Puissants robots, les Cylons règnent en maître sur l'univers. Les survivants de l'attaque des cylons regroupés autour du seul vaisseau de combat le Galactica, n'ont pas le temps de souffler. Ils doivent toutes les 33 minutes faire un bon spatio-temporel pour éviter d'être massacrés par les Cylons. Gaius Baltar se sent en danger lorsqu'il entend qu'un scientifique réputé veut parler à la présidente car il peut prouver qu'il y a un traître parmi eux.

Boomer se réveille avec un explosif dans son sac sans savoir comment elle a pu perdre connaissance et comment elle a obtenu cet explosif. Lorsqu'elle se rend à l'armurerie pour le remettre en place, elle s'aperçoit que 6 autres ont disparu. Pendant ce temps, Adama accueille sur le Galactica la présidente venue assister à un ravitaillement en eau. Sur Caprica, le Helo et l'autre Cylon Boomer essayent d'échapper aux Cylons.

L'extraction de l'eau que le Galactica a trouvé va être très compliquée à extraire car la température de la planète avoisine les -60°. Ne pouvant se permettre de se passer de membres de l'équipage, la présidente et Adama décident de faire appel au volontariat des prisonniers. Mais ceux-ci poussés par un ancien héros révolutionnaire, Tom Zarek, refusent la mission et se révoltent.

Un pilote vient de réussir son 1000ème vol. Comme la tradition le veut, il va être fêté par l'équipage mais un accident se produit et 13 pilotes sont tués. Le commandant Adama confie alors à Starbuck l'entraînement de nouveaux pilotes. Une mission qui lui rappelle de mauvais souvenirs concernant la mort de Zack Adama.

Kara est vivante. Son appareil s'est crashé sur une lune mais elle ne peut communiquer avec le Galactica. Adama et Lee mettent tout l'équipage en branle pour retrouver Kara. Sur Caprica,la cachette d'Helo et Boomer est découverte par les Cylons.

Alors qu'un attentat déclenché par une copie de Doral provoque plusieurs morts, les citoyens découvrent l'existence des Cylons humanoïdes. Un tribunal indépendant est alors appelé à déterminer si d'autres Cylons se cachent parmi l'équipage du Galactica...

Une femme, qui n'est autre qu'une copie de Numéro Six, accuse le professeur Baltar d'être un traître à l'humanité. Pour le prouver, elle présente un disque contenant des photos d'un homme ressemblant à Gaius qui entre dans des entrepôts d'armes lourdes la veille des attaques des 12 colonies. Le docteur Baltar va alors devoir mener une bataille pour prouver son innocence tout en gérant le fait que Head six ne lui apparaît plus...

Une copie du Cylon Leoben Coney (qu'Adama avait condamné lors de la mini-série) apparaît sur la flotte coloniale et Starbuck est chargée de l'interroger. Juste avant que le Cylon humanoïde soit capturé, la présidente Roslin l'avait vu dans une vision. Elle est déterminée à savoir ce que signifient ses visions et souhaite le rencontrer en personne.Dans le même temps, Boomer demande au docteur Baltar de tester son détecteur de Cylons sur elle...

Les doutes de la présidente Roslin sur le commandant Adama semblent se confirmer lorsqu'elle remarque qu'il est absent durant une opération militaire. Le colonel Tigh va alors défendre son ami. Tout est ensuite expliqué lorsque le commandant Adama revient d'un des vaisseaux civils en compagnie d'Ellen Tigh, la femme du colonel. Il semble que celle-ci, personnage étrange et pour le moins délurée, a été retrouvée inconsciente par un homme lors des attaques et l'a placé dans un vaisseau pour lui sauver la vie. Cependant, tout le monde, excepté le colonel, semble avoir des soupçons envers Ellen: est-elle Cylon ou non ?

La flotte coloniale est confrontée à une pénurie de carburant et doit absolument trouver des réserves de tylium... Boomer va alors trouver un astéroïde plein de ressources mais malheureusement envahi par les Cylons. Adama décide de lancer une attaque contre la base cylon. Etant donné l'incapacité de Kara, c'est Lee qui doit mener la mission. Quant au docteur Baltar, il va devoir faire un choix dont toute la mission dépend.

