Après une mission de sauvetage, Sousuke Sagara, un mercenaire de l'inorganisation Mithril (organisation qui lutte contre le terrorisme) est investit d'une nouvelle mission consistant à protéger une jeune citoyenne japonaise du nom de Chidori Kaname. Pour assurer cette mission, il est assisté par deux autres mercenaires du nom de Mélissa Mao et Kurz Weber. Sousuke est transféré en tant que lycéen dans la même classe que Chidori afin de la protégée . Cependant, il n'est pas facile de protéger quelqu'un sans se faire remarquer et Sousuke à quelques difficultés à s'adapter a ce milieu paisible. Très vite, il se fait remarquer par tous le monde en passant pour un fana de guerre bizarre en provoquant plusieurs accidents......

Plus les jours passent et plus Sosuke a des difficultés pour assurer sa mission de protection en se faisant remarquer par Chidori et se faisant confisquer à chaque fois son arme. l'ennemi ne s'est toujours pas montré mais Sousuke à déjà fait pas mal de dégâts et pourtant cet ennemi complote avec un général de l'armé russe en secret afin de capturer Chidori. Après avoir sauvé Chidori, impliquée dans un accident de la route, Sousuke arrive à établir un premier « contact social » entre eux ....

Pendant que Mithril traque toujours les individus étant à la poursuite de Chidori notamment en détruisant une de leur base, Sousuke poursuit sa mission en apprenant à recycler les détritus en vu du voyage d'école qu'ils vont faire. Afin qu'il se repose un peu, Mélissa et Kurz prennent la relève mais au moment où ils pensent que tous danger est écarté, un individu escalade la façade de l'immeuble ou Chidori réside. Cet individu n'est autre que Shinji Kazama, camarade de classe de Chidori, qui est venu dérober ses sous-vêtements afin de récupérer ses négatifs que ses amis lui on pris. Surpris lorsqu'il découvre la vérité, Sosuke ne trouve rien de mieux que de discuter avec Shinji sur le balcon de Chidori. Lorsqu'elle découvre les deux compères son sur son balcon, petite culotte dans la main, Chidori ne peux que s'énerver et jeter comme il se doit ces deux vicieux. Alors que le voyage scolaire commence, une tension se fait ressentir entre les deux personnages à cause de cet événement.

L'avion viens de décoller de l'aéroport emmenant la classe vers son lieu de destination mais celui-ci est détourné par des terroristes dont le chef se nomme Gauron. C'est en atterrissant sur une base militaire d'un autre pays qu'ils découvrent qu'ils sont pris en otage. A ce moment, Sosuke, isolé face à l'ennemi, ne peux qu'attendre le meilleur moment pour agir et ainsi sauver tous les occupants de l'avion. En même temps, Chidori est emmenée afin de subir des expériences qui déterminerons si elle est oui ou non une « Whispered ». Sosuke parvient à s'échapper de l'avion afin de secourir Chidori tandis que Mithril échafaude un plan de sauvetage....

Sosuke vient à la rescousse de Kaname, et le reste de l'équipe de secours arrive également sur les lieux, mais peuvent-ils retenir l'armée et sauver les étudiants ? Est-ce que Sosuke peut mettre Kaname en sécurité ?

Alors que l'équipe de secours est partie, Sousuke, Kaname et Kurz essaient de trouver un moyen de se remettre en sécurité.

Sagara et Kaname échappent à peine à l'ennemi. Maintenant en fuite, ils essaient de trouver une issue. Au fond de la forêt, Sagara ne peut plus bouger avec ses blessures, alors Kaname décide de s'arrêter et de se reposer un peu.

Sosuke décide soudainement de devenir le petit ami de Mizuki ! Les fans de Mizuki sont en colère contre Sagara - mais c'est la réaction de Kaname dont il devrait s'inquiéter.

Lorsque Tessa se précipite vers une base des FDS après avoir appris qu'un membre de l'A21 a été capturé, elle est choquée de trouver Takuma Kugayama. Seina, aux commandes d'un RK-92, a une surprise encore plus grande qui l'attend.

