Ben Hawkins, un jeune fermier, qui suite à la mort de sa mère, trouve refuge au sein de la troupe d'un cirque itinérant, "Carnivàle". Le révérend Justin, qui officie dans la petite ville de Mintern. Ces deux hommes possèdent des dons. Ben est un guérisseur, sujet à des rêves qui le transportent sur les traces d'un certain Scudder. Quant à Justin, il est tourmenté par les mêmes visions et est persuadé qu'il s'agit là de manifestations "divines". Mais se dessine dans le lointain, un combat entre le Bien et le Mal. Et ni Ben, ni Justin, ne savent encore le rôle qu'ils auront à jouer...

Ben et Justin dorment et partagent sans le savoir, le même rêve. Ils sont dans un café, installés au bar, lorsque deux hommes rentrent, l'un en complet noir et l'autre en uniforme de militaire. Une phrase résonne "chacun est prophète en sa demeure" puis survient une explosion. Ben se réveille en sursaut. Le lendemain, des phénomènes étranges se produisent: Ben va fouiller un chariot à bagages qui n'existe pas et y découvre une photographie de sa mère... De son côté, Justin ameute les fidèles lors de son sermon à l'église et parmi eux de nouveaux arrivants, les émigrants...

La troupe de forains arrive à Tipton et commence à s'installer à proximité de cette ville, très appauvrie par la crise. Alors que Jones et Ben font des courses en ville, la petite fille que ce dernier a guéri le reconnaît. Se forme alors une émeute autour de lui... A Mintern, Justin qui a réussi à obtenir l'ancien tripot "Chez Chin" le transforme rapidement en une "Mission de la Dignité", où les habitants et notamment les migrants, viennent assister à ses sermons...

La colère monte parmi les forains qui ne comprennent pas ce qu'ils sont venus faire au milieu de nulle part. Jones se fait leur porte- parole et demande à Samson de s'entretenir avec le Grand Patron. Mais celui-ci a un rendez-vous bien plus urgent auprès de Jolene, une prostituée. Sofie a décidé, quant à elle, d'aller en ville tester son pouvoir de séduction et ce, malgré les mises en garde de sa mère. De son côté, Lodz a convaincu Ben de le suivre vers un lieu encore inconnu, où il doit lui dévoiler un secret... Soudain une tempête se lève et les forains se retrouvent pris au piège. Dans sa bourgade, Justin reçoit la visite du révérend Balthus qui lui informe du mécontentement de l'évêque concernant sa nouvelle Mission...

La troupe arrive dans la petite ville de Babylone. Etrangement tout est désert, pas d'âme qui vive. Les forains en profitent pour aller faire la fête dans le bar du coin où le patron les accueille, un certain Stringer. Le lendemain soir, les mineurs arrivent par centaines, et les attractions ont du succès, surtout le spectacle de danseuses nues... Ben, quant à lui, est prisonnier de la mine...

La nouvelle de l'assassinat de la jeune danseuse nue, Dora Mae, se répand parmi les forains. Tous sont accablés et réclament Vengeance. Samson demande au chef des mineurs de lui ramener le meurtrier. Ben, de retour de son voyage entre rêve et réalité à travers les souterrains de la mine, apprend à son tour la terrible nouvelle. Au même moment, Justin, affligé, au milieu des ruines encore brûlantes de sa Mission, repense aux enfants qui ont trouvé la mort dans l'incendie. Il doute et décide de tout quitter...

Le révérend Justin se jette du haut d'un pont. Il se réveille de sa chute, blessé, et aperçoit au loin, des enfants russes... Du côté des forains, Stumpy et Libby veulent quitter la troupe pour refaire leur vie à Hollywood avec Sofie, mais Rita Sue s'y oppose vivement. Plus tard, Ben apprend par Lodz que Ruthie et Scudder ont été amants et fait une crise de jalousie...