Tom Zarek demande à ce que des élections pour élire le vice-président des 12 colonies soit faites. L'élection va être pour le moins tendue et l'équipage du Galactica, qui s'occupe de la sécurité durant les élections sur la flotte coloniale, craint des oppositions sanglantes entre les partisans et les opposants de Zarek.

La flotte coloniale découvre une planète sur laquelle on trouve des ruines d'une civilisation ancienne. Adama souhaite étudier la planète et s'installer pour toujours sur cette nouvelle planète habitable. Mais la présidente Roslin a une vision et pense que cette planète n'est autre que Kobol, le berceau de l'humanité, et qu'elle a un rôle à jouer si l'on suit les textes anciens.

L'équipage du Raptor 1 s'écrase sur Kobol. Baltar et Head Six vont alors une vision de leur futur. Quant à Starbuck, elle arrive sur Caprica et trouve la flèche d'Apollon mais un obstacle va se dresser devant elle. Après avoir découvert que la présidente Roslin a demandé à Starbuck d'aller sur Caprica, le commandant Adama démet Roslin de ses fonctions. Enfin, Boomer se voit confier une mission de grande importance visant à détruire le vaisseau mère cylon se trouvant à proximité de Kobol.

Le commandant Adama est dans un état critique. L'apparition de plusieurs vaisseaux cylons les obligent à faire un bon PRL. Mais le bon n'est pas effectué correctement et la flotte n'est pas là. Le colonel Tigh qui a pris le commandement est désemparé et se remémore sa rencontre avec Adama. Celui-ci est entre la vie et la mort et le médecin n'est pas dans le Galactica. Sur Caprica, Starbuck a du mal à croire Helo quand il dit que Sharon est enceinte de lui. Elle veut absolument la tuer.

Les Cylons ont réussi à s'introduire dans le Galactica. Ils progressent très rapidement et font beaucoup de dégâts. Si Apollo et ses hommes ne font rien, les Cylons risquent de détruire toute la flotte.

Le médecin est enfin arrivé sur le Galactica et va pouvoir soigner le commandant Adama. Mais pendant ce temps, Tigh est toujours aux manettes et n'en fait qu'à sa tête. Il refuse de libérer la présidente qui va de plus en plus mal et il sombre à nouveau dans l'alcool. Apollo organise une mission de sauvetage des rescapés de Kobol. Ceux-ci font face à des Cylons.

À peine de retour sur le Battlestar le chef est emprisonné par le colonel Tigh qui le suspecte d'être un Cylon. Gaius va devoir s'employer à l'innocenter. Sur Caprica, Kara et Helo se font de nouveaux alliés. Quant à la présidente, sa captivité n'a que trop duré.

Lee et l'ex-présidente sont toujours en fuite. Sur le Battlestar, le commandant Adama reprend les rênes et est bien décidé à retrouver les traîtres. Sur Caprica, les Cylons attaquent Starbuck et ses nouveaux alliés. Elle est blessé et faite prisonnier...

La présidente Roslin veut trouver la tombe d'Athéna sur Kobol. Starbuck est enfin de retour dans la flotte avec la flèche d'Apollon. Mais la joie du retour et la satisfaction du devoir accompli laissent place à l'inquiétude. Les avis sont partagés quant à la présence de Boomer. Faut-il ou non la tuer ?

Dans un souci de réunir l'ensemble de la flotte, Adama décide de rejoindre la Présidente Roslin et son fils Lee qui sont sur Kobol à la recherche de la Tombe d'Athéna. Une recherche qui se révèle particulièrement difficile: ils doivent se reposer sur Sharon.

Depuis la mort de civiles sur le Gydéon, les citoyens sont de plus en plus hostiles aux hommes d'Adama. Dans un souci d'apaiser les tensions, Adama et la présidente Roslin autorisent une journaliste à filmer tout ce qu'elle veut à bord du Galactica. Mais est-elle bien ce qu'elle prétend ?

