Depuis qu’en 1973 une forme de vie fortement hostile a débarqué sur Terre, l'humanité vit un cauchemar. Même les TSF, robots bipèdes spécifiquement créés pour contenir l’invasion et pilotés par des soldats, sont impuissants à vaincre l’envahisseur. En 1998, ces créatures surnommées BETA attaquent brusquement le Japon…

Lorsque Takeru Shirogane se réveille, il croit d'abord avoir fait un mauvais rêve : les BETA, la majeure partie de l'humanité sacrifiée... Mais dès qu'il sort, il comprend qu'en réalité, il a remonté le temps, ce qui lui donne une deuxième chance d'empêcher l'irréparable.

Pour tirer le meilleur parti de sa connaissance des événements à venir, Takeru motive subtilement ses camarades et révèle à Yûko ce qu’il sait de l'attaque imminente des BETA. Bien que sceptique, celle-ci va pourtant décider de le croire.

Les performances étourdissantes de Takeru aux commandes de son TSF ébahissent son instructeur et ses camarades de l’escouade. Il en profite pour suggérer quelques modifications plutôt originales dans la programmation de l’ordinateur, en se basant sur son expérience passée.

La visite du secrétaire général des Nations unies se révèle plus pénible qu’attendu, et le pauvre Takeru ne s’en sort que couvert de bleus et d’égratignures. Ce qui ne va pas l’empêcher d’aller travailler Yûko au corps pour qu’elle accepte d’installer un nouvel OS sur les TSF de ses coéquipières…

Depuis l’évaluation, Takeru est souvent plongé dans des rêves très réalistes où il retourne dans son monde. Pour Yûko, bien plus que de simples songes, il s’agit plutôt de voyages interdimensionnels, d’où l’idée d’envoyer Takeru solliciter l’aide de la Yûko d’origine…

Takeru revient dans la dimension présente encore plus déterminé à sauver ce monde qui n’est pourtant pas le sien. Devant le succès de l’expérience, Yûko déroule pour lui l’histoire de la guerre de l’humanité contre les BETA et révèle enfin d’où vient Kasumi.

L’écart entre le monde précédent de Takeru et celui-ci devient de plus en plus net, avec la prise du pouvoir par une partie de l’armée impériale. Cette crise politique majeure, en pleine guerre contre les BETA, risque d’aiguiser les appétits les plus féroces, surtout celui d’un pays allié majeur…

Takeru s’imagine avoir été plus ou moins banni du théâtre des opérations, loin de la capitale et de ses combats, jusqu’à ce qu’il tombe nez à nez avec le shogun. Et ce n’est pas ce qui va le plus le surprendre…

La très respectée passagère de Takeru supporte mal son voyage en TSF, trop brutal pour son organisme épuisé. Un gradé de l’armée américaine suggère un traitement a priori adapté, mais Takeru rechigne à le lui injecter, pensant aux possibles effets secondaires et doutant des réelles intentions des alliés du Japon…

La situation semble peu à peu se débloquer grâce à une ingénieuse suggestion de Meiya, qui va se charger de donner le change pour permettre au shogun de s’enfuir en toute sécurité. Reste à convaincre les rebelles de se rendre sans plus d'effusions de sang…

Tout semble fait pour que la crise s'envenime et se termine en carnage. L'un des hommes de Walken manipule le sous-lieutenant Irma par hypnose et lui fait tirer sur le peloton 207, accroissant la confusion.

L’OS conçu par Takeru fait une nouvelle fois la preuve de son efficacité, et lorsque l’unité 00 fait feu à bord du Susanoo II, rayant la ruche de la surface de la Terre, c’est une véritable vague d’enthousiasme qui saisit les témoins de la scène. C’est presque trop beau pour être vrai…

Malgré la destruction de leur ruche, les BETA sont beaucoup trop nombreux, ce qui force les troupes coalisées à changer quelque peu leurs plans. Takeru s’élance avec l’unité 00, toujours évanouie, jusqu’au navire qui doit permettre son évacuation…

Pour faire le maximum de dégâts parmi les BETA et ainsi sauver des millions de vies, la capitaine Isumi va prendre une décision extrême, motivée également par une certaine culpabilité par rapport à ses erreurs passées. Toujours aussi pragmatique, Yûko lui donne sa bénédiction.

L’Opération 21 est un succès du point de vue militaire, puisque la cible a été détruite, mais du point de vue expérimental, la façon dont elle s’est achevée a donné du grain à moudre aux opposants au projet Alternative IV. Les blessures n’auront pas le temps de cicatriser : une nouvelle attaque de ruche est prévue dans les deux semaines.