Après la mort de ses parents, Jax s'inscrit à l'Académie de formation de la flotte sur Terre où elle apprend à défendre la galaxie contre les menaces intergalactiques et fait une découverte choquante sur sa propre identité.

Lorsque Atria Nine apprend que le chef Adari, Seeker Creston Hubbell, prendra la parole sur le campus, elle demande l'aide de Jax et du groupe d'étude pour se dresser contre ses anciens maîtres afin d'aider à libérer ses sœurs et frères clones de l'oppression sur son monde natal.

Un vétéran de guerre du légendaire croiseur de combat spatial Sea Hawk fait une révélation choquante à Jax et Greg qui pourrait conduire Jax à découvrir qui a réellement tué ses parents.

Jax rejoint Xander et ses camarades cadets pour répondre à un appel de détresse d'urgence provenant d'un laboratoire secret, pour découvrir qu'une expérience mortelle a infecté les scientifiques et les cadets.

Le père télépathe de Thomas arrive sur le campus et tente d'enrôler son fils éloigné dans un braquage dangereux dans lequel rien n'est aussi simple qu'il y paraît.

Lorsque les implants bio-organiques de Pilar sont piratés, Jax et Ralen mènent une enquête pour aider à sauver leur amie et découvrir qui est responsable et les empêcher de continuer à tourmenter Pilar.

Jax découvre un secret mortel de son passé qu'elle cherche désespérément à comprendre avec l'aide de Ralen et Pilar tandis que le CIS devient de plus en plus méfiant à l'égard des loyautés divisées de Xander.

Lorsque Xander enrôle Jax dans une mission dangereuse dans laquelle elle doit raviver une relation avec une ancienne flamme, Xander doit affronter ses propres sentiments pour Jax et se demander si tous les ordres sont censés être obéis.

Coincés sur une planète extraterrestre, Jax, Xander et Ralen sont bloqués sans aucun moyen de rentrer chez eux. Ils doivent s'unir pour survivre, mais des loyautés partagées menacent de les détruire de l'intérieur. Et Jax sera finalement forcée de choisir son allégeance s'ils survivent à cette longue nuit.

Ralen est en danger de mort après avoir été accusé d'avoir saboté le Terechkova. Mais même Jax doute de la véracité de ses dires lorsque sa femme arrive de Zatar pour le défendre.

Alors que les élèves de l'Académie de la Flotte se préparent à célébrer le Jour de l'Armistice (l'anniversaire de la fin de la guerre zatarienne), Jax peine à accepter la révélation du mariage de Ralen. Et qui accompagnera qui au grand bal de l'Armistice ? Pendant ce temps, Ralen doit décider à qui appartient réellement sa loyauté.

Jax et Xander ont fort à faire alors qu'un dangereux jeu du chat et de la souris éclate sur le campus ; Jax rencontre un allié surprenant qui non seulement la protège, mais fait également la lumière sur qui elle est vraiment ; Thomas recherche son père disparu.

Jax et Xander doivent affronter Tierney pour arrêter ses plans sinistres de domination galactique ; le mouvement populaire d'Atria sur Adar pour se présenter comme Seeker peut avoir de graves conséquences pour les clones ainsi que pour ses amis.

Jax et Xander, qui travaillent désormais tous deux pour les services de renseignement de la Confédération terrestre, traquent la fugitive Tierney et découvrent qu'elle recherche une arme destructrice qui peut potentiellement détruire l'univers entier.

Jax, Xander, Ralen et Matta suivent la mère de Jax, Eve et Tierney, jusqu'à une planète lointaine, dans l'espace inexploré du système Horatius. À leur arrivée sur le Monde de Clayton, ils découvrent l'un des vaisseaux de l'Arche, le Clayton, qui faisait partie de la Grande Migration venue de la Terre 150 ans plus tôt. Sur la planète, ils découvrent les origines des premiers voyageurs, mais se retrouvent dans le collimateur de leur étrange secte religieuse. Le petit groupe découvre bientôt que la secte est prête à tout pour maintenir son ordre sinistre. Pendant ce temps, de retour à l'Académie de Formation de la Flotte Earthcom sur Terre, après avoir reçu une seconde chance, Jett commence à semer la zizanie, mais finit par mettre à rude épreuve ses relations, notamment avec Zazie. Des secrets sont révélés par Eve et Jett.