Tout le monde sur le Galactica paraît à bout. Le chef Tyrol en est l'exemple parfait, il n'arrive toujours pas à digérer la présence d'une autre Sharon sur le vaisseau. Pour essayer de passer à autre chose, il se met en tête de construire un nouveau Viper. Mais en même temps, un virus infecte tout l'électronique du Battlestar et les Cylons sont prêts à attaquer.

Le DRADIS détecte un nouveau contact. Cette fois-ci, ce n'est pas un appareil cylon mais bel et bien un appareil allié. L'amiral Cain commande le Battlestar Pegasus et compte bien rétablir l'ordre et la discipline dans la flotte. Adama va alors perdre le commandement. Mais l'arrivé du Pégasus et la reprise en main de l'amiral Cain va entraîner son flot de conséquences...

Rien ne va plus entre Adama et l'Amiral Cain. Celle-ci a rétribué les postes, Apollo et Starbuck sont mutés sur le Pégasus. Plus grave, Helo et Tyrol qui ont sauvé Sharon d'un viol, sont condamnés à mort. Adama décide donc de les sauver. Starbuck part en mission de reconnaissance près du vaisseau cylon. Gaius fait de plus plus de progrès avec la cylon.

La trêve est toujours d'actualité entre le Galactica et et le Pégasus en attendant l'attaque de la flotte cylon, mais Tyrol et Helo sont toujours détenus. Cependant personne n'est dupe, la mission achevée, la lutte entre l'Amiral Cain et le commandant Adama va reprendre.

Toute la flotte retient son souffle car la Présidente Roslin est en train de vivre ses dernières heures. Mais avant de partir celle-ci prend une ultime décision, elle veut que le bébé de Sharon soit tué, ce qui n'est pas au goût du futur Président Baltar et encore moins d'Helo. Dans le même temps, Adama doit faire face à plusieurs sabotages par des partisans de la paix avec les cylons.

Roslin guérit de son cancer, elle reprend rapidement le travail. L'une de ses préoccupations premières est de mettre fin au marché noir qui prend de plus en plus d'ampleur dans la flotte. Un incident vient renforcer tout le danger de ce marché, quand le nouveau commandant du Pegasus, Fisk, est sauvagement assassiné dans ses quartiers. Lee va mener l'enquête.

Voilà 29 jours que la flotte stagne autour d'un site d'extraction minière. Le filon est tellement important qu'il permettra de reconstituer une flotte de Vipers. Mais les Cylons rôdent et les pilotes doivent défendre le site d'extraction. Un appareil cylon fait peur à tout le monde, on l'a appellé Scar. Face à cette ennemi, Starbuck et Kat rentrent en conflit.

Dualla ne sait plus quoi faire, son cœur balance entre Billy et le capitaine Adama. Lors d'une permission, elle va sur le Cloud 9 avec Lee quand tout à coup un groupe de terroristes prend tout le monde en otage. Ils veulent le Cylon Sharon.

Rien ne va plus entre Kara et le nouveau commandant du Pegasus, d'autant que lors d'un exercice des Raptors disparaissent. Lee est donc envoyé sur le Pegasus pour essayer de remettre de l'ordre. Sur le Galactica, une passagère clandestine est découverte dans un hangar. Elle est enceinte et veut interrompre sa grossesse. Le débat sur l'avortement dans une période où l'espèce humaine est menacée, prend alors une grande ampleur.

La grossesse de Sharon subit encore des complications. Ils sont obligés de la faire accoucher prématurément. Roslin pose alors la question de qui va pouvoir élever le bébé. Sur Caprica, les rebelles tentent toujours de causer le plus de pertes aux Cylons. Dans le même temps, la Sharon qui a tiré sur Adama a beaucoup de mal à se faire à sa nouvelle vie et c'est une Numéro Six qui va l'y aider.

