Cet épisode commence 12 ans après les événements de Dune. Paul Atréides est devenu Empereur. Chani, sa femme, lui a donné deux jumeaux : Leto II et Ghanima. Lorsque ses enfants sont victimes d'un attentat, Paul utilise les yeux de Leto pour le voir et l'avertir du danger, mais lors de cet événement, il perd son pouvoir psychique et devient totalement aveugle. En accord avec la coutume Fremen, il se retire dans le désert et laisse ses enfants à sa sœur, Alia...

Telle une conspiration pour gagner le pouvoir politique, le pouvoir de Paul est érodé, au profit de son ambitieuse sœur Alia. Née avec le savoir de ses ancêtres, Alia est considérée comme une abomination par l'Ordre du Bene Gesserit. Dame Jessica, sa mère, retourne sur Dune pour rencontrer ses petits-enfants, Leto II et Chanima. Lorsqu'un ancêtre commence à posséder Alia, Dame Jessica doit se réfugier. Leto II et Ghanima doivent alors se battre pour la liberté.

Alia, désormais totalement possédée, doit passer un accord avec les rebelles Fremen. Ghanima qui a survécu à l'attentat mené par la maison Corrino, est désormais fiancée avec Farad'n Corrino. Leto II se retire dans le désert pour faire croire à sa mort. Le désert l'absorbant peu à peu, il se transforme petit à petit en vers des sables. Alia résiste à l'emprise du Baron Harkonnen et Irulan décline l'offre de Dame Jessica de retourner avec elle sur Caladan...