Natsume découvre que le Carnet d’amis, dont il a hérité de sa grand-mère, contient le nom des yôkai qu'elle a vaincus de son vivant. Avec l'aide de maître Griffou, un yôkai à l’apparence d’un chat, il décide de rendre le nom aux esprits cités dans le Carnet.

Un dieu dont l’existence est sur le point de disparaître demande à Natsume de lui rendre son nom. Après avoir discuté avec ce dernier, Natsume découvre l’histoire qui la lie avec une certaine humaine.

Natsume entend parler de Tanuma, un garçon qui a l’air de ressentir la présence des esprits. Intrigué, il essaie d’obtenir plus d’informations à son sujet.

Sasada, la déléguée de la classe de Natsume, suspecte ce dernier de pouvoir entrer en contact avec les yôkai. Elle lui demande alors de l'aider à trouver un esprit qui vit dans le vieux bâtiment de leur école.

Natsume trouve un vieux ticket de train parmi les effets personnels de sa grand-mère. Il se rend alors à la gare qui est écrite sur le ticket et y rencontre un bien étrange yôkai.

Natsume se retrouve malencontreusement possédé par un yôkai. Afin de le chasser de son corps, il n’a d’autre choix que d'aider ce dernier à retrouver un humain qui l’a aidé par le passé.

En voyage scolaire, Natsume rencontre un renardeau qui s'attache rapidement à lui.

Natsume fait la rencontre d'un esprit qui semble très attaché à un humain. Autrefois, les deux étaient capables de se voir et de se parler, mais cela ne semble plus être le cas.

Natsume fait la connaissance d'un acteur populaire nommé Shûichi Natori. Ce dernier possède un autre métier dont Natsume ne soupçonne pas l’existence.

Possédé malgré lui par une joueuse de koto mourante, Natsume décide de l’aider à réaliser son souhait : jouer une dernière mélodie pour la personne qu’elle chérit.

Natsume se fâche avec maître Griffou, qui n’hésite pas à quitter sa chambre et à s’absenter pendant plusieurs jours. Ce dernier fait alors la connaissance d’une certaine fillette…

Natsume est maudit par un esprit maléfique attaché à un arbre. Il se tourne alors vers un yôkai du Carnet d’amis pour trouver un moyen de lever la malédiction.

Natsume profite de la fête d'automne et retrouve plusieurs de ses amis. De son côté, Tanuma fait une étrange découverte…

Alors que Natsume lit tranquillement un livre sur un mur, il se retrouve nez à nez avec yôkai. En tentant de lui échapper, il rompt une corde qui lui rappelle quelque chose…

Natsume rencontre le yôkai qui habite une statue protectrice. Alors que ce dernier manque de posséder Natsume, il lui demande son aide pour chasser un esprit maléfique.

Natsume se rend à une source thermale avec Natori. Malheureusement, il n'aura pas le luxe de se détendre comme prévu.

Natsume recueille un œuf abandonné dans un nid. Il fera tout pour le protéger d'un yôkai qui souhaite s'en emparer.

Natsume rencontre un yôkai nommé Kirinoha qui aimerait récupérer son nom. Seulement, ce dernier ne semble pas être dans le Carnet, mais caché dans un autre endroit.

De mystérieux cercles apparaissent dans la ville. Natsume enquête sur ces phénomènes avec maître Griffou et apprend que ces derniers sont tracés par un être humain.

Le yôkai qui a maudit Taki prive Natsume de ses capacités, le laissant vulnérable. Il doit faire face à une menace imminente tout en étant incapable de voir les êtres surnaturels.

Natsume et ses amis vont faire un séjour d'études dans une vieille auberge. La gérante de cette dernière dévoile à Natsume une erreur de son passé qu'elle regrette profondément.

Natsume récupère un tableau au marché aux puces. Depuis qu'il l'a accroché dans sa chambre, il découvre des pétales de fleurs à son réveil chaque matin.

Natsume découvre des phénomènes étranges dans sa maison. Après s'être renseigné, il apprend que cela est déjà arrivé par le passé, quand Shigeru était encore petit.

Natsume repère un corbeau-yôkai blessé lors d'une promenade avec Tôko. Alors qu'il tente de le sauver, il tombe sur l'une de ses connaissances.

Natsume libère un jeune garçon nommé Kai, prisonnier dans le coffre d'une maison abandonnée. Alors qu'il essaie d'en apprendre plus sur le garçon, il découvre que celui-ci dit être poursuivi par un fantôme.

Après avoir rencontré Natori, Natsume semble perdu et ne sait plus comment approcher son ami. Il décide alors de le confronter au sujet de sa véritable nature.

