Le premier épisode montre Kyo et Kyoshiro s'affrontant tandis que Yukimura Sanada, Sasuke Sarutobi et Saizo Kirigakure arrivent sur le champ de bataille où Kyo et Kyoshiro continuent de se battre.

Jimon, le Kenyou, se souvient de sa rencontre avec Demon Eyes Kyo lors de la bataille de Sekigahara. Il fut facilement vaincu et terrifié par les yeux rouges de Kyo. Laissé pour mort, Jimon a ensuite été anéanti par l'étoile filante. Devenu Kenyou, il veut écraser Kyo et se venger.

Il s'avère que le village des samouraïs est terrorisé par une bande de tueurs à gages. L'un d'entre eux défie Kyoshiro, pensant qu'il est Demon Eyes Kyo.

Kyo, le guerrier, a pris le contrôle du corps de Kyoshiro et rencontre le charismatique samouraï Yukimura Sanada lors d'une soirée.

Mahiro accuse Kyo d'avoir tué sa sœur et tente de se venger. Au cours de la bataille, la vérité est révélée et Kyo sauve Mahiro de leur ennemi commun.

Yukimura pose une condition à Ghost Eye : si Ghost Eye prend la tête de Tokugawa Ieyasu, il acceptera de lui dire où se trouve son corps. Ghost Eyes Mad Knife a donc accepté la demande de Yukimura et est allé participer au tournoi impérial organisé par Tokugawa Ieyasu, sans se rendre compte que Yukimura s'était en fait déguisé en femme pour participer au duel...

Le tournoi impérial a commencé, et Mad et les trois autres ont réussi à se frayer un chemin à travers les premiers préliminaires. En plus d'eux trois, des maîtres tels que les mystérieux Beast Mask et Togo Shigeji, ainsi que l'énigmatique jeune homme Miyero, que Mad et les autres avaient rencontré lors de leur voyage à Edo, ont réussi à passer les éliminatoires. Dans les préliminaires qui suivent, Ghost Eyes affronte Red Tiger, et Mad brise facilement les attaques puissantes et rapides de Red Tiger, et le taquine sur son niveau de compétence, sans se rendre compte que les mouvements de Red Tiger sont en fait...

Nobuyuki et Yukimura vont se livrer à une guerre d'amour fraternel et de croyance en soi. Nobuyuki se bat pour le monde d'Hidetada, tandis que Yukimura se bat pour faire revivre la famille Sanada. Au milieu du combat, Nobuyuki déclare avec arrogance à Yukimura que son art du sabre ne sert qu'à survivre et qu'il ne pourra donc jamais le battre. Au moment même où Nobuyuki déploie toute sa force dans son attaque contre Yukimura, ce dernier aperçoit le dos de Mad qui se détourne, et une forte pensée lui vient à l'esprit...

Dans le chaos, le château d'Edo est progressivement submergé, et après avoir échappé au piège, Madoka et Yukimura prennent plaisir à s'entretuer. Miroku les arrête à temps et leur dit que tous les trois, qui sont les vrais Muramasa, devraient travailler ensemble pour restaurer le monde chaotique à son état d'origine. Mad, cependant, déclare qu'il n'a qu'un seul objectif en tête, et c'est de vaincre Kyoshiro pour récupérer le titre de plus fort ! En entendant cela, Yukimura lui dit où son corps est caché, mais au moment où Mad veut partir à la recherche de son corps, Yuki rencontre un mystérieux jeune homme...

Ghost Eyes et son groupe ont séjourné dans une auberge luxueuse avant la Mer des Arbres, mais ils n'ont pas réalisé que l'auberge était un piège mortel tendu par Gong Vairocana, l'un des Douze Généraux Divins. Miyabiros est doué pour utiliser des marionnettes afin de faire semblant de dupliquer ses adversaires, mais il ne peut pas tromper les yeux d'Œil de Fantôme...

Tigre Rouge retourne à la montagne où il s'entraînait et, en se rendant sur la tombe de son maître, il rencontre Aile de Léopard, son frère qui a comploté contre son maître. Aile de Léopard est devenu l'un des douze généraux divins et a rejoint le camp de cet homme par appât du gain. C'est ainsi que l'ancien maître et son frère ont commencé à se battre...

Il s'avère que le village des samouraïs est terrorisé par une bande de tueurs à gages. L'un d'entre eux défie Kyoshiro, pensant qu'il s'agit de Demon Eyes Kyo.

Sasuke rencontre Kotaro, un compagnon avec lequel il a grandi dans la Mer des Arbres, qui est maintenant l'un des Douze Généraux Divins, Moguro, et les deux s'affrontent dans les bois. D'autre part, Ghost Eye et son équipe rencontrent également Vaikara et Andiro, qui font partie des Douze Généraux Divins. La fusion de la musculature et de la beauté des arts martiaux de Vipassana blesse Madoka, tandis qu'Andiro s'en prend à la Vierge de la Nuit qui ne cesse de l'attaquer...

