Dans un futur proche, un Casshern amnésique combat des robots anti-humains sur une Terre désolée. La plupart des humains ont été tués dans une guerre apocalyptique.

Casshern rencontre un couple robotique et leur chien nommé Friender. Il découvre qu'ils résident avec un total de 10 robots, cherchant à vivre en paix jusqu'à leur mort.

Après avoir quitté la ville des robots, Casshern rencontre le premier être humain de ses voyages, un homme appelé Akos. Il est invité par Akos à voyager avec lui. Plus tard, Casshern retrouve Friender, qui veut se venger de lui pour avoir tué ses propriétaires.

Casshern rencontre Sophita, une femme robot qui aime se battre et tuer les siens. Elle est surnommée "l'ange en ruine" par les robots qui ont entendu parler d'elle et qu'ils craignent. Sophita veut combattre Casshern, mais ce dernier refuse.

Lyuze apparaît à nouveau devant Casshern, et le condamne à mort pour le meurtre de Luna. Luna a été surnommée la "Source de Vie" pour ce monde. Liza, la soeur de Lyuze avait été chargée de protéger Luna, mais a été tué lors du meurtre de Luna.

Le cyborg en costume noir de jais prétend qu'il sait tout sur Casshern et que Casshern est construit pour tout détruire. Il révèle également qu'il a le même pouvoir et la même force que Casshern. Il y a longtemps, les robots ont voulu rompre avec la règle et le contrôle des êtres humains, et finalement l'un d'entre eux est devenu le chef de l'empire des robots : Braiking Boss.

Casshern visite une usine délabrée, surmontée d'une haute tour incomplète. Loin d'être abandonnés, il existe des robots de construction qui vivent des activités quotidiennes en jouant à des jeux de cartes et travaillent à terminer la construction de la tour. Le chef, une femme robot nommée Lizabel, explique à Casshern qu'elle a créé un but de vivre pour ces robots en leur faisant construire une tour.

Casshern escorte une chanteuse robot nommée Janice, qui veut se rendre dans une ville délabrée connue sous le nom de Bazar afin de chanter pour les robots réfugiés qui s'y étaient cachés de la ruine du monde extérieur.

Casshern combat une horde de robots et a été poussé d'une falaise puis est tombé dans un trou dans le sol. Là, il trouve une petite fille robot déprimée mentalement qui soigne ses blessures et lui offre des fleurs.

Plutôt que de se concentrer sur Casshern, cet épisode suit Dio et sa quête pour rétablir son utopie en rassemblant des robots errants pour former son armée.

Friender tente de sauver Casshern des débris lorsqu'ils ont été attaqués par des robots voyous plus tôt. Ne le faisant pas et se cassant une jambe dans le processus, Friender laisse Casshern derrière lui et rencontre un groupe mixte de robots et d'humains dirigés par leur chef, Jin, qui croient que Luna est vivante et la recherchent.

Casshern et Friender arrivent dans une ville entourée d'un lac, peuplée de robots qui ont déjà accepté la mort.

L'histoire commence avec un groupe de robots qui crient le nom de Luna et que sa rencontre apportera le salut. Casshern et Friender les suivent.

Alors que Casshern prend congé, Ringo, tout en pleurant, le poursuit en voyant à quel point il est perturbé.

Dune, vu pour la dernière fois après avoir été vaincu par Dio, rampe douloureusement à travers un paysage cristallisé, tout en essayant de se souvenir de ce qu'il essayait de saisir dans le passé. Casshern, Friender et Lyuze traversent également la même zone et rencontrent Dune, bien qu'aucun d'eux ne le connaisse ou ne se souvienne de lui.

Casshern et Lyuze trouvent un grand nombre de restes de robots à l'approche d'une vallée. À l'intérieur, ils découvrent que tous les robots se dirigeaient vers un étrange mégalithe circulaire avant leur mort.

Casshern et les autres rencontrent un trio d'enfants robotiques. Ringo se lie d'amitié avec l'un d'eux, un robot muet nommé Holter.

Lyuze remet en question ses intentions initiales de vengeance contre Casshern et ses intentions actuelles pour lui. Après avoir traversé une série de scénarios hallucinants, elle se rend compte qu'elle est tombée amoureuse de Casshern.

En atteignant le château de Luna, Casshern et Lyuze sont attaqués par deux robots nommés Castor et Helene.

Casshern, Lyuze et Ringo atteignent enfin le château de Luna. Ils rencontrent Dune, qui a rejoint Luna. Le groupe de Casshern est stupéfait de voir la grande quantité de robots qui attendent la guérison de Luna.

Luna dit au groupe de Casshern que son sang peut accorder la vie éternelle. Elle veut qu'ils restent mais Casshern et les autres partent.

Dio capture Casshern et le ramène au château de Luna. Leda veut que Dio soit guéri avec elle par Luna, mais il refuse.

Braiking Boss quitte le cimetière des robots et, suivi d'une armée de robots, commence son voyage. Casshern et Dio se battent de leur mieux, et le premier voit Dio être vraiment vivant quand il le combat.

Lyuze, Ringo, Ohji et Casshern vivent paisiblement quelque part et cultivent des fleurs. Lyuze se rend compte que c'est ce qu'elle a toujours souhaité.