Veronica Mars commence son année de première à Neptune High, en essayant de se réadapter après que son petit ami, Duncan Kane, l'a quittée et après l'assassinat non résolu de sa meilleure amie, Lilly Kane, l'année précédente. Alors qu'elle aide son père, le détective privé Keith Mars de Mars Investigations, sur l'affaire de la possible liaison de Jake Kane, le père de Duncan et Lilly, Veronica découvre de nouveaux indices pour l'affaire du meurtre de son amie et décide de trouver le tueur et la vérité sur l'incident par elle-même.

Lorsque la grand-mère de Weevil est accusée de fraude à la carte de crédit, Veronica cherche à prouver son innocence. Aussi, la jeune enquêteuse est désormais inscrite en classe de journalisme, dirigée par Mallory Dent, ce qui amène une collaboration pénible avec Duncan.

Justin Smith, lycéen à Neptune High, engage Veronica afin de retrouver son père, qu'il croit mort. Pendant ce temps, la relation de Veronica et Troy se complique, Keith rencontre la conseillère d'orientation de sa fille, Rebecca James, et Duncan arrête temporairement de prendre ses antidépresseurs.

Dans le but d’aider la nouvelle amie de Wallace, Georgia, qui a été escroquée sur internet, Veronica doit se montrer plus maline qu’un groupe de délinquants de l’informatique, appelé Silicon Mafia. Pendant ce temps, Veronica présente à son Keith son nouveau petit-ami, Troy, pour qu’il l’autorise à aller au bal avec lui. Plus tard, Logan aide Duncan à monter une vidéo commémorative marquant le premier anniversaire de la mort de Lilly.

La voiture du père de Troy est volée et Veronica ne dispose que d'un temps limité pour la retrouver avant que Troy ne soit expédié à Albuquerque. Seulement, une piñata remplie de stéroïdes est restée sur le siège arrière et le patron du club de gym souhaite récupérer la marchandise, ou au moins son argent. Pendant ce temps, Keith fréquente la conseillère d'orientation de Neptune High, ce qui n'enchante guère Veronica.

Les élections pour la présidence du conseil des élèves approchent et Logan et Jake Kane attendent tous deux de Duncan qu'il se présente contre Wanda Varner, une seconde anti-3/9. Duncan réussit à gagner mais Veronica soupçonne que le dépouillement a été truqué. En outre, le père de Logan, la star de cinéma Aaron Echolls, apprend que son fils organise des combats de rue illégaux.

Sarah, la voisine enceinte de Veronica disparaît mystérieusement. La jeune enquêteuse essaie alors de découvrir si le petit ami ténébreux de Sarah l'a tuée. Par ailleurs, Logan Echolls et Weevil se retrouvent ensemble en retenue.

Un test de pureté circule parmi les lycéens et a un impact négatif à la fois sur Meg Manning, la dernière amie de Veronica chez les 3/9, et sur la jeune enquêteuse elle-même. Cette dernière recrute Mac, un génie de l'informatique, pour démasquer l'imposteur qui remplit les tests à la place d'autres élèves afin de les décrédibiliser aux yeux de tous.

Veronica enquête simultanément sur Clarence Wiedman, le chef de la sécurité des Logiciels Kane, qui a pris des photos d'elle alarmantes avant de les envoyer à sa mère, et sur la Coopérative de Mooncalf, une secte pacifique que Casey Gant, un élève à Neptune High a rejointe, au grand dam de ses parents.

Lorsque les gains d'une partie de poker entre Weevil, Duncan, Logan et deux autres 3/9 disparaissent, Veronica décide d'enquêter. Pendant ce temps, Keith recherche activement la harceleuse d'Aaron Echolls avant qu'elle ne ruine sa fête de Noël.

En creusant dans le passé des parents de ses camarades de lycée, Veronica découvre que Mac a été échangée à la naissance. Pendant ce temps, Keith Mars et Don Lamb doivent collaborer pour résoudre une affaire de meurtres en série.

