En congé suite à la mort de son mari Sean, Claire Bennigan est appelée pour une nouvelle affaire aux côtés de son collègue Jessup Rollins. Harper Weil, une petite fille de 6 ans, a presque tué sa mère et tout laisse à penser que son action est préméditée. La petite fille lui parle alors de « Drill », son ami imaginaire avec qui elle évoque un jeu. Ces révélations lui rappellent une affaire dans laquelle Jackson Bellings, un garçon de 10 ans, mort dans l'explosion d'une bombe qu'il avait fabriquée, était également en contact avec un ami imaginaire du nom de Drill. Pendant ce temps, un inconnu recouvert de tatouages est retrouvé inconscient dans la rue et se réveille à l'hôpital, ignorant son identité…

Wes Laurence est envoyé au Mali, dans le désert du Sahara, où l'avion de Sean a été découvert, bien que son corps reste introuvable. À son retour, Claire lui révèle que son mari aurait été vu sur les lieux de l'explosion provoquée par Jackson Bellings un mois auparavant. Jessup Rollins pense que Sean est le fameux Drill. Claire interroge à nouveau Harper. Elle découvre, grâce au docteur Benavidez, que l'homme retrouvé la veille est bien son mari mais qu'il s'est enfui de l'hôpital…

Sean prend le docteur Benavidez en otage. Claire cherche à comprendre pourquoi Sean apparaît sur les vidéos de l'attentat commis par Jackson. Alors que le FBI est sur la piste de Sean, ce dernier reçoit un message de Drill lui indiquant de s'enfuir. De son côté, Wes pense avoir découvert les intentions de Sean…

Sous l'influence de Drill, Minx, la fille de Wes et Lena, se rend chez Henri Bennings, afin de commencer un nouveau jeu. Wes et Claire mettent la centrale nucléaire de Harbor Point sous surveillance, craignant que Sean n'y provoque un incident. Claire découvre qu'Henri a disparu après la visite de Minx.

Claire et Henri font des examens pour vérifier qu'ils n'ont pas été irradiés à la centrale. Claire découvre que son fils a retrouvé la parole grâce à Drill, et rend visite à Wes pour obtenir son accord et interroger Sean. Ce dernier affirme ne pas se souvenir de son passé et ne pas connaître Drill…

Un rocher de fulgurite bleu a été retrouvé dans le désert malien et le secrétaire de la Défense, Frommer, le fait rapatrier aux États-Unis. Claire apprend par Henri qu'il y a beaucoup plus d'enfants en contact avec Drill qu'elle ne le pensait. Elle souhaite alors tous les réunir; seule lena refuse que sa fille participe.

Sean est entendu par les militaires au sujet du crash de son avion et des événements qui ont suivi. Wes affirme que toutes les mesures ont été prises pour éviter que Drill n'entre en contact avec la mystérieuse roche. Peu après, le pilote est de retour chez lui. L'armée le met face à un choix délicat.

Sean et Claire, en fuite, retrouvent Henry et l'emmènent avec eux. Ils comprennent rapidement que la menace n'est pas écartée. Lena, de son côté, révèle à son mari qu'elle a parlé à Drill avec l'aide de Minx. Mais la petite fille prétend l'avoir menée en bateau. Peu après, Jessup fait une découverte importante au sujet de Drill.

Claire, Sean et Wes cherchent toujours un moyen de se débarrasser de Drill. Il semblerait que seul Thomas détienne des informations cruciales permettant de l'éliminer définitivement. Lena tente également d'apporter son aide. Avec Wes et Claire, ils fouillent le garage de Thomas à la recherche d'indices.

Henri, se plaignant de migraines, est amené à l'hôpital. Drill demande à Minx de l'aider à se faire un nouvel ami. Lena veut partir avec sa fille pour la mettre hors de danger. Wes et Claire font couper l'électricité d'une partie de la ville pour priver Drill d'énergie, mais leur plan échoue lorsque ce dernier trouve refuge dans une école…

Pour se venger, Drill s'en prend à la femme de Wes en l'électrocutant. Tous les enfants entrés en contact avec l'entité tombent malades et se font hospitaliser. Le docteur Benavidez remarque qu'ils disposent du même symptôme; probablement une marque laissée par Drill. Claire retrouve Harper à l'hôpital et la petit fille lui livre que l'entité est à la recherche d'Orion. Wes ordonne la mise en quarantaine des enfants pour les maintenir à distance de Drill.

Silas et plusieurs enfants en quarantaine désignent Minx comme étant l'enfant possédée par Drill. Claire et Frommer décident de placer la fillette en isolement. Silas accuse Minx d'avoir tué le docteur Benavidez et Henri confirme à sa mère que Minx a bien attrapé le bras de Cassandra Winters. Les traces de brûlures retrouvées sur le bras de la petite fille sont les mêmes que celles retrouvées sur les bras de Thomas Harcourt et du docteur Benavidez, tous deux assassinés par Drill…

Après être parvenu à envoyer le signal à sa famille, Drill est conduit dans un lieu sécurisé. Claire l'interroge pour savoir à quoi correspond le signal. Drill lui révèle que cela correspond au début de la domination puis il se donne la mort. Les enfants ayant été en contact avec lui se retrouvent alors connectés entre eux. Sean apprend par Ron Harcourt, le père de Thomas, que Drill a reçu une réponse après l'envoi de son signal…