Un an après les terribles événements qui ont coûté la vie à tant de personnes, Ryan Hardy essaie encore de se reconstruire. Il tente de mener une existence saine et équilibrée à New York. Les traumatismes sont pourtant toujours vivaces, après toutes les tragédies qu'il a dû surmonter. Sa nièce, Max, débarque en ville pour lui changer les idées. Et du soutien, il va en avoir besoin. Un tragique fait divers fait la une des chaînes d'information et ébranle la population. Des disciples de Joe Carroll ont choisi la date anniversaire de la mort du serial killer pour se livrer à un massacre dans le métro. Mike Weston, un agent pourtant suspendu, est contacté par ses supérieurs pour intervenir en tant que consultant sur l'affaire...

Le FBI est rapidement débordé avec l'affaire Carroll : son fils a été enlevé par trois de ses adeptes chargés de surveiller son ex-femme, et un autre complice commence à tuer sur les campus en utilisant son statut de policier. Hardy recherche la fausse baby-sitter et retrouve l'un des repaires des fanatiques de Carroll.

Un nouveau membre du groupe de tueurs se montre au grand public : Rick Kester, un pyromane qui s'est donné pour mission de venger Joe. La femme du suspect et Jordy sont désormais des témoins qui pourraient aider à retrouver le fils de Joe Cornell.

Avec les morts qui s'accumulent et la vidéo, le FBI est sur les dents et recherche tout ce qu'ils peuvent sur Maggie Kester. C'est elle qui contacte Hardy quand elle prend en otage la sœur de l'ex-policier. Pendant ce temps, dans la ferme, les trois adeptes de Joe révèlent leurs secrets.

Joey parvient à passer un coup de téléphone à sa mère, permettant de relancer les recherches sur sa localisation. Hardy s'impatiente quand il voit revenir l'avocate de Joe Carroll, qui va devoir lancer un cycle d'actions en lieu et place de son client.

La ferme où est détenue Joey est cernée par la police, et Hardy et Parker font leur possible pour créer des tensions dans le groupe. Parker s'intéresse particulièrement à Emma, qui lui rappelle son propre passé. Claire découvre une partie de l'étendue du plan de son ex-mari.

Joe Carroll fait une requête surprenante : il accuse Hardy de maltraitance et demande son transfert pour une prison en Géorgie. Hardy soupçonne une tentative d'évasion avec l'aide du juge et de son avocate. Pendant ce temps, Emma se cache et attend les ordres pour savoir où aller avec Joey.

Le FBI est sur les dents avec la nouvelle évasion de Carroll qui a rejoint sa secte et Roderick. Ceux-ci préparent déjà leur nouveau coup : capturer et torturer Weston pour retrouver Claire.

Devant l'ampleur de la taille de la secte de Joe Carroll, les hautes instances du FBI décident de réorganiser l'équipe et d'éloigner un peu plus Hardy. Carroll entame une nouvelle étape et veut rattraper les échecs de ses fidèles en lançant une nouvelle offensive pour retrouver Claire.

Carroll ayant retrouvé la trace de Claire, il envoie un commando de trois hommes pour la récupérer. Hardy l'emmène donc dans le seul endroit sûr qu'il connaisse : la demeure d'un ancien agent du FBI désormais témoin sous protection. Mais la secte de Caroll les retrouve et Claire accepte de les suivre pour arrêter l'effusion de sang et retrouver son fils. Dans la demeure de la secte, Jacob a du mal à vivre avec la mort de Paul sur la conscience. Il est l'objet de cauchemars et d'hallucinations où Paul le harcèle.

Joe Carroll savoure sa victoire avec la réunion avec sa femme et prépare son nouveau mouvement implique Molly, une ancienne conquête de Ryan Hardy et tueuse en série, mais Roderick s'impatiente. Hardy a re-sombré dans l'alcool et la solitude mais doit reprendre du service quand un des contacts de Carroll est repéré.

Claire cherche un moyen de fuir avec son fils la maison de Carroll. Grâce aux preuves retrouvées dans le bunker, le FBI remonte la piste d'un milicien qui a fourni à Carroll des hommes et des armes. Les événements vont amener à une nouvelle confrontation entre le tueur et l'ex-agent.

À la faveur d'un détour de couloir de poste, Weston identifie Roderick. Il tente de l'arrêter mais celui-ci parvient à s'échapper. Prenant peur devant l'attitude insipide de Caroll, Roderick s'enfuit et capture Joey. Roderick est finalement arrêté. Il monnaie sa protection en échange de Joey qu'il a planqué dans une maison. Feintant que la police ne croit pas à son histoire, Ryan fait évader Roderick qui l'emmène dans cette maison. Weston, caché dans le coffre de la voiture intervient et Roderick est abattu. Jacob, dans le même temps, enlève Joey mais pris en étau par Ryan, il décide de l'abandonner et de s'enfuir. Claire feinte Joe de vouloir vivre à nouveau avec lui et le poignarde.