Kara va enfin revoir Anders, elle va en effet pouvoir conduire une mission de sauvetage sur Caprica. Grâce à Sharon les bons PRL à longue distance ne sont plus un problème. La flotte est en émoi car les élections approchent. La découverte d'une planète habitable par racertrack va donner un enjeu supplémentaire à l'affrontement entre Gaius Baltar et la Présidente Roslin.

Quand Baltar remporte les élections, Roslin envisage toutes les possibilités pour empêcher celui qu'elle considère comme un collaborateur des Cylons à prendre le pouvoir.

Sur New Caprica, la résistance s'est bien organisée avec comme chef de troupe Tyrol, Anders et Tigh. Alors qu'ils tentent d'affaiblir l'ennemi avec lequel Baltar collabore, Kara découvre qu'elle est prisonnière de Leoben dans une imitation de vie à deux. Sur le Galactica, Adama pense à une façon de libérer New Caprica.

Adama cherche à prendre contact avec la résistance sur New Caprica pour se mettre d'accord sur un date d'extraction. Dans les rangs de la résistance, certains sont contre les méthodes utilisées par Tigh qui consistent à faire exploser un résistant pour faire le plus de morts possibles parmi les Cylons. Leoben présente une enfant à Kara qu'il dit être sa fille. Sur le Pegasus, Lee, empâté a perdu tout intérêt pour le combat.

Sharon a atteri sur New Caprica et aide la résistance à combattre les Cylons. Sur le Galactica, Adama dirige l'assaut de ses troupes au sol. Tyrol tente de sauver Cally dont le nom se retrouve sur une liste de futurs fusillés à l'instar de Roslin et Zarek, une liste signée par Baltar. Anders découvre que certains humains collaborent en secret. D'Anna rencontre un oracle après un rêve à propos d'un temple.

Ça y est, l'heure de la libération a sonné! Le Battlestar s'apprête à faire un bon PRL tout près de New Caprica pour permettre à la résistance d'organiser le départ des troupes coloniales. Lee, toujours aux commandes du Pégasus, doit partir avec le reste de la flotte à la recherche de la Terre. Tigh comprend que sa femme a vendu des informations aux Cylons pour libérer son mari. Anders sauve Kara mais celle-ci refuse de partir sans sa fille.

Lee constate que plusieurs personnes disparaissent dans la flotte. Des disparitions que l'on doit à un conseil de 5 personnes désignées pour juger les collaborateurs dans un tribunal exceptionnel. Parmi eux, Tigh, Anders, Tyrol et même Kara. Après avoir jugé les collaborateurs sans avocats, ils les condamnent à mort. Felix Gaeta a beaucoup de mal à se réintégrer à l'équipage. Baltar se retrouve sur un vaisseau cylon en compagnie de Six et D'Anna.

L'ambiance est lourde sur le Galactica, les personnes présentent sur New Caprica (Tigh et Kara en tête) dénigrent le sauvetage des pilotes restés sur le Galactica. Pour eux ils n'ont rien fait d'exceptionnel et n'ont pas vécu l'enfer de New Caprica. Les Cylons veulent trouver la Terre et demande à Gaius de les aider. Celui-ci s'exécute mais le vaisseau envoyé au point indiqué par Baltar ne répond plus. Baltar découvre que le vaisseau en question contient des Cylons malades qui se meurent.

Le Galactica envoit des troupes de reconnaissance dans le vaisseau mère cylon découvert. Athéna et Apollo commandent l'expédition. Ils découvrent à l'intérieur du vaisseau, des Cylons morts et certains très mal en point. On décide d'en ramener plusieurs sur le Galactica pour savoir quelle maladie ils ont contractée et si les soldats de l'expédition sont infectés. À terme, ils espère pouvoir utiliser ce virus contre les Cylons. Numéro 6 et D'Anna savent que Gaius a menti sur les origines de l'épidémie et le croient responsable de cette épidémie.

Le passé se rappelle à Adama quand un ancien ami pilote que l'on pensait disparu depuis bien avant la guerre refait son apparition et demande l'assistance du Galactica. Alors que Kara semble être rentrée dans le rang, Saul boit de plus en plus. Roslin décide de décerner une médaille du mérite à Adama.

