Le grand-père de Seg est condamné à mort pour avoir refusé de prêter allégeance à la Voix de Rao. Sa famille perd son rang et vit dans les bas-fonds. Quelques années plus tard, Seg empêche un attentat et se voit offrir un rang par Daron à condition qu'il s'unisse à sa fille Nyssa. Mais Seg est amoureux de Lyta, la fille du général Jayna. Un homme, Adam Strange, lui confie un prisme mystérieux avant de disparaître. La mère de Seg, Charys, l'emmène alors dans la Forteresse de Solitude de son grand-père. Celui-ci avait découvert qu'ils n'étaient pas seuls dans l'univers et qu'une menace planait sur eux...

Seg refuse de croire ce qu'Adam lui raconte et il entend poursuivre son projet de vengeance, mais Daron lui confirme une partie de l'histoire d'une menace extra terrestre qui obsédait son grand-père. Dans la forteresse de Val, il réactive un module avec son sang, et l'hologramme de son grand père apparait. Désormais certain que la menace de Brainiac existe bel et bien, il remet à plus tard ses projets de vengeance, tandis qu'Adam et Kem découvrent une sonde dans les terres gelées, indiquant que Brainiac est déjà en chemin...

Seg et Adam partent à la recherche de la sentinelle de Brainiac en espérant la désactiver avant qu'elle ne transmette des informations à son maître. C'est Rhom, une amie de Seg, qui l'a récupérée et le parasite qu'elle contient s'est emparé d'elle. Pendant ce temps, Lyta doit diriger l'offensive contre Black zéro dans le secteur dix-neuf, et la situation lui échappe quand une de ses sagitaris tue un civil désarmé...

Afin d'apaiser les tensions causées par l'opération des Sagitari, la Voix de Rao réclame un bouc émissaire : Lyta est arrêtée. Nyssa propose une alliance à Jayna afin de détrôner la Voix de Rao. Kem annonce à Ona que sa mère ne reviendra pas. Ona rencontre la Voix de Rao et lui offre une statuette. Celui-ci la prend sous son aile. Mais la statuette le place sous l'emprise de Brainiac. Seg se fait enlever par le général Zod. Il parvient à s'évader...

Alors que l'on apprend plus sur le passé de Jayna et son éducation au service de la maison de Zod, Lyta doit être exécutée pour trahison et Nyssa propose à sa mère de rejoindre la conjuration pour démettre la voix de Rao de ses fonctions. Pendant ce temps, Seg fait la connaissance d'une jeune femme qui a été torturée par les hommes de Black zéro. Il tombe sur des Cythonites qui gardent un grand secret et semblent haïr les Els. Ne sachant pas pourquoi, Seg s'enfuit et se perd dans les terres gelées...

Adam tente de mettre Seg en garde : ils ne doivent pas se servir de l'arme gardée par les Cythonnites. Mais Seg préfère s'allier au général Zod. Nyssa, son père, Jayna et Dev complotent pour tuer la Voix de Rao...

La voix de Rao a révélé son véritable visage, celui d'un agent de Brainiac. Daron négocie avec lui et accepte de livrer tous les conjurés, y compris sa fille qui est arrêtée. Seg et Lyta retrouvent Jayna et ils découvrent que Dev porte la marque de la voix de Rao, depuis que celui-ci est entré dans son esprit. Jayna pense qu'il faut lever une armée, mais Seg préfère utiliser la cérémonie du Cycle de Nova pour forcer la voix a montrer son vrai visage au peuple. Pendant ce temps, Adam demande à Val de l'aider à réparer son appareil et celui-ci le convainc que malgré sa faiblesse il peut encore devenir un héros...

Adam s'allie à Daron pour empêcher Zod de changer le cours de l'Histoire. Jayna prévient Seg : elle pense que Zod est venu pour régner sur Krypton. Lyta et Seg récupèrent Dev et l'utilisent pour neutraliser la Garde Rouge afin d'atteindre la Voix de Rao...

Alors que la voix de Rao tente toujours d'entrer en contact avec Brainiac, les factions se divisent. Zod réussit à convaincre Lyta que le seul moyen de le vaincre est de libérer Doomsday, mais les Cythonites préfèrent s'en servir pour anéantir Kandor définitivement. Seg et Lyssa comprennent que la voix de Rao cherche une source d'énergie et réussissent à unir Black Zéro et les Sagitaris pour tenter un assaut sur les générateurs du dôme...

Seg et Zod font revenir Val de la zone fantôme. Val leur dit que dans toutes les visions du futur qu'il a pu avoir, Brainiac s'empare de Kandor. Nyssa essaie de sauver son enfant en allant dans la Chambre de la Genèse. Lyta tente le tout pour le tout et lance une attaque aérienne contre Brainiac...

Zod règne en tyran sur Krypton : il fait subir un lavage de cerveau aux dissidents : le "conditionnement somatique". Tandis que Lyta se bat aux côtés de Zod pour étouffer la rébellion, Val aide Jax-Ur à livrer bataille afin de conquérir la base de l’Ascenseur Spatial et empêcher Zod de constituer sa flotte.

Après avoir éliminé Brainiac, Adam et Seg se retrouvent sur une planète déserte sur laquelle ils font la connaissance de Lobo, un assassin perturbé.

Seg et Adam parviennent à couper le lien qui relie Seg et Brainiac et partent de Colu grâce au rayon Zeta. Lyta demande à Zod de l’envoyer sur Wegthor afin de mettre fin à la guerre.

De retour sur Krypton, Adam et Seg se séparent. Seg souhaite aller voir Lyta qui ignore qu'il est en vie, mais les retrouvailles tournent vite au cauchemar lorsqu'elle le trahit en annonçant sa présence à Zod.

Seg lutte contre l’influence de Brainiac mais celui-ci lui donne des aptitudes hors du commun. Nyssa comprend que Zod l’a manipulée et qu’à cause d’elle, des rebelles sont morts asphyxiés.

Val fait emprisonner Jax pour meurtre et Zod exige qu'on la lui livre, menaçant d'éradiquer toute présence sur Weghot.

Kem trouve des sagitaris abandonnés par Zod dans les mines. Seg tente de se débarrasser de Brainiac mais celui-ci s’empare de son fils avant de disparaître avec lui, au grand désespoir de Nyssa.

Alors que Lyta est en proie aux fantasmes de la Black Mercy, Dev apprend que Zod compte lancer sa flotte pour anéantir la résistance de Weghtor.

Seg est réunit avec Val et les Rebels alors que le général Zod monte son attaque finale sur la Rébellion.

Seg et ses alliés affrontent le général Zod pour sauver Krypton.