Kano, criminel notoire, supervise l'acheminement de caisses suspectes dans une usine. Sonya Blade l'espionne et se prépare à intervenir. Son supérieur, Jackson Briggs, prépare l'arrivée des renforts avec l'agent Stryker. Mais Kano les attend.

Malgré l'avertissement de son supérieur hiérarchique, l'agent Jax décide de porter secours à Sonya Blade, retenue prisonnière par Kano. Les combats sont rudes et finissent dans l'explosion de l'entrepôt. Seule Sonya Blade s'en sort sans graves blessures : Jax est gravement touché au dos et aux bras, et Kano est récupéré par un médecin qui lui greffe un œil mécanique.

Johnny Cage, star du cinéma d'action, voit sa carrière sombrer petit à petit. Les concepts d'émissions qu'il propose aux producteurs ne les séduisent pas. Un beau jour, il découvre par hasard que l'un de ses concepts refusés a été offert à une jeune star montante. Il entre alors dans une rage folle et passe à tabac son ancien producteur et les gardes, quand soudain, le temps se fige et un homme lui fait une proposition.

Shao Khan a envahi le royaume d'Aeden, brisant la paix de ce monde, fait traquer le roi par ses hommes de main Tarkatans, menés par Baraka. Le roi fuit, laissant sa femme Sindel et sa fille nouveau-né, Kitana. Shao Khan décide de s'emparer du trône et d'élever Kitana, mais par crainte de la voir lui échapper un jour, il fait créer Mileena, une sœur de Kitana avec du sang Tarkatan.

Les deux filles grandissent, devenant à la fois coéquipières et rivales. Une fois formées, Shao Khan les envoie traquer le roi et tuer toutes ses doublures. Mais un soir, elles retrouvent le vrai roi, qui a le temps de révéler la vérité à Kitana avant que Mileena ne le tue. Dès lors, la princesse voit les plans de son « père » différemment.

Le dieu du tonnerre, Raiden, arrive sur Terre dans la cour d'un asile psychiatrique. Privé de ses pouvoirs, il ne peut s'échapper de l'établissement. Il surmonte pourtant les thérapies et les lobotomies répétées. Finalement, il s'échappe grâce à une patiente suicidaire, qui le poignarde afin que son corps se reconstitue ailleurs. Raiden réapparait en Chine, en pleine possession de ses moyens.

Hanzo Hasashi, un combattant passé maître dans l'art du maniement du kunai, se prépare à recevoir la visite du shogun dans sa province. Le jour de son arrivée, Hanzo est demandé au château où réside le shogun ; il s'agit d'un piège tendu par Bi-Han, son rival, qui a tué le shogun et profite de l'absence de Hanzo dans son village pour massacrer les habitants.

Hanzo prend le dessus sur Bi-Han, mais arrivé au village, il est trop tard : tous les habitants sont morts, y compris sa femme et son fils. Il accepte donc la mort donnée par Bi-Han. Cependant, le tueur n'est pas Bi-Han, mais le sorcier Quan Chi, qui parvient à faire renaitre Hanzo en un mort-vivant ayant le contrôle du feu : Scorpion.

Assassins du clan Lin Kuei, Cyrax et Sektor vont bientôt être robotisés afin de devenir des tueurs plus performants. Si Sektor est ravi de subir cette transformation, Cyrax, lui, est beaucoup moins enthousiaste. Après les premiers tests en combat réel, les superviseurs du projet prévoient la mécanisation du clan complet.