Six personnes sortent de stase pour constater qu'ils sont sur un vaisseau dans l'espace, mais ils n'ont aucune idée de qui ils sont. Ils sont ensuite attaqués par un androïde et plus tard par un autre vaisseau. Après s'être échappés, ils arrivent à la destination prévue du vaisseau : une colonie sur une planète en attente d'une cargaison d'armes comme celle qu'ils portent, pour se défendre contre une menace qui approche. Ils apprennent ensuite à partir des dossiers décryptés du vaisseau que cinq d'entre eux sont des meurtriers et ils ne sont pas, comme ils l'avaient cru, là pour aider les personnes en question : ils sont là pour les tuer.

Malgré les révélations sur leur passé, l'équipage décide d'aider les mineurs en leur livrant les armes. Mais les forces de la corporation les ayant engagés arrivent sur la planète les obligeant à prendre parti pour les mineurs. Parallèlement, Cinq apprend que leur perte de mémoire n'était pas un accident, elle fait des rêves qui sont des souvenirs des membres de l'équipage. La situation sur la planète se résout quand Deux fait intervenir une autre corporation minière.

Le Raza se dirige vers la station spatiale la plus proche. Mais la découverte d'un cadavre au sein du vaisseau et des souvenirs enfouis crééent d'importantes tensions au sein de l'équipage. C'est alors que le vaisseau tombe en panne...

Accostant la station spatiale,l'équipage en profite pour ravitailler et tenter de gagner de l'argent. Deux et cinq jouent au casino et ont des ennuis. Quatre fait des découvertes sur son passé tandis que Six se fait soigner à l'hôpital. Un et Trois cherchent à vendre des armes et se retrouvent aux mains du véritable Jace Corso. De nombreuses interrogations se posent sur la véritable identité de Un, Trois en profite et le fait chanter.

L'équipe est envoyée par leur ancien commanditaire récupéré un cargo spatiale à la dérive après une catastrophe, tout son équipage étant présumé mort. Cependant il s'avère qu' ils sont porteurs d'un virus et Deux est contaminée par l'un deux. Elle est mise en quarantaine mais guérit très rapidement tout comme sa blessure.

Cinq et l'androïde créent une machine pour sonder les rêves et ainsi trouver un moyen parmi les souvenirs d'ouvrir la porte blindée. Mais elle n'a pas le contrôle sur les souvenirs, elle se perd dans les souvenirs de Quatre et de Un. Six est connecté à la machine à son tour pour la secourir et découvre en même temps une part de son passé.

Alors que l'équipage a accosté sur la station la plus proche pour faire le plein de carburant et de nourriture, Six utilise le transport par clonage pour chasser un homme de son passé. Lorsque Cinq l'apprend aux autres, Un et Quatre se lancent à sa poursuite...

L'équipage débarque dans station spatiale pour se ravitailler et se reposer, mais Six a un ordre du jour différent, ce qui a à voir avec de la vengeance. Pendant ce temps, on est surpris par une révélation.

Quatre quitte le vaisseau pour rencontrer son demi-frère et prouver son innocence dans la mort de leur père. Cependant il tombe dans une embuscade menée par son ancien maitre d'arme, Akita. L'équipe hésite à lui venir en aide mais son royal héritage en fait un atout pour eux,ils interviennent donc et le sauve. Plus tard, le Raza est mis en déroute et ses moteurs détruits face à 3 croiseurs de la Ferrous Corp.

L'équipe ne doit d'éviter l'annihilation qu'à l'arrivée de vaisseaux du Mikkei Combine. Le Cdt Truffault, qui avait négocié avec Deux en faveur des mineurs, les missionne pour voler un objet sur une station de recherche. Afin de rester sous la protection de Mikkei, la mission est acceptée cependant l'équipe du Raza doit faire équipe avec une autre équipe de mercenaire. La mission se déroule sans accroc mais de retour sur le Raza, l'équipe de mercenaire trahit l'équipage afin de toucher les primes promises pour leur capture et voler le Raza. Deux est expulsée du vaisseau et propulsée dans le vide intersidéral.

En route pour collecter les primes sur l'équipage, les mercenaires torturent Un qu'ils prennent pour Corso afin qu'il révèle l'emplacement d'une planque à butin. Pendant ce temps, l'équipage est enfermée dans la pièce blindée et suffoque. L'hyperpropulsion du vaisseau tombe en panne et les mercenaires doivent sortir dans l'espace réparer. Deux est responsable des pannes et s'avère avoir survécu au vide spatial et avec l'aide de Cinq élimine les mercenaires. Elle découvre qu'elle est un être synthétique très avancé technologiquement. Le dispositif volé est livré à ses commanditaires mais ceux-ci provoquent une surcharge de l'appareil qui explose et déclenche une réaction en chaîne détruisant la planète.

