Chargé de ramener Zoé, sa prisonnière, à Los Angeles, le marshall Jack Carter perd le contrôle de sa voiture dans un moment d'inattention. Son véhicule accidenté, il est bloqué le temps des réparations dans un petit patelin du nom d'Eureka. Très vite, il découvre qu'Eureka est le théâtre d'événements des plus étranges. Jack n'est pas au bout de ses surprises...

Jack Carter n'a pas encore trouvé d'appartement à Eureka, mais il doit déjà assister à l'enterrement de deux de ses nouveaux concitoyens. En effet, Walter Perkins semble avoir été tué lors d'une expérience scientifique et son épouse, Susan, s'est vraisemblablement suicidée. Mais lorsque celle-ci, bien vivante, vient en personne demander des explications à Jack, il doit éclaircir ce mystère avec l'aide de Nathan Stark, le nouveau directeur de recherche de Global Dynamics.

Jason Anderson et sa femme Kim, deux scientifiques mondialement renommés, viennent d'arriver à Eureka pour la démonstration d'un de leurs prototypes à un ponte de l'armée américaine. Jason a créé un champ de force capable de protéger des soldats contre les balles ou les flammes... en théorie.

Alors qu'un important membre du Congrès est en visite à Eureka, certains habitants se persuadent de l'imminence d'une invasion extraterrestre...

Une explosion accidentelle dans un laboratoire réduit à néant plusieurs années de recherche sur la régénération cellulaire. Stark renvoie Carl Carlson, le scientifique coupable de la catastrophe. Mais une tentative de suicide fait comprendre à Carlson qu'il est désormais capable de se régénérer. Peu à peu, il acquiert d'autres pouvoirs surprenants.

Jack se rend sur les lieux d'un étrange accident : un objet invisible a pulvérisé la voiture d'une femme et un corps mutilé a été retrouvé à proximité. On découvre que la victime est un employé de Global Dynamics. Nathan Stark retire l'affaire à Jack, arguant qu'il s'agit d'un problème interne.

Jack s'occupe d'un étrange accident de voiture avec délit de fuite dont les traces mènent à un corps en piteux état. En parallèle il tente de former une équipe de base-ball au sein d'Eureka, tout en surveillant sa fille et son nouveau petit-ami.

L'électricité fait des siennes à Eureka. Les feux de signalement, les systèmes de chauffage et même les barbelés électriques ne fonctionnent plus. Henry découvre qu'un virus pourrait être la cause de ces dérèglements. Des soupçons pèsent sur Callister Raynes, un jeune informaticien jadis au service de Stark, qui revient à Eureka après une longue absence. Par ailleurs, Jack s'aperçoit que sa fille est coupable d'un vol de carte de crédit.

Taggart utilise des nanoïdes — de minuscules robots qui fonctionnent comme des cellules vivantes — pour guérir un chien blessé. Mais les nanoïdes s'échappent et tuent un informaticien. Taggart découvre bien vite qu'ils peuvent également prendre l'apparence d'êtres vivants et tente d'alerter Stark. Mais celui-ci est énervé car la famille d'Allison vient de lui faire parvenir les papiers du divorce et sous-estime la gravité de la situation.

Après une journée comme les autres à Eureka, tous les habitants perdent connaissance pendant la nuit. Le lendemain matin, ils ont tous un comportement étrange et irresponsable, à l'exception de Jack et Zoe Carter. Jack pense qu'une invention d'Henry est responsable mais en tentant de la neutraliser, il ne fait qu'aggraver le problème.

Fatigué par le comportement de Stark à son égard, Carter prend quelques jours de congé dans sa maison contrôlée par une intelligence artificielle, S.A.R.A.H. Sa journée de repos est interrompue quand S.A.R.A.H. attire Stark, Allison, Beverly, Fargo et Henry et les enferme à l'intérieur de la maison pour qu'ils règlent leurs différends. Ceux-ci ne semblent pas prêts à accéder à la requête de la maison et vont accidentellement déclencher un autre programme, B.R.A.D., beaucoup plus agressif.

