Lorsqu’un objet volant non identifié apparaît au-dessus de la baie de Tokyo, la panique s’installe rapidement. Au milieu de tout ça, Kadode, qui termine ses vacances d’été et entre au lycée, découvrira ce nouveau monde sans trop être perturbée.

Le gouvernement a développé une nouvelle arme pour parer toute attaque ennemie. Kadode, de son côté, préfère se rapprocher de son professeur, pendant qu’Ôran se découvre une passion pour les modules extraterrestres.

Malgré le déploiement de leur nouvelle arme, le Japon se méfie des mouvements de l’armée américaine sur leur territoire. Du côté des filles, Ôran continue de pimenter leur quotidien, alors que Kiho se concentre sur sa relation amoureuse.

Pendant que le vaisseau mère continue d’expulser des modules, les filles fêtent Noël ensemble. Si jusqu’ici, le quotidien ne semblait pas trop perturbé, la triste réalité viendra vite rattraper le groupe de copines lycéennes…

Petite, Ôran était persuadée d’avoir vu un OVNI. Et en effet, lors de son stage, c’est avec Kadode qu’elles avaient recueilli en cachette un des envahisseurs, sans trop savoir à quoi s’attendre.

Toujours en primaire, Kadode et Ôran poursuivent leurs aventures avec l’envahisseur. Cependant, lorsque celui-ci met à disposition des accessoires hors norme aux filles, Kadode décide d’en faire son propre usage.

Alors que le lycée va toucher à sa fin pour les filles, un garçon invite Ai à sortir le week-end. Pendant que le gouvernement tente de gagner en indépendance, le jeune couple visite les lieux les plus touchés lors du 31/8.

Le lycée est enfin terminé pour les filles. De nouvelles perspectives s’offrent à elles, malgré les craintes autour des envahisseurs. En province, la jeune Futaba termine aussi le lycée et s’apprête à rejoindre l’université de Tokyo.

Malgré les incidents récents, les filles font leur rentrée à l’université. Elles y rencontrent justement Futaba, fraîchement arrivée à Tokyo, et finissent par participer à une manifestation de SHIP, un mouvement pro-extraterrestre.

Ôran rencontre Ôba, l’ancien chanteur disparu, dont l’enveloppe charnelle est aujourd’hui occupée par un envahisseur. Kadode est vite mise au parfum. À l’université, des envahisseurs se font remarquer et traquer…

Alors que la population est de plus en plus divisée concernant la présence des envahisseurs, ces derniers se préparent également à se protéger. Le gouvernement japonais, quant à lui, continue de développer des armes dissuasives.

Ôba a prévenu Ôran et Kadode que la fin de l’humanité approche. En effet, le vaisseau mère devrait bientôt s’écraser. Deux camps commencent à naître également du côté des envahisseurs. Ôba aura un rôle à jouer.

Toujours près des côtes, Futaba demande un soutien particulier à Ôran. Plus tard, Ôba apprend à Makoto la vérité sur le passé d’Ôran et de Kadode, et de quelle manière l’espace-temps a ainsi été modifié.

Une journaliste, créatrice de contenus, suit la vie d’une mère âgée et sa fille qui vivent en plein cœur de la zone contaminée de Tokyo. La chute d’une partie du vaisseau mère redistribuera les cartes pour le gouvernement japonais.

Le groupe apprend ce qui est arrivé à Tokyo. Ôran ne semble pas se remettre du baiser échangé avec Ôba. Ce dernier continue d’ailleurs son enquête, pendant que le gouvernement japonais prend des décisions radicales.

Après l’envol de l’Océan et les choses qui s’agitent dans le ciel, la population de Tokyo s’inquiète. Ôba tente tout pour arrêter le massacre à venir, mais Kohiruimaki compte bien y ajouter son grain de sel.

Huit ans après le 32/8, Makoto discute avec Nobuo, le père de Kadode. Hélas, Makoto ne sait pas ce que sont devenus ses anciens camarades. Toutefois, il existe peut-être une solution pour aider Nobuo à accomplir son objectif.