Aujourd'hui, Monsieur Binet, le perruquier royal, est en panique : la perruque favorite de la Reine a disparu. Gazette, la souris, est bouleversée, car cette perruque, c'est sa maison.

Alors que le parfumeur royal présente ses dernières créations à la Reine, le perroquet de celle-ci semble avoir disparu ! Et tout semble accuser Ariane (la chatte de Vauban) de l'avoir dévoré ! Belfort et Lupin vont tout faire pour innocenter leur amie. Au fil de leur enquête, ils découvrent que Chevalier est tellement fasciné par le parfum des orangers de l'Orangerie Royale qu'il refuse de revenir au château ! Belfort et Lupin décident d'utiliser les ingrédients du parfumeur pour attirer le perroquet.

Une troupe de cygnes russes est arrivée à Versailles pour donner un grand ballet aquatique, mais leur chorégraphe Nourevitch est en panique : les fontaines ne fonctionnent pas ! Or, si tout ne se passe pas à la perfection, il subira la colère du chat du Tsar de Russie. Belfort et Lupin lui viennent en aide et promettent de tout faire pour que les fontaines soient en eau pour l'heure du spectacle. Mais encore faut-il comprendre comment fonctionne l'hydraulique de Versailles, et déjouer les sabotages d'Igor, le machiavélique cygne noir, rival de Nourevitch.

Aujourd'hui, les chiens royaux doivent passer une épreuve devant le Roi : retrouver chacun un mouchoir parfumé en pleine forêt. Catastrophe pour Belfort dont la truffe ne fonctionne pas ! Cette fois, c'est sûr, il va décevoir son maître et finir au chenil ! Lupin, professionnel du flair, se lance dans un coaching pour réveiller la truffe de son ami. Mais rien à faire, Belfort ne sent rien ! Pour Lupin, il n'y a plus qu'une solution : tricher et trouver le mouchoir parfumé à la place de Belfort… Mais ce dernier ne peut se résoudre à faire une chose pareille !

Mises au défi par Lupin, les deux sœurs de Belfort pénètrent dans le labyrinthe de Versailles. Selon la légende, tous les animaux qui sont entrés à l’intérieur ont été transformés en statues de pierre ! Hors de question pour Belfort de laisser Tane et Ponne, aussi vilaines soient-elles, rester prisonnières du labyrinthe ! Il parvient à convaincre Lupin de l’urgence de les secourir. Mais encore faut-il pouvoir se repérer dans le dédale, et en sortir avant la tombée de la nuit…

Par la faute de Belfort et Lupin, le lion de la Ménagerie s’est fait un torticolis ! Il ne peut plus se déplacer. Furieux, il refuse de manquer le récital de danse que Belfort doit donner ce soir dans les bosquets. Il ordonne à Belfort et Lupin de l’aider à s’y rendre. Nos deux héros qui se sentent coupables acceptent évidement de l’aider. Ils organisent divers moyens de transports mais Richard de Rastignasse est tellement douillet qu’il rugit et alerte les humains à la moindre secousse. Ne pouvant déplacer le lion, nos héros décident finalement de faire venir le récital jusqu’à lui.

Dans les cuisines du Château de Versailles, c’est la panique : il n’y a plus un seul œuf pour le repas du Roi car tous ont été réquisitionnés à l’occasion des fêtes de Pâques ! L’un des cuisiniers se souvient subitement qu’il y a souvent des œufs de cygne au bord du Grand Canal, où les cygnes font leur nid ! Belfort et Lupin vont tout faire pour sauver l’œuf des cygnes. Mais la multitude de Marcels et Marcelles (c’est ainsi que se nomment tous les cygnes), bien que très gracieux, n’ont pas la lumière à tous les étages… Dotés du fragile fardeau, nos deux amis font leur maximum pour le cacher aux yeux du cuisinier.

Madame Rosa a été mise aux fers dans son enclos de la Ménagerie, accusée d’avoir mangé tous les petits pois du potager, qui étaient destinés au dîner royal de Louis XIV. Belfort et Lupin ne peuvent se résoudre à la laisser enchainée de la sorte. Ils décident de lui venir en aide. L’éléphante n’aurait-elle pas mangé les petits pois lors d’une de ses fameuses crises de somnambulisme ? Pour répondre à cette question, Belfort et Lupin n’ont d’autre choix que de lui faire recouvrer la mémoire de la nuit passée. Nos deux héros vont devoir conjuguer leurs talents pour retrouver les petits pois juste à temps pour le Grand Souper du Roi.

