Pendant une mission expérimentale, le vaisseau du commandant John Crichton, un astronaute, est projeté à travers le temps et l'espace. John est catapulté dans un au beau milieu d'une bataille spatiale, où son vaisseau détruit celui d'un alien attaquant...

Alors que l'équipage de Moya tente de se cacher derrière un nuage d'astéroïdes pour échapper à une patrouille de Pacificateurs, des cafards géants envahissent le vaisseau. Ces cafards ont le pouvoir de reproduire d'autres formes de vie, et Moya se trouve rapidement énormément peuplée...

Moya arrive près d'un vaisseau qui est en danger. D'argo et Crichton sauvent les deux survivants, deux scientifiques ilanics, une race proche de celle des Luxans, et les ramènent à bord de Moya...

Rygel « emprunte » un cristal indispensable à Moya, et l'utilise afin d'impressionner les Tavleks dont le vrai business est le kidnapping de personnes très riches. Les autres sont pris par surprise lorsque Rygel est enlevé par les Tavleks. Ces derniers utilisent des drogues très puissantes pour empêcher qui que ce soit de les arrêter...

Alors que Moya approche d'une énorme épave, l'équipage reconnaît le Zelbinion, le célèbre vaisseau des Pacificateurs. Ka d'Argo et Aeryn se rendent à son bord pour l'explorer et y découvrent Gilina, une technicienne condamnée à rester à bord par le capitaine Crais...

Ka D'Argo est en colère contre Crichton. Afin de se calmer, il part sur une planète nommée Sykar. Quand l'équipage de Moya part à sa recherche, D'Argo complètement changé : content de revoir Crichton et intégré au peuple de la planète...

Son système endommagé, Moya doit se poser sur une planète inconnue. Engluée dans un lac, Crichton, Ka D'Argo et Aeryn vont explorer la planète à la recherche de ressources pour Moya. Bien que les habitants de cette planète ressemblent étrangement aux humains, Crichton se rend rapidement compte qu'ici, c'est lui l'alien...

Maldis, un sorcier démoniaque, joue un tour à Crichton et Crais et les force à engager un duel à mort. Afin de sauver Crichton, Zhaan se voit contrainte de réveiller le côté sombre qui est en elle...

Le généticien Nam Tar offre à l'équipage de Moya des cartes pour localiser leurs planètes d'origine, en échange d'un membre de Pilote. D'Argo, Zhaan et Rygel n'hésitent pas à mutiler leur compagnon, mais ils se rendent rapidement compte qu'ils ne peuvent extraire qu'une seule carte des données de Nam Tar...

Lors d'un examen de maintenance sur Moya, D'Argo tombe par inadvertance dans un tunnel et provoque une explosion. Après son sauvetage, il s'aperçoit que sa mémoire lui revient, et que la vérité sur son passé refait surface...

Embarqués à bord du module de Crichton ce dernier, accompagné d'Aeryn, doit se poser sur une planète pour effectuer des réparations. Mais des chasseurs de prime s'y trouvent aussi, à la recherche de l'équipage de Moya...

Crichton et Aeryn sont pris dans un champ magnétique appelé « Flax » contrôlé en réalité par des pirates Zenetans. Un étranger dénommé Staanz vient à leur secours...

Une secte Delvienne tend un piège au Moya et attire l'équipage sur sa planète. Les adeptes espèrent ainsi, grâce aux pouvoirs de Zhaan, sauver Tahleen, la leader de leur groupe, avant que la folie ne l'emporte...

Crichton est abandonné accidentellement sur la planète Acquara, un petit paradis similaire à la Terre où cohabitent les membres d'une tribu pacifique. Les mois s'écoulent paisiblement jusqu'à ce que Crichton devienne le rival de Rokon, pour l'amour d'une femme...

Un vaisseau pacificateur demande l'autorisation d'atterrir sur Moya pour réparer un problème technique. Parmi l'équipage Rygel reconnaît son ancien tortionnaire : Durka, celui-ci semble complètement inoffensif mais Rygel reste sur ses gardes...