Ryan et son équipe s'apprêtent à prendre d'assaut le manoir. Sur place, les occupants se préparent à évacuer les lieux. Cependant, Carroll est au courant du stratagème de Ryan. Il envoie ses followers faire diversion afin qu'il puisse s'enfuir.

Ryan tente d'arrêter Carroll. Ce dernier, qui retient Claire prisonnière, quitte la bateau avec elle et l'emmène dans un phare...

Un an a passé depuis les événements de Havenport. Ryan Hardy a fait le deuil de Claire et a tourné la page de l'affaire Joe Carroll. Mais quand trois hommes masqués tuent les passagers d'une rame de métro en clamant le retour de Joe Carroll, il est rappelé sur le terrain avec Mike Weston.

Les jumeaux tueurs partent pour un nouveau crime et décident cette fois-ci d'impliquer Hardy. Une fois encore, il va tenter d'agir sans le soutien du FBI. Joe Carroll tente de se construire une nouvelle identité, loin de tout, mais son passé et ses pulsions meurtrières le tentent toujours autant.

Weston découvre les dossiers de Hardy, qui refuse toujours de collaborer avec le FBI. Mark décide d'amener Emma au sein de son groupe. Joe décide de reprendre les meurtres et rejoindre ses fidèles, mais Judy refuse de le laisser partir.

Lily Gray s'est réfugiée avec ses fils adoptifs et Emma dans une demeure privée où elle prépare le retour de Joe Carroll. Hardy parvient à retrouver sa trace avec Gisèle, revenue en ville pour achever l'ancien associé de Lily.

Max et Ryan continuent de suivre Gisele qui attend ses complices dans une petite ville proche de la villa. Emma a encore du mal à pardonner à Joe, introduit dans la famille de Lily dont les intentions restent vagues.

Ryan, blessé, se laisse convaincre par Max d'appeler le FBI en renfort, mais Mike soupçonne une taupe et vient seul. Les choses dégénèrent dans la demeure de Lily alors que Joe Carroll réalise que ses aspirations ne sont plus les mêmes.

Joe, Emma et Mandy partent se réfugier chez Micah, gourou d'une secte en qui Roderick avait confiance. Pendant ce temps, Lily prépare sa vengeance contre Ryan en faisant enlever Max par un tueur en série très recherché.

Ryan recroise la route de Carrie Cooke, une journaliste de tabloïd qui cherche à suivre l'enquête sur Joe Carroll. Mais il est trop occupé à remonter la trace du professeur de Joe. Pendant ce temps, celui-ci commence à se rapprocher de Micah afin d'un jour, prendre sa place.

Voyant les exploits de Lily Fray, Micah veut répandre lui aussi son message dans le sang et Joe va l'aider dans sa tâche. Ryan et Weston cherchent la taupe dans le FBI et retrouve la trace de Jana, l'ex-femme de l'agent Mendez.

Hardy cherche à localiser la nouvelle secte de Joe en utilisant le Dr Strauss et Carrie Cooke. Furieux, le tueur répond en envoyant cinq fidèles tuer et répandre son message. Tous ignorent que ses rebondissements sont observés par Claire, qui veut elle aussi revenir.

Le message de Joe fait des émules et des groupes de fans non meurtriers du tueur se créent. Quand deux tueurs commettent un nouveau massacre dans une boutique, Hardy et Weston s'interrogent sur les motivations des tueurs et surtout sur le commanditaire, qui peut être Joe Carroll ou Lily Gray.

Joe a une nouvelle cible : le pasteur Kingston Tanner, télévangéliste qui condamne vertement les actes des fans de Carroll. Encore retourné par le retour de Claire, Hardy suit la piste et comprend que le fils du pasteur est en danger. Mandy rejoint finalement Lily Gray mais celle-ci n'est intéressé que par Joe.

Ryan s'est infiltré dans le camp de Korban, où il retrouve Joe et Emma sur le point de forcer le fils du pasteur Tanner à tuer une des fidèles. Mike et Max ont une piste pour retrouver Lily Gray, qui elle aussi se dirige vers le campement de Joe. Pendant ce temps, Claire tente de convaincre Carrie Cooke de la laisser s'exprimer à l'écran.

