Haruyuki Arita reçoit un e-mail d'Araya, l'un des étudiants qui l'a harcelé, lui demandant de lui acheter, ainsi qu'à ses copains, de la nourriture pour le déjeuner. Alors qu'il se dirige vers le court de squash, il voit le vice-président du conseil des étudiants Kuroyukihime être admiré par d'autres étudiants.

Un Haruyuki désemparé est facilement battu par Ash Roller dans le duel. Pendant le déjeuner, Kuroyukihime et Haruyuki entrent dans le monde accéléré et Kuroyukihime explique à Haruyuki que pour continuer à accélérer, il doit se battre et vaincre d'autres avatars de Brain Burst.

Kuroyukihime dit à Chiyuri qu'elle sort avec Haru et l'entraîne dans un café. Une fois là-bas, Kuroyukihime explique son dilemme à Haru. Brain Burst a été créé de manière anonyme il y a sept ans, ce qui permet une accélération uniquement à ceux qui sont nés avec le Neurolinker. Par conséquent, tous les Burst Linkers sont des enfants de 15 ans et moins, ce qui permet de dissimuler son existence au public.

Haru choisit de ne pas se mêler de la porte dérobée pour éviter d'être détecté, il découvre que Kuroyukihime commence à agir étrangement autour de lui lorsqu'il mentionne à quel point il s'est rapproché de Chiyuri.

Haru apprend à quel point Takumu est horrible, il fuit les attaques de Cyan Pile, perdant l'un des bras de Silver Crow dans le processus.

Haru et Takumu révèle tout à Chiyuri, qui ne le prend pas très bien, les deux commencent à s'entraîner pour travailler en équipe. Haru gagne suffisamment de points pour passer au niveau 2, mais dans sa précipitation, il se met à niveau trop tôt et se retrouve avec une faible quantité de Burst Points en conséquence.

Kuroyukihime défie soudainement Takumu à un match, le confrontant à son intention de quitter le kendo et finalement de désinstaller Brain Burst.

L'équipe de Kuroyukihime tente de revendiquer plus de territoires, Haru découvre que ses tactiques deviennent facilement lisibles par ses adversaires. Il rentre chez lui pour être accueilli par Tomoko Saito, qui serait son cousin germain qui reste avec lui pendant l'absence de ses parents.

Kuroyukihime accepte de rencontrer Tomoko, de son vrai nom Yuziko Kozuki. Yuziko explique comment elle souhaite emprunter le pouvoir de vol de Haru pour détruire l’Armure de la Catastrophe, un objet externe qui transforme burst Linkers en catastrophes Chrome que Kuroyukihime pensait détruites depuis longtemps.

Chiyu exprime son intérêt à devenir un Burst Linker. Kuroyukihime explique comment la capacité de donner à quelqu'un une copie de Brain Burst et de devenir son tuteur ne peut être utilisée qu'une seule fois, Haru devient intriguée quant à savoir qui était son tuteur.

Haru et Yuniko se rendent compte que Yellow Radio était le responsable de la cinquième catastrophe de Chrome, utilisant une faille dans le traité de non-agression comme excuse pour l'éliminer et atteindre le niveau 10.

Yellow Radio se retire, Kuroyukihime se bat contre Chrome Disaster mais est soudainement attaqué par Yuniko, affirmant qu'ils ne sont pas des alliés. Malgré la trahison supposée de Yuniko, Kuroyukihime assure à Haru qu'elle est juste têtue et lui demande d'aider à sauver leur ami.

Chiyu demande à Takumu d'installer Brain Burst pour elle et devient un Burst Linker, obtenant le Duel Avatar, Lime Bell. Le lendemain, alors qu'une nouvelle année scolaire arrive et que Haru, Chiyu et Takumu sont dans la même classe, Haru remarque un comportement étrange de Kuroyukihime.

Haru, Takumu et Chiyu discutent de ce qu'est exactement Seiji, Takumu en déduit que la capacité utilisée par Seiji était Physical Burst, qui accélère la conscience de l'utilisateur, lui permettant de réagir plus rapidement.

Bien que Haru domine apparemment le match pour commencer, Seiji parvient à le piéger et à utiliser sa capacité de commandement démoniaque pour voler la capacité de vol de Haru, laissant Haru dévasté car il se vante de ne pas les rendre avant d'avoir obtenu son diplôme.

Raker explique à Haru que bien qu'il ait perdu ses ailes, il pourra peut-être voler s'il apprend à utiliser le « système incarné », qui permet aux avatars d'utiliser certains pouvoirs par leur seule volonté.

Haru réfléchit à la manière de faire face à Seiji, il reçoit un appel vidéo de Kuroyukihime, qui mentionne avoir donné des informations sur Seiji à Takumu.

À Okinawa, Kuroyukihime est en voyage scolaire avec son amie Megumi. Alors que les deux vont acheter des souvenirs l'un pour l'autre, Kuroyukihime est approché par deux Burst Linkers locaux, Ruka Asagi et Mana Itosu, qui lui demandent d'aider leur maître à lutter contre un monstre qui sévit dans leur communauté Accel.

Kuroyukihime retrouve Crimson Kingbolt, alias "Crikin", un Burst Linker qui a déménagé de Tokyo à Okinawa après le divorce de ses parents. À ce moment-là, ils sont surpris par la menace mystérieuse, révélée être un Burst Linker nommé Sulphur Pot, qui a le pouvoir d'apprivoiser les "ennemis".

Ayant été complètement guéri par Chiyu, Nomi ne fait qu'une bouchée de Takumu et le bat d'une manière horrible. Alors que Haru est submergé par la colère, il est submergé par un pouvoir obscur qui le pousse à détruire Nomi.

Alors qu'ils se dirigent vers Yuniko, Haru explique à Takumu comment Seiji l'a piégé lui et Chiyo. Après avoir entendu parler de leur situation, Yuniko accepte d'enseigner à Haru et Takumu le système incarné, expliquant les différentes compétences qui peuvent être exécutées avec eux.

Leopard décide de s'inscrire avec Haru dans un tournoi pour attirer Jigsaw, expliquant également à Haru comment une utilisation excessive du système incarné peut le rapprocher de l'obscurité.

Le jour de la bataille, Chiyu demande à Haru et Takumu de les rejoindre sur le terrain afin qu'elle puisse voir la bataille jusqu'au bout. Alors que le duel à mort subite commence entre Haru, Takumu et Seiji, Haru est pris en embuscade par un allié de Seiji, Black Vice, qui possède une capacité de décélération.

Haru équipe le Gale Thruster et s'engage dans une bataille aérienne avec Seiji, réussissant à faire un coup avant qu'il ne s'épuise. Bien que Chiyu utilise à nouveau son Citron Call sur Seiji, le guérissant, les ailes de Seiji disparaissent soudainement et reviennent à Haru.