Suite à l'épidémie du virus Apocalypse, le Japon est placé sous le contrôle du GHQ. Shu, lycéen, rencontre la célèbre chanteuse Inori, mais elle est enlevée par l'armée.

Des armes génétiques provoquent une bataille soudaine entre les Croque-morts et le GHQ. Shu détruit un Endlave et échappe au danger. Gai le force à se joindre au combat.

La bataille est terminée. Shu, qui a refusé de rejoindre les Croque-morts, pense retrouver une vie tranquille normale mais découvre qu'il doit protéger sa propre liberté.

Soupçonné de liens avec le terrorisme suite à la trahison de Yahiro, Shu est emprisonné. Shu se demande s'il doit croire Segai du GHQ. La prison est attaquée.

Shu s'évade de la prison du GHQ, puis s'entraîne dans la cachette de Gai alors qu'il porte un émetteur que Segai lui a donné en secret dans le but d'arrêter Gai.

L'attaque du satellite Leucocyte est violente. Tous les renforts des Croque-morts sont détruits et Gai est blessé, mais l'équipe se prépare à riposter.

Un accord entre Gai et Segai efface les informations sur l'incident du GHQ, et Shu reprend une vie normale. Ses camarades de classe l'accueillent à nouveau parmi eux.

Shu a des problèmes avec Souta Tamadate, mais les Croque-morts ont besoin de son Void pour leur mission. Il se rend à Oshima avec Souta pour accomplir sa quête.

Plus confiant après la mission des Croque-morts, Shu retrouve Yahiro en fuite avec son frère Jun. Il fait face à l'attaque de Segai seul.

Incapable de sauver Jun, Shu a peur d'utiliser des Voids en raison des erreurs dues à son propre ego. Alors que Tokyo subit une attaque, il lui faut prendre une décision.

Le virus se cristallise et se répand chez les ennemis et les alliés, semant le chaos à Tokyo. Keido prend les commandes du GHQ et rejette la faute sur les Croque-morts.

Yuu, le gardien du tombeau de Daath, se sert de la lame du Void sur Gai et emmène Inori. Shu les suit et tombe sur Keido sur le point de commencer un rituel inquiétant.

Mana a disparu. Gai est parti. Deux semaines se sont écoulées depuis le début de la catastrophe. Shu vit dans un refuge avec les autres survivants.

Keido annonce l'absence de tout survivant à Tokyo, complètement bouclée. Pour calmer la foule étudiante, Shu décide d'agir.

L'ordre est rétabli parmi les étudiants avec Shu comme nouveau président du conseil, mais des problèmes l'attendent. Une tragédie fait changer Shu de perspective.

Argo infiltre Tokyo, qui fait toujours l'objet de mesures de confinement, pour sauver Arisa. Que va-t-il trouver ? La vérité exposée bouleverse Shu.

Arisa découvre comment faire tomber Shu et sa tyrannie. Elle est forcée de garder le silence, mais des rumeurs continuent à se répandre. Shu fait appel au plan d'exode.

Shu est puni pour ses nombreux péchés. Soudain, Gai, passé pour mort, apparaît devant lui, changé, et plonge Shu dans les profondeurs du désespoir.

Après des difficultés, Inori pardonne enfin Shu. Shu affronte Gai seul, exposant tout, et son pouvoir miraculeux tisse un nouveau destin.

25 décembre 2039. Le monde tel qu'il existait n'est plus et un nouveau naît. La quatrième apocalypse est déclarée au monde entier, et Shu affronte son ennemi fatal.

Un combat commence avec pour issue le sort de l'humanité. Alors que d'immenses pouvoirs s'affrontent, Shu envahit le siège du GHQ où Gai l'attend, afin de sauver Inori.

Mana se prépare à déclencher la quatrième apocalypse afin de répandre le virus à travers le monde. L'épidémie sera-t-elle stoppée à temps ?