Emily Byrne est vivante. Après avoir été présumée morte pendant six années, elle est retrouvée par une équipe de FBI dans une cabane au milieu des bois. Elle ne se souvient pas de ses six années d'absence et toute sa vie a changé. Son mari s'est remarié, son fils ne la reconnait pas. Elle va devoir se battre pour retrouver une place auprès de Flynn et bientôt pour prouver son innocence face à un meurtre pour lequel elle est désignée suspect n°1.

Alors qu'Emily se bat pour retrouver le cours de sa vie, le tueur en série présumé Conrad Harlow, emprisonné pour l'avoir tuée est relâché. Entre un témoin qui apparait et qui renforce ses accusations pour le meurtre dont elle est soupçonnée et le désintérêt de Flynn à son égard, Emily tente de relever la tête et d'y voir plus clair avec l'aide son ex-mari Nick Durand.

Lorsque le tueur en série présumé coupable de la mort d'Emily est retrouvé noyé dans une piscine, Emily est le suspect n°1 pour Tommy Gibbs et le chef de la police de Boston.

Alors que Nick se débat entre Emily et son épouse, il ne cesse son enquête sur les suspicions de meurtre qui pèsent sur son ex-femme.

Emily est en fuite et après une séance d'hypnose avec son ancien psychiatre, elle découvre un élément important sur son passé. Lorsque le détective Gibbs et Nick trouvent un agent du FBI qui semble avoir été assassiné par Emily, la chasse pour Emily atteint un autre niveau. Avec l'aide d'une piste donnée par Adam Radford, Emily doit relier tous les fils et échapper à la prison. Pendant ce temps, Nick tente de surmonter la trahison vis à vis d'Alice. Emily peut-elle se sauver? Nick sera-t-il capable de garder sa famille unie?

Emily découvre qui est le tueur de dhalia, rose, violet, jasmin..... Emily échappe à son arrestation et se lance sur une autre piste de l'enquête. Mais cette nouvelle piste est inquiétante et la conduit à soupçonner l'un de ses proches. Malheureusement, cette personne est la seule à pouvoir l'aider... Est-ce juste de la paranoïa ou est-ce qu'elle n'a vraiment personne à qui s'adresser ? Pendant ce temps, Alice apprend une nouvelle importante et doit prendre une décision très difficile.

Jack aide à sauver la vie d'Emily et trouve un lien surprenant avec l'enfance d'Emily. Elle découvre des secrets du passé qui se rapportent à un ami d'enfance, Charles. Pendant ce temps, Tommy arrête Jack pour avoir aidé Emily. Alice confronte Nick, ce qui la met en danger, elle et Flynn.

Alice et Flynn sont enlevés par une personne mystérieuse. Nick soupçonne qu'Emily a kidnappé sa famille et tente désespérément de les retrouver. Une reporter assaille Jack chaque fois qu'elle veut obtenir des informations exclusives. Emily tente d'obtenir des réponses de Charles, mais doit s'enfuir quand Nick essaie de l'arrêter. Comment le couple agira-t-il quand ils se rencontreront à nouveau ?

Emily réussit à extraire des informations de Charles, et espère que ce sera une percée dans sa recherche. Cela va-t-il mener à Flynn ? Va-t-elle découvrir l'identité de son ravisseur ? Est-ce que Tommy et Nick vont attraper Emily et mettre fin à l'affaire qui a presque consumé toute la vie de l'ancien agent ?

Le présent et le passé d'Emily s'entrechoquent dans un affrontement épique. Pourra-t-elle sauver Alice et finalement prouver son innocence ?

Emily, qui peine à se remettre de sa terrible période de séquestration, tente de retrouver une vie "normale". Surtout vis-à-vis de son fils, Flynn, lui-même très affecté par l'instabilité de sa vie. Pendant ce temps, un attentat terroriste secoue le cœur de Boston. Accaparé par cette affaire, Nick néglige sa famille...

Sous le choc suite à de nouvelles révélations sur son passé, Emily redouble d'efforts dans sa quête pour la vérité. Lorsque Flynn se retrouve accidentellement mêlé à son enquête, la jeune femme est forcée à faire un choix entre son fils et son besoin de réponses. De son côté, Alice, retournée travailler comme psychologue spécialisée sur les deuils, se lie d'amitié avec Jack Byrne, un ambulancier qui travaille à l'hôpital. La tension monte au FBI entre Nick et Julianne...

Emily est rongée par la culpabilité après le meurtre d’une personne qu’elle a rejetée. De retour au FBI pour enquêter sur des crimes similaires. elle fait équipe avec l’agent spécial Cal Isaac, auquel il lui faut cacher son lien personnel avec l’affaire. Nick et Julianne se penchent sur l’identité du terroriste, craignant qu’il ne se prépare pour sa prochaine attaque - celle-ci encore plus meurtrière que la précédente.

L’enquête d’Emily et Cal sur le tueur au fentanyl les dirige vers des suspects dangereux et extrêmement habiles. Pendant ce temps, la chasse à l’homme pour retrouver le terroriste de Crown fait mouche et mène à un homme solitaire et en colère, qui est prêt à en découdre, et c’est à Nick de le traquer.

