Alors que Lelouch et Rivalz sont en moto sur l'autoroute, ils manquent d'être percutés par un camion qui finit sa route dans immeuble en construction. Lelouch se précipite pour porter secours aux occupant. Mais il s'agit de terroristes pourchassés par l'armée pour le vol d'une arme de destruction massive. Et le jeune étudiant se retrouve pris dans une course poursuite sur laquelle il n'a aucune influence...

Usant de son nouveau pouvoir qui lui permet de contrôler les êtres humains, Lelouch s'empare d'un Knightmare de Classe Sutherland et vient en aide aux rebelles en leur transmettant les positions de l'ennemi et les actions à effectuer. Et peu à peu, les rebelles prennent le dessus sur l'armée impériale, totalement impuissante. Mais alors que tout semble jouer, Asplund propose au Prince Clovis d'essayer un nouveau modèle de Knightmare : la Septième Génération, le Lancelot. Piloté par Suzaku, le mecha surclasse à lui seul tous ses opposants...

De retour à l'école, Lelouch comprend pourquoi la jeune fille pilote de Knightmare ne lui était pas inconnue : il s'agit d'une élève de sa classe, Karen Stadtfeld. Seulement celle-ci feint d'une santé fragile et est régulièrement absente. Il décide de la faire parler grâce à son pouvoir, mais peu à peu, il perd le contrôle et découvre qu'il ne peut l'utiliser deux fois de suite sur la même personne. Cependant, les quelques brides d'informations qu'il a laissé filtré ont éveillé les soupçons de Kallen qui se demande s'il ne serait pas la voix qui les a commandé durant la bataille de Shinjuku...

Suzaku va être jugé pour l'assassinat du Prince Clovis. Un procès truqué où il ne pourra se défendre et où il servira d'exemple. Il permettra de plus à la faction des Puristes de faire une avancée ; ceux-ci souhaitent notamment que l'armée de soit accessible qu'aux Britanniens de souche, et non plus aux simples honoraires. Ne souhaitant pas que son ami meure pour un crime qu'il a lui-même commis, Lelouch se fait fabriquer un costume et devient le personnage de Zero, le chef de la rébellion. Mais avant que tous les rebelles le suivent, il va devoir leur démontrer qu'il peut réussir l'impossible...

À sa grande surprise, Lelouch découvre à son retour que C.C. a emménagé chez lui et dit à sa sœur qu'ils allaient se marier. La jeune femme, très désinvolte, ne tient aucun compte des remarques de Lelouch et semble agir à sa guise. Alors qu'il vient juste d'être libéré, faute de preuves dans l'assassinat du Prince Clovis, Suzaku voit tomber une jeune fille depuis une fenêtre du 1er étage. Celle-ci lui annonce qu'elle tente d'échapper à de méchants hommes. Même s'il ne la reconnaît pas, Suzaku sait qu'elle ment mais décide de passer la journée avec elle. En attendant l'arrivée imminente de la Princesse Cornelia Li Britannia, Sir Kewell est chargé de prouver la corruption du plus fidèle serviteur de l'empire, Sir Jeremiah, et de l'éliminer...

Suzaku vient d'arriver dans la nouvelle école de Lelouch. Les autres élèves, au courant de son implication dans l'assassinat de Clovis, le tiennent à l'écart, voire le stigmatisent. Lelouch l'accueille cependant chez lui, à la grande joie de Nunnally. Mais tous deux conviennent qu'il vaudrait mieux éviter de s'afficher ensemble en public, car cela pourrait nuire aux Lamperouge...

Cornelia a décidé de lancer une attaque sur le ghetto de Saitama et de l'annoncer précisément dans les médias. Le but est de faire sortir Zero de sa cachette. Lelouch a bien senti le piège, mais décide tout de même d'y aller, malgré l'interdiction de C.C : toute sa vie il s'est senti mort et inutile, alors qu'aujourd'hui, il a son destin en main...

Des Britanniens ont été pris en otage par des membres du Front de Libération du Japon, menés par Kusakabe. Parmi eux, des amies de Lelouch (chose qu'il ignore). Cornelia a déployé ses troupes, mais l'ennemi est bien préparé et résiste. Lelouch, drapé en Zero, a regroupé les résistants alors que la nouvelle de la prise d'otage se répand dans les médias. Il comprend rapidement que si la Vice-Reine n'a pas donné l'assaut, c'est que sa sœur Euphémia se trouve prisonnière dans le bâtiment. Il se rend alors sur place et déclare publiquement pouvoir la libérer...