Ben continue à cauchemarder. Alors que les forains ont fini de monter leurs attractions, Samson décide de confier une mission à Ben, au grand étonnement de Lodz. Il doit retrouver la ville de Gunderson et l'homme-scorpion qui y réside. Sofie qui a l'air d'aimer danser, attire l'attention de Rita Sue, qui lui propose de faire partie de leur numéro. En Californie, le révérend Justin est interné dans un hôpital psychiatrique où sévit le docteur Finch, qui administre à ses patients un traitement de "choc". Pendant ce temps, Tommy Dolan, continue par le biais de son émission de radio à lancer des avis de recherche pour retrouver Justin...

Ben refuse de dormir, il veille et s'épuise peu à peu. Lodz attend qu'il sombre dans le sommeil pour parvenir à entrer en communication avec lui par le chemin de ses rêves. Niveau finance, la petite troupe est au plus bas. Samson décide d'organiser une soirée spéciale afin de renflouer les caisses. Au même moment, Sofie découvre qu'elle possède le don de voyance et a une terrible révélation. De son côté, le révérend Justin sort de l'hôpital psychiatrique pour rejoindre sa soeur, Iris...

Les forains font étape près de la frontière mexicaine. Samson en profite pour aller enquêter avec Ben sur le "Nouvel Ordre des Templiers", dont Scudder faisait partie. Sofie, quant à elle, a une autre vision où Toady , un templier, se tient devant elle et lui déclame cette phrase obscure: "chacun est prophète en sa demeure". Et, Stumpy, que Rita délaisse, tombe sous le charme d'une danseuse mexicaine et décide de l'embaucher...

Avec la bénédiction du Patron, Ladz conçoit un plan pour atteindre Ben, lequel est devenu vulnérable depuis ses récentes disputes avec Ruthie. Chez les forains, Rita Sue relègue Catalina au second plan et Sofie tire les cartes à Stumpy mais, ce qu'elle découvre, l'inquiète... Dans le Mintern, le Révérend Balthus est préoccupé par les influences extérieures qui entourent le frère Justin, notamment celle de Tommy Dolan...

Ben est confronté à une crise qui le place entre la vie et la mort. Et, pour la première fois, suivant les conseils de Lodz, Ben va rencontrer le Grand Patron. Stumpy et Rita passent un accord pour sauver leur mariage. De son côté, Sofie crée une rencontre entre Libby et Jonesy dans le seul but de déclencher la fureur de sa mère...

Alors que le révérend Balthus vient voir Justin, il a une attaque et s'effondre. A l'occasion d'une diffusion de ses sermons à la radio, Justin rallie de nouvelles personnes à sa cause, notamment un prisonnier. Au cirque, la roulotte d'Apollonia brûle encore. Sofie est sauvée, mais sa mère décède. Pendant ce temps, Ben se confronte au Grand Patron et l'accuse d'avoir tué Lodz de ses mains. Puis, il comprend qu'il doit chercher son père, Henry Scudder, et part sur la piste de frère Korrigan qui l'a connu...

Alors que dans la prison, Varyln Stroud entend de nouveau l'appel de Justin et tente de s'échapper, Ben rend visite au Père Kerrigan. Sur le chemin du retour, il croise Sofie qui erre sans but. A Mintern, tandis qu'Iris se méfie de Tommy Dolan, Justin s'occupe du Temple de Jéricho qu'il va installer en contrebas de l'arbre de sa vision. Le Grand Patron explique à Ben que l'homme tatoué n'est autre que le Passeur, l'incarnation du mal, et qu'il doit se préparer au plus vite à l'affrontement. La caravane continue sa route, direction le Texas. Sofie, incapable de continuer à lire les cartes, aide les hommes à monter et démonter le chapiteau...

Au cirque, alors que Ruthie croit apercevoir Lodz, Ben demande à Sofie de lui lire les cartes. Mais celle-ci refuse. Justin et Iris reçoivent le révérend Balthus. L'occasion pour le prêtre de révéler ses sombres ambitions. Varlyn Stroud, toujours sur les traces de Scudder, arrive à Babylon. De son côté, Tommy Dolan enquête sur l'incendie du Ministère et interroge un autre témoin...

