Le nouvel inspecteur James Gordon et son coéquipier Harvey Bullock enquêtent sur le meurtre des parents milliardaires du petit Bruce Wayne.

Gordon et Bullock enquêtent sur une affaire de trafic humain. Le Pingouin se rapproche progressivement de Gotham.

Gordon et Bullock sont à la recherche d'un justicier qui tue les habitants corrompus de Gotham en les attachant à des ballons météorologiques.

Alors que le projet de réaménagement du quartier d'Arkham doit être voté prochainement, les hommes politiques des deux bords sont en danger.

Gordon et Bullock cherchent d'où vient cette nouvelle drogue qui provoque l'euphorie, puis la mort. Cobblepot s'immisce dans le cercle restreint de Maroni.

Alors qu'un tueur s'en prend à la fille de l'une des riches familles de Gotham, Bullock revit des souvenirs traumatisants.

Le Pingouin révèle un nouvel élément de sa stratégie manipulatrice. Gordon doit alors gérer les conséquences de la décision qu'il a prise d'épargner la vie du Pingouin.

Un homme est retrouvé mort après une bagarre. Gordon et Bullock cherchent à comprendre ce qui s'est passé. Bruce retourne à l'école, où il a du mal à se faire des amis.

Harvey Dent, qui essaie de résoudre le meurtre des Wayne, encourage Gordon à faire équipe avec le maire Aubrey James. Le Pingouin contacte Liza, l'arme secrète de Mooney.

Selina essaie d'échapper à ses assassins à Gotham. Gordon est réaffecté à une autre mission à cause d'une maladresse.

Muté dans l'asile d'Arkham, Gordon commence son nouveau travail sur les chapeaux de roues, avec le meurtre d'un gardien. L'enquête le conduit jusqu'à Leslie Thompkins.

Dans l'espoir de récupérer son poste, Gordon essaie de capturer Jack Gruber, une sorte de savant fou qui s'est échappé de l'asile d'Arkham.

Le témoin clé d'un homicide décède pendant sa garde à vue. Gordon soupçonne un coup monté de l'intérieur et consulte un vieil ami pour essayer de comprendre.

Fish parle à Maroni du double jeu de Cobblepot. Gordon et Bullock pourchassent un tueur qui cible des personnes atteintes de phobies.

Gordon et Bullock veulent arrêter un professeur de biologie qui prélève des organes sur les victimes de ses meurtres. Mooney continue à comploter pour prendre du pouvoir.

Gordon emmène Leslie au cirque, mais un meurtre a eu lieu au sein de la troupe. Falcone fait appel à Butch Gilzean pour aider le Pingouin avec la boîte de nuit.

Après plusieurs cambriolages de banques, Gordon et Bullock enquêtent sur un gang de braqueurs. Selina Kyle continue à se rapprocher de Barbara.

Gordon recherche des informations qui pourraient compromettre Loeb. L'allégeance de Fish envers les prisonniers est remise en question.

Gordon et Bullock enquêtent sur une affaire centrée sur un tueur en série qui cible les jeunes femmes de Gotham. Fish organise son évasion de la clinique.

Gordon et Bullock enquêtent sur l'Ogre, qui se rapproche d'une personne proche de Gordon. Bruce et Selina montrent que le conglomérat Wayne Enterprises est corrompu.

L'Ogre manipule Barbara alors que Gordon et Bullock font tout pour le retrouver. Le Pingouin est à l'origine d'un massacre qui va déclencher une guerre épique.

La guerre des gangs de Gotham atteint un point critique. Fish Mooney, Maroni et le Pingouin se disputent la tête de la pègre.

Tandis que Bruce en apprend davantage sur les secrets de son père décédé, Gordon s'allie à contrecœur avec Oswald Cobblepot.

Gordon mène l'équipe lancée à la recherche des évadés d'Arkham. De son côté, Alfred prend des mesures extrêmes pour protéger Bruce.

Alfred persuade Bruce d'assister au gala de charité d'un hôpital pour enfants, mais l'événement s'achève brusquement sur une note sinistre.

Une tragédie dans son département déclenche la promotion de Gordon et le pousse à confirmer sa détermination à combattre le mal. Galavan déploie son plan pour Gotham.

La criminalité explose à Gotham quand le Pingouin et Galavan font alliance avec une famille d'incendiaires. Une vieille querelle resurgit entre les Galavan et les Wayne.

