Kamijô Tôma étudie au lycée de la Cité Académique. Ici, la science explore l'occulte. Un jour, il rencontre Index, une religieuse qui s'est échappée du monde de la magie.

Tôma découvre Index devant sa chambre, couverte de sang. Soudain, un violent magicien apparaît pour kidnapper la jeune femme, et il ne lésine pas sur les moyens.

Tôma part en quête du traitement magique nécessaire à la guérison des blessures d'Index. Peu à peu, Index commence à révéler qui elle est, et pourquoi elle s'est enfuie.

Tôma est grièvement blessé par Kaori Kanzaki, une magicienne à la poursuite d'Index. Kaori divulgue un secret bouleversant.

Si la mémoire d'Index n'est pas effacée une fois par an, elle mourra. Tandis que Tôma tente désespérément de la sauver, Stiyl et Kaori débarquent. L'heure tourne...

Tôma décortique le fonctionnement de la mémoire d'Index. Mais est-ce que sa main droite peut arrêter les pilleurs de grimoires, et détruire le sanctuaire Saint-Georges ?

Tôma rencontre une fille en tenue de miko... qui disparaît avec un homme portant un costume. Stiyl demande à Tôma de sauver Deep Blood, tueuse de vampires renommée.

Tôma et Stiyl s'attaquent à la barrière magique qui entoure l'école. Les élèves commencent à leur lancer un sort.

Aureolus Ezzard a capturé Index et déchaîne sa colère sur Tôma, Stiyl et Aisa en utilisant Ars Magna, une alchimie qui transforme les mots en réalité.

En rentrant de l'école, Tôma rencontre Misaka, la sœur cadette de Mikoto, qui a vite fait de l'escamoter. Puis, il tombe encore sur Misaka. Étrange...

Tôma trouve un cadavre. Mais le corps et les taches de sang disparaissent. Il voit ensuite Misaka transporter une housse mortuaire, avec une foule de ses sœurs.

Mikoto se retrouve en situation délicate. Elle se reproche d'avoir précédemment offert sa carte d'ADN à des fins de recherche. Tôma lui met des bâtons dans les roues.

Alors que Mikoto se prépare à se sacrifier pour sauver ses sœurs, Tôma lui demande où se trouve Accelerator. Pendant ce temps, Accelerator s’apprête à affronter Misaka.

Tôma reste sur la défensive alors qu'il combat le tout puissant Accelerator. Mikoto met au point une stratégie pour arrêter Accelerator, et réveille Misaka, blessée.

Tôma est provisoirement chassé de la Cité Académique. Visages et personnalités s'interchangent. Une religieuse en pèlerine rouge apparaît devant Tôma.

Misha est au Japon pour trouver l'origine d'un sort. Tôma, Kanzaki et Tsuchimikado décident de l'accompagner dans sa quête.

Tôma demande des comptes à Toya, qui commence à parler de son passé. Misha apparaît, et attaque. Kaori intervient, et fait des révélations choquantes sur Misha.

Un garçon nommé Unabara harcèle Mikoto, qui prétend être la petite amie de Tôma. Mais les Unabara se multiplient. L'un suit Mikoto.

Lors d'un dîner, Accelerator se fait importuner par Last Order, clone espiègle de Misaka, puis il repère Ao Amai du Radio Noise Project qui a donné vie aux Sisters.

Accelerator capture Amai dans un centre de recherche, et récupère Last Order, mais le virus que celle-ci contient s'active plus tôt que prévu.

Aisa Himegami est transférée dans la classe de Tôma. Index se lie d'amitié avec la timide Hyōka Kazakiri. Un magicien s'est infiltré dans la Cité Académique.

Au moment de l'évacuation, Tôma, Index et Hyōka remarquent un œil, sur le mur. Une fois en sécurité, Mikoto et Index se querellent.

Hyōka se retrouve face au golem libéré par Sherry Cromwell. Tôma essaie de le vaincre, mais Sherry déjoue son plan. Mais que font donc Index et Mikoto ?