Lorsque Yumiya est prise en otage, Tigre Rouge quitte l'équipe pour la sauver. Tout le monde est surpris par la froideur de l'épée de Ghost Eye, mais après s'être dispersés, ils se rendent compte que Mad a quelque chose d'autre en tête. Bien que Yukimura voie à travers le cœur de Mad, il a des choses plus importantes à faire, et se rend avec Sasuke là où vivent les habitants de la Mer des Arbres, et rencontre par coïncidence Miguelo...

Ghost Eye Madoka et Oda Nobunaga rencontrent enfin le roi et s'engagent dans un combat à mort. Berserk, déjà gravement blessé, n'a pas pu utiliser toute sa puissance par crainte du danger que représentait la jeune fille prise en otage, Yuki. Nobunaga doit battre en retraite car son corps n'a pas été complètement réanimé. Red Tiger rencontre Miyero et se précipite à son secours...

Ghost Eyes se précipite à la rescousse de Red Tiger, qui se bat avec Nobunaga, et sauve la jeune fille d'Indrakuni, qui a failli être tuée par Nobunaga parce qu'elle protégeait Red Tiger. Lorsque Nobunaga utilise le Heavenly Demon Wrecking Hand, Imoi Kyoshiro apparaît. Non seulement il fabrique le Kouryuu Dragon, qui est encore plus puissant que Mad, mais il est aussi d'un calme inhabituel...

Kyoshiro se réveille, et le groupe a l'intention d'interroger Chodorow sur la raison pour laquelle le clan Nonsense a convoqué Nobunaga. D'autre part, Yuko, qui a été gelée par la glace vive, rencontre Sakuya, une prophète du destin, et apprend d'elle de nombreuses histoires sur l'autre côté de l'histoire. Sakuya demande à Yumi de retourner auprès de Madoka pour l'aider et la sauver de la glace...

Akira dit qu'il a tué Yukari et récupéré le corps de Madoka. Mais il ne s'attendait pas à ce que Yuko s'échappe du piège et retrouve Mad et les autres. Aguni ne s'attendait pas à ce que Mad la sauve, et elle apprend que Mad a changé à cause de Yuko. Frenzy veut se rendre seul à Akira pour récupérer son corps, mais tout le monde décide de l'accompagner, désireux de travailler ensemble pour atteindre leur objectif.

Mad et son groupe parviennent à atteindre la maison de Muramasa, mais ils assistent à l'enlèvement de la fille Sakuya par Sako Sesshi. Mad et Muramasa rencontrent Tatsuhiko dans la forêt, qui a été envoyé par les anciens du clan Imoi pour tuer Muramasa. De leur côté, Tigre Rouge, Makoto et Sasuke rencontrent également un démon envoyé par le clan Imoi pour les contrecarrer...

Le dragon augmenté de Mad est en fait brisé par le dragon à sept sceaux de Hotaru, qui brise l'eau, et Muramasa utilise donc un vrai dragon augmenté pour combattre Tatsuhiko. La fille Aguo découvre enfin où Maître Akira cache le corps de Mad, mais rencontre Firefly, une machine à tuer flamboyante du clan Nonshi. Miyero et Aguo ont été grièvement blessés en s'emparant du corps de Mad...

Yukimura décide de rejoindre le clan Imoi, une décision qui met Sasuke en colère et lui donne envie de le tuer, mais Saizou pense que Yukimura doit avoir une raison. Après avoir enseigné à Madoka tous les secrets de l'épée meurtrière Mokumei Kamikaze Stream, Mura s'évanouit comme une fumée, laissant des instructions à Yuki pour qu'elle parte avec Madoka vers le mystérieux château du clan Imoi afin de récupérer le corps...

Maître Yukimura suit Izumo Aguni jusqu'au château de l'absurde, où il est confronté à la provocation de Tatsuhiko et rencontre Sakuya. Saizou se précipite alors à la rescousse de Yukimura, mais il est précipité dans une profonde vallée. Sakuya et son équipe rencontrent un adversaire de taille en la personne de Sako Sakushi, qui n'arrive pas à vaincre leur capacité de composition instantanée...

Mad est repoussé par Hotaru, qui utilise la magie des flammes, et la fille Sakuya trouve le corps de Mad, avec l'intention de le détruire, mais elle en est empêchée par Tatsuhara et Zhaoduluo, et est emprisonnée dans un donjon. La fille Sakuya raconte à la fille Aguni l'enchevêtrement haineux entre Kyoshiro et la Ghost Eye Blade...

Yukimura trahit ses amis et rejoint le clan Mibu, et réveille le dernier Murimasa. Kyo le retrouve et commence à se battre, mais peut-il tuer un ami ?

La bataille finale entre Oda Nobunaga et Demon Eyes Kyo.

Madoka et Kyoshiro décident d'unir leurs forces, et après avoir rassemblé les cinq Makoto no Murakumasa, ils connectent le temps et l'espace au monde futur et combattent Nobunaga à la Tour de Tokyo. Après avoir finalement enterré Nobunaga dans la tour, Madara récupère son corps, mais la Porte du Monde des Démons continue de tomber. Zendaro décide d'utiliser son ninjutsu de mort-vivant pour engloutir toute la Porte du Monde des Démons. C'est ainsi que l'histoire retrouve sa forme originelle.