Tabor Calchek charge l'équipe de venir sauver un scientifique mais celle-ci découvre qu'il s'agit d'un piège du scientifique nommé Alex Rook. Il s'avère qu'il est le PDG de la corporation qui a créé Deux. L'équipe parviendra, avec l'aide de l'androïde, à la libérer. Cinq retrouve une carte mémoire sur laquelle elle découvre une conversation entre Deux et Trois parlant de Tuer un membre de l'équipage. Un des membres de l'équipe récupère une matraque électrique et attaque l’androïde qui s'écroule.

Après que l'androïde a été mis hors-service, l'équipe se met à rechercher un intrus mais après avoir fouillé le vaisseau de la proue à la poupe, ils doivent se rendre à l'évidence : l'assaillant est un des leurs. La recherche du traitre menace de mettre en danger les relations au sein de l'équipe : Un et Trois se soupçonnent mutuellement puis Quatre et Six sont assommés par une toxine et Un enfermé. Soudain les moteurs PRL et subluminiques sont détruits. De plus, un vaisseau de l'Autorité Galactique est en approche alerté par le traitre. Des soldats abordent le Raza puis capturent les membres de l'équipe, excepté Six/Griffin Jones, qui marche apparemment libre aux côtés des soldats de l'AG. En outre, Cinq découvre avec Six qu'elle responsable de la perte de mémoire de l'équipe.

Deux, Trois et Quatre se réveillent sur Hypérion 8, une prison spatiale de haute sécurité. Un et Cinq y sont également mais dans une chambre du quartier du personnel où Six leur apprend que sa véritable identité est le lieutenant Kal Varrick appartenant à l'unité d'investigation spéciale de l'Autorité Galactique. Sa mission était de capturer l'équipage du Raza et il demande à Cinq et Un de témoigner contre les trois autres. Un est libéré grâce à l'intervention de son avocate et cherche toujours à élucider le meurtre de sa femme tandis que les autres font faces à la vie carcérale et cherchent à s'évader. Varrick donne à Cinq son véritable nom, Emily Kolburn et lui demande de l'aider à ouvrir son dossier personnel. Ils découvrent ainsi que l'AG savait pour la destruction d'une planète par les rebelles. Cinq est emmenée par le commandant Shadick, chef de la division des crimes graves de l'AG. Un est abattu par le vrai Jace Corso.

Emprisonné dans Hyperion-8, l'équipage doit négocier des tentatives d'assassinats, d'extraditions et de machinations derrière les coulisses alors qu'ils préparent leur évasion.

Le lien neuronal déclenche un problème dangereux et l'équipage commence à se tourner l'un contre l'autre en se cachant dans l'espace vide pour échapper à l'Autorité Galactique.

Le Raza fait une halte de plusieurs jours dans une station spatiale. Devon et Cinq réapprovisionnent l'infirmerie pour préparer entre autre l'opération de Six. Androïde fait une drôle de rencontre tandis que Trois tombe sur ses anciens coéquipiers, dont un certain Tanner...

Androïde installe une mise à jour lui permettant de se faire passer pour un humain. Elle peut ainsi se faire arrêter et pirater un ordinateur de l'Autorité Galactique. L'équipage du Raza découvre que c'est Jayce Corso qui a tué Un et décide d'aller le venger...

Pour aller chercher des réponses auprès d'Alicia, le Raza a besoin de carburant et d'argent. Nyx propose de voler un vaisseau qu'elle connaît et qui transporte de la drogue. Ce qu'elle ne dit pas, c'est que dans ce vaisseau, son frère est tenu captif...

Des clones de Trois, Quatre et Cinq sont envoyés dans la forteresse de Reynaud pour découvrir à quoi sert une mystérieuse carte. Ils apprennent qu'elle appartient à un système de déplacement très sophistiqué : l'Hyper Flash...

En essayant l'Hyper Flash, le Raza se retrouve dans un univers parallèle où un autre Raza et son équipage se battent pour le compte de Ferrous dans la guerre galactique qui a éclaté. Le commandant Truffault est leur ennemi et prend le Raza pour cible...

Deux est affaiblie et va bientôt mourir à cause de ses nanites, qui sont en fin de vie. Trois et Six partent en mission sur Terre, chez Dwarf Stars Technologies afin de récupérer des nanites plus perfectionnées...

