La découverte de la tombe perdue de longue date de Antony & Cléopâtre déclenche une poursuite internationale entre un brillant expert en antiquités, un voleur rusé et un terroriste impitoyable.

Danny se fait passer pour le marchand d'armes Aiden Shaw afin d'extraire des informations sur l'emplacement du terroriste Karim Farouk auprès d'un intermédiaire qui doit de l'argent à Shaw. En outre, Farouk obtient un indice sur l'emplacement du sarcophage de Cléopâtre et Lexi se lie avec le père Chuck lorsqu'elle demande son aide pour déchiffrer des informations codées.

Un indice vital mène Danny et Lexi dans un château autrichien où les Allemands ont peut-être caché le sarcophage de Cléopâtre pendant la Seconde Guerre mondiale. Fabi sauve l’assistant kidnappé du Dr Castillo. Hardwick révèle des informations à Fabi et Gwen sur d'autres personnes qui recherchent Cléopâtre.

Un allié peu probable révèle à Lexi qu'un responsable égyptien a des dossiers qui pourraient la conduire à Farouk. Mais pour obtenir des informations, elle doit enrôler Danny dans un plan dangereux en lui mentant sur la source de son avance. Farouk prend également le risque de récupérer les objets volés des pyramides, dont il a besoin pour financer ses opérations.

Danny et Lexi suivent un indice dans les montagnes d’Espagne à la recherche d’un wagon égaré portant le sarcophage de Cléopâtre lorsqu’il a disparu. En outre, Lexi croise le chemin avec le revendeur d'antiquités Simon Hardwick, qui lui fournit de nouvelles informations sur la Confrérie des Sérapis.

Danny et Lexi doivent improviser pour rester en vie et hors de prison lorsqu'ils sont coincés à Casablanca avec les forces de l'ordre et leurs ennemis sur leurs traces. En outre, l’enquête personnelle de Hardwick sur la Confrérie des Serapis le place dans une situation dangereuse.

Le FBI offre à Danny et Lexi des informations qui les aideront dans leur recherche de Cléopâtre, mais seulement si Danny parvient à amener son père incarcéré, Patrick, à renoncer à l'emplacement des peintures qu'il a aidé à voler 20 ans plus tôt. De plus, Farouk s'occupe d'une fin lâche et fait un grand pas en avant dans son plan directeur.

Danny et Lexi recherchent un célèbre chasseur nazi dont les recherches les mènent à Montréal, où ils soupçonnent que le dernier des nazis qui s'est échappé avec Cléopâtre est peut-être encore vivant et caché. De plus, les tensions entre Gwen et Fabi atteignent leur paroxysme.

Après avoir presque capturé Farouk dans une opération de piqûre, Danny et Lexi enrôlent Hardwick pour puiser dans ses contacts de la pègre dans l'espoir de coincer Farouk avant qu'il ne disparaisse à nouveau. De plus, Gwen, fatiguée des tactiques de Danny et Lexi, arrête le père Chuck pour les avoir aidés.

La piste du sarcophage de Cléopâtre mène Danny et Lexi au Triangle des Bermudes, où un contact de Shaw propose de l’aider à localiser l’avion d’un passeur qui avait disparu plusieurs années plus tôt. Gwen attire l'attention indésirable lorsqu'elle enquête sur un transfert d'argent suspect.

Hardwick aide Danny et Lexi à tenter de déjouer la Confrérie. Danny apprend des révélations choquantes qui brisent tout ce qu'il pensait savoir de son passé.

Les secrets sont révélés, les destins sont scellés et la vie de Danny et Lexi ne sera plus jamais la même après la mise en œuvre du plan directeur de Farouk.

Alors que Danny et Lexi ont fini de traquer les dernières antiquités de Farouk sur le marché noir, ils commencent à faire des plans pour leur avenir. Mais leurs plans sont bouleversés lorsque le Vatican est attaqué par des terroristes. Une personne du passé de Danny revient, les entraînant dans une nouvelle chasse pour récupérer l'un des plus grands trésors perdus d'Asie, la bannière spirituelle de Genghis Khan.

La recherche de Kate Reece conduit Danny et Lexi au Vietnam, où ils retrouvent nul autre qu'Aiden Shaw. Les talents de combattante de Lexi sont mis à l'épreuve alors que l'équipe infiltre le dangereux Black Lotus - un club de combat clandestin - où ils découvrent un nouveau terroriste vicieux.

Une visite à Simon en prison permet d'obtenir de nouvelles informations sur les dernières allées et venues de la Bannière de l'Esprit, envoyant l'équipe en Russie.

Danny et Lexi s'associent à la bande de Levchenko pour un voyage en Mongolie. Levchenko espère trouver la Bannière Spirituelle pour lui-même, malgré la horde du Grand Khan qui le poursuit.

À la recherche de la Bannière de l'Esprit, Simon tente de conclure un marché, sans savoir que Lexi, Danny et Shaw sont à ses trousses. Ce qu'ils découvrent les conduit à Hong Kong tandis que Danny s'inquiète de plus en plus du contrôle que Violet exerce sur Lexi.

Sur la piste de nouveaux indices, Danny, Lexi et Violet traversent une dangereuse friche chimique au Kazakhstan jusqu'à Aralsk-7, une installation d'armes biologiques abandonnée. Pendant ce temps, Chuck commence son enquête sur les liens entre le Vatican et la Bannière des Esprits.

Danny enrôle son père, Patrick, dans leur quête de la bannière spirituelle. Patrick les conduit dans une base secrète au Laos, où il fait un aveu surprenant à Lexi sur le secret qu'il cache à son fils.

Après s'être écrasée dans la jungle du Laos, Lexi est gravement blessée. Danny et Patrick sont alors pressés de trouver un refuge. Pendant ce temps, Chuck découvre de nouvelles informations sur les relations entre le Vatican et la CIA.

Alors que leur équipe s'apprête à trouver l'emplacement de la bannière spirituelle, Danny est obligé de choisir son camp entre Lexi et Kate.

La traduction du parchemin récemment récupéré emmène Danny, Lexi, Kate et Violet dans la toundra enneigée de Mongolie, avec des résultats mortels.

Lexi est kidnappée après avoir fait une découverte choquante. Shaw utilise un contact de la pègre pour l'aider, lui et Danny, à découvrir son emplacement et à affronter le gang de criminels de Kahn.

Les dernières pièces du plan de Kahn se mettent en place alors que Danny et Lexi doivent mettre leurs différences de côté afin d'arrêter Kahn et Simon avant qu'il ne soit trop tard.

Réalisant qu'ils ont mordu à l'hameçon de Kahn et qu'ils ont mis la vie de millions de personnes en danger, Danny et Lexi se retrouvent face à face avec Kahn dans une bataille finale au-dessus de Hong Kong.