Déboussolée, Bridgit se demande quoi faire, tandis que le Pingouin et Galavan continuent leur quête mortifère du pouvoir.

Plein d'amertume, Pingouin jure de libérer sa mère, retenue prisonnière. Peu de temps après leur première rencontre, Silver et Selina se disputent au sujet de Bruce.

Barbara sort d'un cauchemar glaçant, tandis qu'un Galavan assoiffé de pouvoir fait à Bruce une offre difficile à refuser.

La face sombre de Gordon inquiète terriblement Lee qui le fait savoir. Edward soigne le Pingouin blessé et en profite pour lui demander conseil.

Selina et Bruce renouvellent leur partenariat. Quant à Gordon, il est plus décidé que jamais à maintenir Galavan derrière les barreaux.

Quand Bruce est enlevé, Gordon se tourne vers un allié improbable pour empêcher Galavan de se venger des Wayne.

Gordon se prépare à un important témoignage. Pendant ce temps, un nouveau vilain glaçant apparaît à Gotham, doté du pouvoir de donner la mort par congélation...

Alfred confie ce qu'il a appris sur l'homme qui a tué les parents de Bruce. La police se prépare à enfermer un nouveau détenu à l'asile d'Arkham.

Le Pingouin continue son travail avec Hugo Strange, persuadé d'être capable de “soigner” son agression. Bruce est déterminé à retrouver le meurtrier de ses parents.

Gordon et Bullock enquêtent sur le cambriolage d'un musée, tandis que le Pingouin retrouve des amis de longue date.

Gordon goûte à la vie de prison, et Bullock donne une nouvelle dramatique. De son côté, le Pingouin doit gérer sa difficile famille.

Acculé, Gordon travaille à laver sa réputation, tandis que le Pingouin découvre l'incroyable vérité concernant la mort de son père.

Barbara essaie de se rapprocher de Gordon et de reprendre leur relation. Bruce et Alfred se mettent à la recherche de l'un des anciens associés de Thomas Wayne.

Tandis que Gordon interroge le professeur Strange sur un programme ancien nommé "La ferme de Pinewood", un dangereux nouveau vilain s'apprête à attaquer la ville.

Le vœu d'Azraël de tuer Gordon pousse le Pingouin à sortir de sa cachette, mais c'est Bruce qui devient rapidement sa nouvelle proie.

Aidé de Gordon, Lucius et Alfred, Bruce part à la rescousse de Selina. Mais avant toute autre chose, il leur faut trouver le labo secret du professeur Strange.

Gordon subit une transformation suite à l'administration d'une drogue dans le labo du professeur Strange, tandis que de nouvelles menaces planent sur Gotham.

Gordon travaille en tant que chasseur de primes dans un Gotham infesté de monstres. Il cherche des réponses concernant les évadés d'Indian Hill et veut savoir pourquoi leurs pouvoirs semblent les tuer. Le sosie de Bruce erre dans la rue. Barbara et Tabitha ouvrent un nightclub nommé The Sirens.

Fish Mooney prend les choses en main pour localiser Hugo Strange, forçant Gordon à s'associer avec la journaliste Valerie Vale pour la retrouver. Le Pingouin gagne en popularité après avoir critiqué le travail du GCPD et les recherches sur la Cour des Hiboux faites par Bruce sont compromises. Pendant ce temps, Ivy Pepper réapparait à Gotham City.

L'hypnotiseur Jervis Tetch alias le Chapelier Fou arrive en ville pour retrouver sa soeur Alice, et engage Gordon pour la rechercher. Le Pingouin annonce sa candidature pour le poste de maire.

Alice Tetch est amenée au GCPD mais Gordon sait que son frère Jervis va venir la chercher. L'élection du nouveau maire approche à grands pas tandis que Bruce et Alfred poursuivent activement le sosie de Bruce.

Le nouveau maire jouit de sa popularité et la criminalité commence à baisser dans Gotham, jusqu'à ce que le gang des Red Hood réapparaisse et le provoque. Bruce Wayne se lance à la recherche d'Ivy.

Le Chapelier Fou force Jim Gordon à prendre de terribles décisions pour sauver d'innocentes personnes. Un visage familier resurgit dans la vie de Nygma.

Après être entré en contact avec un puissant psychotrope, Gordon se met à halluciner et à se confronter à son passé, présent et futur. Le Pingouin, de son côté, vit mal la nouvelle relation de Nygma.

