Kaisar, le chevalier chasseur de primes, pourchasse Favaro dans la ville de Wytearp avant de perdre sa trace. Favaro rencontre une femme étrange qui lui demande son aide.

À son réveil, Favaro découvre qu'il est affublé d'un nouvel appendice et qu'il n'est plus humain. Il est désormais obligé d'aider sa sauveuse, Amira, qui cherche sa mère.

Amira raconte à Favaro comment elle a volé la clé des dieux. De son côté, perdu dans une forêt brumeuse, Kaisar est sauvé par Rita, une fille distante et inquiétante.

Arrivé à Ysmenport avec Amira, Favaro embarque sur le vaisseau du vieil ami de son père, Amon. Quant à Kaisar, il continue ses recherches avec une nouvelle disciple.

Rita et un Favaro très réticent traquent les démons qui ont kidnappé Kaisar et Amira. On torture Amira pour lui arracher des informations sur la clé des dieux.

Favaro et la bande ont échappé aux griffes d'Azazel, mais ils tombent bientôt aux mains du roi d'Anatae, Charioce, qui les condamne à un sort effroyable.

Azazel et ses démons assiègent le château pour s'emparer de la clé des dieux. Amira attire l'attention de ses amis en disant qu'elle a rencontré son père en ville.

Lors d'un rêve prémonitoire, Amira voit un monstre puissant. En récompense de leur héroïsme, Favaro et Kaisar sont faits chevaliers, ce qui les met en joie.

À la demande de Lavalley, Kaisar traque Amira et Favaro et les rattrape dans une forêt. Victime d'un coup monté, Jeanne est accusée d'un crime abominable.

Provoquant la colère du peuple, le roi ordonne que Jeanne soit brûlée vive sur le bûcher pour ses crimes supposés. Favaro cherche toujours la mère d'Amira.

Le stratagème de Favaro échoue, et Amira, munie de la clé, tombe entre les griffes des démons. De leur côté, Rita et Bacchus se rendent à Abos dans leur chariot.

À cause des manipulations de Lavalley, Bahamut se réveille et met aussitôt le monde à genoux. Des alliances inattendues se forment pour contrer son pouvoir démentiel.

Nina est une jeune femme courageuse venue travailler dans la capitale pour subvenir aux besoins de sa famille qui vit à la campagne. Après avoir entendu dire qu’un mystérieux démon couvert de haillons sévissait dans la ville, elle décide de le pourchasser.

Après s'être réveillée dans le cabinet médical de Rita, Nina reprend son travail assidu dans la capitale. Elle est abordée par Azazel, qui envisage d'utiliser la force du dragon rouge pour se venger des humains. Au palais royal, Charioce XVII tient Kaisar pour responsable de l'évasion du démon. Kaisar tente alors de contacter le démon de son côté.

Un dieu s’introduit en catimini dans la ville royale pour trouver le pouvoir de Mugaro. Alors qu’elle profite de la vie comme si de rien n’était, Nina rencontre un jeune homme charmant. Quant à Charioce XVII, il se charge de vaincre Azazel, le démon aux haillons, dans le palais royal.

Afin de sauver les démons qui ont été pris en otage, Azazel, le démon couvert de haillons, affronte à lui seul les forces armées de Charioce XVII. Nina traverse la capitale à toute allure dans l’espoir de sauver Azazel à qui elle révèle enfin son secret.

Après avoir été sauvé par Nina, Azazel essaie de l'utiliser dans un soulèvement contre les humains. Nina ne se rend compte de rien et fait des courses en ville en s'amusant avec Mugaro. Pendant ce temps, Kaisar et Rita partagent un repas.

Nina part acheter des provisions pour le stand alimentaire qu'elle tient avec Rita et les autres. Elle rencontre alors un jeune homme venant du passé, qui est en fait Charioce déguisé, et l'invite au stand. Le démon Azazel expose son plan pour lancer une offensive et semer le chaos lors du défilé de la victoire de la capitale.

Kaisar, capitaine des Chevaliers d'Orléans, est préoccupé par l'activité des démons qui suivent Azazel. Kaisar conseille à Charioce XVII d'éviter de participer au défilé. Ignorant tout cela, Nina continue de gérer son stand alimentaire avec Rita et les autres.

La tension monte entre le démon Azazel et Charioce XVII, roi des humains. Pendant ce temps, Kaisar, capitaine des Chevaliers d'Orléans, s'efforce de faire respecter ses idéaux. Au cœur de l'imbroglio, Nina offre son propre point de vue.