Sherry s'intéresse maintenant à Index. Tôma affronte Sherry dans le métro. Pendant ce temps, l'énorme poing du golem se referme sur Index, acculée...

Mené en bateau par Mikoto, Tôma finit complètement épuisé. Une cohorte de chevaliers en armures dorées apparaît à la Cité académique.

Non seulement un grimoire a été dérobé, mais la religieuse qui peut le décoder est tenue captive ! C'est Stiyl qui hérite de l'enquête.

Tôma assiste à l'enlèvement d'Orsola par les catholiques d'Amakusa. Il accompagne Stiyl et le bataillon d'Agnese dans le repère de l'ennemi.

Après avoir sauvé Orsola, Tôma reçoit un avertissement de Tatemiya qui le plonge dans la perplexité. Qu'adviendra-t-il d'Orsola ?

Quand les Sœurs catholiques passent à l’offensive, Tôma et Index se retrouvent coincés. Leur destin dépend maintenant du décryptage d'un grimoire.

Tandis qu'elle fait des courses avec son amie Mikoto, Kuroko reçoit des informations sur un vol important et doit immédiatement changer ses plans, bien à contrecœur.

Kuroko traque Musujime, une jeune esper qui peut se téléporter, mais celle-ci prend le dessus. Après avoir immobilisé Kuroko, Musujime l'informe de ses projets.

La Cité académique organise un festival d'athlétisme auquel toutes ses écoles participent. Tôma et Mikoto veulent gagner, mais l’équipe de Tôma manque de vigueur.

Une épée capable de tuer un saint d'un seul coup a été introduite dans la Cité académique. Tôma participe à sa recherche, et fait mouche.

Oriana s'enfuit... avec Tôma et les autres à ses trousses. Mais quand ils croient enfin pouvoir l'arrêter, elle saute dans un bus sans conducteur !

Les objectifs de sœur Lidvia deviennent évidents. Tôma tente de cacher le problème à Index. Leur bref moment de sérénité touche déjà à sa fin...

L'attaque d’Oriana fait des blessés graves parmi les camarades de Tôma. Furieux, Tôma la poursuit, mais remarque quelque chose de bizarre dans ses actions.

Après avoir compris qu'Oriana se dirige vers un aéroport, Tôma et son équipe se ruent dans cette direction. Pourront-ils déjouer ses plans avant le coucher du soleil ?

Tôma gagne un voyage pour deux en Italie ! Ravi, il se prépare à partir avec Index, mais les ennuis déferlent avant le décollage.

En Italie, Tôma et son équipe se font kidnapper sur un navire. Sœur Agnese leur permet de s'échapper... à une condition.

Pour sauver Agnese, Tôma et son équipe visent le vaisseau amiral de la flotte de la Reine. En plein combat, Tôma est séparé des autres, et rencontre l'évêque Biagio.

Accelerator et sa bande quittent l'hôpital, puis s'installent chez Yomikawa. Au retour de son calamiteux voyage en Italie, Tôma est contacté par Mikoto.

Orsola a du mal à faire fonctionner une nouvelle machine à laver. Mené par le bout du nez par Mikoto, Tôma n'a que des soucis.

Tout à leurs retrouvailles, Accelerator et Last Order sont immédiatement pourchassés. Un individu louche profite de la pluie pour s'infiltrer dans la Cité.

Accelerator va voir Index et attend l'occasion de riposter. Après s'être échappés, Last Order et Tôma se heurtent à un nouvel ennemi.

Accelerator est prêt à s'attirer les foudres de la Cité académique pour sauver Last Order. Alors que Vento et Tôma vont se battre, un changement se produit dans la ville.

Kihara et Accelerator s'affrontent dans un combat désespéré tandis que Tôma tente d'anéantir Vento dans un duel impitoyable. Index prie pour sauver la ville.

