Une nuit, Yasaka Mahiro est attaqué par un mystérieux monstre. Au moment où il a besoin d'aide, une jeune fille aux cheveux argentés et aux yeux verts apparaît. "Je suis le chaos qui s'approche toujours de toi avec un sourire, Nyarlathotep. Se présentant comme la divinité du mythe de Cthulu, elle prétend être venue pour protéger Mahiro. Cependant, elle pousse Mahiro à quitter son domicile, fait du shopping dans des magasins d'anime et, en général, mêle les affaires à ses affaires personnelles. Pendant ce temps, ils sont attaqués par un autre monstre mystérieux. Pourquoi ces monstres continuent-ils d'attaquer Mahiro ?

Un autre jour, une autre attaque des mystérieux monstres Nightgaunt, et une autre victoire retentissante pour Nyarko et son Space CQC. Plutôt que d'attendre que les monstres attaquent, Nyarko annonce son plan pour passer à l'offensive. Afin d'éliminer tous leurs ennemis en même temps, Nyarko et Mahiro se rendent à la vente aux enchères souterraine organisée dans la base de leurs ennemis, R'lyeh. Mais ils se retrouvent face à un assassin, l'ennemi juré de Nyarlathotep, Cthuga la Flamme vivante.

Quelqu'un a tué les dieux des Terres du Rêve, et leur prochaine cible est Nyarko. Pendant ce temps, Nyarko s'installe chez les Yasaka et commence à s'immiscer dans la vie quotidienne et scolaire de Mahiro. La colère de Mahiro ne cesse de croître alors que Nyarko réclame son affection. Kuko apparaît à nouveau devant eux lorsqu'elle est transférée dans leur école. Ayant rejoint l'Organisation de défense planétaire, Kuko a été chargée de se rendre sur Terre pour élucider les meurtres des Terres de rêve avec Nyarko.

Les parents de Mahiro reviennent soudainement de leur voyage à l'étranger, ce qui ne laisse pas le temps aux deux aliens de trouver une excuse pour vivre dans leur maison, et laisse Mahiro dans l'embarras. Dès que Yoriko entend le nom de Nyarlathotep, elle se lance dans la bataille avec une fourchette dans chaque main. Qui aurait cru que la mère de Mahiro était une chasseuse de divinités ? Quel incroyable secret ! Mahiro tente de calmer Yoriko, mais dans le tumulte, Noriko découvre Shanta-kun...

Yoriko, la mère de Mahiro, est kidnappée par une mystérieuse femme dans un but inconnu. Kuko est également victime d'un chantage pour l'aider. Mahiro, Nyaruko et Hasuta se rendent à nouveau à R'lyeh pour les sauver. Au cours des événements, Mahiro et Hasuta vivent une série de moments gênants.

Mahiro découvre que sa mère a été kidnappée pour son expertise des consoles de jeux, mais la situation est plus compliquée qu'il n'y paraît. La bande se rend ensuite à la plage et aux sources thermales où Nyaruko tente à nouveau de séduire Mahiro.

Mahiro blesse Nyaruko en lui disant qu'il ne l'aime pas. Yoriko lui a demandé de sortir avec Nyaruko pour lui remonter le moral.

Alors que Mahiro trouve une curieuse console de jeu portable dans un magasin de jeux d'occasion, il se retrouve piégé dans une simulation de rencontre maudite, où il est le protagoniste et où tous les autres jouent des rôles étranges. Pour s'en sortir, il doit parvenir à une bonne fin avec l'un des autres.

Mahiro et Nyaruko ont accidentellement échangé leurs corps par un représentant de Dreamland.

Un ennemi du futur tente de détruire la Terre, Nyaruko et les autres doivent combattre l'ennemi dans leur situation « certaine ».

Yoriko a déposé une riche déesse perdue chez Mahiro, ce qui cause des problèmes à Nyaruko et aux autres.

Mahiro est piégé dans une boucle temporelle et il semble n'y avoir personne autour de lui. On découvre alors que ses partenaires sont piégés dans un miroir et que Mahiro est pétrifié par Lloigor, qui se révèle être diabolique. La bande doit trouver un moyen de vaincre Lloigor une fois pour toutes.

Les divinités du mythe de Chutlhu qui vivent dans la maison de Yasaka Mahiro, un lycéen ordinaire - Nyarko le Nyarlathotepien, Kuuko le Cthughan, et Hasuta le Hasturien - profitent une fois de plus des merveilles des divertissements terrestres. Ils entraînent Mahiro dans leurs jeux vidéo, leur shopping, leur cosplay et bien d'autres choses encore...

La bibliothèque de Celaeno, dans l'amas d'étoiles des Pléiades, abrite la plus grande collection de livres de l'univers. On dit qu'on y trouve même des variantes de Yiu-th distribuées uniquement lors d'événements. Mahiro est entraîné avec lui pour une raison quelconque alors que Nyarko s'y rend pour rendre un livre. Hasuta, un ancien employé de la bibliothèque, fait de son mieux pour faire visiter les lieux à Mahiro, mais ils rencontrent bientôt deux divinités maléfiques qui ont infiltré la bibliothèque...