Balthus, hébergé chez Justin et Iris, est une nouvelle fois confronté aux abus de pouvoir du prêtre. Ben rencontre la "vieille" et découvre de sombres secrets sur sa famille et sa destinée. Avant qu'il ne parte, elle lui donne une dague que son père avait laissée pour lui. La femme à barbe cherche qui aurait pu tué son compagnon. Ses soupçons se portent sur Samson. Et Sofie révèle à Jonesy, les circonstances de l'incendie de la roulotte...

Tommy Dolan révèle à Justin que c'est Iris qui a incendié le Ministère. Ben se rend chez un fabriquant de masques funéraires, qui lui apprend que son père est vivant. Sachant Ben sur les traces de Scudder, Varlyn Stroud rejoint la Caravane de l'étrange. Sofie accepte de lire les cartes à Ben. Enfin, Justin reçoit un paquet dans lequel se trouve le masque de Ben...

Le cirque a repris sa route, vers Damascus, et croise un groupe de forains. C'est l'occasion pour Sofie et Ben de lier plus intimement connaissance, et pour Samson de retrouver son ex-épouse, Sabrina, la femme-scorpion. De son côté, le Père Justin fait arrêter Dolan, grâce à une fausse confession...

A proximité de Damascus, Ben a des visions et apprend que son père a travaillé dans un abattoir. Il se rend dans l'hôtel où Scudder a séjourné, y croise Stroud et retrouve son père, défiguré par de l'acide. Le Père Justin s'oppose à ses supérieurs cléricaux qui veulent lui dicter sa conduite, et enflamme les foules lors de ses sermons. Pendant ce temps, au cirque, Libby et Jonesy se retrouvent loin des roulottes pour faire l'amour. Et Ben prend le chemin du retour en compagnie de son père...

Après avoir été transporté en vision devant l'Arbre, Ben reçoit les pouvoirs de Lucius Belyakov, le Grand Patron. Au campement, Samson découvre le corps sans vie de ce dernier au moment même où Ben pénètre dans la caravane et lui annonce qu'il l'a tué. Justin sait qu'il s'est passé quelque chose et confie le soin à Talbot Smith de trouver quoi. Enfin, tandis que Sofie est engagée pour être la bonne de Justin, au cirque, la grande roue s'écroule faisant des morts et des blessés. Quant à Jonesy et Libby, saoûls, ils se sont mariés...

Justin rêve de la grande roue et devine que son ennemi s'y trouve, pendant que sa soeur part à la recherche d'Eléonore, leur vieille servante qui a aperçu les yeux démoniaques de l'ecclésiastique. Arrivée dans le Wyoming, la caravane s'installe pour la nuit. Là, des hommes en profitent pour kidnapper Jonesy, tenu pour responsable de l'accident de la grande roue qui a tué la femme d'un des agresseurs. Ces derniers l'emmènent dans le désert où ils torturent et laissent Jonesy pour mort avec à ses côtés sa femme, impuissante, et des vautours attirés par la perspective d'un festin...

Dans la nuit, un homme nu, Lodz, se glisse dans la caravane de Lila et lui fait l'amour. Mais lorsqu'elle découvre le visage de son amant, il s'agit de celui de Ruth. Pendant ce temps, Ben ramène Libby et Jonesy au campement, pressé de repartir au motel de sa vision, dans lequel son père est sur le point d'être sacrifié par son successeur, Justin...

La prochaine étape de la caravane est New Canaan en Californie, un immense campement religieux formé autour du Père Justin. Les forains sont inquiets et Lila confronte Samson sur sa responsabilité dans le meurtre de Lodz. Pendant ce temps, armé de la dague, Ben s'immisce dans la maison de son ennemi. Là, il rencontre Iris qui l'invite à se faire baptiser par son frère...

La caravane a rejoint les désespérés et les affamés qui se sont regroupés autour du Père Justin. Samson met au point un plan pour que Ben puisse piéger Justin. Sofie, poursuivie par le fantôme de sa mère, fait une malheureuse découverte. Et bientôt a lieu l'inéluctable rencontre entre le Prince de la Lumière et celui de l'Obscurité...