Eureka se retrouve propulsée dans un futur proche. En 2010, Zoe s'apprête à recevoir son diplôme universitaire, Henry a épousé Kim, et Carter et Allison sont mariés et attendent un enfant. Mais Fargo interrompt la cérémonie de Zoe pour demander à Carter et Allison d'éclaircir un terrifiant mystère. Le corps d'une femme, sorti de nulle part, est apparu dans la Section 5 et semble avoir été brûlé par d'étranges radiations. Les anomalies temporelles se multiplient à Eureka et mettent Fargo sur la piste d'une réponse.

Une succession de morts mystérieuses sème le trouble à Eureka : les victimes meurent par combustion. Les habitants cherchent une explication, évoquant la théorie de Taggart sur les éclipses, ou encore l'effet phénix... Carter mène l'enquête et découvre que des radiations émises par l’artefact se sont échappées de la chambre forte. Une course contre la montre commence pour sauver les deux autres personnes ayant été exposées : Nathan et Kevin.

Alors que le système informatique est en maintenance, une invention révolutionnaire, appelée « armure de combat multi-application », disparaît du coffre de la Global Dynamics. Quelqu'un place le dispositif dans la veste de Fargo, créant autour de lui un champ magnétique qui ne cesse de s'étendre. Carter doit faire équipe avec Stark pour sauver Fargo. Mais bientôt, Allison autorise les forces de police à l'abattre afin d'éviter toute catastrophe.

Stephen Whiticus, un brillant scientifique, a créé une machine capable d'inverser les effets du réchauffement climatique. Mais elle engendre une glaciation qui détraque complètement le climat et menace bientôt Eureka. Par ailleurs, l'ex-femme de Jack, le docteur Abby Carter, se rend à Eureka pour les 16 ans de Zoe : elle a des choses à annoncer à sa fille !

Après avoir reçu un coup sur la tête, Carter se retrouve sans le savoir dans une Eureka parallèle. Il ne réalise pas immédiatement ce qui lui arrive, mais bientôt, les habitants commencent à disparaître mystérieusement de la ville et de la mémoire des gens... Jack doit vite prendre conscience qu'il évolue dans un monde parallèle et qu'il est en réalité au bord de la mort, sur un lit d'hôpital, suscitant la curiosité et l'inquiétude de toute la ville.

Des débris spatiaux menacent de tomber sur Eureka. Carter soupçonne le congrès scientifique de l'université de Tesla, mais il découvre bientôt qu'un projet pour l'exploitation de l'énergie solaire a transformé par accident la Global Dynamics en un gigantesque aimant, attirant dans son champ magnétique tous les objets métalliques qui gravitent dans l'espace...

Lors d'un accident de la route, un camion de la Global Dynamics déverse un produit toxique dans l'atmosphère d'Eureka. Les habitants ont un rêve prémonitoire sur la mort du conducteur. Ces rêves communs, s'ils embarrassent la plupart des membres de la communauté, aident Allison à comprendre ce qui se passe dans la tête de Kevin.

Pierre Fargo, le grand-père de Douglas, est accidentellement « dégelé » dans le laboratoire cryogénique de la Global Dynamics. Il affirme avoir été placé là contre son gré : André Sandrov, un scientifique, l'aurait piégé pour s'approprier ses découvertes et serait devenu célèbre grâce à elles. Mais Pierre n'a que peu de temps à vivre à cause de l'opération... Il s'engage donc dans une course contre la montre pour récupérer la propriété de son travail et retrouver l'amour de sa vie.

Des scientifiques veulent recréer le Big Bang en laboratoire afin d'étudier l'histoire de l'Univers. L'expérience est à haut risque, mais elle se déroule comme prévu... jusqu'à cette nuit où les habitants d'Eureka deviennent tous stupides ! Avec l'aide de Jo, Zane et un nouveau génie dépêché sur place par Global Dynamics, Carter doit déterminer les causes de cette chute du QI dans la ville et trouver une solution avant que l'expérience ne déclenche un nouveau Big Bang.

