Peu après la disparition d'un rare pouletrafe au zoo de Glurfsburg, la rencontre fortuite de Tom et Sam dans une cafétéria amorce une série d'événements extraordinaires.

Tom veut rendre sa valise à Sam, mais il n'est pas le seul à vouloir lui tenir compagnie. Une mère et sa fille entament ensemble une très lente traversée du désert.

Les Méchants aux trousses, Sam et Tom embarquent pour Meepville et rencontrent Michellee, une prudente compteuse de haricots, et sa fille E.B., une vraie casse-cou.

En faisant un détour pour trouver de la nourriture au pouletrafe, Tom et Sam croisent un renard friand d'œufs qui s'efforce de contrôler son appétit.

Recherchant un abri pour la nuit, le trio reste coincé dans une casse. L'avantage pour un inventeur comme Tom, c'est qu'il y a plein de matières premières !

La panique saisit la ville de Prinz Pazookle quand ses habitants apprennent qu'un pouletrafe rode. Heureusement, un carnaval pittoresque fait vite oublier ce désagrément.

Un rongeur chanteur vient à la rescousse de Sam et Tom à North Shvizelton où les amis croupissent en prison sans la moindre idée de la manière dont ils vont en sortir.

Pour échapper aux Méchants, et à l'orage, Sam et ses amis comptent sur l'hospitalité de Michellee, mais rien ne va comme prévu. Snerz embauche du renfort.

Sam et Tom doivent réfléchir vite lorsque le bélier à gages de Snerz les accule au bord d'une falaise. Les Méchants broient du noir, mais n'abandonnent pas !

Les amis et fugitifs font une halte à Poêlonville, où Sam rencontre la famille de Tom, et avoue un terrible secret.

Comme Tom s'attable devant son petit-déjeuner, les Méchants révèlent la vérité sur leur mission. Au fond de la mer, l'intrigue s'épaissit.

Tom l'échappe belle sur les quais, mais une réalité de plus en plus cruelle l'attend. Avant le gala, Michellee fait visiter Meepville à sa fille, éblouie.

Le gala Snerz abonde en rebondissements palpitants, mais après tant de déceptions, notre histoire peut-elle encore se terminer sur un authentique acte d'amitié ?

Un plat familier pousse Sam à partir à la recherche de sa mère en compagnie de Tom et d'E.B. Mais ils sont loin de s'attendre à ce qu'ils vont trouver.

Les amis découvrent les histoires de la Yookia et de la Zookia. Sam cherche désespérément à se rapprocher de Pam, mais Tom se méfie et peine à lui faire confiance.

Sam suit Pam lors d'une mission ultra-secrète, mais celle-ci préfère travailler seule. En Zookia, véritable fief technologique, Tom découvre un paradis pour inventeurs.

Pam et Sam jouent les agents infiltrés. Une caillécureuil fuyarde mène E.B. au sommet du mur, où elle fait la connaissance d'un mystérieux nouvel ami.

E.B. s'enfuit pour passer la journée avec Looka. Tout se passe à merveille jusqu'à ce qu'une relique cachée leur révèle la véritable histoire de la construction du mur.

La piste de la Bombabominable mène Sam et sa mère jusqu'à une île paradisiaque regorgeant de surprises. Tom reçoit le message de Michellee et n'en croit pas ses yeux.

Plein de bonnes intentions, Tom sauve E.B. du danger et confie à Sam ses soupçons concernant Pam. Mais cela a pour unique effet de les éloigner tous les deux de lui.

Qui mettra la main sur la Bombabominable ? Le destin de la Yookia et de la Zookia est en jeu, et les amis doivent choisir leur camp.

Pam est contrainte de prendre position alors que la Zookia et la Yookia s'apprêtent à entrer en guerre. Tom tire parti de la vivacité d'esprit de Michellee.

Beurre au-dessus ou beurre en dessous ? La guerre semble sur le point d'éclater. Nos héros parviendront-ils à la stopper à temps ?