Après sa dernière année de lycée, Yukito Yanagi va quitter le foyer où il habitait pour se rendre chez son tuteur légal, un ami de son père décédé. Devant le lycée, il rencontre Jingi, un jeune à l'allure délurée et qui semble le reconnaître. Yukito tente de lui échapper, mais voilà que Jingi le pousse à l'eau… C'est le début de son voyage vers les îles Ayaka, un archipel mystérieux où Yukito va désormais vivre.

Matsuri entre au lycée de Suzu afin de veiller sur elle en permanence, mais il se montre distant. Dans son intérêt, et pour mener sa mission à bien, il va devoir se fondre parmi les autres élèves et enfiler son rôle de nouvelle lycéenne.

Matsuri a finalement cédé à la générosité de Suzu et décidé d'épargner Shirogane afin de pouvoir un jour retrouver son corps d'homme. Mais pris par surprise, Matsuri va voir Shirogane devenir la proie d'un autre ninja exorciste redoutable, du clan Ninokuru.

Jingi accompagne Yukito sur la troisième île, Sannoshima, pour y rencontrer Haruaki Kuruma. Ce dernier lui en apprend plus sur Aka et la mystérieuse énergie qui parcourt l'archipel. Yukito compte bien profiter du voyage pour se lier d'amitié avec les deux disciples de Kuruma, Yoka et Chatarô.

Les séismes s'enchaînent dans l'archipel d'Ayaka. Yukito s'inquiète, mais les habitants ont l'air habitués à ces secousses. Un matin, Jingi emmène Yukito se recueillir sur la tombe de son père, Makoto Yanagi.

Ibara se lance à la poursuite de l'ara-mitama qui est apparu en ville. Yukito s'interpose alors qu'elle est en difficulté, et Yako et Chatarô ne tardent pas à les rejoindre. La créature donne du fil à retordre aux apprentis maîtres Ley, qui doivent unir leurs forces pour la vaincre.

Momoko raconte à Yukito les événements qui ont mené à la brouille entre Haruaki et Aka. Avant le réveil du dragon et l'éruption volcanique, les deux hommes étaient bons amis et se préparaient à prendre la relève de leur maître. Mais le destin en a décidé autrement.

Un festival va avoir lieu au sanctuaire Kasen. Yukito est excité à l'idée de pouvoir y aller avec ses nouveaux amis. Jingi lui confie le masque que portait Makoto, le père de Yukito, lors des festivités. Yukito découvre une autre facette de l'archipel, et participe pour la première fois à un tel événement avec des amis.

Le volcan de Yonnoshima entre en éruption pendant le festival. La priorité est de faire évacuer les habitants et les touristes, alors que les séismes s'enchaînent. Yukito aide Momoko à mettre les habitants de Ninoshima en sécurité. C'est alors que Kurama arrive et demande à lui parler à l'écart. Il veut lui révéler ce qu'il sait sur la naissance de Yukito avant d'aller tenter de calmer le dragon de feu.

Le dieu dragon de feu se déchaîne sur l'île volcanique, et les disciples de Makoto Yanagi ont bien du mal à le contenir, malgré l'aide inattendue de leurs propres disciples. Jingi, de son côté, se remémore ses liens avec Yukito, et se souvient qu'il connaissait sa véritable nature depuis le début. Le moment est venu pour lui de respecter la résolution qu'il avait prise il y a des années de cela.

Le dragon de l'eau enfin réveillé affronte celui du feu dans un combat titanesque. Mais même si l'harmonie est restaurée, le prix a payer est lourd et la victoire a un goût amer. Les proches de Jingi affrontent l'épreuve chacun à sa manière.

Yukito, sous la forme du dragon de l'eau, plonge dans les veines Ley à la recherche de Jingi. À l'intérieur, il reçoit l'aide de son père, Makoto. Mais ceux restés à la surface ne sont pas en reste, et tout le monde tente d'aider Yukito du mieux qu'il peut.