Lorsque des parents accusent Veronica d’avoir fourni une fausse carte d’identité à leur fils, qui est plongé dans un coma éthylique, et portent plainte, la recherche du coupable mène Veronica à une organisation secrète et exclusive opérant au sein du lycée Neptune avec un lien possible avec Duncan. Pendant ce temps, Aaron Echolls engage Keith pour découvrir qui a fourni des photos aux tabloïdes qui humilient sa femme, Lynn. Plus tard, Veronica cache un gadget électronique dans le bureau de la conseillère d’orientation, Rebecca James, afin d’écouter des sessions de thérapie et elle apprend des informations surprenantes sur ses amis.

Après avoir été engagés par la star du hip-hop Percy « Bone » Hamilton pour retrouver sa fille kidnappée, Veronica et Keith cherchent parmi la longue liste d’ennemis des magnats de la musique, les membres de la famille et le cercle d’amis au lycée Neptune pour trouver des indices. Pendant ce temps, après le suicide présumé de sa mère, Logan endure avec cynisme les moments de chagrins exagérés de son père, Aaron, pendant les préparatifs de la cérémonie commémorative.

Après que l’une des élèves les plus hautaines du lycée Neptune porte plainte pour harcèlement contre un professeur adoré, Veronica s’oppose à son père lorsque les parents de la fille engagent Keith pour aider leur affaire. Pendant ce temps, avec les tabloïdes affirmant que sa mère est toujours vivante, Logan se tourne vers Veronica pour l’aider à déceler la vérité. Plus tard, Veronica découvre davantage d’informations troublantes au sujet de la pathologie secrète de Duncan.

À sa grande surprise, Veronica travaille en tant que "détective de l’amour" lorsqu’on lui demande de chercher l’admirateur secret de son amie Meg et le fiancé d’une mariée russe. Pendant ce temps, après avoir découvert qu’une carte de crédit appartenant à Lynn Echolls, qui se serait récemment suicidée, a été utilisée, Veronica et Logan se rendent à Los Angeles dans l’espoir de la trouver.

À la suite de retrouvailles pleines d’émotions avec sa mère, Veronica est engagée pour retrouver la mascotte fétiche du lycée Neptune, Polly le Perroquet, qui a visiblement été kidnappée par un lycée rival à la veille d’un match important de basket. Pendant ce temps, avec les soupçons sur la famille Kane qui se sont ravivés, Veronica tente d’accéder aux enregistrements de l’interrogatoire initial de son père. Plus tard, la relation de Veronica avec l’Adjoint Leo s’intensifie, tout comme la relation de Meg avec Duncan.

Pendant qu’elle continue d’enquêter sur le meurtre de Lilly Kane, Veronica suit une piste risquée qui pourrait discréditer l’aveu d’Abel Koontz lorsqu’elle découvre que le tueur reconnu coupable a une fille, Amelia DeLongpre, qui est sur le point de recevoir un énorme pot-de-vin de la part de Jake Kane. Logan trouve dans l’ordinateur de Veronica des fichiers détaillés sur tous ceux liés à la mort de Lilly. Au lycée, Veronica est engagée par une terminale, Sabrina, pour trouver la personne responsable de ses tourments en vue de saboter ses chances de devenir la major de la promotion. Pendant ce temps, le détective privé infect Vinnie Van Lowe fait à Keith une proposition d’affaires.

Une série de déclenchements de l’alarme incendie amène Veronica à découvrir que le lycée Neptune a reçu des alertes à la bombe. Elle fait appel à Wallace et de Mac pour l’aider à enquêter sur les camarades qui pourraient poser un sérieux danger pour l’école, y compris Ben. Pendant ce temps, Keith sidère Veronica lorsqu’il lui annonce l’identité de sa nouvelle compagne. Plus tard, Duncan confronte Veronica au sujet de son enquête sur la mort de sa sœur.

