Né dans une colonie de l'espace fondée il y a plusieurs siècles, Nagate fait ses armes en tant que pilote pour combattre un vieil ennemi.

Toujours hanté par les souvenirs de son premier combat face aux Gaunas, Nagate fait connaissance avec les pilotes d'élite de Sidonia.

Nagate se met à dos Kunato en tentant de protéger une amie. Pendant ce temps, les pilotes doivent faire face à l'attaque des Gaunas.

Après la catastrophe survenue à bord du Sidonia, Nagate doit récupérer une précieuse arme. Il décide ensuite de braver les interdits pour voler au secours d'une amie.

Nagate et Shizuka dérivent dans l'espace en attendant l'arrivée salvatrice du Sidonia. Le manque de vivres commence peu à peu à se faire sentir.

Nagate et ses amis décrochent leur diplôme de pilote et sont rapidement envoyés au combat à l'approche de l'ennemi, pendant que Kunato s'intéresse à l'histoire de Nagate.

Trois équipes s'engagent dans une terrible bataille pour tenter d'anéantir un ennemi plus massif et mortel que jamais.

Tenu responsable d'une défaite, Nagate se sent coupable de la mort de ses compagnons, tandis que la lumière est faite sur le passé du Sidonia.

Alors que les Gaunas ont trouvé un moyen inquiétant de contre-attaquer leurs adversaires, Nagate est de retour sur le Sidonia.

Les pacifistes se mettent en danger en quittant le Sidonia, tandis que leurs ennemis débarquent encore plus puissants et nombreux que jamais.

Un énorme Gauna se dirige droit vers le Sidonia, et Nagate fait tout ce qui est en son pouvoir pour protéger ses amis.

Après l'impact des particules Heigus, les derniers pilotes unissent leurs forces pour tenter de s'introduire au cœur même de l'ennemi.

Le pilote Nagate Tanikaze est désormais célèbre pour ses récents faits d'armes, mais Nagate est plus préoccupé par la disparition de l'ena d'Hoshijiro.

Nagate et son escadron livrent une dure bataille contre le Gauna 549 et sont aidés par l'apparition d'un Gauna d'un nouveau type se faisant appeler Tsumugi Shiraui.

Après avoir réalisé son coup, Kobayashi règle la trajectoire du Sidonia sur la neuvième planète dans le système lem voisin. La guerre totale semble inévitable.

Une nouvelle menace apparaît sous la forme du Gauna 550 et de la nuée de cœurs gauna inférieurs qu'il a expulsés pour intercepter la trajectoire du Sidonia.

Bien qu'elle ait joué un rôle clé dans leur victoire, Tsumugi subit de graves blessures en défendant Sidonia. Izana, blessée elle aussi, prend une décision courageuse.

Expulsé de son dortoir, Nagate n'a nulle part où aller et demande asile à Izana pour une nuit. Tsumugi est fortement ébranlée après son accident.

L'essai de la nouvelle arme de Sidonia réussit, mais l'équipage découvre qu'il ne peut pas l'éteindre. Yuhata envoie les pilotes de la garde enquêter sur le problème.

Les pilotes et Tsumugi réparent les dégâts subis par le Sidonia lors de l'incident de l'émetteur de rayon gravitationnel. Tsumugi s'en veut d'avoir causé un contretemps.

Izana est furieuse quand elle apprend que son rendez-vous avec Nagate était un coup monté. Peu après, elle est appelée pour partir en reconnaissance sur la Planète 9.

Le bataillon de reconnaissance est attaqué par les Gauna. Izana et le chef d'escadron parviennent à s'enfuir en pénétrant dans l'atmosphère de la Planète 9.

Izana et le chef de l'escadron de reconnaissance sont pris en chasse par un gigantesque Gauna humanoïde. Quant à Tsumugi, elle doit affronter le Sphinx écarlate.

Nagate sauve Tsumugi, mais il se retrouve maîtrisé par le Sphinx écarlate. Tout semble perdu lorsque des nuées de Gauna foncent sur les rescapés.