Adama organise un tournoi de boxe sur le Galactica pour défouler ses troupes. C'est l'occasion pour chacun de revenir sur le passé : Tyrol affronte Adama et se rappelle que l'amiral l'a laissé s'installer avec Cally sur New Caprica, Adama se souvient d'une nuit passée à discuter avec Laura de leur possible futur. Kara affronte Lee et l'on découvre enfin le pourquoi de leur brouille avant l'occupation de New Caprica par les Cylons. Saul se rappelle des temps heureux avec Ellen, sa femme.

La flotte doit faire face à un problème de taille : la nourriture est contaminée et ils doivent trouver une nouvelle source d'alimentation. Kat replonge dans son passé douloureux, ce qui a un effet désastreux sur son boulot de pilote.

Tyrol découvre un temple sur une planète qui pourrait bien renfermer l'Œil il de Jupiter qui selon la mythologique a été laissé là pour conduire les voyageurs vers la Terre. Athéna apprend que Héra est sans doute en vie alors que les Cylons cherchent aussi à s'emparer du temple. Un bras de fer s'engage entre les deux camps alors que Tyrol essaie de trouver une réponse sur le site. Kara et Lee entretiennent une liaison qui se complique quand celle-ci refuse de divorcer.

Kara s'est écrasée sur la planète et il n'y a que Dualla qui puisse lui venir en aide alors que Sam et Lee défendent le temple contre les Cylons. Athéna demande à Helo de la tuer pour pouvoir se projeter sur le vaisseau cylon et récupérer Héra. Elle trouve une alliée en Six. Dans le temple, D'Anna fait une expérience spirituelle qui lui montre le visage des Cinq Derniers Cylons.

Prisonnier sur le Galactica, Baltar doit rendre des comptes. Il est torturé et reçoit l'aide de Head Six pour le soulager. Il commence à penser à se suicider. Lee ne sait que faire de sa relation avec Kara et encore moins de son mariage. Il fréquente un bar sur le Galactica et trouve en Tyrol qui a des problème avec Cally, un allié et une oreille attentive.

Les Sagittarons de Dogville entassés dans les cales du Galactica se plaignent auprès d'Helo que le médecin responsable, le Dr Roberts essaie de les décimer. Helo commence à enquêter et découvre bientôt que les accusations ne semblent pas infondées. Pourtant Athéna décide de faire vacciner Héra qui est malade.

Adama est perturbé par l'anniversaire de la mort de sa femme. Son fantôme le suit et l'habite dans tous ce qu'il fait. Ce faisant, il se remémore le passé avec Lee et se rapproche de Laura. Cally et Tyrol font face à une crise dans leur couple qui se traduit dans les faits lorsqu'ils se retrouvent enfermés dans l'un des hangars à Viper. Le seul moyen de les en sortir est de les balancer dans l'espace un très court moment. Athéna doit les récupérer avec un Raptor.

Il y a de la grogne dans l'air sur le Galactica entre les différentes castes de travailleurs qui constituent la flotte. Un peu malgré lui, Tyrol se retrouve porte parole syndical des ouvriers comme il l'était sur New Caprica. Alors que les ouvriers refusent de reprendre le travail, Adama emprisonne Tyrol. Celui-ci demande conseille à Baltar qui, du fond de sa cellule, a rédigé un livre qui met le feu aux poudres.

Kara fait des rêves sur Leoben, son enfance et sa relation avec sa mère. Elle dort peu et mal et son comportement finit par inquiéter Lee et Adama. les choses prennent une tournure tragique quand elle prend en chasse un Raider cylon qu'elle est la seule à voir.

Lee et Adama n'arrivent pas à se remettre du décès soudain de Kara. Très fragilisé, Lee a ordre de protéger le nouvel avocat de Baltar, un homme étrange qui manipule le pilote et parvient presque à le rallier à la cause de Baltar. Des attentats ont lieu sur le Galactica à l'approche du procès. Le nouvel avocat demande à voir certains dossiers...

