L'histoire commence avec Kotori Monou (qui a un vieil ami d'enfance, Kamui) faisant un rêve dans lequel elle se trouve dans la salle de classe, écoutant son professeur parler d'une histoire, jusqu'à ce qu'une fille de sa classe laisse tomber son stylo et que Kotori le ramasse et le donne à la fille. Ensuite, le professeur de Kotori lui demande de lire un passage de l'histoire !! Elle lit pendant une minute ou deux et voit Kamui dehors, se dirigeant vers l'école avec un sourire sur son visage !! Soudainement, Kotori se réveille et se rend compte que ce n'était qu'un rêve. Elle se retrouve à essayer de s'habiller et de se préparer pour l'école, tandis que Fuma, son grand frère, l'attend sur sa moto.

Kotori se souvient de ses moments passés avec Kamui lorsqu'ils étaient enfants, se demandant pourquoi il a changé. Pendant ce temps, Kamui doit faire face à ceux qui tentent de l'attaquer. Alors que Kamui essaie de récupérer d'une blessure, un Dragon du Ciel, Sorata, et un Dragon de Terre, Yuto, se confrontent l'un à l'autre dans l'espoir de rencontrer Kamui.

Kamui se remet sous les soins de Fuma et Sorata, mais lorsque Sorata questionne Kamui sur ses motivations pour retourner à Tokyo, Kamui le rejette rapidement. Pendant ce temps, les Dragons de Terre commencent à enquêter pour savoir si Kamui est "l'élu". Kamui rencontre Fuma où ils se rappellent le vœu qu'ils ont fait dans le passé. Leur moment est interrompu lorsque l'Épée Divine est volée du sanctuaire Togakushi.

Kamui rencontre sa tante Tokiko et apprend le véritable sort de sa mère. Arashi est attaquée par les mêmes personnes qui ont attaqué Kamui.

En cherchant à trouver le bâtiment Diet, Yuzuriha rencontre un homme mystérieux qui peut voir Inuki. La princesse Hinoto montre à Kamui ses visions de l'avenir et lui parle de son destin.

Sorata réfléchit à son passé, en grandissant sur le mont Kouya. Il se souvient de la destinée que l'astronome lui a racontée. Kamui fait de son mieux pour être présent pour Kotori et Fuma, pendant que leur père est à l'hôpital. Satsuki prépare une attaque contre Sorata et Arashi.

Satsuki se souvient de son passé avec les ordinateurs lorsqu'une organisation mystérieuse a commencé à la poursuivre. Elle se rappelle comment elle a découvert qu'elle était un Dragon de Terre et sa rencontre avec Kanoe pour la première fois.

Le père de Fuma lui laisse un message énigmatique avant de mourir. Lors des funérailles, Kamui est confronté à Karen, un Dragon du Ciel, qui a une lettre de la tante de Kamui. Après cela, Kamui et Kotori sont entraînés dans les illusions de Seishiro. Cependant, c'est Fuma qui les sauve, mais quelque chose est en train de changer chez ce garçon au cœur pur.

En route vers un appel urgent, Subaru est hanté par des visions de son passé. Il est tourmenté par Seishiro, avec qui il était très proche. Pendant ce temps, Sorata et Arashi cherchent les derniers Dragons du Ciel et tombent sur Subaru.

Yuzuriha et Saiki partent à la recherche de M. Aoki, mais Yuzuriha rencontre Kusanagi, l'homme qui peut voir Inuki. Yuzuriha lui parle d'elle et d'Inuki, et pourquoi personne ne peut le voir. Plus tard, Yuzuriha retrouve Saiki et M. Aoki.

Kamui attend l'arrivée de Tokiko au sanctuaire Togakushi. Il se remémore son passé après son départ de Tokyo. Mais lorsque Tokiko arrive blessée, les choses prennent un tournant terrible.

Kamui choisit enfin quel côté il souhaite rejoindre, mais cela comporte de graves conséquences.

Sorata, Arashi, Yuzuriha et Subaru s'inquiètent pour Kamui après avoir vu la mort de Kotori. Subaru décide que Kamui doit se libérer de sa douleur. Subaru plonge dans la conscience de Kamui dans le but de le ramener à la réalité. Après avoir été blessé et utilisé trop de pouvoir pour rester dans l'esprit de Kamui, ce dernier revient à la normale et est prêt à se battre.

