L'histoire se déroule dans un monde avec un continent divisé en son milieu par une chaîne de montagnes et un vaste fleuve. Le côté est est connu sous le nom de Roxche et le côté ouest est Sou Beil. Les deux parties sont en guerre depuis 130 ans, bien qu'un armistice soit en vigueur depuis dix ans.

Tout en poursuivant l'avion, Allison et Wil sont attaqués par un avion de chasse et, tout en s'enfuyant, se sont emmêlés sur certaines lignes électriques, provoquant finalement l'écrasement de leur avion.

Allison et Wil réussissent à s'infiltrer dans la base militaire où est détenu le vieil homme et parviennent à l'aider à s'échapper en lui donnant une épingle à cheveux pour qu'il crochete la serrure de sa cellule de prison.

Après que Ker rattrape Allison et Wil, un combat aérien s'ensuit qui se termine par Allison tirant sur Ker avec des balles de peinture. Deux autres avions de combat rattrapent et tentent d'abattre Allison et Ker, mais Ker prend le dessus sur eux, les abattant à la place.

Wil part en excursion avec son école dans le royaume d'Ikstova où il rencontre Allison grâce à l'aide de ses amis de la Roxche Air Force. Allison et Wil se rendent dans un camp militaire de Sou Beil où ils rencontrent Ker, maintenant major, et il les invite à dîner ce soir-là.

Allison et Wil s'échappent et retrouvent Ker dans le village où ils rencontrent Fiona qui les ramène chez elle. Elle leur dit que s'ils l'emmènent dans la capitale Kunst, elle ne les dénoncera pas aux villageois.

Allison, Wil, Ker et Fiona reviennent à la base aérienne de Sou Beil où Ker et Allison concoctent un plan pour permettre à Allison et Wil de voler un avion de chasse tandis que Ker et Fiona pilotent un avion de tourisme commercial.

Nihito demande à Fiona de montrer la preuve de sa réclamation, et elle produit un médaillon royal qui est confirmé comme étant réel par l'un des gardes qui se trouvait au palais lorsqu'il a brûlé il y a des années.

Pendant les vacances de printemps, Wil rencontre Allison et Fiona dans un train de luxe qui relie les pays de l'Est et de l'Ouest. À mi-chemin sur la rivière Lutoni, le train s'arrête pour un hommage aux fleurs en l'honneur des victimes de la guerre, et Wil raconte à Fiona comment le père d'Allison a été tué par son propre subordonné car il aurait été dangereux de le faire prendre comme prisonnier de guerre à cause de lui.

Alors qu'ils sortent tôt le matin, Allison et Wil voient le chef de train Welch se faire pousser à l'arrière du train par un homme masqué. Quand Allison poursuit, l'homme saute sur le toit et disparaît après que le train ait traversé un tunnel.

Stork a l'idée d'utiliser l'alcool pour mettre le feu au dernier wagon du train et de le détacher afin d'empêcher le train militaire de les poursuivre. Allison remarque un char blindé qui les suit sur la voie ferrée de l'autre côté de la rivière, et Stork amene les autres à coopérer avec lui.

Allison, Wil, Benedict et Fiona arrivent à Sou Beil, mais les soupçons de Wil à propos du major Stork demeurent.

Allison et Wil sont maintenant mariés et vivent ensemble dans un appartement en ville. Le père d'Allison vient voir Wil et lui demande de devenir membre de l'agence de renseignement Sou Beil dont il est lui-même membre, mais Wil devrait créer une nouvelle vie et jeter l'ancienne.

Au début des vacances d'été de Lillia, Treize arrive après avoir voyagé d'Ikstova pendant vingt jours en moto et la ramène à la maison.

En volant dans l'avion, le pilote voit un avion de l'armée de l'air locale sur la mer en contrebas et il atterrit pour enquêter. Le pilote de l'armée de l'air tire une arme à feu, ce qui oblige Treize à sortir la sienne et peut s'enfuir en pilotant l'avion.

Lillia et Treize montent à bord de l'avion avec les orphelins, mais une heure après le début du vol, Treize remarque que l'avion devrait déjà avoir atteint sa destination. Quand il va enquêter avec Lillia, il trouve l'équipage qui saute de l'avion avec des parachutes.

Treize parvient à renverser un avion qui active la balise de détresse. La seule chose qui reste à faire est de faire atterrir l'avion, mais Treize n'a pas beaucoup confiance en sa capacité à le faire.

Il s'avère que les enfants savent déjà nager et qu'ils continuent, mais Treize ne le peut pas. Lillia le jette à l'eau et le pousse sur le rivage, mais il finit par devoir être sauvé par Lillia qui pratique la RCR, lui sauvant la vie.

Treize invite Lillia à venir à Ikstova pour l'hiver, et Allison prend des vacances pour l'accompagner. Après un long voyage, ils retrouvent Treize à la gare et se rendent dans une cabane à la montagne.

Lowry emmène Fiona et Benedict dans une autre pièce pour s'enquérir du trésor secret d'Ikstova, et pendant ce temps, Emma, ​​l'un des gardes du corps royaux, s'échappe et se rend dans la cabane voisine de Treize pour l'informer de la situation.

Lillia utilise la dynamite comme distraction pour permettre à Treize de se faufiler à l'étage de la cabine et d'utiliser l'émetteur sans fil, bien qu'il ne puisse donner une transmission interrompue que jusqu'à ce que les gardes arrivent, et Treize et Lillia se cachent dans le grenier.

Lowry, de son vrai nom Claire, prend Lillia pour Merielle, la fille de la famille royale et la prend en otage. Alors qu'ils sont dans la neige, Benedict et Fiona sont sauvés par Travas et son équipe, et ils retournent à la cabane et désarment les bombes que l'équipe de Claire a laissées; ils trouvent Treize dans la neige à proximité.

La princesse de Sou Beil, Mathilde, vient visiter la capitale de Roxche et Treize en secret en voyageant dans un train réservé avec l'équipe de Travas comme garde. Allison et Lillia montent dans un autre train pour un voyage touristique (bien qu'Allison l'ait vraiment fait pour revoir Travas) et pendant le voyage, leur train tombe en panne.

La princesse de Sou Beil, Mathilde, vient visiter la capitale de Roxche et Treize en secret en voyageant dans un train réservé avec l'équipe de Travas comme garde. Allison et Lillia montent dans un autre train pour un voyage touristique (bien qu'Allison l'ait vraiment fait pour revoir Travas) et pendant le voyage, leur train tombe en panne.

Travas et son équipe parviennent à démarrer le train et à s'éloigner de l'ennemi, et pendant ce temps Matilda révèle à Axe que Travas est le père de Lillia, et il dit enfin à Axe que c'est lui qui a causé la mort de son père.

Treize part seul au début pour sauver Lillia, bien qu'Allison et Travas prennent un avion et volent vers le train à grande vitesse. Treize révèle enfin à Lillia qu'il est le prince d'Ikstova et, avec l'aide d'Allison et Travas, est capable de sauver Lillia.