Natsume rencontre une vieille femme qui le maudit afin qu'il l'aide dans sa quête. Elle lui explique qu'elle veut rendre un miroir à un yokai maléfique.

Alors que le père de Tanuma est en voyage d'affaires, un étrange yôkai erre aux alentours du temple en répandant des miasmes nocifs pour les yôkai.

Natsume se fait aborder dans la rue par un ancien camarade de classe. Ce dernier lui demande de venir avec lui pour qu'il l'aide à vérifier la nature d'une personne.

Un soir, Tôko raconte à Takashi l'un de ses grands regrets lorsqu'elle était encore toute petite. Cela pousse Natsume à réfléchir à son passé et à un yôkai qu'il croisait souvent.

Natsume et Tanuma se réfugient sous un auvent, un jour de pluie. Il se trouve qu'il s'agit de celui de la maison de Taki, qui les invite à passer un moment chez elle.

Natsume se heurte à une femme couverte de sang. Il suit ses traces qui le mènent à un petit temple dans lequel il trouve plusieurs yôkai blessés.

Natsume, aidé de Natori, enquête sur la personne qui traque les yôkai pour leur voler leur sang. Malheureusement, pendant ses recherches, il tombe sur un exorciste peu recommandable.

Natsume accompagne Shigeru à l'atelier de poterie se trouvant près des sources chaudes où il s'était rendu une fois avec ses amis. C'est aussi l'endroit où vit son ami renardeau, qui fera tout pour lui rendre service.

Maître Griffou se repose depuis qu'il a été blessé par une flèche enchantée. Pendant ce temps, Natsume prépare la fête de l'école avec sa classe.

Natsume se promène dans la forêt en compagnie de maître Griffou. Il croise alors Tanuma et une rafale vient interrompre leur discussion.

Tanuma, désormais possédé par un yôkai, découvre petit à petit le quotidien de Natsume. Il se sert de ce nouveau pouvoir pour retrouver les fragments du miroir et reprendre le contrôle total de son corps.

Un yôkai s'introduit chez Natsume pour se venger de lui. Alors qu'il est affaibli par son attaque, il se rappelle l'époque où il peinait encore à trouver une famille qui l'accueille à bras ouverts.

Natsume est invité à une fête organisée en son honneur par ses amis yôkai. Ils joueront tous à un jeu d'humains auquel Natsume n'a jamais eu l'occasion d'essayer pendant son enfance.

Alors que Natsume vient en aide à des yôkai, d'autres surgissent et le capturent pour mettre la main sur le Carnet d'amis.

Capturé une fois de plus, Natsume essaie désormais de s'enfuir de la résidence des Matoba.

Un petit yôkai à l'apparence d'une boule de poils surprend Natsume dans sa chambre, et finit par légèrement le blesser. Malgré ça, le garçon tient à l'apaiser et à l'aider.

Yobiko, un yôkai dont la voix est dotée d'un pouvoir particulier, souhaite mettre la main sur le Carnet d'amis afin d'invoquer un autre être surnaturel du nom de Karikami.

Une ancienne camarade de classe de Natsume parle avec ses amies de la fois où Natsume avait rejoint leur école en cours d'année.

Après avoir rencontré des yôkai douteux à la petite fête de sa ville, Natsume se retrouve piégé dans un bocal.

Tanuma entre dans le monde des yôkai, bien décidé à sauver son ami.

Maître Griffou se retrouve piégé dans un puits avec une exorciste âgée. Pour passer le temps, elle lui conte une partie de sa jeunesse.

Natori se voit confier une mission urgente : retrouver le dieu de la lune féconde avant le début de la fête de Tsukiwake.

Natsume, Natori et maître Griffou unissent leurs forces pour capturer la bête et tenter de remporter le duel contre le dieu de la lune stérile.

En fouillant dans ses affaires, Natsume retrouve une vieille photographie. Il pense être désormais prêt à la regarder sans avoir à souffrir.

Natsume a décidé de se rendre à l'ancienne maison de ses parents. Mais avant ça, il doit aller récupérer la clé chez la famille d'un proche qui l'avait hébergé quand il était plus petit.

Perdu dans ses plus profonds souvenirs, Natsume se rappelle d'une des périodes les plus difficiles de sa vie.

Natsume continue de passer ses journées à redonner aux youkai leurs noms du Livre des Amis. Un jour, alors qu'il rentre chez lui, il se retrouve poursuivi par une marmite géante qui roule. Le youkai dans le pot insiste sur le fait que sa grand-mère Reiko lui a volé une poupée. Cependant, lorsqu'elle menace de faire du mal à sa famille, il est obligé de sortir et de le trouver. Mais sa gentille et souriante grand-mère Reiko volerait-elle vraiment une poupée à quelqu’un ?