Les deux camps se rassemblent et se préparent pour les batailles à venir. Kamui dit ses adieux à Kotori.

Kamui et Saiki se réconcilient après leurs précédentes disputes. Cependant, les deux doivent travailler ensemble lorsque Fuma attaque Tojo Pharmaceuticals à la recherche des données de maintien en vie de Nataku. Fuma élimine rapidement Kamui, laissant Saiki défendre le bâtiment en train de s'effondrer. Subaru intervient avant que Kamui ne soit tué, mais il paie un lourd prix pour son intervention.

Après avoir perdu son œil droit lors de son combat contre Fuma, Subaru apprend de la princesse Hinoto que le Sakurazukamori attaque le Rainbow Bridge. Subaru se précipite sur place et retrouve Seishiro. Les deux onmyouji se livrent à une bataille où leur passé et leur avenir s'affrontent.

Kakyo confronte Kamui dans son rêve. Kakyo montre à Kamui tout ce qui s'est passé jusqu'à présent, demandant à Kamui s'il continuera d'avancer même si cela signifie que des gens seront blessés. Kamui répond qu'il se battra pour ramener Fuuma à son état normal. Kotori apparaît et rassure Kamui sur son chemin. Kakyo quitte Kamui, et Kamui se réveille paisiblement de son rêve.

Yuzuriha va en rendez-vous avec Kusanagi, mais celui-ci prend fin rapidement lorsque Satsuki attaque la ville. Yuzuriha finit par être blessée, mais est ensuite forcée de se confronter à Fuuma.

M. Aoki et Yuto se rencontrent et fixent une date pour se battre, mais à l'insu d'Aoki, Karen surprend leur conversation. Mais lorsqu'elle arrive à la gare, Nataku est son adversaire !

Après s'être remis de toutes les batailles récentes, Kamui, Sorata, Arashi et Yuzuriha se préparent pour un autre combat. Mais quelque chose d'autre que les Dragons de la Terre travaille contre eux.

Yuto et Satsuki se rapprochent, mais la Bête de Satsuki n'apprécie pas cela. Plus tard, Yuto et Aoki se confrontent. Satsuki intervient pendant le combat pour aider Yuto. Mais avant que Yuto ne porte le coup fatal, Karen arrive. Mais lorsque Yuto piège Karen dans un tourbillon, Karen lance une attaque dévastatrice. Satsuki tente d'aider Yuto, mais la Bête ne le permet pas. Aoki se précipite au côté de Karen alors qu'elle lui dit à quel point elle est heureuse de l'avoir rencontré.

Kamui, Sorata, Yuzuriha et Aoki se demandent pourquoi Arashi est partie. Yuzuriha veut voir M. Kusanagi, mais c'est Nataku qui l'accueille à la place. Kamui confie à Sorata qu'il a découvert un secret sur la princesse Hinoto, et qu'elle complote contre les Dragons du Ciel. Lorsque Kamui et Sorata remarquent le champ de barrière de Yuzuriha, ils se précipitent à son aide, mais Hinoto les piège. Aoki part également l'aider, mais M. Kusanagi l'arrête et le blesse. La personnalité alternative de Hinoto se réjouit de la chute des Dragons du Ciel, mais le côté bienveillant met fin à sa vie. Kamui et Sorata sont libérés. Kamui se rend voir la princesse Hinoto, et Sorata continue d'aider Yuzuriha. Nataku s'apprête à abattre Yuzuriha, mais Kusanagi intervient et tente d'attaquer Nataku. Sorata arrive pour voir Arashi frapper cruellement Kusanagi.

Sorata poursuit Arashi mais la perd. Kusanagi et Aoki sont emmenés à l'école Clamp pour recevoir des soins médicaux. Aoki explique à Sorata qu'Arashi a agi ainsi en raison de l'amour profond qu'ils partagent et du désir de voir leur destin changer. Fuuma attire Kamui sur le quai pour un affrontement, mais Kamui est pris au dépourvu lorsqu'Arashi l'attaque. Sorata intervient, mais malheureusement Fuuma détruit le quai. Fuuma réussit à s'échapper, mais Kamui apprend à quel point l'avenir est inévitable.

Le dernier combat de Kamui contre Fuuma le force à confronter son destin et à accomplir les souhaits que tout le monde lui a confiés.