Trois jeunes filles ayant l'âge d'aller au lycée arrivent dans les vestiges d'une ancienne capitale du Japon. La ville qui a été dévastée il y a plusieurs années cache probablement des survivants. C'est à ces jeunes filles de les retrouver pour les évacuer. En effet, des particules nocives pour l'être humain se déversent sur la ville. Pourtant, les trois adolescentes ne portent aucun équipement de sécurité quelconque... Elles sont le fruit d'une expérience génétique visant à renforcer leurs défenses face à ces particules...

Ibara et Aoi partent à la recherche de Taeko, et trouvent des empreintes de loup dans du sang. Alors qu'elles imaginent le pire, elles trouvent le propriétaire de ces empreintes blessé par balle et agonisant... L'auteur du coup de feu, lui aussi, est encore sur les lieux, et tient Taeko en otage. La jeune fille parvient à se libérer, et Ibara maîtrise l'individu qui leur apprend qu'il est à la recherche de sa fille disparue...

es trois jeunes filles continuent leurs recherches dans l'ancienne capitale dévastée. Le loup qui les accompagne leur apporte des clés de voiture et les emmène devant la prison. Il semble que ces clés appartiennent aux fameux auteurs des livraisons qu'on leur avait mentionné...

Le professeur et les trois Coppelion partent à la poursuite du bombardier furtif et Ibara parvient finalement à l'abattre avec un lance-missiles. L'avion finit sa course dans ce qui était anciennement un bassin de motonautisme. Les trois jeunes filles se rendent sur les lieux pour inspecter ce qui reste de l'épave, mais une surprise les attend au fond du bassin...

Les trois Coppelion continuent leur périple au sein de l'ancienne capitale, à la recherche des derniers survivants. Pendant ce temps, la troisième division s'occupe de nettoyer le bassin de motonautisme. Les barils extraits et scellés dans des containers hermétiques, sont entreposés temporairement dans la ville déserte... Pas si déserte que ça, puisque les containers sont attaqués, et leur contenu volé. Les Coppelion partent à la poursuite des bandits quand elles tombent sur une ambulance accidentée, avec à son bord un homme et une femme enceinte...

Naruse et ses camarades, après avoir été attaquées par la première division, se sont réfugiées dans la repaire des survivants, un bâtiment appelé « Planet ». Mais la première division les retrouve et se rend sur les lieux pour leur poser un ultimatum. Par manque de vigilance, Aoi se fait capturer par la première division, et devient leur otage. Naruse tente une opération pour aller la libérer...

À la suite de l'attaque contre la première division, Naruse est blessée, et inconsciente. Haruto, Kurobe et Aoi font tout pour la réanimer, mais elle doit subir une intervention chirurgicale. Heureusement, Taeko est remise de sa blessure et peut pratiquer l'intervention. Il s'en faut de peu, mais Naruse se remet doucement. Kurobe et ses compagnons en ont profité pour capturer l'homme au pardessus blanc, qui semble être le leader de la première division. Ils commencent à l'interroger pour découvrir les plans de l'armée des spectres...

Ibara et les survivants de Planet se rendent à l'hôpital central pour l'accouchement d'Ibuki. Hélas, quelqu'un semble vouloir les en empêcher. Il s'agit des sœurs Ozu, des Coppelion de la même promotion que Naruse. Mais pourquoi cherchent-elles tant à leur nuire ? Quelles sont leurs motivations ? Un combat violent s'engage entre les Coppelion...

Le vent se lève sur l'ancienne capitale, et transporte avec lui des particules toxiques. Les zones dangereuses s'étendent et arriveront sous peu à Planet. Il est temps pour les Coppelion et les survivants de fuir et de rejoindre un lieu sûr pour attendre l'hélicoptère qui viendra les secourir. Hélas, la première division accompagnée des sœurs Ozu est encore à leur recherche. Les jeunes secouristes doivent agir intelligemment pour ne pas éveiller les soupçons...

Le vent se lève sur l'ancienne capitale, et transporte avec lui des particules toxiques. Les Coppelion ont mis au point une stratégie pour fuir tout en échappant à la première division. Deux équipes sont formées ; une pour servir de leurre et appâter la première division, et l'autre qui a pour tâche de préparer le train afin de pouvoir franchir les zones voisines. Il va falloir agir vite, car des réparations sont nécessaires pour pouvoir utiliser le réseau ferroviaire, et le ciel est de plus en plus menaçant...

Les deux équipes sont à l'œuvre pour le bon déroulement de leur plan : remettre en état le train afin de franchir la zone qui les empêche de rejoindre le centre-ville. Mais la première division aussi sort le grand jeu avec une araignée métallique géante. Toutefois, l'équipe de diversion compte bien remplir son rôle jusqu'au bout et va tout faire pour détruire l'araignée, tout en tenant les sœurs Ozu à l'écart de l'équipe technique, qui a fort à faire avec les réparations du train et de la sous-station électrique...

La mission d'évasion vers le centre-ville semble bien se dérouler. L'équipe de diversion attend à la gare, prête à partir. Quant à l'équipe technique, elle est finalement parvenue à faire démarrer le train après quelques ennuis. C'est bientôt l'heure des retrouvailles, afin de se diriger tous ensemble vers le centre-ville de l'ancienne capitale pour l'extraction. Mais les sœurs Ozu en ont décidé autrement. Elles retrouvent Ibara et le reste de l'équipe de diversion dans la gare, et découvre ainsi leurs plans d'évasion...

La mission de sauvetage touche à sa fin. Les Coppelion ont réussi à franchir la zone qui les bloquait avec les survivants de Planet et la première division. Mais elles doivent faire face à un dernière obstacle : les sœurs Ozu sont revenues à leurs trousses, à bord de l'araignée de métal. Cette fois, Kanon est bien décidée à en découdre avec Naruse...