Kaname est de mauvaise humeur après avoir vu Tessa sortir du bain. Malheureusement, alors même que Sousuke Sagara essaie d'expliquer que les choses ne sont pas ce qu'elles semblent être, Tessa trouve un moyen d'aggraver la situation.

Kaname et Tessa sont emmenés ! Le gang suit le signal transmis par le bracelet de Kaname pour les retrouver, mais une fois arrivés à destination, ils sont encerclés par les autorités.

Le géant AS - Behemoth - est en mouvement, écrasant le M9 de Mao en quelques secondes seulement ! Lorsque Kurz tente d'engager la monstruosité, la situation semble mauvaise - jusqu'à ce qu'un croisé apparaisse dans le ciel !

Tessa et Mao décident que la meilleure façon de régler une grosse dispute est avec une bataille AS ! Alors que Mao est calme et posé, Tessa cherche désespérément une formation auprès de Sousuke.

Kaname, Sousuke et le gang profitent des vacances d'été pour visiter le festival militaire de Narushino, et lors de la compétition AS annuelle, Sousuke aide à donner un avantage à l'opprimé.

Après avoir appris que Gauron est toujours en vie, Sousuke reçoit l'ordre de rejoindre l'équipe d'assassinat de Gauron. Alors qu'il se prépare pour la mission, il n'a aucune idée de l'effet que ses actions auront sur Tessa et Kaname.

L'équipe d'assaut Mithril commence enfin à prendre en compte les conseils de Sousuke, mais il est peut-être trop tard : Gauron demande à l'un des anciens camarades de Sousuke de prédire ce que Sosuke va faire.

Zaied déjoue l'équipe de Sousuke et interdit leur avance ! L'équipe de Zaied entoure l'équipe de Sousuke qui porte une ogive nucléaire. Zaied se déplace en premier. Alors que Sousuke se bat contre Zaied, Gray et l'équipe sont consternés par la puissance de Gauron.

Sousuke dépense la majeure partie du budget pour le festival de l'école. Kaname est tellement déçu. C'était peut-être ses excuses ? Il l'invite à "aller sur une île du sud", mais la destination n'est pas celle qu'elle pense...

Flashbacks du temps de Kurz et Sousuke en tant que stagiaires.

Le De Danaan se dirige vers l'île de Melida lorsqu'il reçoit un contact d'urgence. Les troupes de Gauron sont apparues sur l'île de Beridaobu ! Cette île est la base d'armes chimiques de l'armée américaine.

Gauron parvient à s'échapper grâce à la trahison de deux soldats. Gauron prend Kaname en otage et reprend Dana, l'IA du De Danaan.

Des problèmes se préparent sur les Tuatha de Danaan. Gauron a pris le contrôle de Dana et a isolé l'équipage dans la moitié arrière du navire. Tessa et Kaname sont retenus prisonniers sur le pont, impuissants à arrêter Gauron.

Kurz et Sousuke, libres de parcourir le navire presque vide, se battent pour libérer l'équipage confiné. Pendant ce temps, Gauron se désespère.

Kaname maintient le navire ensemble pendant que Gauron et Sousuke s'affrontent. Le problème est que Gauron sait qu'il est battu d'une manière ou d'une autre. Il prévoit d'emmener tout le monde avec lui.

Une admiratrice secrete laisse une lettre d'amour dans le casier à chaussures de Sousuke. Au lieu de trouver la lettre, il en déduit que son casier a été trafiqué et le fait rapidement exploser. À partir de ses fragments, Sousuke interprète à tort la lettre comme une menace de mort et confronte son « harceleur ».

Au cours d'une journée à la plage, Kaname est contrarié par l'insensibilité de Sousuke. Quand elle part seule, on lui demande de prendre le thé avec un garçon qui est amoureux d'elle. Sousuke, cependant, croit qu'elle a été kidnappée et procède à son sauvetage.