Moya s'arrête devant un vortex à travers lequel on peut apercevoir la Terre. Pilote prévient John qu'il se désagrège rapidement et que la seule chance de retrouver son monde est de partir immédiatement...

Moya interprète mal une conversation de l'équipage et décide de passer à la vitesse supérieure malgré sa faiblesse. Un incident survient, provoquant la disparition de Rygel, d'Argo et Aeryn...

Un vaisseau de Pacificateurs est contraint de se poser à bord du Moya. Ils sont en mission et doivent transporter un mystérieux caisson. Rygel et Chiana décident de découvrir son contenu...

Aeryn est blessée et si elle ne se fait pas greffer un nerf elle risque de mourir. John décide d'aller sur la base secrète des pacificateurs pour trouver un donneur...

Crichton est toujours retenu prisonnier par des Pacificateurs. Aeryn, tout juste remise de son opération, décide d'aller le sauver. D'Argo et Zhaan se joignent à elle...

Afin d'éviter d'être détectée par le vaisseau de Crais, Moya a coupé ses moteurs au beau milieu d'un champs d'astéroïdes, ce qui l'empêche de naviguer. Un message de détresse lui parvient, et toute l'équipe risque sa vie pour sauver une jeune fille mnacée par une créature effrayante...

Alors que l'équipe met au point un plan pour distraire Scorpius, toujours à la poursuite de Crichton, Rygel et le capitaine Crais révèlent une autre facette de leur personnalité...

L'équipage de Moya a échappé de justesse à la mort grâce à Crais, mais se retrouve perdu dans un champ d'astéroïdes...

Ayant entendu des histoires sur un autre Luxan, D'Argo pousse ses équipiers à le rechercher. Cette quête se termine lorsqu'ils trouvent Nilaam, une Luxane, sur le point de mourir...

Chiana est effondrée lorsqu'elle apprend le décès d'un de ses proches. Elle se réfugie sur une «planète-cimetière» où elle rejoint un groupe de jeunes aliens anti-conformistes...

L'équipage revient d'une planète commerciale avec un chargement de crackers et accompagné d'un alien nommé de Traltixx. Celui-ci leur promet de modifier Moya afin qu'ils ne se fassent plus repérer par Scorpius. Mais Crichton ne lui fait pas confiance...

Une cassette vidéo compromet Aeyrn. L'officier Sun est directement impliquée dans le meurtre de l'ancien pilote de Moya...

L'équipage est effrayé lorsque Chiana revient à bord du vaisseau et dresse un tableau de l'avenir. Un par un, les membres de l'équipage semblent mourir dans des circonstances plutôt étranges...

Les vivres commencent à manquer, ce qui a des effets inquiétants sur Zhaan. Chiana décide d'amener Moya près d'une «entreprise minière» située dans l'espace sur le squelette d'une énorme créature morte qu'elle a jadis fui..

Zhaan et Crichton se retrouvent coincés dans leur vaisseau qui est tombé en panne. Ils attendent que Moya vienne les chercher. Zhaan fait des cauchemars : elle se rappelle l'époque où Aeryn, Crichton et D'Argo avaient disparus et où elle pensait qu'ils étaient tous morts...

Un vaisseau endommagé menace d'attaquer Moya. Les deux aliens qui se trouvent à bord affirment avoir été attaqués par Talon. Ils font feu sur Moya, et bien qu'une bonne partie de l'énergie soit déviée, le vaisseau est touché. Tous les passagers se retrouvent dans le corps d'un autre...

Un envahisseur extraterrestre capture Crichton dans une sphère verte et trois Crichton différents sont créés : le Crichton homme des cavernes, le Crichton actuel et le Crichton du futur, qui a l'apparence d'un lézard. La sphère, qui attire Moya dans un vide transdimensionnel, veut emporter un des Crichton avec elle...

Moya découvre une colonie perdue. Un couronnement a lieu et l'équipage, excepté Zhaan, descend sur la planète pour y assister. Avant d'accéder au trône, la princesse doit trouver quelqu'un avec un ADN compatible, qui deviendra son mari... Crichton est le seul à avoir un ADN identique à celui de la princesse...

