Tout commence par la découverte de mystérieuses ruines sous l'école de Makoto. Ce jeune étudiant se retrouve confronté à son grand rival Katsuhiko, qui ne recule devant rien pour lui faire perdre la face. Leurs histoires les voient tous les deux projetés avec d'autres compagnons en plein coeur d'une guerre dans une autre dimension : celle du monde fabuleux d'El Hazard...

Les trois sages sont en réalité de magnifiques prêtresses aux pouvoirs fabuleux et dévastateurs. Elles sont en route pour leur bain quand Makoto et ses compagnons essayent de les atteindre. L'heure est grave : alors que les Bugroms se lancent à la conquête d'El Hazard, une troisième faction, composée d'êtres de l'ombre, apparaît. La quête pour ouvrir l'Oeil de Dieu commence...

Makoto, déguisé en femme pour ressembler à Fatora, suit les prêtresses dans le désert jusqu’à l’oasis sacrée. Mais Kiraiya, de la tribu des ombres, s’est métamorphosée afin d’approcher la pseudo-Fatora et de la tuer. De son côté, Katsuhiko a rejoint les Bugroms et ensemble ils enchaînent les victoires. Ils apprennent qu’une autre puissance équivalente à l’Oeil de Dieu existe sur El Hazard : un démon qui sommeille sur une île déserte. Mais, si seules les prêtresses en connaissent vraiment sa localisation, les Bugroms font croire qu’une armée est en route pour l’île.

Les prêtresses ainsi que Makoto et ses amis accourent sur l’île secrète et montrent sans le savoir le chemin aux Bugroms. Pendant que la bataille éclate entre les deux groupes, Makoto et les prêtresses se dirigent vers le temple souterrain en espérant arriver avant Katsuhiko. Makoto et Hura sont séparés du reste du groupe et trouvent parmi les couloirs la salle du démon. Or, bien qu’elle ne s’en souvienne pas, le démon n’est autre qu'Ifurita, celle qui a envoyé les étudiants à El Hazard. Katsuhiko touche en premier le sceptre d’Ifurita, devient son maître et lui ordonne de tuer Makoto. Les prêtresses vont tout faire pour battre le démon, mais leurs forces ne semblent pas suffisantes…

Le réveil du démon plonge les habitants de Roshtaria dans un grand désespoir et les autorités font pression sur les prêtresses pour que l’Oeil de Dieu soit descellé. Gallus impose son point de vue, et l’Oeil est finalement réactivé. Pendant la soirée qui fête le réveil de l’Oeil de Dieu, Nanami découvre le vrai visage de Gallus : iI est en fait le chef de l’armée des êtres de l’ombre et il détient Fatora. Gallus dénonce l’imposture de Makoto et disparaît subitement. Or, bien que l’Oeil soit activé, sans Fatora, il est inutilisable et le pays reste donc sans défense devant Ifurita.

Alors qu'Ifurita s'attaque à Makoto, les trois prêtresses arrivent pour le sauver. Commence alors un combat sans merci. Malheureusement, le démon est très puissant et a la possibilité de reproduire les attaques qui lui sont destinées. Alors que le combat semble terminé et que les prêtresses sont à bout de force, Makoto essaie une dernière fois de raisonner Ifurita, mais réussira-t-il?

L'Oeil de Dieu est sur le point d'être ouvert par Gallus et ses hommes. Au même moment, les Bugroms continuent leur avancée vers le palais. Tout semble perdu pour nos amis, qui n'ont pas la possibilité de combattre. A la dernière minute, Ifurita fait irruption et enlève la princesse Fatora aux yeux de Gallus. Jinnai est donc maintenant en position de force puisqu'il détient Fatora et contrôle Ifurita...