Lors d'une excursion, la classe choisit Sousuke comme modèle pour leur projet artistique. Cependant, Sousuke interprète mal les conseils de modélisation qu'il reçoit de son professeur d’art, transformant le devoir avec ses camarades de classe en un jeu de vie ou de mort. Kaname va à un rendez-vous avec un ancien camarade de classe dans un parc d'attractions tandis que Sousuke et Kyoko la suivent. Sousuke semble soulagée qu'elle ait simplement un rendez-vous jusqu'à ce qu'un groupe de yakuzas ivres menace Kaname. Ne voulant pas révéler qu'il la suivait, Sousuke vient à la rescousse déguisé en mascotte du parc d'attractions.

Sousuke et Kaname demandent au club de karaté de l'école de quitter leur dojo, qui doit être démoli. Cependant, le club refuse de partir, défiant Sousuke dans un duel où ils partiront s'ils perdent. Sousuke bat les membres du club avec une relative facilité jusqu'à ce qu'il affronte le capitaine du club. Comme test de supériorité, Sousuke et le capitaine du club de karaté s'affrontent pour soigner le concierge de l'école blessé ; Cependant, leurs efforts trop zélés font plus de mal que de bien. Le concierge essaie d'être patient, mais finit par devenir fou furieux quand ils lui servent accidentellement son précieux animal de compagnie pour le dîner.

Sousuke et Kaname enquêtent sur des incidents bizarres où un prédateur masqué attaque des écolières et leur fait des queues de cheval. Avec l'aide d'une policière locale, ils ont mis en place un piège pour attraper l'attaquant en utilisant Kaname comme appât. Pour enseigner à un Sousuke stoïque le sens de la peur, Kaname l'emmène dans un hôpital hanté, mais elle devient plus effrayée que Sousuke. Ils apprennent que la rumeur de l'hôpital hanté a été perpétuée par la mère et le fils qui y vivaient et qui voulaient la paix et la tranquillité.

Pour empêcher l'école de dissoudre l'équipe de rugby, Sousuke et Kaname les aident à s'entraîner pour un match contre une école rivale. En découvrant que les joueurs sont timides et passifs, Sousuke les soumet à un entraînement de base exténuant pour les endurcir, ce qui les aide à gagner le match.

Pendant une accalmie à la base militaire après les événements des derniers épisodes de la première saison, Tessa décide de passer du temps en tant qu'étudiante étrangère au lycée de Kaname et Sousuke pour en apprendre davantage sur la vie scolaire.

Sousuke, Kaname, Tessa, Kurz, Melissa et leurs amis se rendent dans un onsen (sources chaudes) pour se reposer et se détendre avant que Tessa ne retourne à la base militaire. Sousuke met en place un périmètre défensif et des pièges autour du bain des filles, déjouant les tentatives des autres garçons de jeter un coup d'œil.

Sousuke et Kaname découvrent que Ren Mikihara est une fille yakuza dont les membres demandent leur aide pour faire face à un gang rival. Sousuke, déguisé en mascotte, entraîne les membres yakuzas. Lorsque le gang rival kidnappe Kaname et Ren, Sousuke et ses recrues les sauvent déguisés en mascotte.

Un manque d'espace pour tous les clubs des élèves incite à revoir les salles attribuées à chaque club. Parce qu'ils n'ont que deux membres, le club de sciences sociales accepte de céder leur chambre par le biais d'un concours pour voir quel club peut recruter le plus de membres du sexe opposé.

Un camarade de classe ouvre accidentellement un conteneur de Sousuke qui contenait un virus, provoquant ainsi une quarantaine de la classe. Sousuke apprend plus tard que le contenu n'était pas pathogène mais détruit les vêtements synthétiques à la place. Soulagé qu'il n'y ait pas d'épidémie, il craint maintenant les répercussions de ses camarades de classe en colère.