Louis XIV a commandé un tableau de Diane et Belfort, par le peintre royal, Alexandre-François Desportes, en personne ! Mais Tane et Ponne, les deux sœurs de Belfort, le jugent indigne de poser (lui qui est si ‘’nul comme chien’’). Elles décident de l’en empêcher par tous les moyens ! Voyant que son ami est dévasté à l’idée de décevoir sa mère et son maître, Lupin met tout en œuvre pour lui permettre de figurer sur le tableau.

Panique chez les jardiniers de Monsieur Le Nôtre : trois taupes ont creusé des galeries sous le nouveau parterre à la française qui doit être présenté au Roi aujourd’hui ! Belfort et Lupin souhaitent venir en aide aux taupes Arlette, Georgette et Colette pour les sauver des pièges des jardiniers. Mais les taupes, au caractère bien trempé, sont bien décidées à rester vivre ici, sous ce parterre où les vers sont si délicieux. L’amitié des deux amis est mise à l’épreuve : Belfort rappelle qu’ici, ce sont les merveilleux jardins de son maître, le Roi… et Lupin affirme que la terre appartient à tout le monde !

Alors que le scientifique François Villette présente son miroir ardent… un flamant-rose nommé Chico s’écrase aux pieds de Belfort et Lupin, et leur demande s’il est bien arrivé en Afrique ?! Comprenant qu’il s’est encore perdu, Chico se lamente : il n’a aucun sens de l’orientation ! Tout le monde se moque de lui à ce sujet dans sa colonie ! Compatissant au désespoir de Chico, Belfort et Lupin décident de lui venir en aide pour retrouver sa route ! Mais pour cela, encore faudrait-il savoir où se trouve l’Afrique, et apprendre à Chico à se diriger. Coaching d’orientation, déchiffrage des grandes cartes de Louis XIV, découverte d’une boussole, etc. Les talents conjugués de nos deux héros ne seront pas de trop pour permettre à Chico de rejoindre les siens.

Après une glissade incontrôlée dans le château, Lupin se retrouve enfermé dans le cabinet à l’horloge. Chaque jour, fin de journée, l’horloger royal vient en remonter le mécanisme de cette horloge. Belfort est effondré : si les humains découvrent son ami au château, qui sait ce qu’ils seront capables de lui faire !? Il doit absolument récupérer la clef de Bontemps et délivrer son ami avant l’arrivée de l’horloger. Pour cette périlleuse mission, Belfort, qui connait par cœur le quotidien millimétré de Versailles (réglé comme une horloge), constitue une équipe d’animaux : Ariane, Gazette, Artus, Marcus, et même… Madame Rosa. Tout cela, à l’insu des humains, et en particulier de Bazire qui poursuit inlassablement Belfort pour le rappeler à son emploi du temps de chien royal…

Monsieur Lully et ses musiciens sont en pleine répétition quand Ariane, perdant soudain tout contrôle, se jette sur le coussin où était assise Gazette, et le réduit en miettes ! Dévastée, la souris ne peut pas pardonner à son amie qui aurait pu lui faire grand mal ! Ariane est très troublée : que lui arrive-t-il ? Belfort et Lupin vont l’aider à se réconcilier avec sa meilleure amie. Alors qu’Ariane pense avoir attrapé la rage, nos héros découvrent qu’un instrument de musique inattendu est responsable des crises de la chatte siamoise.

Le changement d'enclos du lama Serge crée un véritable tsunami à la Ménagerie car Madame Rosa ne supporte pas son nouveau voisin.

En ayant mangé des restes du dîner de Louis XIV, Tane, Ponne et Diane se retrouvent soudain toute nauséeuses. Belfort sollicite aussitôt Lupin.

Un grand spectacle équestre se prépare aux Grandes Ecuries de Versailles. Mais le noble cheval Bucéphale souffre d'un mal de jambe que personne ne semble pouvoir soigner ! Bucéphale est persuadé qu'il va être chassé des Ecuries et conduit au pré… Touchés par sa détresse, Belfort et Lupin vont tout faire pour lui permettre de guérir, de participer au carrousel, et ainsi garder sa place aux Ecuries Royales !

Alors qu'un soleil de plomb s'est abattu sur Versailles, Belfort & Lupin découvrent qu'une jeune marmotte nommée Joran est arrivée avec un chargement de glace commandé par le Roi ! Ils doivent l'aider à rentrer auprès des siens dans les montagnes. Après plusieurs tentatives infructueuses, ils comprennent qu'ils n'ont d'autre choix que de faire fondre la glace contenue dans la glacière… et pour cela, nos amis vont devoir convaincre Madame Rosa, l'éléphante mondaine au sommeil imperturbable.

Par accident, Ariane a lacéré le tapis de billard de Louis XIV. Belfort et Lupin vont l'aider à cacher cette affreuse bêtise avant le début de la soirée jeu.

