Usagi Tsukino, collégienne tête en l'air, gourmande et fainéante de 14 ans, découvre qu'elle est Sailor Moon, une justicière dotée de pouvoirs magiques. Elle est chargée de défendre la Terre contre ses ennemis mortels.

Usagi fait la connaissance à son collège d'Ami Mizuno, jeune fille à l'intelligence exceptionnelle. En luttant contre des ennemis aux côtés de Sailor Moon, Ami se transforme en une nouvelle gardienne Sailor.

La rumeur d'un bus diabolique qui fait disparaître les gens qui l'empruntent se répand dans la ville de Tokyo. Ami et Usagi rencontrent Rei Hino, une jeune prêtresse dans un sanctuaire shintoïste, accusée d'être liée aux disparitions.

La ville de Tokyo est sur le qui-vive. La princesse du royaume D. vient présenter son mystérieux trésor. Luna pense qu'il s'agit du Cristal d'argent. Usagi, Ami et Rei décident d'assister au bal masqué organisé en l'honneur de la princesse.

Sur le chemin du collège, Usagi manque de se faire renverser par une voiture. Elle est secourue par Makoto Kino, une nouvelle élève à la force herculéenne. À l'heure du déjeuner, Usagi sympathise avec elle et lui présente ses amies.

Usagi et Endy font d'étranges rêves dont ils ne comprennent pas la signification. Le jeune homme décide de tout mettre en oeuvre pour trouver le légendaire Cristal d'argent. Il déclare aux médias qu'il commettra tous les cambriolages nécessaires.

Lorsqu'Usagi se réveille chez Endy, elle comprend qu'il n'est autre que l'Homme Masqué. Celui-ci lui raconte son histoire : ses parents sont morts dans un accident de voiture à la suite duquel il a perdu la mémoire.

Sailor V révèle qu'elle est Princesse Serenity, la princesse de la Lune. Elle est aidée dans sa mission par un chat blanc, Artemis et son nom sur Terre est Minako Aino. Sailor V explique aux guerrières qu'elles ont déjà combattu leurs ennemis.

Sailor Moon ne parvient pas à ranimer Endy, gravement blessé par Kunzite. Sous le choc, elle se métamorphose en princesse Serenity. Tous ses souvenirs lui reviennent : Endymion était le prince de la Terre, son bien-aimé.

Les gardiennes Sailor se téléportent sur la Lune et y découvrent les ruines du Millénium d'argent. Sailor Vénus parvient à retirer l'épée légendaire de son socle, ce qui provoque l'apparition de l'hologramme de la reine Serenity.

Motoki présente à Usagi son meilleur ami, Endo, un jeune homme ressemblant trait pour trait à Endy Chiba. De leur côté, les gardiennes Sailor tentent de percer le mystère de l'épée légendaire rapportée de la Lune.

La reine Beryl révèle aux gardiennes Sailor que l'Homme Masqué est désormais un soldat du Royaume des Ténèbres. Dans l'affrontement du bien contre le mal, Sailor Moon parvient à libérer la force originelle de l'épée légendaire.

Afin de protéger Usagi et Endy, le Cristal d'argent se déploie et les enveloppe. Saisissant sa chance, la reine Metallia en profite pour l'absorber. Sa puissance en est décuplée. Luna et Artémis partent sur la Lune pour demander de l'aide.

Grâce aux prières de Luna, Sailor Moon parvient à vaincre la reine Metallia, mais sa broche de transformation est détruite et la Terre est ravagée par les forces du mal. Usagi, accompagnée d'Endy, retourne sur la Lune.

La mystérieuse petite Chibiusa parvient à hypnotiser la famille Tsukino et s'installe chez eux, au grand dam d'Usagi qui part chercher du réconfort auprès de ses amies. Luna offre à chaque gardienne un nouveau stylo de transformation.

Sailor Moon soupçonne Chibiusa d'être la complice de leurs ennemis. La petite fille ne répond pas et s'enfuit. Grâce à Luna, Endy la retrouve et la recueille chez lui. Elle lui révèle qu'elle a besoin de l'aide de Sailor Moon pour sauver sa maman.

Chibiusa essaie de remonter le moral d'Usagi, dévastée par l'enlèvement de ses deux amies. Usagi ne peut s'empêcher d'être jalouse de la petite fille, qui a toutes les attentions d'Endy

En mourant, Petz a laissé une boucle d'oreille en Cristal noir. Luna et Artemis l'examinent et constatent qu'elle dégage une énergie négative. Minako décide d'aller interroger Chibiusa chez Usagi.

Alors que Chibiusa emmène nos héros au XXXe siècle, ils sont séparés pendant le trajet. Endy, Usagi, Minako, Artemis et Luna se retrouvent devant la Porte du temps, gardée par Sailor Pluton.

Sailor Moon, Endy et Sailor Vénus font la connaissance du Roi Endymion. Celui-ci leur apprend que Chibiusa est sa fille et qu'il n'est autre que le Endy du futur. Chibiusa n'est autre que la fille d'Usagi et Endy.

Usagi est prisonnière du Prince Diamond. Celui-ci lui raconte comment il a pris le contrôle du Cristal Noir pour anéantir la Terre. De son côté, Chibiusa se sent perdue. Sans pouvoir, elle ne sait plus vers qui se tourner pour sauver sa maman.