Après avoir envoyé Emma suivre les indices laissés dans le message de Claire, Joe lance son plan et prend d'assaut une cathédrale avec tous les hommes du culte de Korban. Ryan et Mike parviennent à s'infiltrer dans les lieux pour mettre fin au dernier coup d'éclat de Joe.

Ryan est sur le point de mettre un terme à la folie de Carroll, mais il reçoit un appel des jumeaux : ils veulent Carroll contre Claire. Le tueur et le policier vont devoir s'allier afin de sauver Claire.

Un an a passé depuis l'arrestation de Joe Carroll. Enfermé dans le couloir de la mort et son culte a priori démantelé, Hardy, de retour au FBI, espère tourner la page mais une nouvelle scène de crime vient lui rappeler ses erreurs passées.

Le lendemain des meurtres mis en scène, Mark est prêt à repasser à l'action. Ryan trouve la connexion entre Mark et Andrew : le Dr Strauss, qui l'a initié comme il l'a fait avec Joe Carroll. Pendant ce temps, les fidèles de Mark visent Jeffrey Clarke.

Lors de la déclaration à la presse concernant la mort de l'agent Clarke, Hardy couvre la vérité ce qui rend Mark furieux. Daisy et Kyle sont officiellement recherchés, contrariant leurs plans, et Hardy doit faire appel à de vieux contacts pour retrouver Neil, le tueur aux boîtes.

Le FBI est parvenu à trouver une piste sur Kyle et Daisy, qui ont déjà prévu leurs prochaines attaques qui semblent viser directement la famille Hardy. Mark commence de plus en plus à douter de ses partenaires.

Le procès du Dr Strauss commence. La campagne de dénigrement organisée par Kyle et Daisy a porté ses fruits, mais ils n'en ont pas fini et s'en prennent au témoin-clé, Carrie Cooke. Hardy n'a que peu de temps pour tenter de la sauver et envoyer Strauss en prison.

Hardy n'a plus d'autre choix que de demander l'aide de Joe Carroll. Celui-ci l'oriente vers une petite ville où plusieurs personnes ont disparu en 20 ans, et où Strauss s'est réfugié en attendant son meilleur apprenti.

L'un des protégés de Strauss s'évade grâce à celui que le chirurgien considérait comme son meilleur élève. Les deux hommes organisent leurs disparitions, mais Hardy est déjà sur leurs traces. Max revient au bureau, encore blessée, ce qui accroit les tensions entre Mike et Tom.

Le FBI suit la piste d'un suspect mais Hardy sait qu'il n'est qu'une leurre laissé par le vrai tueur hackeur. L'exécution de Joe approche et Ryan comme Joe pensent inconsciemment de plus en plus l'un à l'autre.

Theo commence à se venger de Hardy en piratant ses comptes et en falsifiant plusieurs rapports le concernant. Il récupère également un carnet appartenant à Strauss contenant une liste codés de tous les fidèles du docteur. Joe a vent des méfaits de Theo, qu'il reconnait pour l'avoir croisé dans un de ses cours.

Le jour de l'exécution de Joe est enfin arrivé, mais le tueur n'en a pas fini : il parvient à se libérer et prendre des otages, qu'il épargnera si Ryan Hardy le rejoint. Theo les observe de chez lui, où il essaie de craquer le code de Strauss

Ryan est encore sous le choc de la mort de Joe, qui le hante et le ramène vers l'alcool. Max trouve une piste sur le passé de Theo : le massacre d'une famille à Philadelphie dont seul le fils avait réchappé avant de tuer le principal suspect et de disparaitre. Mark et Daisy cherchent à contacter Theo.

Theo, Daisy et Mark se retrouvent et s'accordent pour démasquer l'agent du FBI qui a récupéré leur système d'espionnage, Tom, totalement dépassé par le meurtre de Sloan. Ryan recherche la sœur de Theo par ses planques habituelles.

Theo et Ryan organisent leur échange : Mike contre Penny. Mike essaie de semer le doute entre Daisy et Mark, toujours désireux de le tuer. Ryan perd pied, boit et se laisse envahir par les idées de Joe, qui le pousse à torturer Penny.

Maintenant que sa sœur est morte, Theo perd pied et Ryan compte dessus pour capturer le tueur quand il s'attaquera à l'un de ses proches. Theo et Daisy s'attaquent cependant à quelqu'un à qui Ryan n'a pas pensé : Gina Mendez et sa famille. Dans son ambition, il utilise deux hommes d'Eliza.

Theo a capturé Ryan et un autre agent et s'est réfugie dans un bunker. Comme Max, Ryan comprend qu'il y a quelque chose d'autre. En effet, le réseau d'Eliza veut l'agent vivant. Les conflits d'intérêt vont entrainer beaucoup de morts.