Bien que captive, Nina travaille toujours avec autant d'entrain. Kaisar a également été incarcéré. C'est là qu'il fait la rencontre de Favaro. Favaro explique comment il a rencontré Nina pour la première fois.

En raison de divergences avec Charioce XVII, Jeanne d'Arc, ancienne capitaine des Chevaliers d'Orléans, est expulsée de la capitale et perd tout. Mais un miracle l'attend.

Espérant revoir Mugaro, Jeanne et Nina décident de s'évader du cachot où elles sont retenues. Dans la capitale, les dieux se sont emparés du pouvoir d'El et exigent que Charioce leur rende le pouvoir qu'il leur a volé.

Après avoir essayé de s'échapper une première fois sans succès, Nina et Jeanne reçoivent l'aide de Rita dans leur deuxième tentative d'évasion. Pendant ce temps, Gabriel guide la marche des dieux sur la capitale, où Charioce attend. De chaque côté, les forces sont sur le point d'ouvrir le feu.

La guerre éclate entre les humains et les dieux. Pour prendre le dessus sur les dieux, qui progressent rapidement, Charioce XVII active une arme qui sommeillait sous terre. Alors que Nina et les autres s'échappent de leur prison, ils se retrouvent au cœur de la bataille.

À la recherche d'un moyen pour accéder au domaine des dieux, Nina et Jeanne quittent le champ de bataille pour se rendre chez Nina. Elles rencontrent alors les anciens du village et sont chaleureusement accueillies par les habitants, parmi lesquels la mère de Nina.

Nina et Jeanne s'élèvent dans une tempête pour parvenir au domaine des dieux. Une fois là-bas, Jeanne retrouve son fils, El. Pendant ce temps, Azazel, désormais prisonnier des humains, se voit forcé de se battre contre d'autres démons jusqu'à la mort dans le colisée de la capitale.

El tente d’échapper à Nina et Bacchus pour s’évader du palais des dieux. Pendant ce temps, dans la capitale d’Anatae, Kaisar est transféré de la prison au colisée, où il est contraint d’affronter un démon lors d’un combat individuel.

Nina et El s’enfuient de la terre des dieux et regagnent la capitale. Ils y retrouvent Rita et Favaro, qui ont délivré Kaisar. Alors qu’elle cherchait des renseignements dans la ville, Nina croise une fois de plus Charioce XVII qu’elle reconnaît malgré son déguisement.

Suite à sa nouvelle rencontre avec Charioce XVII, Nina obtient la capacité de se transformer en dragon rouge à volonté. Azazel s'est évadé du colisée et est rempli d'amertume lorsqu'il découvre la nouvelle compétence de Nina. El garde un œil sur Azazel et le groupe élabore un plan pour pouvoir arracher le bracelet que Charioce porte.

Jeanne et Sofiel quittent la terre des Dieux à la recherche d'El, mais ils n'obtiennent aucune information. Pour pouvoir arracher son bracelet à Charioce XVII, Nina et Alessand essaient de s'introduire dans un bal au palace.

Après s'être échappés du bal de Charioce XVII, Nina et ses compagnons sont poursuivis par les Onyx Knights qui tentent de les tuer. Mugaro s'allie à Azazel et Jeanne l'incite à revenir sur la terre des Dieux.

Rita essaie frénétiquement de sauver El , qui a été poignardé par Alessand. La mère d'El, Jeanne, ne peut qu'y assister, impuissante. Azazel exprime son courroux et disparaît sous la pluie. Alessand supplie le chef des Chevaliers onyx de l'intégrer dans la force en récompense pour avoir poignardé El.

Charioce XVII sème le trouble sur les terres d’Eibos, où Bahamut est revenu à la vie il y a dix ans. Nina suit le roi à Eibos pour mettre un terme à ses actes de violence. Après avoir perdu son fils El, qui a été poignardé, Jeanne mène ses alliés dans un assaut contre la capitale afin de tuer Charioce.

Pendant que Charioce XVII conduit Bahamut vers la capitale, des forces démoniaques commandées conjointement par Azazel et Lucifer assiègent la ville. L’armée rebelle de Jeanne prend part au combat, qui se termine en une bataille sans merci entre hommes, dieux et démons. Dans ce chaos, Dias trouve Alessand errant sur le champ de bataille.

Kaisar regarde la mort en face en protégeant Charioce XVII de Jeanne et Azazel. Pendant ce temps, Bahamut déchaîne un torrent de destruction à travers le monde. Alors que la fin approche, les choix difficiles deviennent inévitables.