Leo Glynn et Tim McMannus sélectionnent les détenus qui vont être incarcérés à la prison d'Oz, centre expérimental de «Em City». McManus ajoute cinq noms à leur liste : Said, Alvarez, O'Reilly, Beecher, un avocat qui a provoqué un accident mortel alors qu'il conduisait en état d'ivresse, et Donald Groves, un détenu particulièrement effrayant puisqu'il a mangé sa mère après avoir assassiné ses parents... !

Après le meurtre d'Ortolani, Glynn mène son enquête. Il entend découvrir l'identité du coupable avant Schibetta, avide de vengeance. Après la déclaration du gouverneur Devlin, qui veut supprimer les parloirs avec les épouses, les détenus submergent sœur Peter Marie de demandes de visites...

Leo Glynn et Tim McManus sont sous pression quand le gouverneur envoie le FBI enquêter sur deux meurtres à Em City...

Le gouverneur a rétabli la peine capitale. Keane est le premier sur la liste des exécutions car il a tué un détenu latino...

McManus et Glynn cherchent à découvrir qui fait entrer de la drogue dans la prison...

Trois générations d'Alvarez sont réunies à Em City. Le père de Miguel est atteint de la maladie d'Alzheimer, une affection que la prison est incapable de soigner, ne disposant pas de l'équipement nécessaire...

Rétabli, Kareem Saïd exclut Huseni Mershah de la communauté musulmane de Em City. Il lui reproche de lui avoir tourné le dos lorsqu'il était à l'article de la mort. Pour se venger, Huseni dit à la direction de la prison que Saïd a l'intention de déclencher une émeute...

Une bagarre éclate entre deux prisonniers au sujet d'une simple partie de dames. Cette querelle dégénère en mutinerie, selon les prévisions de Kareem Saïd...

Le juriste Alvah Case est chargé d'enquêter sur les causes d'une émeute et sur la manière dont le directeur Devlin a géré l'incident. Case découvre que la mort d'un des détenus au cours de l'assaut donné par les troupes d'intervention n'est pas accidentelle. Il hésite à divulguer cette information...

Em City rouvre après dix mois de fermeture. Malgré les efforts de Tim McManus pour rétablir le calme, les conflits persistent. Peter Schibetta s'empare de la cuisine pour se venger d'Adebesi après la mort de son père...

Miguel Alvarez refuse de révéler le nom de la personne qui a violé la fille de Glynn. O'Reilly est hospitalisé pour subir une intervention chirurgicale. Schillinger et Mark Mack tuent un détenu dans le but d'affirmer leur autorité. Le suivant sur leur liste est Beecher... Shirley Bellinger attend son exécution dans le couloir de la mort...

Augustus Hill passe au tribunal mais son appel est rejeté malgré les efforts de Saïd. Ryan O'Reilly, qui a survécu à l'ablation de sa tumeur, est tombé sous le charme du docteur Nathan... Alors qu'il cherche à négocier après avoir tué un détenu, Richie Hanlon est contraint d'avouer un meurtre qu'il n'a pas commis... Beecher a un nouveau compagnon de cellule, Keller...

Adebisi et Schibetta se vouent une haine mortelle. Adebisi empoisonne son ennemi, mais Schibetta survit... Soeur Peter Marie comprend que Giles a vu l'assassin de son mari... Le Poète obtient sa libération conditionnelle... O'Reilly continue de faire des avances au docteur Nathan et fait assassiner son mari...

Peter Schibetta tente d'assassiner Adebisi qui l'a violé. Jiggy Walker, un nouveau détenu, affirme fournir en crack le gouverneur Devlin. Pendant ce temps, Coushaine parvient à enrôler grâce à ses prêches les fidèles du père Mukada...

Cyril O'Reilly, le frère de Ryan, est incarcéré et se retrouve bientôt en cellule d'isolement. Nappa, le nouveau chef des Italiens, veut punir Adebisi pour le viol de son filleul Peter Schibetta. Pendant ce temps, Beecher retombe dans l'alcool...