Pendant qu’une camarade cherche son chien terrier disparu, Veronica tombe sur un plus gros mystère, qui implique tous les animaux de Neptune. Pendant ce temps, les tensions montent dans la famille Echolls alors que Trina essaie de convaincre Aaron d’accepter un rôle dans le film indépendant de son nouveau petit-ami. Plus tard, Weevil est arrêté pour être entré par effraction au domicile des Kane et avoir volé quelque chose dans la chambre de Lilly.

Lorsque le petit-ami menace de poster une vidéo humiliante de sa copine sur internet si elle rompt avec lui, Veronica aide cette dernière à préparer sa vengeance s’il ne termine pas leur relation dans la paix. Pendant ce temps, Keith cherche Duncan après que ses parents ont publié une énorme récompense pour celui qui saurait où il se trouve. Plus tard, alors que sa nouvelle relation s’intensifie, Veronica apprend un fait perturbant sur la soirée où elle a été droguée et violée.

Déterminée à découvrir la personne qui l’a droguée et violée à une fête un an plus tôt, Veronica interroge ses amis et de nombreux rivaux sur les évènements de la soirée chez Shelly Pomeroy. Pendant ce temps, lorsque l’une des combines de Veronica et Wallace affecte le travail d’Alicia chez Kane Software, elle confronte Keith sur le comportement de sa fille. Plus tard, dans l’espoir de se rapprocher de son fils, Aaron organise une fête d’anniversaire pour Logan qui surprend tout le monde.

Veronica résout le mystère autour du meurtre de sa meilleure amie, Lilly Kane, mais elle trahie une personne chère à ses yeux dans le processus.

Après la dangereuse confrontation avec le meurtrier de Lilly Kane et un visiteur surprise à sa porte, Veronica tente de mener une vie normale. Elle travaille dans un café après les cours et réintègre la bande des élèves populaires de Neptune High. Cependant, elle endosse à nouveau son rôle de détective lorsque son ami Wallace est viré de l’équipe de basketball pour avoir été contrôlé positif à un dépistage contre la drogue. Pendant ce temps, Keith rencontre la journaliste Julie Chen pour discuter de son nouveau livre sur le meurtre de Lilly Kane. Plus tard, après l’arrestation de son père pour meurtre, Logan cherche à se cacher des paparazzi et se détend au bord de la piscine du manoir des Casablancas, avec Dick, Beaver, et leur belle-mère sexy, Kendall.

Une tragédie frappe la ville de Neptune, et le shérif local saute vite aux conclusions. Veronica, bouleversée, aide une famille en deuil à prouver que les raisons de l’accident ne sont pas dues à un suicide. Pendant ce temps, Wallace aide une nouvelle élève transférée, Jackie Cook, à trouver la personne qui a accroché sa voiture sur le parking du lycée. Plus tard, le candidat à la mairie, Woody Goodman, propose à Keith de se présenter en tant que shérif.

Beaver croit que sa belle-mère sexy, Kendall, trompe son père. Il engage donc Veronica pour enquêter sur la situation, mais aucun d’entre eux n’est préparé à ce qu’ils s’apprêtent à découvrir. Pendant les vacances de Keith et Alicia à Chicago, Wallace commence à sortir avec Jackie, bien que Veronica n’apprécie pas cette dernière. Plus tard, chez Logan, Veronica apprend quelque chose qui change tout ce qu’elle croit savoir sur la récente tragédie de la ville.

Faisant face à la jalousie de Duncan, Veronica aide une jeune femme persuadée que son fiancé ne s’intéresse qu’à sa fortune. Elle fouille dans le passé du fiancé et se fait même passer pour une étudiante sexy pour piéger l’homme. Pendant ce temps, Alicia demande de l’aide à Keith après avoir été effrayée par un mystérieux inconnu. Plus tard, sous la pression, Weevil avoue à Veronica qu’il a reçu un appel anonyme au sujet de l’accident de bus.