Un jour de pluie, Natsume rencontre une jeune fille youkai. Son nom n'est pas dans le Livre des Amis, mais elle veut quand même son aide : elle veut qu'il trouve un homme qu'elle a rencontré une fois. L'homme ne pouvait pas voir les youkai normalement, mais un mauvais coup de la météo lui a permis de la voir pendant une seule journée. Pendant les cinquante années suivantes, elle lui rendit visite, espérant qu'il la verrait une fois de plus, mais il ne l'a jamais fait. Aujourd'hui, il a disparu. Natsume peut-il le trouver pour elle ?

Natsume trouve une lettre qui lui est adressée de Matoba. En se promenant dans la forêt, il le perd lorsqu’un exorciste amateur enferme un yokai dans un pot. Remarquant la faiblesse du sceau, Natsume et Nyanko-sensei l'emmènent au condo de Natori pour le refermer. Lorsque Natsume rentre chez lui, il voit Matoba et apprend que la lettre était une demande pour que Natsume assiste à une réunion d’exorcistes puissants pour éliminer la personne qui a ciblé les exorcistes.

Matoba emmène Natsume dans l’une des villas du clan Matoba pour assister à la réunion des exorcistes. Natsume apprend qu’un yokai masqué appelé « Magatsumen » contrôle les gens et se déguise en shiki afin de tester les participants s’ils ont été possédés. En suivant un étrange bruit printanier, Natsume trouve le coupable derrière les possessions de masques et chasse les yokai. Matoba tire sur le yokai avec une flèche pour l’exorciser.

Natsume voit une écriture étrange sur le tableau noir de la salle de classe des sciences de la Terre. Taki parle à Natsume du yokai poilu qu’elle a aidé à quitter sa maison. Natsume se rend chez Taki et apprend que trois yokai y ont été piégés - deux yokai « lapins » et un blanc poilu. Le yokai poilu est enchanté par Taki et aide à trouver le yokai lapin dans la maison de Taki. Natsume apprend que le yokai poilu était celui qui a écrit sur le tableau noir de l'école et retourne lire les sentiments du yokai dessus.

Natsume est poursuivi par deux yokai qui lui jettent un sort de scellement de voix. Un grand oiseau yokai le sauve et l’emmène dans une vallée avant que Nyanko-sensei ne le trouve. Natsume retrouve sa voix après que le groupe de yokai l'ait attaqué dans sa chambre, puis rend le nom du yokai oiseau.

Tanuma invite ses amis dans une auberge tenue par ses proches. Alors qu’il balaye à l’extérieur, Tanuma est accueilli par une vieille femme nommée Ito-san. Natsume apprend qu’Ito-san est un yokai qui sert le sanctuaire Mizunagi en protégeant le festival de la montagne. Ito-san est entré dans l'auberge parce qu'un autre yokai a volé le masque blanc du festival et s'est déguisé en invité de l'auberge. Natsume trouve le yokai qui a volé le masque pour le pouvoir du festival, et Ito-san l'exorcise. Ito-san avertit Natsume de garder son identité secrète jusqu’à la fin du festival afin qu’elle puisse terminer le festival. Natsume dit qu’il ne dira à personne qu’elle est un yokai afin qu’elle puisse rester dans cette ville le plus longtemps possible.

Un épisode décrivant l’histoire de Natori Shuuichi et Matoba Seiji lorsqu’ils étaient jeunes. Cet épisode montre la famille de Natori et son enfance où il a pu voir des youkai, être détesté par sa famille et devenir exorciste.

L’épisode commence avec Natsume poursuivi par un youkai poilu. Il tombe sur un minuscule champignon youkai qui lui parle d’un noble youkai nommé Shuon qui était en voyage. Natsume aide le petit youkai à se préparer à sa rencontre avec le noble youkai. Lorsqu’ils se rencontrent, cependant, le noble youkai avertit le youkai champignon que le chemin qu’il emprunte est étroit et demande au petit youkai de rentrer chez lui. Mais ensuite, le petit youkai se rend compte qu’il doit devenir digne pour pouvoir le suivre. Un autre youkai, qui semble être l’un des nobles disciples des youkai, apparaît et donne un livre au youkai champignon et lui dit de terminer la formation pour rejoindre Shoun-sama.

L’histoire de pourquoi Touko et Shigeru ont adopté Natsume.