L'Ordre des Chevaliers Noirs est devenu extrêmement populaire auprès de la population. Cependant, Karen s'interroge sur le sens à donner à leur action. Un autre problème la préoccupe plus : Milly Ashford, en tant que fille du directeur, vient à domicile lui apporter ses bulletins de notes depuis le collège. Elle sait donc qu'elle est à moitié Britannienne et à moitié Eleven, mais aussi maintenant que Karen habite dans la maison de son père et sa belle-mère, où sa mère biologique œuvre en tant que servante...

Lelouch a entendu parlé d'une opération visant les Forces de Libération du Japon, dans les montagnes de Narita. Opération menée par Cornelia. En secret, il se rend sur place en compagnie de ses Chevaliers Noirs et prépare les lieux en vue d'une embuscade...

La contre-attaque des Chevaliers Noirs se déroule comme prévue par Zero et l'armée Britannienne est rapidement mise en mauvaise posture. De plus, les renforts du FLJ menés par Todo arrivent et la victoire semble totale lorsque le Lotus Pourpre pièce le Knightmare de Cornelia. Mais c'est sans compter sur l'envoi du Lancelot...

Alors que les troupes Britanniennes déterrent un à un tous les corps des personnes ensevelies lors de la bataille de Narita, Zero demande aux Chevaliers Noirs de le présenter aux chef de la rébellion. Il ne sait pas alors que cette bataille, qu'il avait parfaitement planifiée, a fait des victimes civiles, dont une qui pourrait avoir des répercussions sur son engagement dans la lutte...

La mort de Joseph Fenette a profondément meurtri Lelouch, qui semble envisager l'abandon de la lutte. Mais C.C., jouant sur son orgueil, réussit à le remotiver. Il décide alors de profiter d'une opération des forces Britanniennes à l'encontre des derniers membres du FLJ pour tendre une embuscade. Déterminé, il prévient Karen que des sacrifices seront nécessaires dorénavant...

Lorsqu'elle arrive pour secourir Lelouch, C.C. le trouve seul près d'une marre de sang. Son arme a disparu et il est persuadé que les personnes présentes ont vu son visage. Rapidement, la piste s'aiguille en direction de Shirley, que le jeune homme est persuadé d'avoir vu lors de son combat. Celle-ci, désespérée par la révélation de l'identité de Zero, repart pour Narita, voir la tombe de son père, et faire le point. Mais sur place, un homme étrange s'approche d'elle et lui fait entrevoir une vérité sur elle-même, vérité qu'elle refuse d'assumer...

Mao représente désormais une menace que Lelouch se doit d'éliminer au plus vite, s'il ne veut aps que son identité soit révélée. C.C. se propose comme appât, vu que c'est après elle qu'il courre. En effet, elle lui a fait don du Geass lorsqu'il avait six ans mais la puissante de son nouveau pouvoir, qu'il ne pouvait contrôler, l'a isolé du reste du monde. A l'exception de C.C., dont il est incapable de lire les pensées et qui est la seule personne avec qui il peut vivre...

Alors que Lelouch pense retrouver une vie un peu normale, il découvre que Mao a kidnappé Nunnally et la retient prisonnière quelque part dans l'école. Une course contre la montre s'amorce alors, dans laquelle il bénéficie de l'aide inattendue et spontanée de Suzaku...

Lelouch a planifié la libération de Todo dans les prochaines heures : l'arrivée de nouveaux modèles de Knightmares le rend plus confiant. Cependant, conscient des risques de son ambition, il cherche quelqu'un susceptible de protéger sa sœur Nunnally, et verrait bien Suzaku. Celui-ci a été appelé par ses supérieurs pour remplacer le bourreau de Todo. Pris de panique, il pense être sauvé par l'intervention des Chevaliers Noirs venus libérer le stratège militaire. Mais rapidement, il se retrouve à les combattre et, cette fois-ci, Zero a préparé un plan de bataille pour lutter contre l'armure Blanche...