Un virus s'attaque au vaisseau alors qu'Androïde est sur sa plateforme de charge. La simulation d'Androïde réussit presque à convaincre l'équipage que cette dernière est responsable du virus et qu'il faut la détruire...

Alors que Cinq est enlevé et que Trois vient à sa rescousse, le reste de l'équipage du Raza doit faire face à l'Autorité Galactique.

La fidélité de Quatre est mise à l'épreuve alors qu'il tente de récupérer le trône de Ishida...

Si, au début de leurs aventures, les six naufragés de l'espace se sont réveillés dans un vaisseau, c'est bien dans une prison qu'ils ouvrent cette fois les yeux. Tous essaient de comprendre le fonctionnement du lieu. Deux se lie d'amitié avec une des détenues, Nyx. Grâce à son aide, ils élaborent un plan d'évasion. Mais l'opération est remise en cause lorsque trois des reclus perdent soudainement la mémoire. Androïde, de son côté, installe un logiciel qui lui permet de se faire passer une humaine. Elle espère ainsi tromper la vigilance de l'Autorité Galactique.

La station EOS 7 a explosé, Deux et Six ont réussi à s'échapper à temps à bord du Maraudeur, mais les moteurs sont en panne. Seuls les Coms fonctionnent et ils réussissent à joindre le Raza. Cinq et Truffault ont réussi également à s'enfuir et ont rejoint le Raza...

Deux, Trois et Six partent à la recherche de l'Hyper Flash, que Ryo/Quatre a récupéré. Il se trouve sur une station de recherche de l'Empire Ishida. Suite à une mauvaise manipulation, l'Hyper Flash les envoie dans une «bulle» de non-espace, qui rétrécit lentement...

Le Raza débarque sur une colonie de Traugott pour récupérer Tabor Calcheck, afin qu'il leur propose des missions, pour gagner de l'argent. A la place se présente Adrian, son ancien assistant, Tabor ayant pris la fuite dès les premiers jours de la guerre...

Trois est coincé dans une boucle temporelle : il revit tous les jours la même journée. Il tente plusieurs techniques pour s'en sortir. Sur les conseils d'Androïde il va discuter avec Sarah, qui est toujours vivante sous la forme d'un programme informatique...

Amoureux d'Ambrosia, la copine de Tabor, Adrian fait son possible pour la sauver. Il sollicite l'aide de l'équipage en leur promettant un fichier qui contient les coordonnées d'une base de Ferrous Corp.

L'équipage du Raza est confronté à leurs doubles venus d'un univers parallèle. Sous le prétexte de les aider à vendre la cargaison de missiles qu'ils ont volée, Adrian leur propose un rendez-vous.

Six a été sauvé par deux scientifiques de Ferrous qui manipulent son esprit. Les membres de l'équipage se rendent compte qu'ils doivent prendre parti dans cette guerre, et tout faire pour empêcher Ferrous d'arriver à ses fins...

Les délégués des colonies sont accueillis sur le Raza, où Six tente de les aider à trouver un accord. Mais quand l’un des délégués est retrouvé assassiné, les suspicions vont bon train. Androïde a un comportement étrange, ce qui inquiète Cinq. Elle a en fait été piratée et aide Quatre et ses troupes (sous la forme de clones) à prendre le contrôle du vaisseau grâce à un transfert.

Tout en assurant un transport sécurisé pour certains alliés, le Raza est attaqué par l'intérieur. Lorsque l'auto Blink Drive s'active pendant un diagnostic, le Raza et son équipage sont transportés à travers l'espace et le temps.

Victor appelle à l'aide Androïde, qui l'accueille avec ses amis, à bord du Raza. Là, ils décident de se rendre sur la planète où Shaw, le créateur d'Androïde, se trouverait. Ce dernier propose de donner un corps androïde à Sarah...

Le Raza se rend sur Nova 17, là où se trouve un bâtiment de Dwarf Star, d'après le souvenir que Victor a montré à Androïde. Trois fait des cauchemars, il ne sent pas cette mission. Il a peur...

Alors que Ryo demande l'Hyper Flash en échange de la libération de Deux, Misaki organise un coup d'état, discrédite Teku et affronte Ryo.

Teku veut récupérer son empereur et parvient à joindre le Raza. Il communique les coordonnées du lieu où le Maraudeur des doubles de Trois et Deux s'est rendu. De son côté, Deux ne parvient pas à tuer Ryo.