Mithril et le SRT sauvent des réfugiés pris dans une guerre civile dans le pays africain de Balic. Cependant, au cours des combats, ils découvrent que l'ennemi possède des armes avancées rivalisant avec les leurs. Ils supposent qu'une organisation bien financée et bien équipée peut fournir leurs ennemis.

Sousuke et Kazama enquêtent sur qui publie des photos embarrassantes et révélatrices de Kaname sur Internet. Pendant ce temps, les agents d'Amalgam dirigés par Gates extraient le paiement de la force militaire balique qui a attaqué Mithril et tentent de reconstituer ce qui s'est passé pendant la bataille.

À Nanjing, Amalgam kidnappe des délégations de paix du nord et du sud de la Chine et se fortifie dans un tunnel souterrain sous le fleuve Yangtze. Mithril tente un sauvetage dans les limites dangereuses du tunnel, mais tombe dans le piège d'Amalgame.

Mithril est perplexe quant à la capacité de l'ennemi à suivre ses mouvements. Une fois qu'ils se rendent compte que leurs communications ont été compromises, Tessa et le commandant Andrei Kalinin donnent de faux ordres pour faciliter le sauvetage et renverser la situation sur Amalgam.

Le SRT se rend en Sicile pour capturer le traître de l'opération Nanjing. Sousuke a des difficultés à concilier travail et école lorsqu'il essaie d'avoir une conversation téléphonique avec Kaname et de conduire un véhicule d'évasion en même temps. Un mystérieux AS apparaît également pour aider l'équipe à s'enfuir. Voyant le stress de ses tâches quotidiennes, Mao décide d'interroger Sousuke sur ses propres plans pour l'avenir.

Mithril tente d'en savoir plus sur la mystérieuse organisation Amalgam. La relation entre Sosuke et Kaname commence à s'épanouir; cependant, la direction de Mithril lui interdit de la voir après que ses fonctions de garde du corps aient été attribuées à un autre agent.

Sousuke se dispute avec son remplaçant, l'agent Wraith, au sujet de la mission de protection de Kaname. Kaname se demande pourquoi Sousuke n'a pas suivi de cours depuis des jours et commence à s'inquiéter. Lorsqu'elle a besoin de le voir après une rencontre fortuite avec l'agent d'Amalgam Xia Yu Lan, elle trouve son appartement vacant et il a disparu.

près le retour de Sousuke sur l'île de Mérida, Tessa le réprimande pour s'être impliqué émotionnellement avec Kaname et avoir négligé ses autres fonctions. Le Lt Belfangan Clouseau, le pilote de l'AS vu dans l'opération Sicile, est transféré au SRT en tant que nouveau commandant. Après avoir affronté Kurz au bar pour avoir offensé la mémoire des camarades morts du SRT, Clouseau organise un duel AS pour aider Sousuke à faire fonctionner correctement l'Arbalest.

Kaname confronte l'agent Wraith au sujet du départ de Sousuke, mais alors qu'elle est sur le point d'obtenir des réponses, Xia Yu Lan tend une embuscade aux deux. Kaname déjoue son poursuivant jusqu'à ce que Leonard Testarossa, un autre agent d'Amalgam qui est également le frère de Tessa, se présente et tue Xia Yu Lan. Il révèle que l'assassin était un agent voyou agissant en dehors des intérêts d'Amalgame.

La sœur jumelle de Xia Yu Lan, Yu Fan, détourne un Venom AS pour devenir un agent provocateur entre les unités de l'armée chinoise du nord et du sud à Hong Kong. Sousuke et Melissa sont déployés par Gavin Hunter dans la région dans une équipe de personnel SRT / PRT d'origine est-asiatique pour trouver l'AS, mais ses sentiments pour Kaname mettent presque la force de reconnaissance Mithril en danger. Après qu'un sermon difficile de Melissa touche une corde sensible, Sousuke abandonne l'équipe.