Malgré les conseils de son entourage, Euphemia a désigné Suzaku Kururugi comme son Chevalier. Sa première mission est de l'escorter pour une rencontre politique située sur une île disposant d'une protection assez faible. Zero veut profiter de l'occasion pour capturer Suzaku et son Lancelot et, si possible, le faire changer de camp...

Lelouch se réveille sur une île sans avoir la moindre idée de la façon dont il est arrivé là. Peu après, il rencontre Euphemia, qui a compris qu'il était Zero mais a choisi de ne rien dire à personne. Quelque part sur la même île, Suzaku tombe sur Kallen ; après un bref affrontement, il réussit à la maîtriser. Chaque couple commence à chercher un moyen de se nourrir en attendant des secours. L'occasion pour chacun de parler sans détour et d'exposer tout autant ses opinions que ses peurs.

Sawazaki, un ancien membre du gouvernement japonais, a envahi Kyushu, secondé par l'armée chinoise. Suzaku, gracié de son insubordination, est envoyé à bord du Lancelot pour infiltrer la base ennemie. Du coté des Chevaliers Noirs, Zero expose son plan : il refuse l'alliance avec Sawazaki, qui n'est pour lui qu'un pion des Chinois. Il vise l'établissement d'un état au sein même de Tokyo et souhaite y parvenir sans l'aide de qui que ce soit...

Lelouch aimerait pouvoir préparer son coup d'état tranquillement, mais la fête de l'école l'accapare, Milly lui faisant sentir qu'il est indispensable. De nombreuses personnes sont présentes, Britanniennes comme Eleven, et certains s'aperçoivent rapidement qu'ils mettent en péril leurs identités respectives. Mais c'est surtout la présence incognito d'Euphémia qui va bientôt provoquer un cataclysme que personne n'avait vu venir, pas même Lelouch...

De nombreux Eleven se pressent pour devenir citoyen Japonais. La cérémonie d'officialisation de la Zone Administrative Spéciale doit avoir lieu dans un stade et être retransmise dans le monde entier. Zero fait son apparition, à la grande joie d'Euphémia, et demande à lui parler seul à seul. Il a dans sa cape un plan pour ruiner la ZAS et faire de lui le héros des Japonais. Mais Lelouch a oublié que le Geass était une arme terrifiante, même pour celui qui le possède...

Les Chevaliers Noirs ont riposté face aux troupes Britanniennes, entraînant toute la population derrière eux. Zero se présente désormais comme le chef suprême de la rébellion japonaise (voire même du monde entier). Convergent de toutes les régions, les rebelles se massent autour de Tokyo où Cornelia prépare la contre-offensive. Mais pour avoir froidement tiré sur Euphémia, Zero s'est attiré la haine de Suzaku, qui ignore toujours sa véritable identité...

Les Chevaliers Noirs ont pris d'assaut la cité de Tokyo et se sont rapidement emparés des médias, mais aussi de l'école, où Zero a décidé d'installer son QG. Les troupes de Cornelia ont battu en retraite jusqu'au ministère de Britannia, en attendant les renforts qui vont bombarder la ville. Zero, à qui tout semble réussir, ne se doute pas du double danger qui le guette : Viletta, de nouveau en pleine possession des ses souvenirs, s'est introduite dans l'école ; tandis que Suzaku a été mis au courant du pouvoir de Zero par V.V...

Alors que la bataille fait rage et que les Chevaliers Noirs ont réussi à capturer le Lancelot, Zero apprend que Nunnally a été enlevée, sans que personne ne sache comment. Cependant, C.C. sent que tout va se passer à Kaminejima et tous deux foncent en direction de l'île, à la rencontre de leur destin...

Lelouch mène un vie normale d'étudiant, n'ayant aucun souvenir de l'influence qu'il a eu dans la rébellion japonaise. Rébellion matée par Britannia après l'annonce de la mort de Zero. Mais le jeune homme n'est cependant pas un citoyen pur et dur, qui mépriserait les Eleven. Mais alors que des émissaires chinois sont en visite à tokyo, les quelques Chevaliers Noirs encore en liberté préparent une opération de la dernière chance...