Laura Roslin est hantée par un rêve concernant Hera, Caprica et numero 6 alors que les Cylons suivent la flotte à distance. Et alors que certains membres de l'équipage semblent subrepticement percevoir une musique indéfinissable, s'entame le procès de Gaïus Baltar. Saul Tigh et la présidente Roslin sont amenés à témoigner.

La lancinante impression de percevoir une musique lointaine se fait de plus en plus présente chez certains membres de l'équipage alors que le procès de Gaïus Baltar touche à sa fin. Laura Roslin, à nouveau traitée pour son cancer à l'infirmerie, découvre que le rêve qui la hante est plus qu'un simple songe, alors se révèlent les derniers Cylons infiltrés dans l'équipage.

Le retour de Starbuck à bord du Galactica divise la flotte tandis que les quatre premiers des Final Five continuent de se demander s'ils sont ou non une menace pour leurs camarades humains. Parallèlement, Gaius Baltar est accueilli au sein d'une secte qui le considère comme un nouveau messie.

Starbuck désespère de faire entendre raison au commandement de la flotte au sujet de ses convictions sur l'emplacement de la Terre. Les 4 Cylons récemment révélés au sein des humains vont tenter d'approcher Gaius Baltar, persuadés que celui-ci détient quelque secret qui pourrait leur être utile. Parallèlement, la tension monte chez les Cylons concernant la marche à suivre après que la flotte s'est retirée de la bataille et refuse désormais d'engager le combat, ce pour une raison qui leur est encore inconnue.

Lassée de l'absence de son mari, Calliy décide de le confronter avant de découvrir qu'il entretient peut-être une relation extra conjugale. Starbuck mène une expédition destinée à retrouver le chemin de la Terre, mais les 22 jours de voyages infructueux commencent à faire douter l'équipage des véritable capacités du capitaine. Mis au pied du murs, les Cylons partisans de la lobotomie des Raiders reviennent sur leur décision.

Tyrol est sous le coup de la mort de Cally et commence a réévaluer ses priorités, tandis que Saul Tigh tente d'engager la conversation avec Six afin de mieux cerner sa véritable nature. L'influence de Gaius Baltar sur ses ouailles devient de plus en plus intense malgré les efforts de la présidente Roslin pour faire voter un amendement à son égard.

En mission afin de retrouver le chemin de la Terre, l'équipage du Démetrius questionne de plus en plus les décisions et la santé mentale de son commandant Starbuck après une rencontre décisive avec une ancienne connaissance. Une relation bien particulière se noue entre Gaius et Tyrol, toujours sous le coup du suicide supposé de sa femme.

Après une tentative de mutinerie sur le Démetrius, Kara Thrace prend l'initiative de vérifier les dires de Loeben en organisant, cette fois avec une équipe réduite, un saut vers le vaisseau mère cylon à bord d'un Raptor. Roslin explore quand à elle sa relation avec la maladie dans l'infirmerie du vaisseau, et remet en cause ses croyances.

Le vaisseau mère cylon rejoint la flotte humaine avec une proposition alléchante. La présidente Roslin doit quant à elle faire face à des rumeurs délivrées par Baltar qui mettent en évidence le rêve qu'elle partage avec Sharon et numéro 6.

Suite à la disparition du vaisseau mère contenant Baltar et la présidente Roslin, la flotte, alors gouvernée par défaut par un Zarek dont l'amiral Adama ne reconnaîtra jamais l'autorité, tente de se trouver un nouveau dirigeant. L'amiral Adama semble quant à lui perdre la raison, prenant un grand nombre de risques inconsidérés afin de retrouver la présidente.

Le détachement humain mené par la présidente Roslin est bloqué sur le vaisseau mère cylon après que l'hybride a effectué un bond. Pendant que la troupe rebelle cylon se dirige vers le vaisseau de résurrection et s'apprête à le détruire avec l'aide des chasseurs humains, Roslin fait son examen de conscience.