Barnes commence à ressentir les effets de son récent incident. Cobblepot ne supporte plus la relation de Nygma et Lee se prépare à célébrer ses fiançailles.

À la recherche de preuves, Gordon et Bullock suspectent de plus en plus Barnes. Nygma s'inquiète du manque de nouvelles d'Isabella. Ivy révèle sa nouvelle identité à Selina et Bruce.

Alors que le mariage de Mario et Lee approche, ils deviennent les cibles de plusieurs attentats. Gordon se charge de retrouver les commanditaires. Nygma, de son côté, cherche à se venger et Bruce en apprend plus sur la Cour des Hiboux.

Un nouveau meurtre à Gotham semble indiquer qu'un autre infecté au sang d'Alice Tetch est en ville. Gordon en vient à suspecter Mario Calvi. Barbara renseigne Nygma sur la mort d'Isabella.

Falcone met à prix la tête de Gordon. Bullock et ce dernier découvrent un disciple de Jérôme, qui souhaite le ressusciter. Le Pingouin devient hors de contrôle avant une importante interview et la mère de Selina revient à Gotham.

Sur la piste de Gordon et Bullock, Dwight s'intéresse à Jerome et alerte ses acolytes aux alentours de Gotham City. Les intentions de la mère de Selina apparaissent au grand jour...

La sécurité de Bruce et d'Alfred est compromise depuis que Jerome n'a plus qu'une idée en tête. Nygma et le Pingouin se font enfin face et règlent leurs comptes...

Gordon retrouve son oncle Frank, qui lui avoue que lui et son frère appartenaient à la Cour des Hiboux, et que c'est l'organisation qui a fait assassiner son père. Il tente de le persuader de rejoindre la Cour afin de lutter de l'intérieur contre ses noirs desseins...

Oswald rencontre un allié inattendu, qui va lui apprendre à développer certaines de ses aptitudes et lui permettre de se confronter à ses démons...

Les méchants les plus déséquilibrés de Gotham s'allient. Gordon, en quête de réponses, en revient toujours au même point : la mystérieuse Cour des hiboux. De son côté, Alfred a remarqué un changement de comportement chez Bruce...

Gordon découvre quelle arme va être utilisée pour détruire Gotham. De son côté, Kathryn révèle son projet à Bruce. Ivy apporte son aide à Selina...

Le chaman abat ses cartes face à bruce et entame la dernière partie de son entraînement. Gordon et Bullock se retrouvent dans une situation périlleuse...

Gordon est lancé dans une course contre la montre pour sauver Gotham du virus d'Alice Tetch. Alfred constate que Bruce a changé de comportement depuis sa rencontre avec le Shaman...

La libération du virus Tetch a provoqué le chaos dans les rues de Gotham. Fish Mooney, Barbara et Nygma comptent profiter de l'anarchie pour mener leurs plans à bien. Gordon lutte pour garder le contrôle de lui-même suffisamment longtemps pour sauver la ville et Lee.

Après avoir tué Alfred, Bruce se libère de son conditionnement et le fait revivre avec de l'eau du Puit de Lazare, tandis que Ra's al Ghul s'échappe.

Après la vague de folie qui a manqué de ravager Gotham, le Pingouin a mis en place un système de permis pour les hors-la-loi, permettant une régulation du crime dans la ville dont il bénéficie personnellement en corrompant les membres du système judiciaire.

Gordon, Bullock et une poignée de policiers font une descente dans l'ancienne résidence de Crane et découvrent tout un laboratoire et des produits chimiques. Ils trouvent aussi Grady suspendu comme un épouvantail. L'homme affolé les prévient qu'un grand danger arrive.

En l'an 125, dans la péninsule Arabique, un guerrier décédé est pris sur le champ de bataille et placé dans un bassin de guérison, connu sous le nom de Puits de Lazare. Le soldat ressuscité, le futur Ra's, est chargé par son maître de trouver son futur héritier, et a reçu un couteau de cérémonie.

Au musée d'histoire naturelle de Gotham, Bruce accompagné d'Alfred confie la dague au professeur Niles Winthrop et son petit-fils Alex pour une expertise approfondie. Après s'être absenté, c'est au tour de Ra's de venir.