Afin de trouver la personne qui a volé la carte de crédit de Jackie, Veronica apparaît dans une émission de télévision présentée par une voyante. Pendant ce temps, Wallace confronte sa mère au sujet de son père. Veronica place un appareil de surveillance dans le bureau du shérif. Enfin, Veronica découvre un message vocal laissé par un passager du bus au moment de l’accident.

Veronica vient en aide à Abel Koontz, l’homme originellement condamné pour le meurtre de Lilly Kane, qui recherche sa fille disparue.

Veronica et Duncan découvrent que Meg, plongée dans le coma, s’est occupée d’un enfant maltraité par ses parents. Veronica endosse donc un rôle de baby-sitter pour trouver l’identité de l’enfant. Pendant ce temps, Kendall continue sa liaison avec Logan alors que ses beaux-fils, Dick et Beaver, apprennent l’existence de leurs fonds fiduciaires. Plus tard, Woody Goodman fait une autre offre intrigante à Keith.

Veronica aide Keith à trouver la personne qui tourmente les parents des victimes de l’accident, alors que ces derniers ont engagé des poursuites à l’encontre du lycée pour négligence. Pendant ce temps, Logan cherche à prouver qu’il est victime d’un coup monté concernant le meurtre de Felix. Veronica lui vient donc en aide, mais elle fait face à une situation dangereuse avec un gang irlandais local. Plus tard, la qualité de dirigeant de Weevil au sein du Bike Club Boyz est remise en cause.

Veronica est prise en flagrant délit en train de s’introduire dans le bureau du proviseur. En retenue, alors qu’elle doit classer des papiers, elle tombe sur le dossier scolaire de sa mère. Elle apprend que sa mère a été renvoyée pour des raisons qui la bouleversent, ce qui la mène à enquêter sur le sujet. Pendant ce temps, avec le tournage du téléfilm "Aaron Echolls Story", Trina Echolls revient à Neptune High pour diriger une pièce de théâtre, et elle déteste immédiatement la nouvelle copine de Logan, Kendall Casablancas. Plus tard, Weevil confronte Logan au sujet du meurtre de Felix.

Convoquée comme jurée pendant les vacances de Noël, Veronica fait face à une affaire difficile contre deux défendeurs accusés d’avoir agressé une jeune femme hispanique. Pendant ce temps, Keith aide le maire Woody Goodman à trouver la personne qui a volé les sex-tapes Aaron Echolls/Lilly Kane du poste de police. Plus tard, un visage familier revient à Neptune pendant qu’une des amies de Veronica connaît une fin tragique.

Une équipe du FBI est appelée pour rechercher Duncan après sa rupture avec Veronica et sa fuite avec le bébé de Meg. Pendant ce temps, Wallace révèle la raison tragique de son retour à Neptune. Plus tard, Logan demande de l’aide à Dick pour connaître le biker qui l’a accusé de meurtre.

Après avoir tout avoué sur les raisons de son retour à Neptune, Wallace demande de l’aide à Veronica lorsqu’un ancien coéquipier de l’équipe de basketball de Chicago l’accuse d’un tragique accident. Pendant ce temps, alors qu’ils concluent une autre affaire, Veronica et Keith tombent sur des preuves qui lient une victime de l’accident de bus à leur nouveau client, le père de Jackie. Plus tard, Weevil, accompagné de preuves irréfutables liant son gang aux Fitzpatrick, confronte un camarade impliqué et fait une découverte perturbante.

Lorsque l’argent récolté pour un voyage scolaire vient à disparaître sous la surveillance de Veronica pendant une kermesse, elle doit identifier le voleur. Étonnamment, elle défend Jackie alors que tout le monde l’accuse. Pendant ce temps, Keith confronte Terrance Cook — son idole et son client — avec des questions sur son passé et sur l’accident de bus. Plus tard, Dick essaie d’humilier Beaver devant sa copine pendant la kermesse, et Logan jette son dévolu sur une élève de seconde.