Le vaisseau mère cylon retrouve la trace de la flotte grâce à l'Amiral Adama. Commencent alors des négociations tendues afin que chaque camp y trouve son compte. Mais alors que les menaces succèdent aux tensions et que la situation escalade, les Cylons encore présents sur le Galactica tentent le tout pour le tout afin de résoudre le conflit.

L'équipe dépêchée pour explorer la Terre est dépitée ! Les premières recherches n'indiquent aucune trace de vie sur la planète. La Terre aurait subi une attaque atomique quelques 2000 ans plus tôt. Des ossements d'anciens modèles de Centurions révèlent que les Cylons étaient sur Terre auparavant. De retour au sein de la flotte, comment annoncer aux survivants que leurs derniers espoirs sont vain. Starbuck, de son côté, fait une découverte déconcertante...

La Présidente étant aux abonnés absents, l'Amiral Adama tente de reprendre les choses en mains, après la déconvenue sur la Terre. Le moral des troupes est au plus bas, mais l'espoir de trouver un nouveau foyer ne doit pas être abandonné. Pensant à leur survie sur le long terme, l'Amiral craint de n'avoir d'autre choix que de faire une alliance permanente avec les Cylons. Une proposition qui risque d'être très difficile à accepter pour beaucoup. Zarek, refusant d'envisager pareille alternative, invite les membres du Quorum à le rejoindre...

Orchestrée par Gaeta, la rébellion s'organise. Zarek est libéré pour prendre le contrôle du Quorum sur Colonial One, tandis que Gaeta mène ses troupes sur le Galactica. L'Amiral Adama semble pris au piège...

L'Amiral Adama et le colonel Tigh sont capturés par les hommes de Gaeta. Le Raptor, emmenant la Présidente Roslin en lieu sûr, échappe de peu à une attaque. Gaeta veut organiser un procès contre l'Amiral, et Zarek se charge du Quorum. Pendant ce temps, toujours à bord du Galactica, Starbuck et Apollo tentent de neutraliser l'ennemi...

Starbuck est inquiète ! Avec une balle nichée dans sa tête, Sam doit subir une intervention. Un hématome s'étant formé au cerveau, le Dr Cottle doit le résorber. Mais cette balle a ravivé des souvenirs. Sam se souvient du passé, il a vécu sur Terre... Galen informe l'Amiral qu'il a découvert des fissures sur la coque du vaisseau...

Boomer et Ellen Tigh font leur réapparition sur le Galactica à la grande stupéfaction de tout le monde. Si Ellen est ravie de retrouver ses anciens compagnons, elle déchante en apprenant que Saul a mis enceinte Caprica Six. L'amiral, pour sa part, a d'autres inquiétudes : son vaisseau menace de rendre l'âme à tout moment...

Avec Sam toujours le coma et le mystère entourant sa mort sur Terre, Kara a du mal à faire face. Les Cylons alliés demandent l'extradition de Sharon Valerii pour la juger pour sa trahison. Galen, inquiet, veut empêcher sa mise à mort...

Boomer a pris la fuite en emportant avec elle la petite Héra, qu'elle doit ramener à Cavil. Tel était depuis le départ le véritable but de sa mission. L'enfant pourrait bien être la clé qui empêchera l'extinction des Cylons... En dépit des réparations en cours, le Galactica est en piteux état. Le saut effectué par Boomer a causé de graves dommages. L'amiral Adama ne peut se résoudre à abandonner son vaisseau...

Etant donné l'état du vaisseau, l'équipage du Galactica s'active à évacuer les lieux. Mais rattrapé par les événements, l'amiral Adama se décide à donner une dernière mission au navire : Aller arracher Héra des mains de la colonie cylon. Une partie du passé de certains personnages d'importance, prenant place avant l'attaque sur les colonies, est révélée.

La colonie Cylon ayant été découverte, l'Amiral Adama décide d'agir pour sauver Hera et mettre un terme à cette guerre avec les Cylons de Cavil. Pour cette mission suicide, il réuni les volontaires. Le temps est venu de passer à l'action... Athena craint qu'il ne soit trop tard pour venir en aide à sa fille...