Des Coordinateurs fidèles aux idéaux de feu Patrick Zala ont voulu la chute de la dépouille de la colonie spatiale Junius-7 sur Terre. Malgré une intervention des forces de ZAFT, scindant notamment la colonie en deux, des débris frappent la planète de part et d'autre. Dans l'une des villes en proie au chaos se trouvent Edmond Duclos et Selene McGriff, deux agents de la DSSD, un organisme indépendant dédié à l'exploration spatiale. Tous deux doivent regagner l'Espace pour la poursuite du projet 401 quand un modèle de GINN envahit la ville. Ancien militaire, Edmond prend les armes pour affronter cette menace, afin de permettre à sa partenaire de regagner le cosmos en toute sécurité.

Le front étant relancé, l'escadron de Sven part au combat. Se replongeant dans ses souvenirs, le jeune pilote n'a pas le temps de tergiverser, et c'est une bataille en Russie qui l'attend. Au cours de celle-ci, ZAFT a recours à des BuCUes qui donne du fil à retordre aux trois pilotes, et qui coûtera la vie à l'un d'entre eux. En parallèle, la DSSD poursuit le projet « 401 », renommé « Stargazer » suite à une proposition de Sol Ryuune L'Ange qui repense à Edmond, son défunt oncle. Mais la machine n'est pas encore prête pour sa tâche finale, celle de l’exploration de l'Espace. L'information quant à de telles recherches n'a pas échappé à l'Alliance qui missionne le Phantom Pain d'attaquer la DSSD, et de voler le fruit de leurs recherches.

Ayant eu vent des projets de la DSSD, et de la construction du prototype Stargazer, le Phantom Pain lance un assaut contre la base spatiale de recherches. Le groupe scientifique réplique aussitôt par ses unités de défense, poussant Selene McGriff et Sol Ryuune L'Ange à utiliser le Stargazer sur le front. C'est ainsi que l'engin se confronte à Sven Cal Bayan et son Strike Noir, une bataille qui scellera le destin du petit groupe de personnages.