Maintenant que la cruelle Vento ne fait plus la loi, Tôma et son équipe reprennent leur vie. Mais le monde entier semble se liguer contre la Cité académique...

Au plus fort des manifestations contre la Cité académique, Misaka, ivre, terrorise tous les étudiants qu'elle croise. Qui sera sa première victime ?

Si la Cité académique ne semble pas en ébullition après les événements du 30 septembre, la crise est bien plus profonde qu'on ne le croit : preuve en est, un membre du Comité de direction de la Cité académique apostrophe Tôma concernant le conflit larvé entre la Cité et l'Église romaine.

Le feu membre du Comité croit en la force de la main droite de Tôma pour apaiser le conflit. Ce dernier est alors projeté au cœur des manifestations françaises accompagné de Tsuchimikado et Itsuwa, à la recherche d'une relique de l'Église romaine, l'archive C.

En plein conflit à Avignon, Tôma et Itsuwa affrontent Terra, un membre du Siège à la droite de Dieu. Ce dernier semble connaître ce qui se cache derrière le mystérieux Imagine Breaker de Tôma…

Group est chargé de veiller sur les arrières de la Cité académique en empêchant les agissements, dans l'ombre, de plus petites organisations. L'une d'entre elles, menée par un Niveau 5, semble déterminée à semer le chaos.

Le groupe Block prépare une opération armée d'envergure que Group tente d'interrompre. Musujime se retrouve au milieu et la cible d'un conflit où d'autres entités, comme School ou Member, viennent se mêler.

Teikoku Takine, déterminé à en découdre avec Aleister, décide d'attaquer le groupe Item pourtant composé d'espers de haut niveau. Un de ses membres, Hamazura, Niveau 0, essaie tant bien que mal de venir en aide à sa partenaire Takitsubo convoitée pour son pouvoir.

Suite à l'opération sur Avignon, retour à une vie quotidienne pour Tôma : mission commando pour se nourrir le midi, essayer de motiver Index à faire le ménage… mais c'était sans compter le squat d'Itsuwa qui affirme devoir assurer la protection de Tôma à cause de la menace du Siège à la droite de Dieu.

Suite au combat contre Acqua ayant grièvement blessé Tôma, Itsuwa est déterminée à en découdre avec le membre du Siège qui a le pouvoir de Tôma dans le collimateur.

L'Église chrétienne d'Amakusa tente tant bien que mal de lutter contre le puissant saint qu'est Acqua de l'Arrière. C'est donc Kanzaki qui va lui faire face à puissance égale. Mais devant l'écart de force, cette dernière cherche à déceler la source du pouvoir exubérant de ce membre du Siège…

Suite à la confrontation entre le Pape et Fiamma, l'Église romaine parvient à augmenter les tensions entre la France et le Royaume-Uni, causant un incident majeur dans le tunnel sous la Manche. C'est dans ce contexte qu'Index, accompagnée de Tôma, est convoquée en Angleterre. Mais c'était sans compter les incidents pour arriver à destination…

Suite aux péripéties du Sky Bus, Tôma et Index arrivent finalement en Angleterre rencontrer la reine qui les a convoqués. Si le conflit avec la France a toute son importance, l'arrivée de nouveaux terroristes connus sous le nom de Nouvelle Lumière met le doute sur les jeux d'influence entre la Cité et les différentes églises.

Même si Nouvelle Lumière a été neutralisée, l'objectif a été accompli : Curtana Original est entre les mains de la deuxième princesse Carissa, qui enclenche dans le pays tout entier un putsch sans précédent avec l'aide des chevaliers. Tandis que Tôma va tenter de rejoindre Index, chaque membre de la famille royale cherche à s'enfuir du joug de Carissa décidée à faire de l'Angleterre une puissance indépendante.

Le coup d'État se poursuit, mais est mis à mal par Acqua de l'Arrière, alias William Orwell, venu maintenir le Royaume-Uni en ordre. Ce dernier affronte le Maître Chevalier, qui a eu pour ordre de neutraliser chaque membre de la famille royale. Tôma s'empresse de rejoindre tout ce beau monde à Folkestone afin de retrouver Index, après s'être échappé du train en compagnie d'une membre de Nouvelle Lumière.