Carter devient invisible après avoir été en contact avec une substance radioactive ayant également rendu invisible la voiture de Zoe. Il réalise que le scientifique de la Global Dynamics qui travaillait sur ce projet d'invisibilité pourrait être responsable des récentes disparitions. Carter se rapproche de Callie Curie, une ancienne scientifique qui tient désormais le pressing local. Pendant ce temps, Zoe oublie Jasper dans les bras de Lucas, qui travaille avec elle sur un projet pour le lycée.

Des adolescentes devenues muettes, des employés de la Global Dynamics qui se mettent à rougeoyer, de l'eau transformée en sang et une obscurité totale sont autant de problèmes qui sévissent à Eureka. Est-ce un plaie qui s'abat sur Eureka ou une nouvelle expérience qui a mal tourné ? Carter doit enquêter.

Carter devient l'objet des convoitises de toutes les femmes d'Eureka. Callie se sent un peu délaissée, tandis que Carter cherche la cause du phénomène. Il apprend vite, grâce à Henry, que la responsable est une bactérie piégée depuis des milliers d'années et qui a été libérée. Quand la climatisation de la ville se remet à fonctionner, la bactérie est diffusée dans l'atmosphère et tous les hommes deviennent irrésistibles.

Tous les métaux se transforment en or, à la grande joie des habitants d'Eureka. Quand les objets en or commencent à se détériorer, Christopher Dactalos est le principal suspect. Parallèlement, Nathan Stark ramène Beverly Barlowe de Guantanamo et essaye de lui soutirer des informations sur le lien entre Kevin et l'artéfact. Henry apprend qu'elle est revenue et veut la rencontrer. Mais un imprévu menace bientôt toute la ville...

La Global Dynamics est verrouillée automatiquement quand un virus est détecté dans l'air, emprisonnant des employés à l'intérieur. Carter et Stark mettent leurs différends de côté et essayent d'écarter la menace avant que le ministère de la Défense ne le fasse pour eux, en détruisant tout organisme vivant au sein du complexe... Pendant ce temps, Henry souhaite contenir l'énergie de l’artefact, qui commence à occuper toutes les pensées de Kevin...

Eureka est menacée par un drone intelligent après un test de missile. Pendant ce temps, Eva Thorne, surnommée « la fossoyeuse » après avoir démantelé et redressé de nombreuses entreprises, arrive à Eureka pour étudier les dépenses de Global Dynamics.

Le Shérif Carter et Allison enquêtent sur la mystérieuse disparition d'un scientifique en atmosphère confinée. Pendant ce temps, Eva Thorne essaie de mesurer la rentabilité d'Eureka.

La foire annuelle des chiens d'Eureka bat sont plein et se termine par l'explosion d'un canidé robot. Pendant ce temps, le shérif Carter fait l'expérience d'un tremblement de terre, Zoe pense quitter le programme de physique accélérée et Allyson essaye sa robe de mariée.

Le jour du mariage d'Allison et de Stark, Carter se retrouve coincé dans une boucle temporelle le forçant à revivre encore et encore le même jour. Pendant ce temps sa sœur, Lexi, est de passage en ville...

Lorsque les chercheurs de Global Dynamics ouvrent une tombe égyptienne, des phénomènes étranges se manifestent. Fargo commence à penser qu'il s'agit de la malédiction de la momie. Malédiction ou pas, il semble que l'occupant de la tombe se soit en tout cas volatilisé. Carter mène l'enquête.

Un mystérieux super-héros capable de traverser les murs commence à faire parler de lui à Eureka... en grande partie à cause les dégâts qu'il provoque à chacune de ses apparitions ! Pendant ce temps Zoé et ses amis découvrent au sein de leur lycée un passage conduisant à des souterrains dans lesquels ils ne tardent pas à se perdre.