Mack et un nazi tentent de s'évader. Le père Mukada engage Sippel, un ancien détenu, comme assistant...

Oz est plongée dans des conspirations alors que Beecher est relâché de l'hôpital et maintenant prêt à prendre sa revanche. Abedisi est relâché du service psychiatrique et retourne en cuisine. Ryan O'Reily cherche une opportunité de venger le viol de son frère par Schillinger. Pendant ce temps, le directeur Glynn embauche le fils d'un ancien agent correctionnel qui a été assassiné à Oz, et une nouvelle arrivée, Claire Howell, a des vues sur McManus...

Dans l'espoir de calmer la violence constante qui règne à Oz, McManus lance un programme de boxe. Les officiers sont en alerte lorsqu'un nouveau cadavre est découvert. Cette fois, le mort est issu de leurs propres rangs...

Cyril O'Reilly doit participer au premier combat de boxe à Oz. Ryan O'Reilly s'assure de la victoire de son frère. Redabow, lui, reçoit la visite de sa mère tandis que Schillinger voit arriver un visiteur permanent : son fils Andrew, incarcéré pour meurtre...

Schillinger supplie Glynn d'assurer la protection de son fils mais le directeur de la prison rejette sa demande. Pour faire avancer son projet de vengeance, Beecher établit le contact avec Andrew. Il l'aide à surmonter son problème de drogue et devient son confident. De son côté, soeur Peter Marie instaure un programme de dialogue entre victime et agresseur. Elle convainc Alvarez et les Rivera d'être ses premiers clients...

Said entame un bras de fer alors que sa position de leader des Musulmans est contestée. Pendant ce temps, McManus affaibli par les accusations de harcèlement retenues contre lui, cherche des alliés, et un crime odieux est perpétré dans les cuisines de la prison...

Cyril O'Reily gagne un autre combat de boxe, mais la découverte imminente des méthodes de Ryan O'Reily oblige ce dernier à prendre des mesures préventives. Résultat, un autre cadavre fait surface à Oz et un autre détenu se retrouve au trou. Nappa, de son côté, a un nouveau compagnon de cellule qui lui propose de l'aider à écrire ses mémoires...

Sœur Pete s'éprend de Keller et remet en question sa vocation. Shirley Bellinger choisit la méthode de son exécution et McManus se retrouve une fois encore à la une des journaux à cause d'une nouvelle accusation de harcèlement sexuel. Pendant ce temps, Adebisi a du mal à trouver des alliés pour sa guerre raciale...

C'est la veille de Noël à Oz, et la moitié d'Emerald City semble être à l'hôpital de la prison. Reimondo rend visite à Bellinger. Cette dernière lui dit vouloir mourir parce que le Diable est le père de la petite fille qu'elle a noyée. Lorsque Reimondo explique à Devlin que Bellinger a perdu la raison, le directeur commue sa condamnation à mort en emprisonnement à perpétuité...

Cyril O'Reily est hanté par la mort de Hamid Kahn. Son frère, Ryan, demande l'aide de Sœur Peter Marie. Beecher essaie de se racheter de la mort du fils de Schillinger...

O'Reily et Stanislofsky forment une alliance plutôt étrange. Le nouveau détenu de la Cité d’Émeraude se révèle être un policier. Alvarez et Busmalis tentent une évasion souterraine...

La tension monte à Emerald City. Après avoir échappé à plusieurs tentatives d'assassinat, Miguel Alvarez parvient à s'évader de OZ. De son côté, Tobias Beecher attend le retour de Keller et organise une rencontre entre Schilinger et son fils. Ryan, quant à lui, accepte un face à face avec la famille du mari de Gloria dont il avait commandité le meurtre...

Beecher décide de mener sa propre enquête sur le kidnapping de ses enfants. Pendant ce temps, Shirley Bellinger vit ses dernières heures avant son exécution. Alors que le docteur Nathan demande au directeur Glynn de reprendre le travail, Ryan O'Reilly tente d'obtenir l'exclusivité du téléphone portable qui circule dans Emerald City...