La fiancée du Prince, qui est en réalité un agent secret, sauve la vie de Crichton. Ce dernier se retrouve face à un choix difficile : épouser la princesse et être transformé en statue pour les quatre vingt prochaines années ou redevenir le prisonnier de Scorpius...

La tête de la statue de Crichton a disparu. Zhaan découvre que la mort de Moya n'était en fait qu'un test pour savoir si elle était vraiment apte à la piloter. Aeryn fait de l'escalade avec Dregon. Mais les choses tournent mal lorsque celui-ci panique et entraîne Aeryn dans sa chute...

L'équipage vient de se procurer de la nourriture, mais le bruit court qu'elle pourrait contenir un parasite. Afin d'écarter tout danger, Chiana achète un petit alien tueur de parasites. Crichton a des hallucinations sur Scorpius. D'Argo est attaqué par une étrange créature...

Crichton se réveille dans un hôpital, sur la Terre. Ses amis et sa famille lui disent que toute l'aventure qu'il a vécue n'était qu'un rêve. Mais il commence à avoir des doutes en voyant ses amis arriver dans des rôles inhabituels. Il est alors persuadé qu'il est victime d'un piège tendu par Scorpius...

L'équipage traverse une brume stellaire. Aeryn décide d'aller étudier le phénomène de plus près. De retour sur le vaisseau, elle est devenue une vieille femme. Elle parle à ses amis de la vie qu'elle a vécue et des enfants qu'elle a eus. Crichton retourne avec elle sur la planète et subit la même transformation. Ils ne peuvent plus repartir sur Moya qui se trouve coincée dans une région ou le temps s'écoule lentement...

Crais demande à l'équipage de Moya de l'aider à diminuer la puissance du canon de Talyn. Dans la minute qui suit, Talyn détruit un vaisseau de commerce. Alors qu'un second vaisseau approche, Crais et Talyn s'enfuient. L'équipage de Moya est arrêté et apprennent qu'ils vont tous être jugés pour l'accident...

L'équipage est capturé par des agents Nebari qui veulent emmener Chiana avec eux. Toutes les personnes à bord subissent un lavage de cerveau, et les Nebaris informent Chiana que son frère est toujours en vie. Ils cherchent en réalité à obtenir des informations sur lui car il est devenu le chef d'un groupe de résistants...

Par miracle, Stark est retrouvé vivant. D'Argo veut sauver son fils et Stark lui apprend qu'il doit être vendu aux enchères comme esclave. D'Argo s'y rend seul et se fait arrêté. L'équipage se rend sur la planète pour le libérer, et Rygel en profite pour voler des lingots qui appartiennent à Scorpius...

Les membres de l'équipage arrivent trop tard : Scorpius a survécu et a acheté le fils de D'Argo, et il est prêt à l'échanger contre Crichton. Moya est attaquée par d'énormes araignées, et le seul moyen de s'en débarrasser est de les brûler, mais Moya risque d'être sérieusement endommagée...

Pour sauver Jothee, Crichton décide de se livrer à Scorpius. Alors que l'équipage et les mercenaires mettent au point un plan pour le libérer, Crais et Talyn arrivent à la rescousse...

L'équipage emmène Crichton chez un chirurgien, mais son état empire. Il parvient à s'enfuir et Aeryn essaie de le rattraper, jusqu'à ce que son vaisseau soit touché et s'écrase...

L'équipage de Moya est encore très affecté par le décès de Aeryn. Crichton est toujours retenu prisonnier dans le laboratoire. Bien que l'implant ait été retiré de son cerveau, la conscience du clone de Scorpius domine tout de même celle de Crichton dont le seul moyen de s'en débarrasser est de mourir... Zhaan souhaite ramener Aeryn à la vie, mais le sacrifice à faire pour y arriver n'est pas des moindres...

L'équipage de Moya se rend sur une station commerciale où s'abat une violente tempête. Il s'agit de l'oeuvre de fanatiques religieux pour qui le commerce est une offense. Moya se retrouve prise au piège par des cables d'amarrage. D'Argo, qui comptait épouser Chiana, découvre qu'elle a une liaison avec Jothee. Déprimé, il prend la mission consistant à libérer Moya comme prétexte pour mettre fin à ses jours. La santé de Zhaan s'aggrave...