Des élèves de Neptune High demandent de l’aide à Veronica lorsqu’ils sont victimes de chantage : un pirate informatique menace de révéler leur homosexualité, à moins qu’ils ne paient chacun 5 000 dollars. Pendant ce temps, Keith continue à travailler sur une affaire pour le père de Jackie et examine les pistes de l’accident de bus. Plus tard, Logan fréquente une élève de seconde, au grand malheur du père de cette dernière.

La nouvelle copine de Wallace, Jane, fait appel à Veronica lorsque sa grande sœur disparaît après son enterrement de vie de jeune fille. Cependant, des indices indiquent que quelque chose de plus perturbant lui est arrivé juste avant son mariage. Pendant ce temps, Keith et Veronica décident d’apporter au shérif Lamb les preuves qu’ils ont découvertes au sujet de l’accident de bus. Plus tard, Kendall fait une proposition tentante au père de Logan, alors qu’il est en prison.

Alors qu’elle visite l’université de Hearst avec Wallace, Veronica est surprise de tomber sur son ex copain, Troy Vandergraff. Mais la vraie surprise arrive lorsque Troy est accusé d’avoir violé une fille sur le campus et qu’il demande de l’aide à Veronica pour l’innocenter. Pendant ce temps, les problèmes juridiques de Logan et sa relation avec Hannah prennent un tournant. Plus tard, après avoir reçu un appel à l’aide, Keith arrive dans un hôtel et trouve son ami Cliff dans une position compromettante.

Weevil demande à Veronica de trouver une bonne fois pour toute la personne qui a tué Felix. Pendant ce temps, Logan gagne un concours qui lui permet de faire un stage chez le maire Woody Goodman en tant qu’adjoint honoraire. De plus, l’amour est dans l’air au bal Sadie Hawkins, mais des tensions mènent à la rupture de plusieurs couples.

Veronica fait des rêves dans lesquels les élèves tués dans l’accident de bus la confrontent. Pendant ce temps, lorsque Logan et Weevil travaillent sur un projet de physique ensemble, aucun d’entre eux n’est motivé jusqu’à ce qu’ils découvrent que leur réussite pourrait aider Veronica à recevoir une bourse d’étude. Plus tard, lorsqu’un grand nombre d’étudiants est diagnostiqué avec une maladie qui leur donne le droit de rendre leurs devoirs en retard, le proviseur engage Keith pour enquêter sur la véracité de cette maladie.

Lorsque Veronica accepte une affaire visant à trouver la personne qui a renversé le chien d’une élève, elle découvre des faits surprenants. Pendant ce temps, elle souhaite tellement s’introduire dans le bureau du proviseur qu’elle promet à un geek que Mac l’accompagnera au bal. De plus, Jackie prend Veronica par surprise lorsqu’elle lui demande de l’aide pour obtenir un travail au café.

Malgré les interdictions de Keith, Veronica accepte l’affaire d’une camarade qui pense être suivie, Gia Goodman. Keith croit que Woody est la cause de ce harcèlement. Ce que découvre Veronica choque les deux filles, et mène à davantage de questions. Pendant ce temps, Woody fait appel à Keith pour éviter un scandale lorsqu’il se retrouve dans un motel avec une femme inconsciente. De plus, le proviseur annule le bal de fin d’année car des élèves ont consommé de l’alcool pendant un voyage scolaire. Logan prend donc l’initiative d’organiser un bal alternatif dans sa suite.

Avec le procès d’Aaron Echolls, des tensions s’accumulent alors que Veronica, Keith et Logan prennent la barre pour témoigner contre lui. Pendant ce temps, après que Veronica a découvert un email suspect dans l’ordinateur de Woody, Keith apporte les preuves au shérif pour l’arrêter. Mais shérif Lamb refuse, croyant que Keith veut tenir sa réputation. De plus, à la surprise générale, le concierge de Neptune High apporte une arme au lycée avec l’intention de trouver Gia Goodman, la fille de Woody.