Mobay reçoit l'ordre d'assassiner un autre détenu, Goergen, un ancien flic corrompu. Rebadow est à nouveau pris d'une envie de tuer. Quant à McManus, il reçoit un étrange coup de téléphone...

Une enquête est ouverte après le meurtre de Goergen et les premiers soupçons se portent sur Mobay. De son côté, Querns ferme les yeux sur les débordements de la communauté afro américaine de OZ. Ginzburg trop faible demande à ce que son exécution soit avancée. Pendant ce temps, la fille de Beecher est retrouvée vivante tandis que Keller décide de se confesser au père Mukada...

Les charges retenues contre Schilinger donnent suite à un non-lieu. Beecher jure de se venger. Redabow s'évanouit et les médecins diagnostiquent une tumeur au cerveau. Ryan O'Reilly entretient une relation avec l'officier Claire Howell...

Keller et O'Reilly élaborent un plan pour mettre fin au règne de Querns et Adebisi sur Emerald City. Schillinger reçoit la visite de la femme de Hank et apprend que ce dernier sera bientôt grand-père. Adebisi est trahi par Said. McManus réintègre la prison...

Une équipe de télévision arrive à Oz pour faire un reportage. La productrice Lisa Logan est une vieille ennemie de O'Reilly. Lorsqu'il la reconnaît, il prépare sa vengeance. Selon plusieurs détenus, toute la vérité n'aurait pas été révélée sur la mort soudaine d'Adebisi. Logan commence alors à creuser la question, ce qui inquiète McManus...

O'Reilly est surpris de voir que le docteur Nathan est de retour. Busmalis demande à Norma de l'épouser. Tidd est prêt à tuer Said pour Schillinger. Glynn engage une nouvelle assistante qui suscite l'intérêt de tous...

Alvarez fait pression sur Glynn pour qu'il devienne son informateur. Les détenus se portent volontaires pour servir de cobayes et tester les effets d'une drogue qui fait vieillir... Robson et Hoyt préviennent le révérend Cloutier de ne plus s'approcher de Schillinger, qui s'est plongé dans la Bible...

O'Reily ressent les effets de la drogue qui accélère le vieillissement. L'expérience est brutalement interrompue après la mort de Wick. Tidd tente de tuer Said mais sa conscience l'en empêche...

La famille de Wick porte plainte contre la prison suite au décès de ce dernier. Le Dr Nathan fait donc l'objet d'une enquête... O'Reilly reçoit la visite surprise de sa mère. Schillinger annonce à Carrie la mort de Hank. Choquée, Carrie a des contractions et accouche à la prison...

McManus ordonne à Reding et Morales de faire une trêve. Basil reçoit la visite de sa femme. Soeur Pete organise un entretien téléphonique entre Beecher et Keller. Schillinger rencontre sa petite fille. Said demande à Cloutier de parler à l'homme qui a tué Tidd. Jenkins lui confesse que Robson l'a engagé pour tuer Said...

Guerra informe McCanus que White prend toujours de la drogue. McCanus ordonne que sa cellule soit fouillée. Le gouverneur Devlin ne sait pas si il doit accepter la demande de Giles qui veut être drogué jusqu'à en mourir. Connolly, un nouveau détenu, fait un pacte dangereux avec O'Reilly...

La Nouvelle Eglise demande à Cloutier de démissionner. Kirk engage les motards pour l'emmurer vivant. Hugues essaie de tuer Glynn, mais c'est lui qui se fait tuer. Schillinger apprend que Beecher va être mis en liberté conditionnelle et il engage un tueur...

Plusieurs mois après l'explosion, Oz rouvre ses portes. Cloutier est à l'infirmerie et a le corps couvert de brûlures. Les tensions entre les Ariens et les Musulmans sont toujours d'actualité. Les détenus attendent des visites mais le bus qui transporte leurs proches à la prison a un accident...

Suivant les conseils de Rebadow, Miguel se laisse poignarder à l'épaule par Guerra afin de cesser la vendetta. Davis Brass, qui cherche à se venger de celui qui lui a coupé les tendons, trouve un emploi à la prison. La mère de Ryan sort de prison. Elle doit enseigner le chant à Oz en échange de sa libération...