Lelouch a retrouvé toute sa mémoire : sa capture par Suzaku, et la découverte du Geass de l'Empereur. Et qui est ce frère qu'il n'a jamais eu ? Pour le moment, les forces Britanniennes encerclent la tour de Babel et se préparent à l'assaut. Heureusement, un plan d'évasion a été organisé par C.C. et Diethar pour l'évasion, le génie de Lelouch faisant le reste. Mais une imprévu survient : un mystérieux Knightmare de la même classe que le Lancelot, mais d'une rapidité qui dépasse les limites de la physique...

Une fois encore, Lelouch a dupé tout le monde : son discours était enregistré et c'est C.C. qui avait revêtu le costume. Mais Karen n'apprécie que moyennement ces subterfuges dont il n'informe même pas ses compagnons. Pendant ce temps, le service de renseignement dirigé par Villetta s'est réuni : rien ne permet d'affirmer que Lelouch a recouvré ses esprits et qu'il est entré en contact avec C.C. pourtant, il est surveillé comme le lait sur le feu, entre autres par son prétendu frère Rollo...

Lelouch a réussi à sauver sa peau en promettant à Rollo qu'il lui livrerait C.C. Mais le répit qui lui est offert est mis à profit pour échafauder un plan visant à sauver les Chevaliers Noirs de l'exécution qui les attend. Pas simple, car il est surveillé de toutes part, notamment par Rollo qui le tuera s'il lui a menti. Mais une fois de plus, Zero a tout prévu et compte bien battre Britannia avec une technique qu'il avait déjà employée avec succès...

Suzaku a été réadmis dans la même école que Lelouch. tous deux font comme s'ils étaient amis et que rien ne s'était passé, Lelouch étant censé avoir perdu la mémoire. Une grande fête est organisée par Milly pour son retour. Mais alors que Lelouch pense à une journée sans histoire, il aperçoit C.C. venue voir la pizza géante. C'est le début d'une réaction en chaîne où il risque d'être découvert, ce qui serait très problématique d'autant que deux Chevaliers sont également présents à la fête...

Grâce à la présence opportune de Rollo, Lelouch s'est sorti indemne du piège tendu par Suzaku. Mais il ne décolère pas de l'implication de Nunnally dans cette histoire de rébellion. Celle-ci doit arriver en Zone 11 dès le lendemain en tant que gouverneur. Et Lelouch est bien décidé à faire enlever sa sœur pour l'éloigner de tout cela. Mais les Chevaliers du cercle ont été informés des mouvement de Zero...

Tandis que Nunnally organise sa conférence et annonce la recréation de la zone d'administration spéciale, Lelouch sombre dans une profonde déprime. Il ne sait plus ce qu'il doit faire, comment il doit agir, de peur d'aller à l'encontre de sa sœur. Peu à peu, il en vient même à penser que Zéro doit retourner dans l'oubli. Car il voit la vie qu'il pourrait mener en tant que simple étudiant, entouré de ses amis. Mais il comprend aussi alors pour quelles raisons il se bat...

Zero a accepté de participer à la création de la Zone d'Administration Spéciale. Mais tandis que ses partisans s'interrogent sur ses motivations et sur le futur de leur action, le chef des Chevaliers Noirs négocie un exil avec les hauts fonctionnaires de Britannia. Ces derniers se demandent ce qu'il a en tête, ou s'il agit simplement par lâcheté. Toujours est-il que pour l'annonce de l'ouverture de la ZAS, près d'un million d'Eleven se massent devant l'entrée, et la sécurité est sur les dents...

À peine débarqués sur le territoire offert par la Fédération Chinoise, les Chevaliers Noirs découvrent qu'un mariage de convenance va avoir lieu entre Odysseus Wu Britannia et la princesse Tian Zi. Inévitablement, cette alliance orchestrée par les Eunuques met en jeu les rebelles, qui seront offerts en guise de dot. Mais puisque Kaguya Sumeragi est invitée à la réception qui a lieu la veille du mariage, Zero décide de se joindre à la fête où il tombe sur celui qui dirige els opérations en sous-main : son frère Schneizel...