Moya entre en collision avec un autre vaisseau, ce qui cause de nombreux troubles à son système qui meurt peu à peu. Pour séparer les deux vaisseaux, il faut en détruire un. Les deux équipages vont avoir du mal à se mettre d'accord...

Moya et Pilot sont condamnées jusqu'à ce qu'on découvre que les dysfonctionnements de Moya ne sont pas dus à la collision avec l'autre vaisseau, mais à un pur sabotage ! L'équipe met tout en oeuvre pour la sauver...

L'équipage du Moya se rend sur les ruines d'un monastère et y trouve un mémorial en l'honneur de courageux Pacificateurs. Ils se retrouvent subitement dans le passé, au milieu de la bataille qu'ont mené les Pacificateurs, et vont changer le cours de l'Histoire pour l'améliorer...

Crichton, d'Argo et Chiana se retrouvent sur un Léviathan qui constituait une ancienne prison pour criminels aliénés. L'un d'eux, Kaarvok, qui a pris possession du vaisseau, s'adonne à de drôles d'expériences. Ils dupliquent d'Argo, puis Chiana. Crichton parvient à venir à bout de Kaarvok. Cependant, deux John sont de retour sur Moya...

L'équipage constate que leur réputation ne leur est pas d'un grand secours lorsqu'il leur faut négocier des médicaments au milieu de l'intrigue politique locale. Mais l'identité duelle de John s'avère utile...

Tandis que Rygel et Stark sont partis en mission, Talyn est avalé par une énorme créature de l'espace, surnommé le Budong. Il est pris au piège dans son oesophage et Crais décide de le rejoindre et de l'aider à sortir par le système digestif. Mais Stark les informe que l'estomac du monstre est un véritable brasier...

Lorsque Moya traverse un nuage électromagnétique, Crichton commence à souffrir d'étranges pertes de mémoire et d'hémorragies. Le reste de l'équipage pense que les symptômes de John sont la conséquence d'une grande fatigue...

Tandis que Talyn est en pleine guérison sur une planète inhabitée, un vaisseau de Pacificateurs arrive pour tenter de capturer Talyn et le rebelle Crais. Ce vaisseau agit sur les ordres de Xhalax, la mère d'Aeryn, que cette dernière n'a pas revu depuis son enfance...

Les chercheurs de Scorpius n'ont pas réussi à concrétiser les voyages dans les trous de ver. Les pilotes-testeurs ont connu des morts horribles. Pourtant un de ces chercheurs, Linfer, insiste pour piloter lors du prochain test, convaincue d'avoir la solution. Sceptique, Scorpius accepte...

Talyn se sent soudainement irrésistiblement attiré vers le soleil qui émet d'étranges radiations. Crais, Aeryn et Crichton se précipitent à son secours. Finalement Talyn tente de résister à l'attraction et se met en orbite autour de l'étoile...

Fatigué de supporter les querelles incessantes de Crichton et D'Argo, Pilot les chasse de Moya pour dix jours et les envoie sur une planète de loisirs appelée LoMo. Leur première soirée sur cette planète est plutôt arrosée, si bien qu'ils se réveillent dépouillés de leurs vêtements et de leur argent...

Talyn a une apparition d'un des Ancients, ayant pris la forme du père de Crichton, Jack. Ce dernier accuse Crichton d'avoir partagé la science de stabilisation des trous de ver avec les Charrids, considérés comme des individus vicieux et surtout alliés des Scarrans...

Le clone de Scorpius semble avoir pris le dessus dans l'esprit de Crichton. Aeryn est prête à tirer et à tuer Crichton, complètement possédé. Mais Jack, réalisant que le clone est sur le point de mourir, détourne le bras d'Aeryn à la dernière seconde, sauvant leur ami et sonnant le glas de l'ennemi...