A l'hôpital, Alvarez se remet de sa blessure. Jia Kenmin est de retour à Oz. Le mystère autour du Révérend Cloutier grandit... Quant à Redding et Morales, ils se mettent d'accord sur un nouveau pacte...

Sur les ordres d'Alvarez, Velez essaye de tuer Guerra dans les douches. Un nouveau programme, "le meilleur ami de l'homme", est lancé à Oz pour permettre à certains détenus de dresser des chiens pour aveugles. Les relations du trio Keller, Beecher et McClain se compliquent...

Robson s'amuse à attiser les tensions entre White et Said. Suite à une bagarre, ce dernier est envoyé en isolement cellulaire. Hill tombe gravement malade, après avoir recommencé à prendre de l'héroïne. McManus décide donc de chercher l'origine de la drogue. Pendant ce temps, la dernière agression de Cyril l'envoie vers le couloir de la mort...

Le procès de Cyril connaît un départ malencontreux. Said et White se réconcilient tandis que les tensions entre le Père Mukada et Kirk atteignent un point critique...

Le programme "le meilleur ami de l'homme" se termine avec des résultats inattendus. Hill est rétabli mais n'a pas révélé à McManus le nom de son fournisseur. Cyril est condamné à mort mais le Père Meehan tente d'utiliser la presse pour sensibiliser l'opinion publique...

Cyril est emmené dans le couloir de la mort, malgré le combat médiatique de ses proches. Busmalis reçoit une surprise de sa fiancée. Un complot meurtrier entre Morales et Urbano ne se déroule pas comme prévu...

Alvarez et Schillinger, qui étaient maintenus en cellule d'isolement, sont autorisés à rejoindre la prison. Glynn demande à Suzanne de monter un spectacle avec les prisonniers. Préférant une pièce de théâtre, elle leur fait jouer Macbeth...

L'incarcération inattendue de Loewen, le maire raciste, met Vern dans une situation difficile car il a longtemps bénéficié de son aide. Le Dr Nathan découvre que les matériaux utilisés lors de la reconstruction de la prison sont toxiques et ont provoqué les maux des prisonniers isolés...

Au grand désarroi de Keller, Beecher est libéré et quitte enfin Oz. Le maire Loewen, qui a fait chanter le gouverneur Devlin pour sortir de prison, est assassiné dans sa cellule. Martinez meurt des suites de l'intoxication survenue dans le quartier d'isolement...

Glynn apprend que la mort de Martinez n'est pas due à un empoisonnement mais qu'il a été étouffé. Rebadow, quant à lui, est de nouveau confronté à la perte d'un être cher lorsque Stella, dont il s'est beaucoup rapproché, lui avoue qu'elle quittera bientôt la prison pour soigner son cancer du sein...

L'assassin de Saïd, Idzik, arrive au centre de détention et est placé dans l'aile B afin d'être à l'abri des vengeances. Il bénéficie également de la protection des Ariens. Après avoir demandé l'aide de Keller pour obtenir de la drogue, Beecher est de retour à Oz...

Idzik demande à être transféré du quartier protégé à Emerald City. Beecher a coupé tout rapport avec Keller, convaincu qu'il est à l'origine de son arrestation. Quelques secondes avant l'exécution de Ryan sur la chaise électrique, le gouverneur appelle Glynn...

Trois nouveaux détenus arrivent au centre correctionnel d'Oz, dont un semble très proche des frères O'Reilly. Pendant la nuit, Idzik tue Omar, qui refusait de l'aider à mourir. Glynn arrive blessé et s'écroule au cours de la cérémonie de récompense de l'association du personnel pénitentiaire...

Le gouverneur Devlin est accusé d'être en partie responsable des meurtres de Loewen et Glynn. Lors de la représentation de Macbeth, Keller remplace le faux couteau par un vrai et Beecher tue Vern d'un coup à l'estomac. Avant de se jeter par la balustrade pour faire incriminer Beecher, Keller avait envoyé de l'anthrax aux Ariens... La prison est bientôt évacuée...