Après avoir découvert l’identité de la personne responsable de l’accident de bus, Veronica se dépêche de prévenir les autres, mais elle se retrouve dans une situation extrêmement périlleuse. Pendant ce temps, Keith fait appel à Veronica dans son enquête contre Woody, lui demandant d’obtenir des informations de la part de l’avocat de Woody. Plus tard, après la remise des diplômes, les élèves de terminale font une immense fête au Neptune Grand.

Veronica fait sa rentrée à l'université. Piz, le colocataire de Wallace, se fait voler ses affaires. Veronica décide alors de mener l'enquête. Pendant ce temps-là, Keith attend M. Fitzpatrick à sa sortie de prison et l'emmène retrouver Kendall, prétendument pour échapper à Liam (son frère), mais M. Fitzpatrick se révélera sous un autre jour. Au même moment sur le campus, on découvre que les viols ne sont pas révolus…

Parker, la colocataire de Mac, est la nouvelle victime du violeur en série. Veronica, présente le soir du viol, culpabilise de n'avoir rien pu faire pour aider la jeune femme. Alors que Wallace et Logan participent ensemble à un jeu organisé par leur professeur, Veronica fait son entrée comme rédactrice dans le journal du campus. Sa première mission : infiltrer une sororité où Parker était allée faire la fête la nuit de son viol, et tenter de trouver des indices sur le coupable.

Un footballeur du campus, ami de Piz, réclame les services de Veronica : son carnet de jeu a disparu, ce qui pourrait lui valoir un renvoi de l'équipe et la perte de sa bourse d'étude. Parallèlement, le doyen de l'université menace Veronica de l'expulser si elle ne révèle pas l'identité de la source qui lui a permis d'écrire son article sur la culture de marijuana au cœur d'une confrérie étudiante (lors de l'épisode précédent)...

Avec une cinquième victime du violeur du campus, les soupçons se portent sur la confrérie des Pi Sig qui semble être liée à chaque victime. Dick Casablancas, qui en fait partie, demande à Veronica d'enquêter pour les disculper. Parallèlement, Logan remarque que l'argent laissé par son père disparaît trop vite; il fait appel aux services de Veronica pour résoudre ce mystère.

Le beau-fils du Doyen de Hearst est mourant. Il a besoin d'une greffe osseuse, le doyen demande donc à Keith Mars de retrouver son père biologique soi-disant pour qu'il voie son fils. En réalité, le doyen et sa femme savent qu'il est un donneur compatible pour la greffe. De son côté, Veronica cherche toujours le responsable des viols, et continue de suivre la piste du garçon sur la photo du distributeur. Un braquage a lieu dans le « casino » clandestin de l'université alors que Veronica s'y trouve. Elle y perd notamment le collier de Lilly et décide de retrouver les coupables. Tout semble indiquer qu'Eli Navarro est dans le coup. Pendant ce temps, Wallace échoue dans une matière, et décide de se procurer les réponses de l'examen suivant.

Après les brillants exploits de Veronica dans son cours de criminologie, son professeur lui propose d'être son directeur de thèse. Mais un problème se pose bien vite : elle est accusée de plagiat pour son dernier devoir. Le professeur Landry, convaincu de sa bonne foi, lui donne 3 jours pour amener les preuves de sa non-culpabilité. Son enquête la mène bientôt sur la piste d'un homme, qui s'avère ne pas être un inconnu de la jeune femme…

Après l'arrestation de Mercer dans l'affaire des viols en série, Logan assure à Veronica que Mercer n'est pas coupable, car ils étaient ensemble ce soir-là. Lorsque Veronica lui demande des précisions, Logan refuse de l'éclairer sur l'alibi de Mercer. Parallèlement, il s'avère qu'un voisin d'étage de Wallace nommé Sully a disparu, laissant seule sa petite amie, qu'il devait passer prendre à l'aéroport plus tôt dans la journée...

