Tandis que son frère jumeau Yukio commence sa formation à l'académie de la Croix-Vraie, Rin est inquiet pour son avenir.

Shiro remet l'épée Koma à Rin en l'avertissant qu'elle ne doit jamais sortir de son fourreau, puis il le cache dans les caves du monastère.

Déterminé à devenir un exorciste, Rin suit l'ami de son père décédé, le mystérieux Mephisto, jusqu'à l'académie de la Croix-Vraie.

Quand Yukio part en mission, Rin l'accompagne au magasin des exorcistes où il rencontre une jeune fille en train de jardiner, mais aux jambes possédées par le démon.

Suguro fait tout pour devenir exorciste afin de pouvoir restaurer le temple familial, mais avoir un fainéant tel que Rin comme camarade de classe lui est intolérable.

Suivant le conseil de Yukio, Rin se met à la cuisine et prépare le déjeuner du lendemain. Pourtant, au matin, tout a disparu !

Pour surmonter sa timidité, Shiemi fait le vœu secret de se faire des amis, mais elle est gênée par sa maladresse.

Effondrée car elle n'a pas su sauver sa meilleure amie, Izumo s'en prend à Suguro. Leur dispute s'envenime à tel point que toute la classe est punie.

Combattant ensemble pour la première fois, Rin et ses camarades repoussent une attaque éprouvante et se retrouvent face à Mephisto et à leurs professeurs.

Quand l'animal familier des chevaliers de la Croix-Vraie devient fou de douleur, Yukio est appelé pour prendre les choses en main.

Quand Rin, Shima et Izumo rencontrent un garçon prénommé Yohei, ils apprennent l'existence du démon des mers qui a pris la vie de son père.

La classe enquête sur des fantômes aperçus dans un parc d'attractions où Rin et Shiemi finissent par trouver le spectre d'un enfant.

Entraîné dans la base souterraine, Rin apprend que Shura, autrefois la disciple de Shiro, avait pour mission de l'éliminer.

Pas de répit en ce début de vacances d'été pour Rin et les autres Exwires qui doivent participer à des exercices de préparation au combat.

Le plan de Suguro est un succès pour les Exwires. Par la suite, cependant, une mite géante apparaît et attaque Rin.

Épuisé par le pouvoir de ses flammes, Rin devient enragé ! Mais à peine reprend-il le contrôle de ses sens affolés qu'il est capturé par le paladin actuel, Angel.

L'audience s'éternisant, l'ordre est incapable de décider du sort de Rin, alors que Mephisto l'a désigné pour le défendre contre Satan.

Quand un démon se jette sur un Rin concentré, travaillant à maîtriser ses flammes bleues, les élèves doivent découvrir comment il s'est introduit dans l'académie.

Ayant appris que l'anniversaire d'Izumo approchait, les élèves de l'académie de la Croix-Vraie lui préparent une fête surprise.

Le monastère de la Croix du Sud, où Rin et Yukio ont grandi, est attaqué par un mystérieux assaillant masqué qui laisse derrière lui un message énigmatique.

L'agresseur s'est enfui, et la vie reprend son cours normal après l'attaque du monastère. Pendant ce temps, Yukio reçoit une visite surprise.

Au vu des récents incidents, Mephisto et les instances suprêmes de l'ordre sont évincés, ouvrant ainsi la voie à Ernest qui veut devenir pape.

Ernest complote pour invoquer la porte de Géhenne à l'aide du sang de Rin. Pour protéger son frère blessé, Yukio propose de prendre sa place.

Des hordes de démons franchissent la porte de la Géhenne et se jettent au hasard sur les élèves de l'académie de la Croix-Vraie.

Avec l'aide de Shura et d'Angel, Rin et Yukio s'attaquent à la titanesque porte de la Géhenne, mais la bataille est rude face aux pouvoirs infinis de Satan.

Le vol de l'œil gauche d'Astaroth, le Roi immonde, interrompt la formation d'exorciste de Rin. Pour protéger l'œil droit des prédateurs, le groupe se rend à Kyoto.

Une fois à Kyoto, le groupe se rend à la pension de famille de Suguro. Mais c'est un champ de bataille et les soupçons planent sur tous. De douloureux souvenirs émergent.

Yaozo convoque une réunion pour tenter de trouver le traître qui sévit au sein de la secte Myoda et l'éliminer. Tatsuma, le père de Suguro, devient le principal suspect.

En menant sa propre enquête, Suguro va de surprise en surprise lorsque, sans être remarqué, il repère et entend deux de ses camarades. Il se méfie toujours de son père.

Comme Rin est derrière les barreaux, Yukio lui lit une lettre que Tatsuma lui a adressée. Les deux yeux immondes ayant disparu, Yaozo tient conseil.

