se lancer dans une course contre la montre pour sauver les docteurs McKay et Jackson - qui sont dans un laboratoire Ancien - avant que Todd, qui a pris possession du Dédale (voir épisode précédent), n'arrive le premier.

Lorsqu’un groupe de survivants au sérum Hoffan s’installe sur une nouvelle planète grâce à l’équipe d’Atlantis, ces derniers doivent convaincre les habitants de la planète de ne pas mettre à mort les nouveaux venus !

L'équipe de Sheppard part négocier avec une coalition de peuples humains de la galaxie de Pégase. En vérité, ce n'était qu'un prétexte pour attirer les terriens à leur propre procès. Ils sont notamment accusés d'avoir "créé" Michael et doivent s'expliquer sur la drogue Hoffan qui a fait des ravages sur de nombreux mondes. Woolsey doit se rendre lui-même sur la planète afin de négocier.

L'équipe se bat pour reprendre le contrôle d'Atlantis alors que la salle de contrôle est occupée par Michael et ses hybrides.

Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey fait la connaissance de la mystérieuse docteur Conrad, l'expédition fait une découverte choquante sur la nature d'une ancienne race ayant vécue dans la galaxie de Pegase.

Accompagné du docteur Keller, McKay retrouve ses anciens rivaux sur Terre lors d'une démonstration scientifique qui va réserver des sueurs froides à tous les invités et une belle colère à McKay. En effet, l'appareil a été réalisé avec ses travaux sur les ponts de matière sans qu'il ne soit mis au courant... et ne peut plus s'éteindre comme il en a déjà fait l'expérience.

Le vaisseau-ruche de Todd apparait près d'Atlantis et demande de l'aide aux Atlantes car la génothérapie du docteur Keller ne se déroule pas comme prévu : le virus de Keller à contaminé le vaisseau ruche qui est en train de se faire détruire par ce même virus.

Subitement, une malfrate du nom de Nina Kerson se retrouve dans le corps du Docteur Keller et poignarde Zelenka qui pose trop de questions à son goût. Peu de temps après, l'équipe de Sheppard s'aperçoit que le docteur Keller n'est pas elle-même lorsqu'elle menace Rodney avec une arme pour s'enfuir en Jumper. Sheppard et son équipe vont donc essayer de remettre les choses dans l'autre.

Dans une dimension parallèle, un mystérieux tueur en série opère à Las Vegas. Ce dernier a recours à une technique inconnue car ses victimes ont toutes été drainées de leurs forces vitales. L'enquête est confiée au détective local, John Sheppard. Cependant, malgré sa longue expérience de ce genre d'affaires, il éprouve des difficultés pour résoudre cette affaire, étant confronté à un nouveau type de meurtrier.

Todd contacte Atlantis pour leur révéler qu'un Wraith subalterne a réussi à obtenir plusieurs E2PZ et qu'il les a utilisés pour alimenter un formidable nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et détruire ce vaisseau avant qu'il ne devienne une menace pour Atlantis. A bord du Dédale, le colonel Caldwell, le colonel Sheppard et le reste de l'équipe se précipitent pour engager cette nouvelle ruche. Mais ce nouveau vaisseau amélioré grâce aux E2PZ prouve qu'il est un très puissant adversaire, paralysant le Dédale avant de faire un soudain et inexplicable saut en hyperespace. Perplexe devant ce départ soudain des Wraith, l'équipe découvre un faible signal subspatial Wraith (voir épisode précédent). En l'analysant, McKay remarque vite que ce message a été envoyé, à travers le sous-espace, d'une autre réalité. Une fois déchiffré, leurs pires craintes se concrétisent. Le message Wraith contient les coordonnées de la Terre !