Bien qu'il soit leur ennemi, les Eunuques choisissent d'utiliser Xing-ke pour récupérer Tian-zi car ils le savent loyal envers elle. Il surgit alors devant les Chevaliers Noirs aux commandes d'un Knightmare de classe inconnue. Sauf de Chawla, qui l'avait fabriqué pour la Fédération Indienne, mais qui s'était révélé trop complexe et puissant pour être piloté. Cependant, Xing-ke donne du fil à retordre à Zéro qui pense tout de même s'en sortir. Mais lorsque Karen est faite prisonnière à bord de son Lotus, il ne réagit pas comme il le devrait et s'expose à son ennemi, aussi fin tacticien que lui...

Retranché dans le Tombeau des Empereurs, les Chevaliers noirs sont pilonnés par la coalition Sino-britannienne. Les eunuques ont en effet décidé que Tian Zi était parfaitement remplaçable et qu'elle pouvait très bien être enterrée dans ce prestigieux tombeau. Mais alors que tout semble perdu, Zero tire un joker de sa manche : un nouveau modèle de Knightmare, utilisant une ancienne technologie de bouclier ultra-résistant. Le cours des événements s'inversent et Schneizel décide de rompre le combat. Mais de nombreuses choses restent encore à accomplir pour Zero, tandis que Lelouch voit sa petite vie d'étudiant sérieusement se compliquer...

De retour à l'Académie, Lelouch s'aperçoit avec horreur que Sayoko, sa doublure, a agi de façon inconsidérée, notamment en acceptant tous les rendez-vous que les filles lui proposait. Pire : pour échapper à une situation compromettante, elle a embrassé Shirley. Et pour corser le tout, Milly, afin de fêter son départ, lance un grand jeu visant à former des couples. Mais pendant que tout le monde s'amuse à l'Académie Ashford, V.V. et Gottwald ont mis en place les derniers réglages de leur terrible expérience...

A présent que Shirley a retrouvé la mémoire, elle se demande comment elle doit agir vis-à-vis de Lelouch. Elle décide d'organiser une sortie avec Suzaku et Lelouch afin de révéler au premier que le second est l'assassin de son père. Mais la jeune fille est très perturbée depuis que ses souvenirs sont revenus, occasionnant des cauchemars qui la poussent à adopter un comportement impulsif. De plus, Jeremiah gottwald est à Tokyo, à la recherche de Zéro...

Bien que bouleversé par la mort de Shirley, Lelouch continue de jouer le jeu face à Rollo. Mais sa haine de l'Ordre du Geass est arrivé à l'extrême-limite : désormais, il ne pourra être en paix qu'une fois cet ennemi détruit. Avec l'aide de Rollo et Jeremaih, il tente alors de localiser le centre d'expérimentation. Pendant ce temps, dans la Zone 11, tout le monde pleure Shirley, et Suzaku devient persuadé qu'elle ne s'est pas suicidée, mais que Lelouch l'a tuée...

Prisonnier dans l'autre monde, Lelouch est confronté à son père, l'Empereur Charles. Par réflexe, il tente de le tuer ; mais celui-ci a acquis l'immortalité depuis quelques temps, au détriment de V.V. Alors que le jeune homme est désemparée, C.C. surgit de nulle part afin que Charles exhausse son souhait, chose dont elle estime Lelouch incapable. Car enfin, la nature du contrat qui les lie est mis au jour : elle souhaite juste mourir, mais pour se faire, quelqu'un doit prendre sa place en tant qu'immortelle...

Zero s'apprête à faire ratifier la création de la Fédération des Nations Unies, un ensemble de nations qui s'opposent à Britannia. Seulement, si tout semble aller pour le mieux en surface, des menaces le guettent en profondeur, notamment au sein de ses propres troupes qui ont participé à l'assaut. De plus, Britannia ne semble pas avoir dit son dernier mot et commence à masser des troupes aux abords de la Zone. Et Zero n'est pas au bout de ses surprises...

Tandis que les Chevaliers Noirs, guidés par Li Xing-ke, attaquent le Japon afin de le reprendre à Britannia, Lelouch se rend au temple Kururugi pour rencontrer Suzaku. Prêt à tout pour sauver Nunnally, il se heurte à un mur : Suzaku l'oblige à avouer tous ses crimes et plus encore, car Lelouch assume des choses qu'il n'a pas commis. Le lien entre les deux semble définitivement rompu. Mais à leur grande surprise, ils découvrent que Kururugi a été suivi...