La course à la mairie d'Eureka est interrompue par le partenaire de science de Zoe, qui a fait apparaître un second soleil au dessus de la ville.

Pendant qu'Eva Thorne se prépare à sceller le complexe militaire souterrain, la vie de Zoe est mise en danger parce que son corps commence à prendre rapidement de l'âge.

Après avoir licencié le shérif Carter, le général Mansfield le remplace par un robot baptisé « shérif Andy ». Jo Lupo, écœurée par cette décision, rend son badge. Les lois de la gravité semblant s'être déréglées, la ville d'Eureka court maintenant un grave danger.

Carter entre en chambre d'isolation pendant 48 h afin de passer son test de re-certification laissant Jo en charge du bureau, de la ville, et de Zoe. Celle-ci manque de s'électrocuter en se servant du scanner d'ADN et remarque que la machine a été sabotée. Elle est bien décidée à trouver le responsable. Cependant l'électrocution a laissé quelques traces en Jo, et celle-ci ne semble plus tout à fait la même...

Une série de mystérieux évènements se succèdent après que le docteur Drechmeyer a été contacté par sa mère décédée, une célèbre voyante. Il s'affaire alors à détecter la présence de fantômes...

À Eureka a lieu le tournoi biannuel de bowling opposant Fargo Lucas à son rival Toby Bismark ainsi que leurs équipes respectives. Tous les coups sont permis pour remporter la victoire quand soudainement les membres de l'équipe d'Eureka deviennent tous verts !

Zoe explique à son père que le nouvel asphalte d'Eureka permet de conduire les véhicules automatiquement. Carter découvre que des adolescents somnambules pillent la ville pour construire des champs d'énergie. Quelque chose ou quelqu'un semble avoir pris le contrôle des jeunes pendant leur sommeil. Quant à Fargo, il s'achète une nouvelle voiture et revend Tabitha, son ancien véhicule, qui ne compte pas se laisser faire...

Henry découvre une femme dans son vaisseau d'exploration. Celle-ci ressemble à s'y méprendre à Kim, son ex-petite amie, morte deux ans plus tôt. Troublé, il opère toute une batterie d'examens sur elle.

Une « baby shower » est organisée en l'honneur de Tess pour l'arrivée de son enfant. Les cadeaux apportés par Monroe, Draper et Bell présents à cet évènement rivalisent d'ingéniosité. Le lendemain matin le docteur Monroe est retrouvée noyée dans sa voiture sur une route sèche. Jack enquête sur les circonstances étranges de ce décès...

Tess met en place un nouveau système qui permet aux gens d'enregistrer leurs souvenirs. Fargo est surpris dans le bureau de celle-ci en train de fouiller dans son ordinateur. Carter s'aperçoit que les gens qu'il croise on perdu la mémoire, il décide d'aller voir Tess à son laboratoire...

Allison étant partie en congé maternité, Tess devient la responsable de Global Dynamics. Anxieuse, elle espère que la journée sera tranquille et sans incident. Mais la ville d'Eureka est victime d'une vague de froid polaire...

Carter passe une très mauvaise journée. Zoe est sur le point de partir étudier la médecine à Harvard et Tess décrochent un travail en Australie. C'est alors qu'une perturbation magnétique arrive sur Eureka.

Alors que la ville se prépare à fêter le 60ème anniversaire de sa construction, une perturbation spatio temporelle conduit Carter en 1947. Il y découvre Eurêka en pleine inauguration et sous contrôle militaire. Pris pour un espion, il est assommé et conduit à l'infirmerie où il retrouve Alison.

Jack et ses compagnons sont de retour en 2010, mais petit à petit ils s'aperçoivent que leur incursion dans le passé n'a pas été sans conséquences. Le présent dans lequel ils sont revenus est différent de celui qu'ils avaient quitté et si pour certains le changement est bénéfique, pour d'autres, les répercussions sont dramatiques.