Les rangs intermédiaires montrent des fleurs de Natsume au sommet d’une colline. Natsume attrape plus tard un rhume et les rangs intermédiaires vont lui chercher des médicaments, faisant des corvées difficiles pour les yokai avec le médicament. Au milieu des rêves fiévreux de Natsume se trouvent le souvenir du moment où il est tombé malade lorsqu'il était enfant et qu'il parle brièvement à Reiko. Avec le médicament en main, les rangs intermédiaires le lui donnent et sa fièvre baisse. Ils apprennent plus tard que le médicament ne fonctionne pas sur les humains et sont découragés car ils ont perdu leur temps, mais sourient lorsque Natsume les remercie pour leurs efforts.

Un yokai connu sous le nom de « The Days Eater » transforme Natsume en un jeune enfant. Nyanko-sensei demande l’aide de Tanuma et Taki.

Natsume aide un laveur de roches à chercher son apprenti qui a cessé de lui écrire.

L'ancien camarade de classe de Natsume, Shibata l'appelle. Natsume visite Shibata avec Tanuma, où Shibata leur parle du « Manoir de poupée de Sotogi ». Un youkai du manoir les attaque plus tard.

Natsume rencontre Tsukiko, la fille d’un exorciste nommé Takuma Yousuke qui a récemment perdu sa capacité à voir ou à entendre les youkai. Parce qu’elle n’a pas la capacité de voir les youkai, elle a demandé à Natori de faire le tour de la maison parce qu’elle sent que quelque chose ne va pas et qu’un youkai pourrait être là pour faire du mal à son père.

Natsume et Natori découvrent que les youkai shiki (serviteurs et amis démones) de Takuma Yusuke ont essayé d’apporter le malheur dans la maison.

Cet épisode montre comment Natsume s’est d’abord lié d’amitié avec Nishimura et Kitamoto, ainsi qu’un meilleur aperçu de leur vie de famille et de leur point de vue.

Natsume est surpris lorsqu’un youkai vient chercher Reiko en guise de gratitude. Il y a des années, la future épouse du youkai a été libérée grâce à son aide et est maintenant sur le point de se marier. Ils invitent Natsume au mariage.

Natsume parle à un adolescent de la station, qui s’avère être un youkai qui a quitté un humain à cause de leurs sentiments l’un pour l’autre. Le garçon veut la retrouver parce qu’il a reçu une invitation à se marier.

Après qu'une inondation se soit produite sur la colline des Quatre Masques pendant la session d'école d'été de Natsume, un masque apparaissant au hasard dans l'école inquiète Natsume.

Un concours est lancé pour rechercher la chambre scellée d'un célèbre chercheur. Le prix sont ses livres de recherche, et de nombreux exorcistes sont rassemblés. Natori est invité, Natsume veut l’aider car cela pourrait signifier trouver quelque chose qui pourrait lui permettre de trouver des informations sur le Livre des Amis.

Natsume décide de révéler son secret à Natori, lorsque la recherche de la salle des scellés est terminée...

Après avoir rendu à un yôkai son nom, Natsume se voit offrir les cendres d'un vieux cerisier. Ces dernières semblent avoir un effet particulier sur les poteries.

Natsume construit un parterre de fleurs pour Tôko, mais quelque chose semble le mettre en désordre chaque nuit.

Natsume rencontre d'étranges épouvantails qui se déplacent et murmurent un mot. Alors qu'il essaie d'en apprendre plus, il tombe par hasard sur l'une de ses connaissances.

Natsume et Kitamoto entrent dans une vieille librairie qui propose toutes sortes d'ouvrages d'occasion.

Natsume aperçoit à plusieurs reprises un dragon blanc qui ondule dans le ciel. Pendant ce temps, Petite moustache n'a pas le moral.

Un jour de pluie, Natsume s'abrite sous le toit d'une veille gare abandonnée et tombe sur une de ses connaissances.

Le grand frère de Taki est de retour chez elle. Seulement, il semble l'éviter, ce qui semble la troubler profondément…

Après avoir trouvé le doigt d'une poupée sur le sol de son école, Nishimura le rapporte chez lui. Le soir même, Natsume toque à sa fenêtre pour lui poser une question.

Alors que Natsume va cueillir des fruits avec Natori, il est témoin d'un fait étrange.

Natsume a enfin découvert l'identité de l'être qui cherche à entraver le rituel. Ce dernier lui raconte alors son passé, mais aussi pourquoi il en a après les Miharu…

Natsume part à la rencontre d'un yôkai qui souhaite peut-être récupérer son nom. Il apprend alors qu'il s'agit du tout premier à avoir passé un pacte avec Reiko.

Natsume trouve un origami dans son jardin. Il décide alors de veiller dessus pour voir s'il s'agit ou non d'un yôkai…