Les problèmes de la bibliothèque se poursuivent alors que le groupe se rend dans l'ancienne cité d'Alaozar. Avant que Nyarko ne puisse rendre la justice, les Grands Anciens font un geste inattendu.

Kurenai Jusu, surnommée la « trompette ambulante », n'est pas seulement une commère, elle a aussi une opinion bien arrêtée dans le domaine de la négociation des relations, et il y a même des élèves extérieurs à l'école qui discutent avec elle de « ce qu'ils veulent faire avec leur ami d'enfance qui a un fétichisme pour les vêtements féminins ». Nayako voulait réduire la distance entre elle et Makoto, elle a donc essayé d'obtenir des conseils de Suou, mais ........ Qu'adviendra-t-il du club de filles de Nayako et Suou après l'école ?

Comme d'habitude, le salon de la maison Yasaka est le lieu de rassemblement des divinités et elles sont toujours aussi turbulentes. Cependant, à la demande de Mahiro, Nyarko, Kuuko et Hasuta commencent à construire leur propre espace de vie. Un peu inquiet, Mahiro décide d'inspecter chacune des chambres, puis ils reçoivent soudain la visite du cousin de Kuuko, Kuune, qui apporte à Kuuko des nouvelles concernant un rendez-vous de mariage qui a été fixé pour elle...

Pour tenter de chasser Kuune, Mahiro et Kuuko se comportent comme un couple, mais Kuune n'est toujours pas convaincue après avoir assisté à leur rendez-vous maladroit, ajoutant qu'elle ne peut pas voir le désir subtil de l'un pour l'autre dans les yeux de l'un et de l'autre. Après avoir vu Mahiro et Kuuko agir comme s'ils étaient fiancés, Nyarko finit par...

Makoto et les autres vont à la piscine en utilisant les tickets qu'ils ont gagnés à la tombola Mère-Ryoko. Nayako porte un maillot de bain audacieux et demande à Makoto de lui mettre de la crème solaire alors qu'elle est dans une piscine couverte, utilisant cela comme un moyen de séduire Makoto. Jusu, qui travaille dans un restaurant de takoyaki dans l'établissement, prévoit d'accepter une négociation de la part de Lucy, qui semble en détresse.

Shatta-kun souhaite aider parce qu'il a été soigné par Shinseeker, alors Keiko lui donne des bonbons rouges et bleus. Après avoir mangé les bonbons, Shatta-kun s'est transformé en fille ! Shatta-kun se bat pour servir Shinsei, mais Nayako n'est pas contente. « Il n'est pas possible que mon animal de compagnie soit une si jeune fille ! » En disant cela, Nayako suit ......

« Famille Yasaka, je suis de retour ! » Keine, la cousine de Keiko, semble furieuse d'avoir été laissée de côté jusqu'à présent. Dès que Shinsei et les autres sont arrivés à l'école, le bâtiment a été entouré d'une étrange aura, les camarades de classe ont été soumis à une hypnose collective et des flammes de taille humaine ont lancé une attaque ........ Si cela continue, la Terre va connaître une grande crise ! Est-ce l'œuvre de Keine, ou ......

Nayako, toujours souriante et de bonne humeur, est clouée au lit par un rhume. Le cœur de Nayako bat la chamade à cause de Makoto, un peu plus doux que d'habitude. À ce moment-là, on apprend qu'il y a des envahisseurs inconnus au pôle Nord. Laissant Nayako à la maison, Makoto et les autres se sont rendus au pôle Nord, où ils ont rencontré une énorme excavatrice et Migo, une forme de vie extra-terrestre connue sous le nom de « La Chose de Yuggoth ».

Le groupe part camper dans la forêt avant son jour de congé. Makoto se méfie de la viande que Nayako a cuisinée au barbecue et ne la mange pas, et Makoto est la seule à ne pas manger les chocolats envoyés par Atsuko, l'amie de Nayako. En se promenant dans la forêt, le groupe découvre le vieux yokai, et ils entrent dans le manoir pour l'explorer, juste pour tester leur courage, mais ....... Ouvrez la porte d'une nouvelle aventure !

Nayako reçoit un rapport de ses supérieurs à l'Agence de protection planétaire indiquant que le nouveau Tomodachi est terminé dans le royaume fantôme. Au même moment, sa mission sur Terre prend fin. Cela signifie qu'elle doit se séparer de Makoto. Nayako se sentait perdue et s'est tout de même rendue dans le royaume fantôme des rêves afin de confirmer de ses propres yeux l'existence du Dieu Tomate, mais ....... Le véritable point culminant ! Quel sera le destin de Nayako et Makoto ?