De nouveau au palais de Buckingham, Carissa se prépare à affronter la crème des mages déterminés à mettre fin à son coup d'État. Mais quel est donc l'objectif de cette deuxième princesse ? Comment Elizard, la reine actuelle, compte-t-elle riposter ?

Le conflit en Angleterre achevé, retour à la Cité académique auprès des membres de Group. Accelerator a pour mission de démanteler un nouveau groupe émergent nommé Spark Signal.

Spark Signal s'attaque à un immeuble de salons privés où se trouvait Takitsubo, au grand dam de Hamazura qui va mettre tout en œuvre pour la sauver. En parallèle, Accelerator poursuit sa mission au sein de Group et comprend rapidement qu'un des membres du Comité est derrière tout ça…

Tandis que chaque membre de Group essaie d'affronter les troupes de Shiokishi, Hamazura, malgré son absence de pouvoir, tente le tout pour le tout pour s'échapper avec Takitsubo. C'est au milieu de ce conflit qu'Accelerator cherche à savoir ce qui se cache derrière Dragon…

Suite à sa rencontre avec Aiwass, Accelerator se rend en Russie dans un contexte où le président de ce même pays a déclaré la guerre à la Cité académique. En parallèle, Tôma se rend également en Russie pour rattraper Fiamma de la Droite, qui a clairement montré posséder un dispositif influant sur l'état d'Index.

En plein conflit russe, Vento se dresse contre Fiamma sous les yeux de Tôma déterminé à sauver Index. En parallèle, non loin de là, Accelerator essaie de trouver un sens à la Loi évoquée par Aiwass. Mais le voilà face à face avec ses démons du passé.

Tandis que Hamazura aide les villageois à se défendre face aux Privateer, Accelerator ne sait plus quel rôle avoir auprès des clones de Misaka. Tôma part à la poursuite de Fiamma, mais sa route va croiser celle de quelqu'un d'autre…

La guerre contre la Cité académique continue de faire rage. Tôma et Lessar cherchent à rejoindre la cachette de Fiamma, Hamazura cherche à gagner l'Alliance des Nations, mais son chemin va croiser celui d'Accelerator.

Fiamma est arrivé à ses fins et a fait apparaître l'archange Gabriel. Carissa et la sainte tout droit venue de Versailles tentent de l'affronter tant bien que mal, tandis que la menace nucléaire russe commence à gronder.

Hyôka Kazakiri apparaît pour s'opposer à l'archange Gabriel aux côtés d'Accelerator. De même, Acqua semble vouloir tenter le tout pour le tout pour neutraliser l'archange. Quant à Fiamma, le principal instigateur, il est déterminé à s'emparer du pouvoir de la main droite de Tôma.

Hamazura va vite se retrouver face à ses vieux démons alors que le conflit continue de faire rage. Tôma, lui, est toujours armé de son Imagine Breaker, et se retrouve enfin face à face avec Fiamma, qui lui est déterminé à récupérer le pouvoir du bras droit du Niveau 0. Mais Tôma reste interloqué par toutes les machinations mises en œuvre par Fiamma pour arriver à ses fins…

Tôma est maintenant certain que l'objectif de Fiamma est biaisé et qu'il repose sur le pari de la guerre mondiale. Celle-ci n'ayant plus de sens, les opposants vont vite saisir que la cible à abattre est l'étoile de Bethléem. Accelerator, de son côté, cherche à résoudre le problème posé par Aiwass pour sauver Last Order.

Accelerator comprend de mieux en mieux son rôle et son lien avec Last Order. Cela lui donnera-t-il la force d'abattre l'étoile de Bethléem ? Tôma, quant à lui, semble avoir le dessus sur Fiamma. Quelle sera la conclusion de ce conflit mondial ?