Bruce se sent coupable pour la mort d'Alex. En étudiant la dague, il comprend qu'elle est le seul objet pouvant tuer Ra's mais Alfred lui rappelle sa promesse : pas de meurtre. Lorsque Jim apprend que Ra's va être renvoyé dans son pays grâce à l'immunité diplomatique, il en informe Alfred mais Bruce entend tout et décide de s'introduire à Blackgate en pleine nuit pour tuer Ra's.

Un nouveau criminel apparait dans les rues de Gotham : un tueur exécute des agents corrompus par le Pingouin, le visage recouvert d'une tête de cochon. Les corps s'accumulent et le tueur est insaisissable.

Le Professeur Pyg ayant décidé de s'attaquer de front à tous les policiers corrompus par le Pingouin. Le chef mafieux et son exécuteur temporaire, le chasseur de tête, prend les devants et force le GCPD à collaborer avec ses meilleurs hommes de main, désapprouvé par Gordon et Sofia Falcone, qui prévient Cobblepot de la mauvaise publicité en cas d'échec de l'alliance.

Cobblepot apprend que Nygma est dans les Narrows où il le tourne en dérision entre deux combats d'arène. Il s'associe avec Barbara, Tabitha et Selina, et les charge de le lui ramener. Cobblepot envoie aussi Bridgit Pike pour les tuer au cas où elles échoueraient.

La nomination de Gordon au poste de capitaine du GCPD ne fait pas l'unanimité : Bullock accepte difficilement la nouvelle et Cobblepot soupçonne que Sofia Falcone est derrière le choix du maire, qui a disparu depuis.

Cobblepot en a assez du double jeu de Sofia Falcone et veut se débarrasser de l’héritière, mais celle-ci a constamment un coup d'avance et ne recule devant rien pour faire tomber le Pingouin et prendre sa place. Gordon ne veut plus se mêler de la guerre entre mafieux, trop occupé par découvrir la véritable identité du Professeur Pyg.

Alors que Nygma est hantée par sa double personnalité : l'Homme Mystère, Grundy est enlevé par Tabitha et est frappé à plusieurs reprises sur la tête pour essayer de lui raviver ses souvenirs. Elle abandonne, mais Grundy se réveille rapidement, prononçant un discours avec une mentalité supérieure et se souvenant de sa vie passée en tant que Butch Gilzean.

Nygma finit par succomber à sa double personnalité, l'Homme Mystère, et avec l'intention de renverser Lee en tant que chef des Narrows, il embauche Griffin Krank pour l'assassiner pendant qu'elle donne un discours pour réunifié tout les gangs des Narrows. Cependant, la tentative d'assassinat échoue, incitant un bombardement à la place.

Ivy commence à enquêter sur le "Projet M", menée par Wayne Enterprises et impliquant l'expérimentation et la mort de plusieurs plantes, rendant la jeune femme ivre de colère.

Nygma commence à envisager le suicide afin de tuer sa double personnalité mais opte plutôt de retourner à l'asile d'Arkham. Cependant, alors qu'il est sur le point de se faire interner volontairement, Oswald réapparaît et il lui révèle qu'il a spécifiquement écrit la lettre afin que sa double personnalité la lise et ramène Nygma à Arkham.

Bullock et Gordon tentent de retrouver quelqu'un qui joue un rôle clé dans le contrôle de Sofia sur Gotham. Pendant ce temps, Penguin, Lee et Nygma recrutent un allié improbable alors qu'ils cherchent à se venger, et Selina demande à Bruce une faveur pour l'aider à la débarrasser de sa culpabilité envers Ivy.

Les «meilleurs» d'Arkham donnent à Gordon et à Bullock une course contre leur argent, alors qu'ils planifient un plan pour échapper à l'asile. Pendant ce temps, Bruce élabore sa propre stratégie pour contrecarrer leurs plans. De plus, Barbara reçoit une offre qu'elle ne peut pas refuser.

Gordon et Bullock tentent de garder une longueur d'avance alors que Jerome se rapproche de sa prochaine cible. Pendant ce temps, Nygma organise un jeu d'énigmes dans les Narrows et fait face à son challenger le plus dur dans Lee Thompkins, et Penguin va voir Butch avec une proposition.

Les détenus d'Arkham courent encore librement à Gotham et ils deviennent de plus en plus difficiles à attraper. Gordon développe un plan, mais à contrecoeur doit se tourner vers Bruce pour obtenir de l'aide. Pendant ce temps, Barbara découvre à quel point ses nouveaux amis sont prêts à aller pour elle.