Alors que la Cour des humains a quitté Versailles pour séjourner à Fontainebleau, Belfort sanglote dans la chambre du Roi : il a été oublié !! Heureusement, Lupin est là pour le consoler. Les deux amis découvrent l’éléphante, Madame Rosa, en pleine panique : elle a complètement oublié que ce soir, elle fêtera ses 100 ans ! Elle avait promis une fête grandiose à tous les animaux de la Ménagerie, et elle n’a rien préparé du tout… c’est l’humiliation assurée. Belfort et Lupin vont l’aider à organiser sa fête ! Mais quand les préparatifs dans les bosquets sont interrompus par un orage soudain, nos héros n’ont d’autre choix que de transporter la fête dans le Château… et ainsi prendre le risque d’accueillir – pire qu’un éléphant dans un magasin de porcelaine – toute une joyeuse Ménagerie dans la Galerie des Glaces…

Alors que le chapelier du Roi prévoit de concevoir un nouveau chapeau orné de plumes d'autruches, Madame Du Bec et Madame De Buc paniquent.

Ce soir aura lieu, dans le parc du château, un feu d'artifice en l'honneur du roi. Curieux comme tout, Artus et Marcus (nos deux inséparables cervelles de moineaux) ne peuvent résister à l'envie d'aller voir de plus près les préparatifs. Malheureusement, un artificier maladroit déclenche une fusée qui explose entre les deux hirondelles ! Sonné par la détonation, Marcus chute, tandis qu'Artus, lui, devient complètement amnésique ! Belfort et Lupin vont tout faire pour réunir les deux amis, et sauver in extremis Marcus, piégé dans le feu d'artifice !

Belfort constate que sa mère a un comportement vraiment étrange : elle est plus sévère et distante que d'habitude et refuse que ses enfants s'approchent d'elle, allant même jusqu'à les éviter... Que se passe-t-il donc ? Inquiet, Belfort informe Lupin de la situation. Les deux amis découvriront que Diane a attrapé des puces, tout comme Bazire d'ailleurs ! La chienne royale, très honteuse de cette situation, est prête à quitter la cour ! Belfort et Lupin vont tout faire, dans le plus grand secret, pour aider Diane à se débarrasser de ses petites bestioles et à retrouver sa dignité.

Les Ambassadeurs du Siam sont en visite à Versailles, accompagnés d'une jeune panthère noire nommée Sita. Celle-ci est chargée d'une mission diplomatique importante : elle doit délivrer un message à Ariane, la chatte siamoise. Belfort va tout faire pour l'aider à accomplir sa mission, mais les choses se compliquent car Ariane est introuvable, et le courant ne passe pas du tout entre Lupin et Sita... Le loup et la panthère se disputent et Belfort, tiraillé entre ses obligations et son amitiés pour Lupin, ne sait quel camp choisir.

La troupe de Molière est à Versailles pour donne une représentation. Parmi eux se trouvent Poc, un chien qui ressemble à Belfort comme deux gouttes d'eau ! Même Bazire confond les deux épagneuls ! Pour une journée, les deux chiens décident d'échanger leurs rôles... Mais bientôt, Poc refuse de rendre son collier royal à Belfort. Il est bien décidé à prendre sa place pour toujours ! Alors que Belfort risque d'être emmené loin de Versailles avec la troupe de Molière, Lupin, Tane et Ponne doivent s'allier pour démasquer l'imposteur !

Richard de Rastignasse, le magnifique lion de la Ménagerie, fait sensation auprès de son entourage, à tel point que de nombreux animaux l'imitent dans ses moindres faits et gestes. Et quand il se moque de Madame Rosa, l'éléphante qui n'a ni magnifiques plumes, ni belle crinière, celle-ci devient la risée de la Ménagerie. Belfort et Lupin compatissent et décident de l'aider. En tentant de raisonner le lion, nos deux amis découvriront que malgré son apparence impeccable et son succès auprès de la Ménagerie pour lancer les tendances, il cache une certaine fragilité. Et si Richard, en apparence toujours sûr de lui, ne l'était pas tant que ça ?

Alors qu’au Château, Charles Perrault raconte l’histoire de Petit Chaperon rouge… Un loup inconnu s’est perdu dans les bosquets. La Garde est à ses trousses ! Belfort, d’abord réticent et effrayé, est convaincu par Lupin qu’il faut aider ce loup à regagner la forêt ! Pour la première fois, Lupin rencontre un animal de son espèce. Alors que se déroule la mission d’exfiltration, Rémus s’installe peu à peu dans le cœur de Lupin comme une figure paternelle fascinante. Et bientôt, le doute s’installe dans la tête du jeune loup. Devrait-il suivre Rémus pour rejoindre une meute, vivre avec ses semblables ? Une grande inquiétude s’empare de Belfort : et si Lupin quittait Versailles ?