Isaac Parrish, un scientifique brillant, se sent sous-estimé. Son hostilité paraît contagieuse et affecte peu à peu tous les habitants d'Eureka, notamment Fargo...

Alors qu'Eureka célèbre la semaine de la science, le docteur Ramsey dévoile une invention qui pourrait permettre de coloniser la planète Mars. De son côté, Jack rend visite à sa fille Zoe à Boston...

Douglas Fargo est à Warehouse 13 pour mettre à jour le système informatique, mais un virus va bloquer l'équipe dans l'entrepôt. Claudia Donovan en visite à Eureka, doit aider Carter et Fargo à comprendre quels sont les mystérieux objets qui apparaissent...

Alors que Carter, Kevin, Fargo et Grant sont partis camper, leur périple tourne au cauchemar quand un dysfonctionnement de l'intelligence artificielle de Global Dynamics met leur vie en danger. Pendant ce temps, Henry prête main forte à Grace sur un projet. Au cours de la discussion, il évoque le voyage dans le temps et lui avoue qu'il s'agit pour lui d'une réalité alternative différente de celle qu'il connaissait auparavant...

Carter en a assez que Grant tente de séduire Allison, Zoe dissimule son amour, et Henry courtiste Grace. Jo est furieuse lorsque Derek, après avoir découvert un os fossilisé dans le chantier de construction de sa maison, fait stopper les travaux. Tout à coup, une partie de l'équipe chargée des fouilles se transforme en statue...

Alors que la relation entre Carter et Allison semble enfin trouver son rythme de croisière, des personnes liées à leur passé refont surface. Par ailleurs, le nouveau projet de Global Dynamic intéresse un certain Barlowe...

Après la disparition de la DID, Carter, Jo, Fargo et Allison ont une impression de déjà-vu lorsque leur enquête place Trevor Grant en tête de liste des suspects. L'étau se resserre quand ils découvrent un lien entre ce dernier et Beverly Barlowe. Celle-ci compte en fait renvoyer Grant en 1947, notamment pour éviter la prison à son père. Carter craint de funestes conséquence pour Allison et Henry...

Carter ne parvient pas à se laisser gagner par l'esprit de Noël, car un champ magnétique entoure la ville, l'empêchant de rejoindre sa famille. Quant à Fargo, il organise une fête de fin d'année chez Global Dynamics, et Allison est pleine d'enthousiasme à l'approche des vacances...

Une maladresse de Zane l'envoie dans l'espace dans une vieille navette spatiale à bord de laquelle se trouve également Fargo. Remis de leur surprise, les deux hommes réalisent que leur embarcation se dirigent tout droit vers une station internationale et tentent d'éviter la collision. A Eureka, alors que Henry, Carter et Allison cherchent un moyen de ramener leurs amis sans dommage, la ville se retrouve privée d'électricité...

Allison doit se rendre à une conférence et laisse ses enfants sous la surveillance de Carter. Sur une route déserte, sa voiture est victime d'une crevaison, et une petite fille vient lui demander de venir en aide à son père. De son côté, Carter tente de comprendre pourquoi les habitants d'Eureka agissent de façon étrange : il semblerait qu'ils suivent à la lettre les paroles des chansons qu'ils écoutent...

Il ne reste plus que 140 jours avant le lancement de la mission Astraeus, qui doit se rendre sur Titan, et tous les scientifiques d'Eureka sont en compétition pour faire partie de l'équipage. Fargo et Holly Marten ont la lourde tâche de sélectionner les candidats. Par ailleurs, Jo et Carter testent des lentilles développées par Zane et qui permettent à leur porteur de détecter un danger potentiel dans n'importe quelle situation...