La lettre de Tatsuma raconte comment Fujimoto, le père de Rin et Yukio, a obtenu l'épée Koma il y a bien des années. La chapelle de Goma reçoit de curieux visiteurs.

Le Roi immonde revient à la vie, mais la peine de mort plane sur Rin, le seul à pouvoir le contrer. Que vont décider ses camarades de classe ? Et que fait Shiemi ?

Alors que l'infection se propage à travers Kyoto, tous partent vers Rakuhoku. Rin et ses camarades de classe recherchent Tatsuma. Yukio rencontre Todo, qui a changé...

Todo provoque Yukio sur le terrain miné de ses sentiments pour son frère. Après avoir accepté un contrat, Suguro se lance avec Rin dans la traque du Roi immonde.

Le Roi immonde émerge alors que des renforts volent au secours de Yukio, aux prises avec Todo. Suguro, Rin et Kuro se retrouvent piégés. Rin pourra-t-il utiliser l’épée ?

Todo résiste à Yukio. Rin réussit à brandir le Komaken, sans impressionner le Roi immonde. Les miasmes se répandent. Quand tout espoir semble perdu, Ucchusma apparaît.

Les flammes bleues de Rin ont désinfecté la région. Pourquoi ne pas en profiter pour faire un peu de tourisme, discuter à cœur ouvert et envisager l'avenir de Rin ?

Après avoir terrassé le Roi immonde, Rin passe des jours paisibles avec ses camarades. Mais un lycéen lambda semble voir les démons. Comment peut-il l'aider à se débarrasser de cette vision qui le traumatise ?

Yukio est convoqué par la légion angélique pour être interrogé et signer un pacte. En parallèle, Rin et ses amis poursuivent les exorcismes, avec notamment Kamiki et Shiemi qui n'ont pas été en binôme depuis longtemps.

Le festival de l'Académie de la Croix-Vraie approche, et tous les élèves s'empressent d'inviter leur cavalière. Difficile pour Rin qui ne sait pas qui ignore si Shiemi acceptera d'accompagner lui ou son frère.

Durant le festival de l'Académie, Lightning et Arthur A. Angel obtiennent l'information que la société Illuminati va chercher à capturer Izumo. L'ensemble des exorcistes présents au festival s'empressent de la trouver, mais voilà que l'espion japonais risque de compliquer le sauvetage.

Izumo Kamiki enlevée par Shima, l'Ordre décide d'envoyer Yukio et ses élèves à la poursuite des membres d'Illuminati. La jeune fille, de son côté, découvre la raison de son enlèvement et est encore abasourdie par le revirement de Shima.

Arrivés au sanctuaire Inari, Nemu invoque des familiers en capacité de livrer le récit liant Izumo au lieu où tous les jeunes exorcistes se trouvent.

Maintenant qu'ils savent le passé qui rattache Izumo à cette ville où tout le monde semble heureux, Rin et ses amis sont bien décidés à la sauver. Et la concernée est bien décidée à ne pas servir de cobaye, mais Shima semble veiller à ce qu'elle poursuive l'expérience.

En entrant au sein d'un bâtiment qui donnerait accès au QG d'Illuminati, Rin, Yukio et leurs amis se retrouvent confrontés à des sortes de zombies très coriaces. Quelle sera la détermination de ces exorcistes en herbe pour les mettre hors d'état de nuire, sachant qu'il s'agit a priori d'humains encore en vie ?

Le groupe de Rin et Yukio arrive tant bien que mal à se débarrasser des humains ayant ingéré l'élixir d'immortalité, jusqu'au moment où ils se font interpeller directement par le professeur Gedôin, à l'origine de l'expérience qu'Illuminati souhaite mener sur Izumo. Cette dernière va-t-elle se soumettre au transfert de Kyûbi ?

Suite aux manigances de Gedôin, Izumo a été envoûtée par Kyûbi et a bien du mal à lui résister. Comment ses camarades exorcistes vont-ils la sortir de cette situation tragique ?

La bataille contre Gedôin d'Illuminati achevée, Rin, Yukio et leurs amis reviennent à l'Académie un peu déçus de ne pas avoir ramené leur ami Shima. Notamment, Ryûji est très affecté par sa traîtrise, des explications en plus haut lieu s'imposent.

Shima, double agent de l'Ordre et d'Illuminati, poursuit sa réintégration au sein de son groupe d'apprentis exorcistes. Yukio, tiraillé par ses propres doutes, ne sait plus s'il doit se fier à cet élève revenu de chez l'ennemi.