D'Argo est furieux de découvrir que Chrichton s'est introduit sans sa permission à l'intérieur de son nouveau vaisseau et l'accuse d'y avoir causé un disfonctionnement. Ce dernier nie mais D'Argo ne le croit pas et le pousse violemment. Chrichton se cogne la tête et tombe dans le coma...

Attristée par la mort de Chrichton, Aeryn se rend sur une planète mystérieuse, où elle espère pouvoir entrer en contact avec lui, en vain. Mais dans sa chambre d'hôtel, elle a une apparition. Il s'agit d'un homme, Talyn Lyczac, affirmant être son père qu'elle croyait pourtant mort depuis des années...

Moya a détecté un vaisseau de transport avec qui elle a rendez-vous. Il semblerait que ce soit l'équipage de Talyn. Anxieux, Crichton, D'Argo, Chiana, and Jool attendent dans le hangar pour accueillir les voyageurs. Ils sont surpris de découvrir un Scarran, un Nebari et une Hynerian, accompagnés d'un technicien Pacificateur inconscient. Ces derniers leur demandent de l'aide...

Rygel et D'Argo dînent avec Scorpius sur une planète déserte afin de négocier leur liberté. Ils exigent l'immunité de Moya, de Talyn et du reste de l'équipage. En échange, Chrichton aidera Scorpius dans sa recherche sur les trous de ver...

En déclarant qu'il a choisit de faire équipe avec les Pacificateurs pour lutter contre les Scarrans, Chrichton tente de faire croire à Scorpius qu'il est à bord de son vaisseau pour lui enseigner la technologie des trous de ver. Ainsi Rygel et D'Argo obtiennent ce qu'ils avaient demandé, à savoir l'immunité diplomatique...

Ne parvenant pas à empêcher les recherches de Scorpius sur les Vortex, Crichton s'aperçoit qu'il ne lui reste plus qu'une seule option pour se débarrasser de cette technologie : détruire le vaisseau amiral. Reste à savoir comment y parvenir tout en épargnant le plus grand nombre des 50 000 personnes à bord...

Alors que tout l'équipage regrette la disparition de Talyn et tente de l'inhumer, John est hanté par des visions de ce que pourrait être sa vie s'il retournait sur Terre accompagnée d'Aeryn. Mais, grâce à l'aide d'une rescapée du vaisseau amiral, Crichton se rend compte qu'il devra choisir entre la Terre et Aeryn...

Lors d'une mission expérimentale dans l'espace, l'astronaute John Crichton est projeté dans l'univers et se retrouve au cœur d'un conflit intergalactique. Pris au piège au milieu de savants fous, d'auto-stoppeurs étranges et de créatures effrayantes, Crichton espère retrouver la trace de Moya...

Alors que Jool et D'Argo sont réunis sur un site archéologique dirigé par le peuple de Jool, la "Vieille Femme" pourrait bien sacrifier John pour les protéger, à moins que le Commandant Grayza ne le capture avant...

Jool et D'Argo prévoient de faire écraser Elack, pour sauver la vie des membres du gang. Malheureusement, le plan ne fonctionne pas comme prévu et ils sont contraints de partir à la recherche de la sonde qui sauvera la planète...

Après un atterrissage forcé, un piège élaboré divise l'équipage. Crichton, D'Argo et Noranti se retrouvent dans une caverne pleine de lave, tandis qu'à l'extérieur, Chiana et Sikozu tentent de réactiver le vaisseau. Mais bientôt, des mercenaires invincibles débarquent pour le chasser...

L'équipage est enfin au complet mais on demande encore à Moya d'accorder l'asile à Scorpius, aux petits soins d'Aeryn, souffrant de fièvre délirante. Les débats sont soudainement clos avec l'arrivée d'un vaisseau et de Ullom, son capitaine...

L'équipage doit faire face à plusieurs problèmes simultanément : il doit élire un nouveau capitaine alors qu'une plante géante de l'espace vient de capturer le vaisseau. La seule solution pour repousser la plante est de faire appel à Scorpius ...

Tandis que Chiana et Crichton sont entraînés dans un monde de jeux virtuels où la seule échappatoire est de combattre d'anciens amis, Scorpius parvient à s'échapper de Moya, avec l'équipage à ses ordres...