Lorsqu'on le prévient que la banque a été attaquée, Carter est ravi d'avoir enfin affaire à une enquête normale jusqu'à ce qu'il constate que c'est le bâtiment tout entier qui a disparu. Pour sa part, Jo soumet les scientifiques désireux de participer à la mission Astraeus à un entraînement physique intense. Quant à Fargo, il se rend compte que Isaac Parrish courtise également Holly Marten...

Carter est persuadé qu'il y a quelque chose d'anormal dans le comportement d'Allison. Mais avant qu'il n'ait pu faire quoi que ce soit, Beverly Barlowe et son associé, le docteur Dekker, plongent toute la ville dans un état inconscient pour dérober des donnés confidentielles de Global Dynamics. Ils ignorent cepent que Jo Lupo et Zoe Carter, qui viennent juste de revenir à Eureka, ont échappé à ce sommeil forcé....

Parrish, Jo, Fargo, Holly et Zane sont enfermés dans une chambre d'isolation pour un test psychologique en vue de leur prochaine mission. Pendant ce temps, Carter constate que des machines qui étaient chargées de construire un vaisseau poursuivent inlassablement leur tâche, quitte à détruire Global Dynamics. De son côté, Allison souhaiterait reprendre ses fonctions, mais la sénatrice Wen lui conseille de prendre encore un peu de repos...

Tout le monde est enthousiaste à l'annonce du retour de Tiny, le robot qui a exploré Titan pour ramener quelques échantillons de son atmosphère. Peu de temps après son atterrissage, Tiny explose, et tous les gaz toxiques qu'il contenait se répandent. Au même moment, la relation d'Allison et Carter est étudiée de près par Warren Hughes, qui doit s'assurer que cette liaison ne les empêche pas de mener à bien leurs missions...

Le départ de la mission Astraeus approche. Les membres de l'équipe sont soumis, un à un, à un lecteur de mémoire qui révèle leurs motivations les plus secrètes. Warren Hughes décide d'utiliser le même appareil sur Carter et Allison, à qui il a fait promettre de se séparer. Mais un incident survenu lors de l'analyse de Carter a des conséquences pour le moins inattendues. Par ailleurs, une série d'attaque menace de faire échouer la mission...

Alors ques les membres de la mission Astraeus terminent leur ultime préparation, un dysfonctionnement envoie le shérif adjoint Andy sur Titan. Tout le monde s'affaire pour le ramener vivant, avant qu'il ne succombe à l'atmosphère néfaste de la planète. Au même moment, Allison et Carter tentent de comprendre comment une vache et un véhicule ont pu être liquéfiés...

Carter demande à Allison et Kevin d'emménager avec lui. Alors qu'il enquête avec Jo sur une mystérieuse attaque du convoi présidentiel, venu assister au lancement de la mission Astraeus, les soupçons se portent sur le docteur Plotkin. Rapidement, des trous noirs semblent se former un peu partout dans Eureka. Pendant ce temps, personne ne réalise qu'une réelle menace plane au-dessus de la mission Astraeus...

Alors que le shérif Carter prépare une surprise de Noël pour les enfants d'Eureka, le générateur à superphotons devient fou. Une énorme vague de couleurs s'abat sur la ville, transformant ses habitants en personnages animés. De son côté, la petite Jenna ne résiste pas à la tentation que représentent tous les cadeaux posés sous le sapin et décide d'en ouvrir un. Il s'agit d'un livre interactif aux pouvoirs incontrôlables...

L'équipe de l'Astraeus est de retour sur Terre. Mais, alors que ce voyage leur semble avoir duré seulement quelques jours, quatre années se sont en réalité écoulées. La ville d'Eureka est désormais sous le contrôle d'intelligences artificielles. Henry, tenu pour responsable de l'échec de la mission, n'est plus maire. De son côté, Jack a élevé les enfants d'Alison et fréquente Jo. A nouveau réunis, Jack, Henry et Allison tentent de renverser le régime répressif instauré par les robots...