Suite aux événements liés à Kyûbi et Izumo, l'Ordre de la Croix-Vraie se prépare à faire face aux agissements d'Illuminati. Les jeunes exorcistes cherchent à progresser et à être sous la tutelle de grands exorcistes comme Lightning.

Tandis que Yukio essaie de comprendre comment fonctionnent les flammes de ses yeux, Rin part en mission avec Shiemi, à la fois gêné et curieux de connaître les vrais sentiments de la jeune fille.

Suite à la disparition de Shura Kirigakure, Rin et Yukio sont missionnés par Méphisto de partir à sa recherche sur ses terres natales, près du Lac Towada. Si le voyage leur permet d'aborder quelques sujets fâcheux, ils s'apprêtent à découvrir le passé qui a poussé Shura à partir seule.

Rin et Yukio ont retrouvé Shura Kirigakure, a priori condamnée par la malédiction de Hachirô, démon immortel du lac Towada. Les deux frères essaient de persuader le dragon de libérer la jeune fille…

Rin et Yukio sont rejoints par Shima pour sauver leur professeur dont le passé se dévoile. Destinée à mourir jeune, elle décide de laisser son sort entre les mains du démon Hachirô. Mais ses élèves n'ont pas dit leur dernier mot !

Shura Kirigakure de retour, Yukio récupère de ses multiples fractures. Tandis que Ryûji et Lightning enquêtent sur cette fameuse nuit bleue, Shiemi et Rin se recroisent à nouveau après la déclaration du jeune homme.

Ryûji et Lightning poursuivent leur enquête le déroulement de la nuit bleue et finissent par tomber sur un mystérieux laboratoire. Méphisto est-il finalement un traître lié à Lucifer ?

À l'approche des l'anniversaire des jumeaux le 27 décembre, Shiemi annonce bien tristement qu'elle ne souhaite plus être exorciste. Comment vont réagir ses camarades ?

Rin et Yukio assistent au mariage de proches de Shima et Ryûji. Rin continue de remarquer que son frère lui cache quelque chose, tandis que Yukio suit de très près l'avancée de l'enquête de Ryûji et Lightning sur la nuit bleue.

Tandis qu'un cyclope a fait son apparition en plein de centre de Tokyo, Yukio est plus que désespéré après s'en être pris à Ryûji. Et si c'était dans ces moments de solitude qu'il avait besoin de retrouver celle qui l'a toujours encouragé dans les moments difficiles ?

La cellule japonaise de l'Ordre et le Premier ministre japonais doivent se résoudre à annoncer l'existence des démons après l'incident d'Ikebukuro. Comment Yukio, déjà très abattu par son héritage inattendu des flammes de Satan, va-t-il se comporter après l'accueil de ces événements ?

Après avoir tiré sur Méphisto, Yukio est isolé par l'Ordre, puis sauvé sans aucune hésitation par Rin. Mais ce dernier était loin de se douter l'état de détresse dans lequel se trouve son frère, et le faire revenir à la raison va s'avérer très compliqué…

Suite au départ de Yukio chez Illuminati, torturé par son passé, Rin se rapproche de Méphisto pour comprendre ses origines. Le voilà propulsé dans le passé où il observe Yuri, une jeune enfant sans-abri.

Rin découvre que Shirô Fujimoto est en réalité un cobaye de la section 13 a priori liée à la survie de Lucifer. Quatre ans plus tard, après avoir vécu l'enfer, le voilà qui recroise la route de Yuri en tant qu'aspirant exorciste…

Shirô et Yuri, devenus exorcistes et s'entendant comme chien et chat, apprennent à mieux se connaître lors d'une mission d'exorcisme au Mexique.

Alors que Shirô et Yuri poursuivent leur quotidien d'exorcistes, un cobaye de la section 13 semble avoir été possédé par un démon aux flammes bleues.

Yuri, avec l'aide de la section 13, essaie tant bien que mal de calmer les folies de Satan qui se découvre surpuissant dans un corps fragile.

Yuri a décidé de rester auprès de Satan qui perd petit à petit son corps. Shirô est à mille lieues d'imaginer le résultat de cette idylle.

Tandis que Shiemi se remet du départ de ses amis et notamment de Rin, Yukio fait la rencontre de Lucifer.

Alors que Yuri Egin a donné naissance à son premier jumeau, Satan cherche désespérément un nouveau corps.

Satan retrouve enfin Yuri, accompagnée de Shirô, bien déterminé à protéger son amie de toujours.

Shirô se retrouve face à un yéti sanguinaire des montagnes. Côté section 13, Lucifer perd le contrôle.

Shirô décide de revenir remettre les jumeaux à Méphisto, qui lui fait une proposition surprenante.

Après avoir assisté aux grands moments de la vie de père Fujimoto, Rin peut désormais prendre une décision.