Usagi se réveille dans le château de Black Moon. Ses forces la quittent mais elle essaie de lutter pour retrouver ses amies. Elle tombe nez à nez avec Saphir, qui lui raconte comment son frère s'est fait envoûter par le mystérieux Wiseman.

Avec l'aide de Sailor Pluton, Sailor Moon et les autres gardiennes se lancent à la recherche de Chibiusa et d'Endy dans une tempête spatio-temporelle. Avant de pouvoir les retrouver, Usagi fait un malaise et s'évanouit.

Lorsque Sailor Moon, l'esprit du roi Endymion et les autres gardiennes découvrent le nouveau visage de Chibiusa, le choc est total. La petite fille n'est plus celle qu'elles ont connue.

Diamond est sur le point de mettre les Cristaux d'argent en contact quand Sailor Pluton arrive et arrête le temps. En faisant, ça, elle enfreint la règle la plus importante et meurt. Black Lady est très émue par la mort de la Gardienne.

Après l'affrontement contre Death Phantom, Néo Queen Serenity se réveille et ordonne à Chibiusa de partir à la recherche de Sailor Moon et de l'Homme masqué qui se sont volatilisés sans laisser de traces.

Quelques mois après la défaite de Death Phantom et du Malefic Black Crystal, Usagi, Ami, Rei, Makoto, Minako et Chibiusa profitent toutes de leur vie normale. Cependant, de nouveaux ennemis surgissent de nulle part et attaquent les humains afin d'absorber l'hôte ou les âmes de leurs victimes humaines afin de vivre et de subvenir à leurs besoins sur Terre. Les six Sailor Guardians pourront-ils arrêter cette nouvelle menace non identifiée ?

Maintenant qu'un nouveau et mystérieux monstre est apparu, les Sailor Guardians sont déterminées à le découvrir en infiltrant l'Académie Mugen. Tout en combattant un autre de ces nouveaux monstres appelé Diamon, Sailor Moon et Sailor Chibi Moon se lient d'amitié avec une étrange fille dotée de pouvoirs inhabituels. Mais quel genre de lien entretient-elle avec le nouvel ennemi ?

Usagi et les filles discutent des deux personnages mystérieux qu'ils ont vus, qui ressemblaient à des Sailor Guardians. Luna et Artemis avertissent les filles de faire attention, car elles ne savent toujours pas si ces deux-là sont amies ou ennemies.

Les Sailor Guardians battent Eudial mais permettent au mystérieux Guardian de s'échapper. Toujours méfiantes à l'égard de la Mugen Academy, les filles décident de revenir sur les lieux en assistant au récital de violon de Michiru Kaioh, qui se déroule sur le campus.

Les Sailor Guardians apprennent que Haruka et Michiru sont Sailor Uranus et Sailor Neptune. Cependant, les deux ne semblent pas intéressées à travailler avec les autres Sailor Guardians.

Les Sailor Guardians doivent empêcher une plante appelée Tellu d'aspirer les âmes des humains. Pendant ce temps, une étudiante nommée Setsuna Meioh enquête sur le delta de Sankakusu, mais elle aussi est victime de Tellu.

Sailor Uranus, Neptune et Pluton apparaissent devant Sailor Moon et les autres Sailor pour révéler leur véritable mission. Apprenant les enjeux, Sailor Moon et les autres proposent leur aide mais sont rejetées par Uranus, provoquant de nouvelles tensions.

Cyprine et Ptilol ont lancé un sort aux Sailor Guardians qui les amène à se retourner les unes contre les autres. La bataille continue de s'intensifier, quand soudain les trois Talismans réagissent au fort désir de Sailor Moon d'arrêter ce combat.

Hotaru se transforme et prend également le cristal d'argent légendaire de Chibi-Usa ainsi que son âme. Pour sauver la vie de Chibi-Usa, les Sailor Guardians doivent se rendre à Mugenzu afin de pouvoir récupérer son âme volée et le cristal d'argent.

Les Sailor Guardians se frayent un chemin pour trouver Hotaru, qui est en possession du cristal d'argent de Chibi-Usa. Ils parviennent à vaincre Kaolinite mais doivent désormais affronter le Professeur Tomoe et ses monstres Daimon.

Alors que le professeur Tomoe et Kaorinite ont été détruits, c'est aux huit Sailor Guardians d'affronter directement Mistress 9 et de l'éradiquer une fois pour toutes. Alors que la "vaisseauisation" complète de Pharaon 90 se rapproche, la conscience de Hotaru est déterminée à faire tout ce qu'elle peut pour sauver Chibi-Usa et empêcher Mistress 9 d'utiliser son corps à des fins maléfiques.

Super Sailor Moon et tous les autres continuent de se battre avec leurs souvenirs de Hotaru dans leur cœur. Toutes les tentatives pour anéantir Pharaon 90 ont échouées et le monde semble perdu, jusqu'à ce que le réveil et le retour d'une certaine personne vienne changer la situation... pour le meilleur ou pour le pire.

Maintenant que Sailor Saturn s'est réveillée, elle a déclenché son attaque la plus puissante et la plus destructrice à ce jour et a fait tomber son Silence Glaive, mettant ainsi fin à Pharaon 90 et au monde entier lui-même. Mais tout n’est pas encore perdu.