La bataille de Tokyo fait rage, dans la plus totale confusion. Toute tactique semble avoir été abandonnée, même si Zero compte sur Rollo pour capturer Nunnally. Karen est elle délivrée de sa cellule par Sayoko et s'empare d'un Knightmare de dernière génération, basé sur le Lotus et beaucoup plus puissant que tous les robots présents sur le champ de bataille. Voyant les événements tourner à son avantage, Zero ordonne à Kallen de tuer Suzaku, ce dernier refusant d'utiliser le Freyia. Mais dans les rangs des Chevaliers Noirs, le doute concernant les motivations du chef grimpent encore et Asahina semble même avoir trouvé la preuve qu'il cherchait...

L'arme ultime créée par Nina a ravagée la moitié de Tokyo, faisant des millions de morts. Pris d'une soudaine folie, Zero invective ses troupes, leur ordonnant de chercher Nunnally ; mais Todo les fait battre en retraite. Sur le vaisseau amiral débarque bientôt Schneizel, venu en émissaire diplomatique libérer Cornelia. Et devant un auditoire restreint, il révèle aux Chevaliers Noirs la véritable identité de Zero, et la nature de son pouvoir, le Geass...

Tandis que Lelouch, esseulé, cherche un moyen de se venger de l'Empereur, Suzaku s'allie avec Schneizel pour renverser le pouvoir en place. Coup d'état qui nécessite l'assassinat de Charles...

Piégés dans un espace-temps situé entre les deux dimensions, Lelouch interroge Charles au sujet de la mort de sa mère. Celui-ci consent à lui révéler toute la vérité, que le jeune homme a du mal à croire puisque le coupable est mort. Cependant, Charles et Marianne, cachée depuis des années dans le corps d'Anya, ont établi ensemble le plan de la connexion Ragnarök qui doit amener un monde meilleur. Cependant, Lelouch ne semble pas vouloir accepter l'idyllique vision du futur que le couple impérial a choisi pour le monde...

L'Empereur Lelouch s'est rapidement rendu populaire en abolissant tout un tas de privilèges de l'aristocratie et en donnant leur liberté à tous les territoires conquis et transformées en "nombres". De leur coté, les Chevaliers noirs ne savent que penser : est-il leur ennemi ou leur allié ? Œuvre-t-il dans le même sens qu'eux ou pour son compte personnel ? A leur grande surprise, Lelouch demande à ce que Britannia intègre la Fédération des Nations Unies. Cela doit s'effectuer par un vote au deux tiers des représentants et Lelouch demande à ce que la rencontre ait lieu à l'Académie Ashford. Les Chevaliers Noirs préfèrent rester méfiants, notamment Kallen, chargé d'accueillir l'empereur et qui attend toujours la réponse à la question qu'elle lui avait posée...

Afin de se protéger, Lelouch feint de ne rien ressentir à la vue de sa sœur vivante. Au contraire, il déclare qu'il n'hésitera pas à la sacrifier elle aussi pour conquérir le monde. L'ultime bataille va commencer au dessus du Japon, mettant aux prises deux génies. Le moindre faux pas peut entraîner l'annihilation d'un camp, mais Schneizel comme Lelouch a plus d'un tour dans son sac et ne reculera devant aucun sacrifice pour parvenir à ses fins...

La bataille fait rage et le Freya cause de nombreux dégâts dans les rangs de Lelouch. cependant, celui-ci croit en sa stratégie et poursuit son accomplissement. De son côté, Schneizel montre son vrai visage, celui d'un homme pour qui rien ne compte, pas même sa propre vie. Lelouch décide de tenter sa chance et fonce au commandes de son Knightmare en direction de Damoclès. Schneizel y voit là une façon de conclure la guerre et déclenche le Freya à son encontre. Mais en travaillant aux côtés de Nina, Lelouch dispose désormais d'un moyen pour contrer le missile. Un moyen théorique et dont la réussite est très improbable...

L'ultime confrontation est en cours : Lelouch doit affronter Nunnally sur qui le charme du Geass ne produit plus son effet. Le jeune homme répugne à utilise son pouvoir sur sa sœur mais comprends peu à peu que celle-ci est prête à mourir pour faire cesser cette guerre et racheter les péchés de son frère. Cependant, ce dernier compte mener à bien son projet, coûte que coûte. Mais à se faire haïr du monde entier...