Tandis que Moya est détourné par des chasseurs de primes et ses collègues pris en otage, John rampe dans les trachées du vaisseau pour leur porter secours. Il reçoit l'aide inattendue d'un ancien ennemi en cavale : Scorpius...

En s'aventurant dans Tormented Space, l'équipe de Moya ne met pas longtemps à se mettre les autochtones à dos. Le conflit empire lorsque Aeryn, victime d'hallucinations, tue leur chef. Pour Crichton, la planète souffre des machinations politiques de ses dirigeants...

Lors d'un arrêt technique, l'équipe décide de goûter à la cuisine locale. Mais rapidement, ils souffrent de problèmes physiques et réalisent qu'ils ont été empoisonnés. Pour obtenir l'antidote, ils vont devoir, eux aussi, donner en retour...

Une activité coutumière tourne au cauchemar pour Crichton : dans les limbes d'un trou de vers, il rencontre un être d'une autre dimension. Ce dernier est sur le point de découvrir les raisons pour lesquelles Crichton s'est vu confier cette mission particulière...

D'Argo et l'équipe parviennent à sauver John, mais il est déjà tombé dans le couloir du temps. Arrivé en 1985, l'équipage profite des célébrations d'Halloween pour rester dans l'anonymat. Mais Crichton s'efforce d'inverser le cours du temps...

L'équipage est de retour sur Moya, où l'attendent Jack et un contingent de dignitaires terriens. Ils sont alors présentés à la population mais très vite, la vie publique les repousse. Pendant ce temps, Grayza envoie un monstre, que rien ne semble pouvoir arrêter, à la poursuite de Crichton...

Chiana fait l'acquisition de Talikaa, une esclave abusée, lors du passage d'un navire de commerce. Mais lorsque le comportement de l'équipage devient étrange et que Talikaa disparaît, il s'avère évident que l'esclave est bien moins innocente qu'elle n'y paraît...

Scorpius fait venir Crichton, D'Argo et Rygel dans un camp d'entraînement où les étudiants apprennent la discipline intellectuelle. Mais D'Argo retrouve Macton, assassin de Lo'Lann, sa femme, et grand manipulateur. Tout le passé, avec les douleurs, refait surface...

En cours de route, Aeryn et Sikozu sont témoins de l'arrivée d'une équipe envoyée par Grayza. Au cours de leurs observations, elles découvrent que Grayza obtient une rencontre avec des émissaires Scarrans. Consciente du danger que cela implique, Aeryn décide d'éliminer Grayza...

Sikozu confirme à John que la base secrète des Scarrans est à Katratzi et que Aeryn y est détenue. Bien que les bases de données de Moya n'aient aucune référence sur ce lieu, John reste persuadé d'avoir déjà entendu ce nom...

Dans le but de découvrir si elle porte l'enfant de Crichton, Jenek, le capitaine du navire des Scarrans, garde Aeryn prisonnière. Crichton et Scorpius partent alors à son secours à travers un trou de vers, et arrivent dans des lieux fortement proches de Moya...

Afin de maintenir à quai le navire dans lequel Aeryn est retenue en quarantaine, Noranti confie à Rygel, les germes d'une maladie mortelle et contagieuse. L'équipage peut alors élaborer un plan de secours mais c'est sans compter sur la nature impitoyable de Jenek...

L'équipage voyage jusqu'à Katratzi mais une fois sur place, Scorpius est victime de tortures : les Scarrans tentent de lui extorquer des informations sur le trou de vers. Afin de créer une diversion, l'équipage prévoit un affrontement entre les deux factions habitant la base...

Après avoir déjouer les plans de fuite de Crichton, Scorpius doit prouver qu'il n'est pas un espion. Pour cela, il propose de détruire la caverne remplie de l'élément indispensable à la vie des Scarrans, prétextant ainsi une sortie de secours assurée...

De retour à Moya, John apprend que les Scarrans prévoient d'envahir la Terre. Aussi décide-t-il de boucher la voie d'accès à cette planète...