Selma Rose, la fille du fondateur de l'université, disparaît lors d'une réception donnée en son honneur. Le doyen met immédiatement Keith Mars sur l'affaire, dont les recherches mèneront à une étrange histoire de couple. D'autre part, depuis l'agression dans le parking de Hearst, Logan devient très protecteur envers Veronica...

À la suite de la corruption de l'organisateur de Hearst, les confréries sont rouvertes, au grand dam du groupe féministe fondé à la suite des viols en série. Pour célébrer leur retour, la confrérie des Pi Sigs organise une grande soirée. Mais une annonce dans le journal de l'université inquiète profondément Veronica. Elle annonce en effet que le violeur sera présent à cette soirée et frappera à nouveau. Veronica, bien décidée à enfin démasquer celui qui sème la terreur sur le campus depuis des mois, met en place un plan et se rend à la soirée.

La femme du doyen O'Dell demande à Keith Mars d'enquêter sur ce que tout le monde croit être son suicide. Pendant ce temps, Veronica est engagée pour retrouver un singe qui a été volé dans un laboratoire. Avec Mac, elle infiltre une association de défense des animaux. Cela lui permet d'oublier un peu sa rupture avec Logan et de rencontrer un nouveau personnage...

Un étudiant, qui avait procuré à Wallace les réponses d'un examen quelques épisodes auparavant, demande à Veronica de retrouver une femme qu'il considère être la femme de sa vie. Veronica la retrouve, mais elle découvre également que c'est en fait une prostituée payée par les amis du garçon. Les ennuis commencent alors pour eux...

Veronica a sans cesse des visions de Madison et Logan en train de faire l'amour, bien que ce dernier fasse tout son possible pour qu'ils reprennent leur liaison. Elle doit tout de même trouver qui a donné à son insu des médicaments à Bonnie pour qu'elle avorte. Parallèlement, dans l'affaire du suicide du doyen O'Dell, Keith Mars enquête toujours mais la femme du doyen lui ment sur certains points et il s'en rend bien compte. Veronica l'aide en découvrant un témoin qui a entendu un coup de feu tard la nuit où le doyen est mort...

L'entraîneur de basket est assassiné et la police suspecte son fils, mais Veronica ne croit pas en sa culpabilité. Elle fait tout son possible pour l'aider et retrouver le vrai criminel. Elle découvre aussi que l'amant de la femme du doyen O'Dell (son professeur de criminologie) et le doyen se sont disputés le soir de sa mort. La femme du doyen demande donc à Keith Mars de continuer l'enquête même si beaucoup de choses accusent le professeur Landry. Pendant ce temps, Logan, déprimé, reçoit la visite de la nouvelle amie de Dick. Pendant qu'ils vont à Las Vegas, Logan doit garder la petite sœur de cette dernière, avec qui il se lie d'amitié.

Veronica, en voulant essayer d'aider le fils de l'entraîneur, se retrouve derrière les barreaux. Elle finit par sortir et décide de retrouver ce dernier... Quant à Logan, il s'est un peu repris et rejoint Parker, Mac et son nouveau copain pour un concours de la St Valentin. Keith et Veronica découvrent finalement que le doyen ne s'est pas suicidé mais qu'il a bel et bien été tué.

M. Mars, désormais shérif, décide de reprendre au début l'enquête sur le doyen. Il réinterroge tout le monde et met le professeur de criminologie en cellule. Veronica surprend son assistant fouiller dans les bureaux de Mars Investigations et décide alors de l'aider à prouver l'innocence de son professeur. Ce dernier et la femme du doyen s'échappent ensemble, mais Keith Mars les retrouve. Veronica résout finalement l'affaire du meurtre en comprenant pendant un cours qui est le coupable. Logan et Parker sortent maintenant ensemble, mais Veronica dit ne pas s'en soucier.