Sousuke continue d'errer à Hong Kong et rencontre une prostituée qui ressemble beaucoup à Kaname. Tessa est "forcée" par l'amiral Jérôme Borda de déployer Clouseau, Melissa et Kurz sur l'île après la confirmation des observations du Venom AS.

Xia Yu Fan conduit Sousuke à Gauron alors qu'elle s'enfuit pour combattre Clouseau, Melissa et Kurz à Hong Kong alors que le nord et le sud de la Chine sont au bord des hostilités.

Toujours démoralisé par les affirmations de Gauron d'avoir tué Kaname, Sousuke reste inerte jusqu'à ce que Kaname apparaisse enfin pour le remettre sur pied. Inspiré par sa présence, Sousuke pilote à nouveau l'Arbalest pour détruire Gates et ses hommes.

Il s'agit d'une adaptation faisant suite aux animes déjà existants (il adapte donc la partie Sigma). L'histoire de Full Metal Panic! se centre sur Sôsuke Sagara, soldat d'élite de 17 ans, chargé de protéger Chidori Kaname, dont les pouvoirs sont convoités par une organisation criminelle.

À Tokyo, Sousuke et Kaname fuient les agents ennemis dans une tentative désespérée de rendez-vous avec leurs alliés. Sur l'île de Mérida, Mithril lutte pour répondre à un assaut féroce et démoralisant des forces d'Amalgam.

L'équipe SRT est plus que occupée à essayer de protéger l'île de Mérida de trois Behemoths déchaînés. Sousuke et Kaname tentent de gérer leur propre situation effrénée, alors que Kurama d'Amalgam entraîne les élèves du lycée Jindai dans la mêlée.

Sousuke et Kaname travaillent ensemble pour sauver Kyoko et tout le monde à Jindai High, et ils atteignent tous les deux un point où ils doivent prendre des décisions difficiles et fatidiques. Tessa essaie également de sauver autant de personnes que possible alors qu'elle abandonne la base de l'île.

Sousuke se dirige vers la ville de Namsac, où les gens parient sur des matchs de combat entre des esclaves du bras déclassés. Grâce à un peu de hasard, il rencontre un propriétaire d'équipe nommé Nami à l'arène juste au moment où elle cherche un opérateur AS.

Tout en profitant d'un succès considérable en combattant dans l'arène pour l'équipe de Nami, Sousuke commence à s'habituer à sa nouvelle vie à Namsac. Mais de petites choses lui rappellent sans cesse qu'il est venu dans cette ville avec un but précis en tête.

L'équipe Crossbow prend part à sa première bataille illégale, mais des forces infâmes sont à l'œuvre dans les coulisses. Si Sousuke ne joue pas bien ses cartes, cette première bataille pourrait bien être la dernière.

La rancune de Sousuke contre Kurama dégénère en une véritable guerre de tir dans les rues de Namsac, mais lui est-il possible de mener cette guerre tout seul ? Et chaque guerre a son lot de victimes.

Lorsque Tessa est retrouvée errante étourdie et pieds nus sur une autoroute californienne, son psychiatre traitant pourrait bien être le cas de sa vie. L'histoire racontée par Tessa ressemble à une illusion complexe, mais parfois la vérité est plus étrange que la fiction.

Sousuke qui sont attaqués par l'amalgame. Les raids se rapprochent également de Sousuke qui ne peut pas encore soigner ses blessures. D'un autre côté, Tessa qui a raté Fowler un peu plus tard promet Leonard et l'amalgame.

Lemon détermine où Kaname est probablement retenu captif, alors Sousuke et son groupe hétéroclite lancent une mission de sauvetage. Mais de nombreuses forces sont en mouvement cette nuit orageuse, et la mission ne se déroule pas tout à fait comme prévu.

Leonard et Kalinin font tout leur possible pour éloigner Kaname avant que Sosuke ne puisse l'atteindre. Alors que la bataille éclate entre les factions rivales d'Amalgame et les restes de Mithril, Sousuke et Kaname découvrent qu'ils doivent tous deux lutter contre le destin pour garder espoir.