La mission Astraeus a disparu depuis un mois, et le ministère de la Défense décide d'arrêter les recherches. Jack transgresse les ordres et, accompagné d'Andy, se met en quête de l'ultime pièce dont Kevin a besoin pour terminer la conception d'un instrument capable de localiser l'Astraeus. Pendant ce temps, l'équipage retenu prisonnier est soumis à des expérimentations...

Beverly Barlowe retourne à Eureka pour aider Jack et Jo à retrouver l'équipage. Pour secourir les disparus, Jack doit se rendre dans la matrice virtuelle d'Eureka...

De retour à Eureka, les membres de l'équipage de l'Astraeus tentent de se remettre de leur expérience traumatisante. Fargo doit ainsi surmonter son chagrin après la mort de Holly. Le dernier projet de Parrish, une boule volante aux propriétés étonnantes, menace d'enflammer la ville...

Warren Hugues, psychologue du département de la Défense, est de retour à Eureka pour évaluer l'état mental de l'équipage de l'Astraeus. Jack se retrouve dans le coprs du docteur Fargo au moment où celui-ci doit passer des tests...

Zane aide Fargo, qui souhaite revoir Holly dans la matrice virtuelle, tout en prenant garde à ne pas rester prisonnier de ce monde parallèle...

Un nouveau système de sécurité développé par le département de la Défense est installé, sous la surveillance du major William Shaw, dans le complexe de Global Dynamics. Ce dernier annonce son souhait de récupérer la matrice virtuelle. Fargo et Zane tentent alors d'extraire la conscience de Holly de la matrice d'Eureka. De son côté, Jack s'amuse de son nouveau pouvoir. Il peut, en effet, déplacer des objets par la pensée...

Le 1er avril arrive et les scientifiques de la Global Dynamics s'amusent à se faire des blagues. Mais Jo, en charge du maintien de l'ordre et de la sécurité des bâtiments, souhaite que chacune de ces plaisanteries soient soumises à son approbation. Jack découvre qu'Allison n'a toujours pas informé sa famille de son intention de se marier. Elle refuse de s'expliquer avec lui et part s'isoler. Jack organise pour elle un dîner romantique à bord du sous-marin...

Zane, Henry et Jo essayent de créer un corps organique pour Holly. Lorsque Kevin, le frère aîné d'Allison, véritable génie, vient à Eureka pour le rencontrer, Jack se sent inférieur intellectuellement. Mais son intelligence commence soudainement à se développer de façon exponentielle. Allison tente de comprendre à quoi est due cette nouvelle faculté...

La lune de miel de Jack et Allison tourne au cauchemar quand le chalet dans lequel ils sont sensés séjourner s'avère être un vieux cabanon menaçant de s'écrouler. Mais des éléments bien plus importants que leur escapade font leur apparition. En effet, des saboteurs sont découverts à Eureka, et la réincarnation d'Holly rencontre des difficultés techniques...

Les communications entre Eureka et le monde extérieur sont perturbées par un nuage de poussière intelligente. Jack et le docteur Fargo tentent alors de le maîtriser avant qu'il n'affecte les fonctions cérébrales des habitants. Jo, quant à elle, apporte son aide à Henry afin d'innocenter Grace, impliquée dans une affaire d'espionnage. De son côté, Holly reçoit un message qui provoque un changement dans son comportement...

Une importante opération de clonage est lancée dans les locaux de Global Dynamics. Les habitants d'Eureka sont enlevés les uns après les autres et remplacés par des doubles malfaisants. Pour sauver la ville, Allison, Zane et le docteur Fargo doivent donc rester sur leurs gardes...

Le ministère de la Défense fait part de sa volonté de supprimer les subventions de Global Dynamics, ce qui risque d'entraîner la disparition d'Eureka. Zoe vient rendre visite à son père peu de temps avant sa remise de diplôme. Mais celui-ci doit entrer dans une faille spatio-temporelle pour sauver les habitants de l'attaque de trous noirs incontrôlés...