En enquêtant au domicile de la plus récente victime du tueur au fentanyl, une star du football, Emily obtient un élément de preuve de premier ordre qui pourrait lui permettre d’identifier le tueur en série. Mais des problèmes personnels la renvoient chez elle, auprès de sa famille, lorsque le désordre et les secrets de sa vie finissent par la rattraper, lui faisant craindre pour sa relation avec Flynn. Alors qu’Emily se plonge dans l’affaire du tueur au Fentanyl, le dossier de Nick auprès d’un détenu de grand renom a des conséquences mortelles.

Sous des pseudonymes, Emily et Cal se rendent en Moldavie, pays sujet à la corruption, à la recherche du tueur au fentanyl, qui est désormais identifié sous le nom de Rex Wolfe. Ils découvrent rapidement que pour trouver Rex Wolfe, ils devront faire face à un contractant militaire privé assez louche, Nightwatch, afin de retrouver le tueur. Pendant ce temps, Nick doit faire la part des choses entre le devoir et l’honneur lorsqu’on lui donne un ordre qui remet en question son code moral. Son mariage avec Nick étant déjà dans un état fragile, Alice doit maintenant faire face à un diagnostic bouleversant.

Les têtes de Cal Isaac et d’Emily Byrne sont mises à prix par Night Watch. Ils sont tirés in-extremis d’un guet-apens par Holt, un ancien compagnon d’armes de Cal. Holt décide d’aider Emily et Cal à mettre la main sur Rex Wolfe. Après un échange de tirs avec ce dernier, Holt reçoit un coup de couteau mortel.

Le lieutenant Campbell prononce un hommage funèbre élogieux en l’honneur de Tommy. Elle apprend à Emily qu’elle l’a mis à pied pour s’être introduit chez Catalyst Diagnostics et suppose qu’il s’est suicidé.

Emily et Cal enquêtent sur le docteur Oduwale. Tout porte à croire qu’il aurait commandité les meurtres au fentanyl. Mais pour quelles raisons ? Par le biais d’articles scientifiques que celui-ci a a publiés, Emily et Cal découvrent qu’il a eu accès à la banque de données de Catalyst Diagnostics en 1982 puis en 2013.

Le docteur Oduwale vient d’être mortellement blessé. Emily s’élance à la poursuite du tireur, en vain. Crown craint que sa petite mise en scène leur nuise à tous les deux. C’est partiellement le cas.

Emily purge les derniers jours de sa suspension du FBI tout en ayant du mal à accepter les conséquences de ses actions. Hyper-vigilante et méfiante envers les autres, elle voit des menaces partout et regarde tout le monde de plus près.

Suite aux événements meurtriers, Emily doit se lancer dans une course contre la montre pour trouver et sauver Nick, avec l'aide de son mystérieux informateur, Kai. En suivant sa localisation, Emily se rend compte qu'une conspiration plus complexe est en cours et doit envisager la possibilité que Nick ait été tué.

Le FBI identifie un suspect principal dans l'enlèvement de Nick, un certain Colin Dawkins, mais ne parviennent pas à mettre la main sur lui. Pendant ce temps, Emily fait de son mieux pour protéger Kai, son informateur. Ce deux derniers travaillent ensemble sur un plan dans le but de piéger Dawkins et localiser Nick.

Le FBI refuse d’envoyer du soutien à Emily pour retrouver Nick. Elle se retrouve contrainte de mettre en place un dangereux stratagème, qui la mène face au seul homme capable de lui révéler ou se trouve Nick. Au même moment, quelque part en Europe, celui-ci est drogué et torturé mentalement. Il révèle tout de ses remords et de ses doutes quant à son rôle au sein du FBI, mais aussi au sein de sa famille.

Emily se soumet aux exigences de Dawkins afin qu’il la mène jusqu’à Nick, tout en élaborant un plan astucieux. De son coté, Nick, sur le point de se laisser envahir par le remords et la paranoïa, parvient finalement à faire taire les démons qui le hantaient depuis si longtemps.

Nick est torturé sans relâche, mais trouve un moyen de fausser compagnie à ses bourreaux. Cal et Emily, partis au secours de Nick, finissent par se rapprocher l’un de l’autre. Arrivés au lieu indiqué, ils rassemblent des preuves liées à l’affaire de Boston, mais aucun signe de Nick lui-même.

Emily tente désespérément d’offrir les documents volés en échange de Nick, exigeant de savoir si celuici est bel est bien en vie. Mais Nick a réussi à échapper à ses ravisseurs après une longue course-poursuite. Il parvient à contacter le FBI pendant qu’Emily se décide enfin à questionner Cal sur son lien avec Meridian.

Emily vole au secours de Nick et ils établissent ensemble un plan pour infiltrer le camp de réfugiés. Cal doit se faire passer pour un garde du Meridian dans l’espoir de trouver Armstrong et de lui faire payer ses crimes. Au même moment, Crown et Gunnarsen se rapprochent de la base du Meridian, alors qu’un visiteur inattendu arrive sur l’exploitation.

Nick s’efforce de libérer les réfugiés tandis que Cal se retrouve face à Armstrong. Alors que Gunnarsen et Crown s’apprêtent à arrêter le vice-président Webb, ils découvrent une arme mortelle. Emily tente d’empêcher Elliot de mener son plan à bien, prête à tout pour protéger les siens.

Emily et Nick retrouvent enfin Flynn à Boston, mais la menace de l’arme biologique d’Elliot continue de planer sur eux. Emily doit employer les grands moyens et faire un choix risqué afin de mettre sa famille à l’abri.