Veronica résout une histoire de dégradation d'un restaurant, tandis que Keith découvre que de nombreux bars servent de l'alcool aux mineurs... À la fête d'anniversaire de Parker, Mac et Max se rencontrent et ont l'air de s'apprécier. Piz embrasse Veronica, ce qui la surprend. Mais elle court le rejoindre et l'embrasse à son tour. Logan arrive à ce moment-là et passe en faisant mine de ne pas s'en soucier...

Après la soirée d'anniversaire, Piz et Véronica commencent à hésiter sur leur histoire. Cependant Piz doit s'occuper d'un rockeur pour son show de la radio. Il doit alors demander de l'aide à Véronica pour retrouver des CD volés à la rock star. Pendant ce temps, Mac se sépare de Brondson et aide Logan à préparer son devoir pour l'université. À la fin de l'épisode, on apprend que Vinnie se présente contre le shérif durant les élections, tandis que l'histoire entre Piz et Véronica débute réellement.

Un homme demande à Veronica de découvrir si Apollo, un jeune écrivain qui raconte sa jeunesse en tant qu'enfant-soldat en Afrique, est vraiment son fils. Pendant ce temps, Piz essaye de découvrir s'il passera finalement ses vacances d'été avec Veronica, ayant obtenu un stage à New York. Quant à Logan, ses projets de vacances d'été dérangent Parker, tandis que le shérif Mars est sous pression, car il n'arrive pas à arrêter des cambriolages qui lui donnent une mauvaise image pour l'élection du shérif de Neptune...

Un trafic de fausses cartes d'étudiants sévit sur le campus. Deux élèves identifient Weevil comme étant leur fournisseur. Le jeune homme se retrouve une fois de plus derrière les barreaux ! Il demande de l'aide à Veronica.

Veronica est furieuse contre Logan parce qu'elle apprend qu'il a frappé Piz. Elle lui demande de sortir définitivement de sa vie. Après avoir volé un disque dur pour découvrir qui a mis le caméscope dans la chambre de Piz, son père a des problèmes avec la justice.

Un vent de panique souffle sur Neptune lorsqu’une bombe explose pendant le spring break. La famille riche d’une victime de l’explosion engage Keith et Veronica pour trouver le coupable.

Veronica et Keith commencent leur enquête. Leur implication met la Cheffe de Police Langdon à cran. Penn dévoile au grand public sa théorie sur l’identité du poseur de bombe. Pendant ce temps, Matty Ross commence ses propres recherches sur le tueur de son père.

Le client de Veronica et Keith, Daniel Maloof, fait un aveu choquant. Sheriff Langdon se rapproche de son suspect principal. Veronica et Matty unissent leurs forces, au moment où l’enquête prend un tournant surprenant.

Convaincue que le poseur de bombe est toujours en liberté, Veronica se rend à Chino pour en savoir plus sur Clyde et Big Dick. Le Maire Dobbins demande de l’aide au FBI, ce qui conduit au retour d’un ex petit-ami de Veronica. Pendant ce temps, Veronica confronte la personne qui l’a agressée pendant qu'elle faisait son jogging.

Veronica découvre que Keith lui a caché un secret effrayant. La véritable raison de la dernière théorie de Penn est révélée au grand jour. Veronica perd confiance en sa nouvelle amie, Nicole, la propriétaire du Comrade Quacks.

Veronica devient suspicieuse envers Nicole lorsqu’elle en apprend davantage sur son passé. Un coup de fil passé à Veronica l’oblige à partir à la recherche de Matty. Sans le savoir, Veronica effectue le travail de Leo.

Veronica se demande si elle devrait tout avouer à Nicole. La fidélité de Veronica est mise à rude épreuve. Veronica et Keith découvrent qu’ils ne sont pas les seuls à croire qu’ils ont trouvé le poseur de bombe. Un client surprenant essaie d’engager Mars Investigations.

Veronica et Keith essaient de suivre une nouvelle piste, et découvrent une autre victime. Matty suit son propre instinct, se trouvant témoin d’un meurtre. Veronica a une tragique illumination alors que l’horloge tourne.