Gordon et Bullock tentent de découvrir qui est le voleur intelligent derrière les vols de diverses succursales bancaires à Gotham. Pendant ce temps, Barbara est mise en danger, forçant Tabitha à recruter de l'aide.

Le chaos éclate à la GCPD, envoyant Gordon sur une chasse aux oies sauvages pour le coupable derrière la prise de contrôle de masse. Pendant ce temps, un ami de Bruce devient paranoïaque, entraînant un comportement imprudent et destructeur.

Alors que Gotham tombe dans l'anarchie complète, une équipe de héros improbables se lève pour la sauver. Bullock prend la tête à la GCPD et les limites psychologiques de Bruce sont testées car ceux qui sont proches de lui sont mis en danger.

Jérémie prévient un Gordon sceptique de plus de destruction venant de Gotham, et Gordon est forcé de prendre une décision potentiellement dévastatrice. Pendant ce temps, Barbara rassemble une équipe pour assurer sa position, comme des alliances dans le monde souterrain et prouver que personne ne peut faire confiance. Ensuite, Bruce est obligé de se réconcilier avec l'avenir.

Jour 87: Gotham est déclaré hors des limites du continent par le gouvernement, Jim Gordon et Bruce Wayne sont confrontés au chaos que la ville est devenue.

Gordon et Bullock enquêtent sur un lieu où plusieurs enfants ont été kidnappés. Gordon trouve en Barbara, une alliée improbable. Bruce, quant à lui, examine une prétendue sorcière capable de guérir. Nygma fait face à ses propres démons.

Avec la création d'un lieu sûr pour les réfugiés "Haven", Gordon espère mettre un terme aux combats entre gangs rivaux. Selina est déterminée à trouver Jeremiah et elle convainc Bruce de l'aider. Pingouin se rend à Haven afin de récupérer son personnel.

Gordon et Pingouin sont contraints de travailler ensemble. Lucius, Nygma et Barbara ont tous une hypothèse différente au sujet du responsable des événements récents qui ont lieu à Haven. Selina poursuit sa quête de vengeance.

Une force militaire, dirigée par Eduardo Dorrance, est appelée afin de venir en aide à Gotham City. Pendant ce temps, Nygma cherche des réponses auprès de Pingouin. Bruce s'inquiète du comportement récent de Selina.

Gordon réunit une équipe improbable pour protéger la ville de Gotham d'Eduardo Dorrance et de son Delta Force. Barbara fait des révélations choquantes à Gordon. Au même moment, Selina et Pingouin font équipe pour déjouer le plan de Magpie.

Gordon est à la recherche du criminel qui met en péril la possible réunification de Gotham avec le continent. Jeremiah revient en ville et organise une reconstitution malsaine de l'assassinat des parents de Bruce Wayne avec l'aide de Jervis Tetch alias Mad Hatter.

Gordon et Bullock enquêtent sur deux meurtres perpétrés à Sirens. A cette occasion, le passé de Bullock revient le hanter. Au même moment, Bruce et Alfred explorent les tunnels sous la ville. Le projet d'évasion de Pingouin et Nygma va être contrecarré.

Alors que Gordon tente de mettre en place un cessez-le-feu, quelqu'un lui tire dessus. Il se met à halluciner. Parallèlement, Ivy revient et jette un sort à Bruce laissant Selina se défendre seule. Barbara et Pingouin envisagent de partir. Lee souhaite également changer de vie.

Gotham est au bord de la réunification, Gordon et Bruce se retrouvent face à Eduardo. Ils vont enfin découvrir le cerveau derrière le chaos actuel de la ville. Pendant ce temps, Barbara demande de l'aide à Lee.

Bane présente son plan final afin de détruire la ville de Gotham, Gordon doit se rallier à ses anciens ennemis pour sauver la ville. Pendant ce temps, Nyssa al Ghul kidnappe la fille de Barbara. Bruce prend la décision de quitter Gotham ce qui dévaste Selina...

Dix ans plus tard, Bruce Wayne retourne à Gotham afin d'inaugurer la nouvelle tour "Wayne". Au même moment, une série de crimes amène Gordon à croire que le Pingouin et The Riddler y sont mêlés. Quand Bullock est condamné pour un meurtre, Gordon pense que Gotham est la cible d'un complot plus vaste qu'il le pensait. Pendant ce temps, un personnage de l'ombre émerge pour devenir le héros dont la ville a désespérément besoin.